# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 68.6508 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.363 0.050 0.009 0.370 0.012 0.017 0.022 0.012 0.019 0.029 2 K 0.155 0.290 0.064 0.003 0.416 0.003 0.005 0.016 0.007 0.006 0.037 3 L 0.126 0.053 0.008 0.005 0.107 0.008 0.010 0.169 0.400 0.078 0.037 4 S 0.035 0.114 0.036 0.017 0.102 0.037 0.086 0.247 0.269 0.040 0.016 5 R 0.095 0.037 0.012 0.004 0.132 0.008 0.055 0.107 0.093 0.412 0.046 6 L 0.103 0.286 0.127 0.025 0.252 0.009 0.029 0.032 0.029 0.070 0.037 7 V 0.009 0.179 0.515 0.223 0.032 0.013 0.005 0.008 0.008 0.004 0.004 8 P 0.010 0.092 0.052 0.034 0.026 0.042 0.539 0.129 0.064 0.008 0.004 9 G 0.026 0.008 0.021 0.032 0.010 0.013 0.010 0.011 0.023 0.705 0.142 10 V 0.028 0.514 0.162 0.030 0.147 0.019 0.045 0.014 0.011 0.016 0.013 11 P 0.330 0.073 0.014 0.002 0.453 0.004 0.007 0.008 0.008 0.033 0.068 12 A 0.140 0.193 0.003 0.001 0.650 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 13 R 0.186 0.077 0.012 0.001 0.701 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 14 I 0.582 0.024 0.002 0.001 0.347 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 15 K 0.148 0.174 0.028 0.012 0.512 0.038 0.037 0.010 0.006 0.005 0.030 16 R 0.289 0.103 0.031 0.002 0.460 0.002 0.003 0.004 0.003 0.009 0.096 17 L 0.175 0.269 0.015 0.005 0.447 0.005 0.009 0.015 0.010 0.013 0.036 18 E 0.196 0.168 0.149 0.015 0.264 0.017 0.029 0.040 0.019 0.018 0.086 19 V 0.072 0.173 0.088 0.061 0.076 0.077 0.060 0.186 0.066 0.090 0.051 20 S 0.008 0.207 0.147 0.214 0.023 0.082 0.091 0.142 0.037 0.037 0.011 21 G 0.010 0.033 0.049 0.059 0.010 0.026 0.012 0.339 0.106 0.289 0.065 22 E 0.012 0.110 0.024 0.002 0.042 0.004 0.013 0.662 0.096 0.025 0.009 23 L 0.015 0.026 0.006 0.001 0.016 0.002 0.004 0.832 0.076 0.017 0.005 24 H 0.005 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.905 0.063 0.006 0.002 25 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.007 0.931 0.046 0.003 0.001 26 K 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.932 0.030 0.007 0.001 27 L 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.872 0.089 0.013 0.002 28 V 0.004 0.008 0.004 0.002 0.006 0.004 0.023 0.747 0.183 0.015 0.003 29 G 0.008 0.010 0.005 0.005 0.010 0.014 0.098 0.592 0.138 0.111 0.009 30 M 0.012 0.655 0.102 0.009 0.080 0.006 0.032 0.047 0.031 0.019 0.006 31 G 0.083 0.047 0.038 0.036 0.070 0.012 0.023 0.042 0.048 0.421 0.181 32 F 0.127 0.204 0.178 0.050 0.152 0.013 0.042 0.056 0.056 0.075 0.047 33 V 0.011 0.179 0.532 0.190 0.035 0.014 0.006 0.011 0.010 0.006 0.005 34 P 0.002 0.038 0.030 0.033 0.006 0.053 0.719 0.077 0.036 0.004 0.002 35 G 0.028 0.009 0.020 0.019 0.011 0.010 0.009 0.013 0.019 0.701 0.162 36 E 0.040 0.580 0.026 0.004 0.293 0.008 0.012 0.010 0.006 0.010 0.011 37 E 0.259 0.050 0.005 0.001 0.652 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.022 