# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 68.6508 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.513 0.201 0.012 0.220 0.016 0.007 0.002 0.015 0.002 0.001 2 K 0.020 0.315 0.439 0.006 0.024 0.151 0.005 0.001 0.035 0.001 0.002 3 L 0.165 0.216 0.445 0.038 0.014 0.089 0.005 0.001 0.023 0.001 0.004 4 S 0.466 0.150 0.090 0.197 0.036 0.021 0.011 0.006 0.017 0.005 0.002 5 R 0.215 0.144 0.102 0.328 0.043 0.036 0.096 0.003 0.029 0.001 0.002 6 L 0.080 0.344 0.365 0.058 0.025 0.031 0.063 0.002 0.028 0.001 0.002 7 V 0.008 0.289 0.435 0.002 0.045 0.018 0.003 0.001 0.190 0.009 0.001 8 P 0.018 0.002 0.868 0.009 0.001 0.018 0.003 0.001 0.002 0.002 0.077 9 G 0.001 0.002 0.006 0.003 0.011 0.003 0.042 0.902 0.001 0.030 0.001 10 V 0.005 0.487 0.444 0.004 0.029 0.007 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 11 P 0.042 0.110 0.713 0.027 0.016 0.041 0.005 0.001 0.006 0.002 0.039 12 A 0.001 0.557 0.092 0.009 0.318 0.007 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 13 R 0.002 0.793 0.125 0.001 0.045 0.025 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 14 I 0.002 0.480 0.387 0.002 0.006 0.115 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 15 K 0.029 0.758 0.105 0.021 0.046 0.026 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 16 R 0.012 0.551 0.148 0.010 0.206 0.034 0.011 0.001 0.025 0.001 0.001 17 L 0.016 0.774 0.116 0.008 0.048 0.024 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 18 E 0.066 0.319 0.400 0.043 0.064 0.060 0.013 0.002 0.024 0.004 0.003 19 V 0.120 0.386 0.219 0.055 0.128 0.028 0.006 0.001 0.049 0.006 0.001 20 S 0.203 0.102 0.407 0.130 0.024 0.058 0.043 0.002 0.022 0.005 0.005 21 G 0.547 0.006 0.051 0.040 0.047 0.004 0.022 0.159 0.002 0.120 0.001 22 E 0.894 0.021 0.048 0.022 0.002 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 23 L 0.966 0.006 0.007 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 H 0.992 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.990 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.984 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 V 0.971 0.004 0.005 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.877 0.006 0.011 0.073 0.011 0.003 0.007 0.006 0.002 0.003 0.001 30 M 0.239 0.019 0.029 0.690 0.003 0.002 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 31 G 0.104 0.016 0.048 0.033 0.083 0.010 0.223 0.389 0.009 0.082 0.003 32 F 0.112 0.261 0.384 0.138 0.019 0.036 0.032 0.002 0.012 0.001 0.003 33 V 0.007 0.419 0.301 0.002 0.037 0.018 0.002 0.001 0.212 0.002 0.001 34 P 0.023 0.004 0.851 0.012 0.002 0.021 0.004 0.001 0.003 0.003 0.076 35 G 0.003 0.002 0.013 0.004 0.017 0.004 0.053 0.849 0.001 0.054 0.001 36 E 0.024 0.409 0.458 0.024 0.055 0.014 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 37 E 0.020 0.514 0.349 0.024 0.029 0.044 0.006 0.001 0.012 0.001 0.002 38 I 0.003 0.787 0.116 0.005 0.058 0.021 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 39 E 0.005 0.693 0.162 0.002 0.083 0.041 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 40 I 0.004 0.485 0.338 0.003 0.013 0.141 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 41 V 0.057 0.733 0.110 0.021 0.023 0.034 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 42 Q 0.061 0.480 0.185 0.020 0.168 0.029 0.015 0.002 0.033 0.004 0.002 43 V 0.066 0.600 0.179 0.039 0.034 0.037 0.012 0.001 0.029 0.001 0.002 44 A 0.016 0.254 0.463 0.003 0.128 0.015 0.003 0.001 0.107 0.009 0.001 45 P 0.234 0.011 0.622 0.021 0.004 0.036 0.002 0.001 0.007 0.007 0.055 46 L 0.083 0.118 0.222 0.399 0.022 0.020 0.106 0.006 0.019 0.002 0.004 47 G 0.007 0.004 0.021 0.015 0.049 0.004 0.031 0.597 0.002 0.269 0.001 48 D 0.007 0.162 0.541 0.009 0.054 0.014 0.008 0.001 0.196 0.008 0.001 49 P 0.227 0.005 0.654 0.013 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.082 50 I 0.125 0.566 0.127 0.065 0.083 0.006 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 51 V 0.009 0.780 0.140 0.005 0.030 0.012 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 52 C 0.005 0.779 0.127 0.001 0.063 0.015 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 53 K 0.007 0.501 0.295 0.002 0.013 0.146 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 54 I 0.045 0.439 0.325 0.025 0.008 0.090 0.011 0.001 0.055 0.001 0.002 55 G 0.046 0.024 0.064 0.061 0.140 0.010 0.096 0.204 0.006 0.346 0.002 56 N 0.034 0.068 0.087 0.097 0.117 0.019 0.309 0.219 0.012 0.036 0.001 57 R 0.064 0.414 0.301 0.056 0.123 0.018 0.009 0.003 0.009 0.003 0.001 58 N 0.093 0.371 0.381 0.034 0.037 0.061 0.010 0.002 0.010 0.001 0.001 59 I 0.089 0.697 0.118 0.019 0.035 0.029 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 60 T 0.081 0.607 0.149 0.011 0.112 0.024 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 61 L 0.109 0.589 0.156 0.040 0.027 0.048 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 62 R 0.302 0.260 0.204 0.033 0.066 0.063 0.022 0.003 0.040 0.005 0.001 63 K 0.708 0.076 0.105 0.065 0.012 0.008 0.014 0.002 0.006 0.002 0.001 64 R 0.738 0.069 0.100 0.047 0.010 0.014 0.013 0.002 0.006 0.001 0.001 65 E 0.476 0.051 0.040 0.402 0.007 0.007 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 66 A 0.338 0.225 0.277 0.065 0.036 0.020 0.017 0.004 0.015 0.002 0.001 67 D 0.582 0.102 0.083 0.182 0.016 0.012 0.016 0.001 0.005 0.001 0.001 68 L 0.029 0.522 0.140 0.135 0.108 0.014 0.034 0.001 0.018 0.001 0.001 69 I 0.011 0.734 0.172 0.004 0.043 0.024 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 70 E 0.005 0.496 0.399 0.007 0.017 0.061 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 71 V 0.010 0.707 0.145 0.006 0.013 0.106 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 72 E 0.020 0.662 0.180 0.004 0.063 0.049 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 73 V 0.052 0.300 0.454 0.011 0.024 0.128 0.003 0.001 0.025 0.001 0.002 74 V 0.097 0.500 0.207 0.069 0.032 0.040 0.011 0.001 0.041 0.001 0.001 75 G 0.067 0.071 0.174 0.034 0.254 0.031 0.059 0.091 0.018 0.199 0.003