# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.77549 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.009 0.008 0.001 0.026 0.024 0.070 0.073 0.001 0.001 0.016 0.772 2 L 0.009 0.005 0.001 0.029 0.305 0.212 0.098 0.001 0.001 0.020 0.321 3 P 0.012 0.015 0.001 0.077 0.138 0.304 0.053 0.001 0.001 0.037 0.362 4 L 0.008 0.002 0.001 0.062 0.253 0.399 0.041 0.001 0.001 0.035 0.197 5 I 0.004 0.001 0.001 0.108 0.231 0.434 0.030 0.001 0.001 0.029 0.162 6 L 0.055 0.001 0.003 0.059 0.210 0.258 0.044 0.001 0.001 0.047 0.322 7 A 0.535 0.002 0.001 0.018 0.064 0.051 0.038 0.002 0.001 0.053 0.236 8 D 0.057 0.004 0.001 0.012 0.018 0.025 0.091 0.001 0.001 0.024 0.768 9 D 0.010 0.003 0.001 0.008 0.021 0.026 0.064 0.001 0.001 0.019 0.846 10 G 0.014 0.006 0.001 0.023 0.265 0.156 0.081 0.002 0.001 0.043 0.409 11 T 0.003 0.003 0.001 0.025 0.208 0.284 0.059 0.001 0.001 0.219 0.197 12 Y 0.001 0.003 0.001 0.058 0.330 0.341 0.032 0.001 0.001 0.072 0.162 13 E 0.007 0.014 0.001 0.064 0.249 0.461 0.024 0.001 0.001 0.038 0.142 14 I 0.007 0.004 0.001 0.040 0.202 0.404 0.048 0.001 0.001 0.056 0.237 15 T 0.006 0.005 0.002 0.147 0.264 0.354 0.036 0.001 0.001 0.051 0.134 16 K 0.027 0.013 0.004 0.182 0.120 0.211 0.056 0.003 0.001 0.077 0.307 17 L 0.177 0.025 0.003 0.181 0.075 0.056 0.097 0.005 0.001 0.080 0.299 18 N 0.051 0.066 0.002 0.062 0.040 0.045 0.101 0.005 0.001 0.047 0.581 19 G 0.022 0.159 0.002 0.034 0.017 0.032 0.083 0.004 0.001 0.099 0.549 20 G 0.023 0.659 0.002 0.007 0.020 0.016 0.036 0.004 0.001 0.050 0.183 21 R 0.011 0.853 0.001 0.003 0.012 0.013 0.010 0.003 0.001 0.051 0.045 22 R 0.006 0.910 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.003 0.001 0.038 0.027 23 F 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.010 24 L 0.019 0.785 0.006 0.001 0.006 0.007 0.004 0.003 0.001 0.150 0.019 25 F 0.046 0.550 0.019 0.002 0.006 0.010 0.013 0.003 0.003 0.295 0.053 26 R 0.056 0.700 0.017 0.006 0.005 0.009 0.028 0.014 0.004 0.085 0.077 27 M 0.126 0.245 0.117 0.006 0.004 0.009 0.036 0.127 0.080 0.126 0.125 28 K 0.402 0.165 0.009 0.006 0.018 0.020 0.044 0.005 0.003 0.036 0.293 29 N 0.015 0.066 0.002 0.003 0.005 0.016 0.044 0.002 0.001 0.022 0.824 30 L 0.014 0.026 0.007 0.027 0.046 0.055 0.198 0.003 0.002 0.149 0.472 31 G 0.062 0.016 0.046 0.076 0.080 0.117 0.115 0.007 0.017 0.181 0.284 32 I 0.080 0.003 0.002 0.018 0.035 0.039 0.092 0.002 0.001 0.050 0.678 33 E 0.250 0.003 0.004 0.063 0.023 0.037 0.075 