# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.77549 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.017 0.127 0.702 2 L 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.206 0.061 0.179 0.502 3 P 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.001 0.006 0.003 0.005 0.004 0.487 0.061 0.058 0.338 4 L 0.009 0.006 0.001 0.001 0.003 0.014 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.012 0.005 0.540 0.040 0.042 0.259 5 I 0.014 0.005 0.006 0.002 0.096 0.176 0.059 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.008 0.004 0.398 0.057 0.026 0.125 6 L 0.011 0.005 0.014 0.002 0.073 0.005 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.379 0.081 0.070 0.346 7 A 0.407 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.058 0.049 0.350 8 D 0.137 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.059 0.093 0.651 9 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.023 0.109 0.779 10 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.312 0.053 0.121 0.444 11 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.108 0.043 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.399 0.055 0.056 0.190 12 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.019 0.003 0.043 0.015 0.006 0.005 0.451 0.061 0.067 0.310 13 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.091 0.124 0.056 0.008 0.590 0.051 0.011 0.054 14 I 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.063 0.019 0.521 0.114 0.029 0.181 15 T 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.831 0.047 0.014 0.073 16 K 0.016 0.008 0.003 0.001 0.016 0.007 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.497 0.055 0.064 0.323 17 L 0.054 0.011 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.436 0.056 0.071 0.357 18 N 0.143 0.117 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.076 0.100 0.443 19 G 0.050 0.258 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.070 0.080 0.494 20 G 0.027 0.686 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.037 0.028 0.184 21 R 0.016 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.007 0.022 22 R 0.011 0.851 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.043 0.013 0.053 23 F 0.012 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.003 0.010 24 L 0.032 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 0.005 0.015 25 F 0.027 0.691 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.192 0.014 0.046 26 R 0.042 0.733 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.090 0.019 0.065 27 M 0.114 0.212 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.261 0.055 0.165 28 K 0.342 0.058 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.049 0.066 0.438 29 N 0.028 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.028 0.085 0.768 30 L 0.010 0.016 0.009 0.001 0.002 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.078 0.134 0.627 31 G 0.027 0.015 0.028 0.002 0.043 0.011 0.007 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.113 0.096 0.492 32 I 0.031 0.003 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.038 0.099 0.695 33 E 0.564 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.067 0.045 0.043 0.265 34 S 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.032 0.155 0.706 35 G 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.014 0.105 0.742 36 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.038 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.501 0.041 0.046 0.238 37 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.044 0.017 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.391 0.051 0.046 0.418 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.009 0.008 0.004 0.002 0.007 0.002 0.068 0.025 0.009 0.004 0.588 0.047 0.024 0.172 39 Q 0.006 0.001 0.001 0.001 0.087 0.019 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.021 0.020 0.005 0.554 0.058 0.015 0.149 40 V 0.029 0.001 0.002 0.001 0.036 0.004 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.006 0.395 0.065 0.063 0.375 41 S 0.149 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.342 0.053 0.058 0.386 42 G 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.012 0.101 0.798 43 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.307 0.015 0.084 0.541 44 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.010 0.005 0.166 0.024 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.296 0.021 0.038 0.411 45 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.152 0.037 0.018 0.023 0.021 0.027 0.004 0.037 0.006 0.003 0.004 0.292 0.027 0.019 0.127 46 Y 0.010 0.001 0.003 0.001 0.331 0.018 0.011 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.078 0.017 0.007 0.005 0.323 0.042 0.013 0.120 47 I 0.294 0.002 0.002 0.001 0.021 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.005 0.005 0.169 0.070 0.053 0.339 48 E 0.246 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.029 0.061 0.616 49 G 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.011 0.086 0.839 50 R 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.286 0.038 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.031 0.060 0.354 51 E 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.270 0.125 0.034 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.129 0.037 0.048 0.332 52 I 0.014 0.004 0.002 0.001 0.011 0.008 0.005 0.005 0.014 0.018 0.050 0.006 0.107 0.025 0.006 0.005 0.378 0.046 0.059 0.237 53 D 0.036 0.008 0.006 0.001 0.014 0.007 0.008 0.009 0.001 0.001 0.005 0.003 0.133 0.105 0.040 0.011 0.176 0.065 0.054 0.316 54 L 0.072 0.010 0.003 0.001 0.005 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.017 0.009 0.163 0.041 0.109 0.545 55 G 0.106 0.044 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.089 0.049 0.107 0.588 56 Y 0.057 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.130 0.099 0.588 57 G 0.056 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.212 0.093 0.489 58 E 0.224 0.147 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.012 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.199 0.077 0.069 0.233 59 A 0.014 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.007 0.002 0.008 0.004 0.001 0.002 0.157 0.073 0.082 0.589 60 T 0.005 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.002 0.008 0.010 0.006 0.004 0.511 0.059 0.057 0.222 61 K 0.009 0.081 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.002 0.008 0.011 0.017 0.010 0.540 0.102 0.044 0.156 62 I 0.004 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.004 0.686 0.060 0.028 0.166 63 W 0.012 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.834 0.063 0.010 0.046 64 V 0.032 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.461 0.125 0.049 0.314 65 R 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.645 0.016 0.051 0.274 66 R 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.013 0.099 0.729 67 V 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.022 0.169 0.587