# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 68.6508 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.177 0.095 0.091 0.113 0.127 0.112 0.090 0.075 0.047 0.032 0.025 0.009 0.005 0.002 2 K 0.130 0.127 0.145 0.171 0.155 0.106 0.067 0.047 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 3 L 0.028 0.021 0.031 0.059 0.095 0.117 0.156 0.156 0.159 0.073 0.055 0.027 0.019 0.005 4 S 0.111 0.130 0.147 0.161 0.151 0.111 0.072 0.048 0.043 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 5 R 0.318 0.269 0.143 0.088 0.054 0.075 0.022 0.011 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 6 L 0.048 0.059 0.064 0.153 0.206 0.201 0.113 0.080 0.042 0.018 0.008 0.006 0.003 0.001 7 V 0.099 0.135 0.163 0.202 0.166 0.114 0.061 0.031 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 8 P 0.323 0.181 0.163 0.118 0.079 0.067 0.033 0.015 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 9 G 0.241 0.162 0.208 0.127 0.101 0.062 0.049 0.018 0.020 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 10 V 0.084 0.102 0.153 0.170 0.150 0.130 0.082 0.058 0.038 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 11 P 0.044 0.056 0.054 0.116 0.179 0.157 0.134 0.110 0.076 0.044 0.015 0.009 0.004 0.003 12 A 0.017 0.010 0.014 0.020 0.036 0.062 0.102 0.128 0.153 0.157 0.182 0.069 0.039 0.010 13 R 0.022 0.027 0.043 0.080 0.122 0.117 0.132 0.179 0.090 0.071 0.060 0.031 0.011 0.014 14 I 0.006 0.005 0.006 0.011 0.017 0.030 0.045 0.075 0.182 0.178 0.167 0.144 0.105 0.029 15 K 0.022 0.030 0.034 0.072 0.091 0.119 0.140 0.166 0.120 0.095 0.064 0.028 0.012 0.008 16 R 0.050 0.091 0.108 0.118 0.132 0.139 0.119 0.078 0.077 0.035 0.038 0.008 0.003 0.004 17 L 0.034 0.036 0.037 0.086 0.136 0.170 0.119 0.138 0.101 0.065 0.036 0.022 0.016 0.004 18 E 0.184 0.214 0.195 0.158 0.098 0.069 0.040 0.018 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 19 V 0.072 0.071 0.089 0.152 0.205 0.171 0.105 0.069 0.045 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 20 S 0.247 0.186 0.290 0.095 0.076 0.044 0.032 0.009 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 G 0.661 0.178 0.074 0.043 0.020 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.361 0.257 0.186 0.097 0.050 0.028 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.045 0.038 0.053 0.121 0.216 0.193 0.155 0.103 0.054 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 24 H 0.078 0.138 0.172 0.227 0.186 0.112 0.045 0.020 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.623 0.244 0.064 0.029 0.014 0.019 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.069 0.107 0.153 0.231 0.205 0.148 0.049 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.026 0.023 0.037 0.079 0.146 0.164 0.201 0.181 0.083 0.026 0.022 0.007 0.005 0.001 28 V 0.112 0.123 0.121 0.197 0.180 0.132 0.067 0.037 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 29 G 0.515 0.179 0.127 0.065 0.040 0.038 0.016 0.007 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 30 M 0.059 0.050 0.073 0.125 0.189 0.184 0.140 0.079 0.045 0.026 0.014 0.010 0.005 0.001 31 G 0.069 0.061 0.096 0.131 0.177 0.171 0.121 0.086 0.048 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 32 F 0.127 0.068 0.054 0.089 0.134 0.124 0.135 0.116 0.064 0.043 0.025 0.012 0.007 0.002 33 V 0.107 0.086 0.086 0.125 0.155 0.133 0.105 0.089 0.052 0.028 0.022 0.008 0.003 0.002 34 P 0.139 0.100 0.121 0.149 0.150 0.121 0.077 0.056 0.038 0.026 0.014 0.006 0.002 0.002 35 G 0.110 0.080 0.102 0.127 0.146 0.126 0.105 0.081 0.059 0.030 0.024 0.006 0.003 0.002 36 E 0.134 0.099 0.126 0.135 0.126 0.110 0.089 0.072 0.050 0.030 0.019 0.006 0.003 0.002 37 E 0.061 0.064 0.063 0.131 0.167 0.146 0.122 0.110 0.064 