38 I 0.302 0.073 0.002 0.001 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 39 E 0.139 0.109 0.018 0.001 0.704 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 40 I 0.593 0.036 0.004 0.001 0.314 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.041 41 V 0.194 0.148 0.020 0.015 0.470 0.036 0.029 0.015 0.014 0.014 0.044 42 Q 0.191 0.171 0.055 0.004 0.476 0.006 0.010 0.010 0.009 0.009 0.059 43 V 0.210 0.191 0.034 0.015 0.269 0.014 0.029 0.034 0.035 0.084 0.085 44 A 0.048 0.333 0.350 0.028 0.156 0.009 0.014 0.012 0.014 0.010 0.027 45 P 0.095 0.275 0.221 0.068 0.127 0.025 0.027 0.048 0.060 0.027 0.028 46 L 0.017 0.188 0.115 0.055 0.052 0.063 0.378 0.056 0.051 0.017 0.009 47 G 0.038 0.019 0.037 0.118 0.019 0.051 0.040 0.014 0.032 0.485 0.146 48 D 0.068 0.438 0.103 0.024 0.272 0.013 0.017 0.007 0.009 0.027 0.024 49 P 0.336 0.069 0.005 0.002 0.511 0.007 0.005 0.006 0.010 0.018 0.031 50 I 0.170 0.147 0.009 0.003 0.619 0.011 0.013 0.004 0.004 0.004 0.016 51 V 0.265 0.045 0.005 0.001 0.647 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 52 C 0.187 0.109 0.003 0.001 0.683 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 53 K 0.425 0.052 0.015 0.001 0.419 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.078 54 I 0.176 0.098 0.038 0.098 0.166 0.134 0.040 0.036 0.031 0.084 0.099 55 G 0.005 0.029 0.061 0.514 0.011 0.174 0.133 0.030 0.016 0.021 0.007 56 N 0.040 0.023 0.033 0.087 0.022 0.034 0.016 0.051 0.053 0.546 0.096 57 R 0.052 0.392 0.041 0.012 0.247 0.021 0.023 0.088 0.055 0.044 0.023 58 N 0.241 0.101 0.021 0.008 0.409 0.010 0.014 0.097 0.032 0.025 0.042 59 I 0.238 0.117 0.019 0.010 0.342 0.010 0.026 0.144 0.034 0.024 0.037 60 T 0.166 0.146 0.039 0.008 0.303 0.013 0.027 0.193 0.034 0.020 0.053 61 L 0.128 0.133 0.045 0.013 0.161 0.015 0.033 0.290 0.060 0.065 0.057 62 R 0.060 0.210 0.062 0.023 0.110 0.021 0.034 0.258 0.091 0.093 0.038 63 K 0.038 0.066 0.022 0.008 0.079 0.012 0.031 0.504 0.189 0.036 0.015 64 R 0.009 0.045 0.022 0.010 0.014 0.013 0.054 0.615 0.178 0.035 0.005 65 E 0.043 0.013 0.007 0.004 0.029 0.007 0.040 0.397 0.212 0.217 0.032 66 A 0.154 0.138 0.015 0.008 0.243 0.014 0.015 0.262 0.109 0.021 0.021 67 D 0.022 0.036 0.020 0.032 0.058 0.120 0.355 0.243 0.072 0.033 0.009 68 L 0.577 0.016 0.004 0.004 0.181 0.003 0.020 0.031 0.010 0.093 0.062 69 I 0.068 0.228 0.002 0.001 0.690 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 70 E 0.288 0.053 0.016 0.001 0.588 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.046 71 V 0.363 0.111 0.005 0.001 0.456 0.001 0.002 0.004 0.003 0.005 0.049 72 E 0.118 0.239 0.057 0.004 0.490 0.012 0.024 0.013 0.007 0.004 0.032 73 V 0.418 0.105 0.025 0.003 0.299 0.005 0.013 0.016 0.011 0.021 0.084 74 V 0.076 0.148 0.083 0.116 0.133 0.109 0.087 0.053 0.046 0.086 0.063 75 G 0.056 0.120 0.143 0.217 0.089 0.075 0.037 0.054 0.060 0.099 0.049