0.003 0.001 0.112 0.430 34 S 0.011 0.002 0.001 0.042 0.014 0.038 0.157 0.001 0.001 0.034 0.701 35 G 0.009 0.001 0.001 0.042 0.030 0.051 0.123 0.001 0.001 0.027 0.717 36 K 0.001 0.001 0.001 0.064 0.365 0.324 0.072 0.001 0.001 0.017 0.156 37 K 0.001 0.001 0.001 0.124 0.160 0.318 0.049 0.001 0.001 0.053 0.294 38 I 0.001 0.001 0.001 0.051 0.491 0.308 0.027 0.001 0.001 0.019 0.104 39 Q 0.011 0.001 0.001 0.179 0.230 0.324 0.025 0.001 0.001 0.041 0.186 40 V 0.019 0.001 0.001 0.045 0.257 0.266 0.061 0.001 0.001 0.041 0.308 41 S 0.026 0.001 0.001 0.105 0.118 0.180 0.076 0.001 0.001 0.033 0.459 42 G 0.022 0.001 0.001 0.032 0.082 0.113 0.098 0.001 0.001 0.018 0.632 43 R 0.004 0.001 0.001 0.027 0.208 0.258 0.093 0.001 0.001 0.013 0.397 44 R 0.003 0.001 0.001 0.024 0.175 0.343 0.067 0.001 0.001 0.023 0.363 45 Y 0.001 0.001 0.001 0.020 0.337 0.439 0.035 0.001 0.001 0.013 0.154 46 Y 0.021 0.002 0.001 0.050 0.221 0.341 0.032 0.001 0.001 0.049 0.282 47 I 0.155 0.002 0.001 0.041 0.181 0.153 0.057 0.002 0.001 0.057 0.349 48 E 0.038 0.005 0.001 0.049 0.068 0.086 0.074 0.001 0.001 0.025 0.651 49 G 0.028 0.006 0.001 0.020 0.042 0.058 0.065 0.001 0.001 0.020 0.759 50 R 0.019 0.008 0.001 0.064 0.255 0.168 0.071 0.001 0.001 0.036 0.378 51 E 0.014 0.011 0.002 0.064 0.135 0.240 0.073 0.003 0.001 0.071 0.385 52 I 0.012 0.005 0.001 0.067 0.275 0.256 0.061 0.001 0.001 0.031 0.290 53 D 0.069 0.015 0.002 0.065 0.145 0.196 0.047 0.003 0.001 0.080 0.377 54 L 0.042 0.024 0.001 0.033 0.103 0.107 0.093 0.001 0.001 0.039 0.555 55 G 0.068 0.063 0.003 0.023 0.040 0.057 0.103 0.004 0.001 0.053 0.585 56 Y 0.042 0.025 0.007 0.019 0.054 0.079 0.142 0.003 0.001 0.171 0.456 57 G 0.071 0.077 0.007 0.036 0.040 0.064 0.122 0.005 0.001 0.168 0.408 58 E 0.069 0.157 0.003 0.034 0.054 0.105 0.097 0.005 0.001 0.065 0.411 59 A 0.013 0.090 0.002 0.029 0.028 0.127 0.110 0.002 0.001 0.055 0.544 60 T 0.006 0.062 0.002 0.059 0.144 0.349 0.058 0.001 0.001 0.053 0.266 61 K 0.008 0.043 0.002 0.149 0.188 0.348 0.031 0.001 0.001 0.093 0.137 62 I 0.009 0.014 0.002 0.161 0.349 0.260 0.028 0.001 0.001 0.058 0.118 63 W 0.012 0.008 0.002 0.213 0.244 0.345 0.022 0.002 0.001 0.043 0.107 64 V 0.035 0.003 0.002 0.177 0.153 0.240 0.054 0.001 0.001 0.052 0.282 65 R 0.007 0.001 0.001 0.101 0.237 0.301 0.066 0.001 0.001 0.015 0.272 66 R 0.013 0.002 0.001 0.040 0.066 0.135 0.085 0.001 0.001 0.019 0.638 67 V 0.012 0.002 0.001 0.036 0.147 0.114 0.139 0.001 0.001 0.020 0.528