0.041 0.015 0.010 0.004 0.003 38 I 0.017 0.012 0.014 0.022 0.040 0.074 0.110 0.119 0.156 0.156 0.149 0.074 0.046 0.012 39 E 0.048 0.047 0.072 0.094 0.120 0.127 0.129 0.141 0.083 0.057 0.047 0.019 0.007 0.008 40 I 0.020 0.013 0.018 0.024 0.037 0.051 0.078 0.107 0.143 0.147 0.169 0.107 0.062 0.024 41 V 0.032 0.030 0.034 0.066 0.082 0.116 0.109 0.136 0.131 0.103 0.067 0.052 0.029 0.013 42 Q 0.060 0.063 0.082 0.110 0.128 0.123 0.130 0.103 0.081 0.054 0.040 0.016 0.005 0.005 43 V 0.071 0.073 0.078 0.112 0.154 0.136 0.111 0.097 0.072 0.041 0.035 0.011 0.006 0.003 44 A 0.140 0.128 0.136 0.133 0.145 0.114 0.076 0.051 0.037 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 45 P 0.078 0.097 0.106 0.162 0.171 0.135 0.094 0.076 0.044 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 46 L 0.087 0.106 0.104 0.151 0.172 0.137 0.092 0.068 0.044 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 47 G 0.185 0.181 0.166 0.144 0.102 0.087 0.059 0.031 0.024 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 48 D 0.113 0.116 0.132 0.153 0.149 0.122 0.079 0.059 0.035 0.019 0.013 0.005 0.002 0.001 49 P 0.043 0.047 0.058 0.088 0.136 0.142 0.138 0.118 0.102 0.062 0.036 0.017 0.009 0.006 50 I 0.015 0.011 0.017 0.032 0.060 0.094 0.138 0.158 0.147 0.142 0.090 0.057 0.029 0.010 51 V 0.017 0.017 0.023 0.048 0.087 0.098 0.130 0.160 0.135 0.109 0.078 0.051 0.026 0.021 52 C 0.010 0.006 0.008 0.011 0.017 0.034 0.053 0.071 0.143 0.198 0.188 0.158 0.081 0.022 53 K 0.018 0.031 0.039 0.078 0.119 0.136 0.161 0.164 0.093 0.063 0.049 0.024 0.010 0.015 54 I 0.006 0.007 0.009 0.016 0.034 0.057 0.103 0.127 0.174 0.158 0.178 0.069 0.046 0.017 55 G 0.029 0.059 0.059 0.144 0.157 0.162 0.127 0.118 0.066 0.039 0.022 0.008 0.005 0.004 56 N 0.047 0.070 0.092 0.134 0.137 0.138 0.120 0.095 0.078 0.043 0.027 0.012 0.003 0.003 57 R 0.019 0.031 0.039 0.084 0.160 0.175 0.172 0.126 0.097 0.055 0.027 0.010 0.005 0.003 58 N 0.032 0.046 0.075 0.109 0.152 0.164 0.143 0.111 0.084 0.050 0.018 0.009 0.004 0.002 59 I 0.032 0.024 0.028 0.052 0.094 0.111 0.176 0.168 0.108 0.098 0.061 0.028 0.014 0.006 60 T 0.049 0.057 0.060 0.102 0.117 0.141 0.114 0.121 0.098 0.063 0.032 0.027 0.013 0.006 61 L 0.057 0.043 0.041 0.066 0.105 0.114 0.153 0.167 0.091 0.063 0.058 0.022 0.012 0.006 62 R 0.043 0.073 0.085 0.154 0.193 0.164 0.118 0.081 0.054 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 63 K 0.091 0.112 0.140 0.190 0.168 0.139 0.075 0.041 0.027 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 64 R 0.409 0.189 0.172 0.097 0.062 0.037 0.020 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.147 0.183 0.237 0.144 0.107 0.107 0.035 0.014 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.038 0.059 0.058 0.157 0.237 0.184 0.137 0.079 0.034 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 67 D 0.314 0.268 0.171 0.087 0.051 0.060 0.024 0.009 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 68 L 0.102 0.082 0.097 0.169 0.189 0.151 0.088 0.056 0.035 0.016 0.006 0.005 0.002 0.001 69 I 0.026 0.018 0.023 0.048 0.100 0.145 0.202 0.163 0.103 0.063 0.066 0.026 0.012 0.004 70 E 0.069 0.070 0.105 0.144 0.177 0.156 0.103 0.083 0.045 0.025 0.013 0.006 0.002 0.003 71 V 0.083 0.034 0.027 0.050 0.076 0.091 0.118 0.127 0.123 0.109 0.081 0.047 0.027 0.007 72 E 0.110 0.084 0.091 0.137 0.155 0.136 0.106 0.082 0.044 0.027 0.016 0.007 0.003 0.002 73 V 0.093 0.068 0.093 0.116 0.154 0.131 0.118 0.083 0.064 0.039 0.024 0.010 0.004 0.003 74 V 0.135 0.101 0.088 0.133 0.163 0.126 0.096 0.069 0.045 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 75 G 0.351 0.186 0.143 0.111 0.074 0.060 0.035 0.017 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001