# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.77549 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.639 0.158 0.037 0.072 0.036 0.019 0.019 0.010 0.005 0.003 0.002 2 L 0.017 0.019 0.013 0.034 0.043 0.070 0.109 0.122 0.227 0.200 0.147 3 P 0.072 0.129 0.041 0.152 0.145 0.123 0.132 0.087 0.061 0.036 0.021 4 L 0.008 0.009 0.012 0.033 0.051 0.079 0.115 0.151 0.197 0.188 0.157 5 I 0.037 0.035 0.039 0.101 0.146 0.124 0.165 0.159 0.092 0.063 0.039 6 L 0.008 0.014 0.014 0.048 0.061 0.066 0.126 0.149 0.208 0.179 0.127 7 A 0.006 0.007 0.007 0.023 0.041 0.053 0.115 0.128 0.197 0.191 0.232 8 D 0.242 0.242 0.116 0.181 0.099 0.045 0.041 0.016 0.010 0.005 0.002 9 D 0.219 0.206 0.063 0.209 0.122 0.071 0.055 0.027 0.014 0.008 0.005 10 G 0.295 0.120 0.026 0.066 0.061 0.065 0.107 0.083 0.075 0.064 0.038 11 T 0.264 0.264 0.052 0.205 0.096 0.051 0.035 0.017 0.009 0.005 0.002 12 Y 0.010 0.008 0.011 0.016 0.023 0.063 0.085 0.104 0.207 0.237 0.235 13 E 0.051 0.156 0.075 0.249 0.209 0.113 0.083 0.037 0.016 0.007 0.004 14 I 0.008 0.007 0.012 0.022 0.032 0.039 0.083 0.128 0.206 0.235 0.229 15 T 0.021 0.023 0.027 0.078 0.100 0.135 0.174 0.143 0.130 0.110 0.057 16 K 0.055 0.137 0.097 0.276 0.150 0.097 0.085 0.045 0.033 0.017 0.008 17 L 0.011 0.008 0.010 0.019 0.033 0.052 0.101 0.140 0.178 0.189 0.260 18 N 0.122 0.158 0.068 0.181 0.152 0.093 0.093 0.058 0.039 0.023 0.014 19 G 0.132 0.099 0.042 0.116 0.104 0.086 0.138 0.106 0.085 0.056 0.036 20 G 0.112 0.065 0.034 0.089 0.099 0.110 0.141 0.099 0.107 0.083 0.061 21 R 0.153 0.108 0.071 0.166 0.119 0.109 0.126 0.066 0.045 0.025 0.011 22 R 0.059 0.086 0.067 0.198 0.174 0.143 0.126 0.070 0.040 0.023 0.014 23 F 0.003 0.007 0.008 0.012 0.022 0.036 0.091 0.122 0.216 0.238 0.244 24 L 0.016 0.021 0.040 0.131 0.191 0.176 0.185 0.106 0.070 0.046 0.020 25 F 0.062 0.059 0.280 0.186 0.110 0.101 0.099 0.047 0.029 0.019 0.007 26 R 0.009 0.030 0.063 0.171 0.163 0.182 0.206 0.087 0.052 0.025 0.011 27 M 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.029 0.059 0.187 0.299 0.406 28 K 0.019 0.058 0.159 0.231 0.235 0.121 0.088 0.046 0.024 0.013 0.007 29 N 0.038 0.059 0.229 0.182 0.138 0.112 0.109 0.061 0.034 0.025 0.012 30 L 0.009 0.007 0.010 0.018 0.030 0.075 0.145 0.154 0.213 0.193 0.147 31 G 0.102 0.131 0.049 0.146 0.117 0.080 0.127 0.094 0.078 0.044 0.032 32 I 0.017 0.008 0.023 0.037 0.063 0.063 0.124 0.142 0.171 0.147 0.205 33 E 0.113 0.185 0.145 0.168 0.144 0.088 0.077 0.037 0.022 0.014 0.008 34 S 0.051 0.108 0.045 0.162 0.158 0.127 0.177 0.096 0.044 0.021 0.011 35 G 0.493 0.098 0.029 0.064 0.054 0.049 0.058 0.044 0.041 0.041 0.029 36 K 0.157 0.166 0.076 0.194 0.123 0.092 0.096 0.050 0.027 0.014 0.005 37 K 0.072 0.176 0.092 0.304 0.166 0.082 0.052 0.029 0.015 0.008 0.004 38 I 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.017 0.052 0.085 0.204 0.265 0.365 39 Q 0.038 0.180 0.159 0.359 0.182 0.049 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 40 V 0.003 0.002 0.008 0.007 0.016 0.018 0.045 0.088 0.159 0.218 0.434 41 S 0.029 0.067 0.037 0.139 0.182 0.129 0.146 0.104 0.076 0.055 0.035 42 G 0.225 0.135 0.060 0.148 0.103 0.086 0.105 0.057 0.045 0.027 0.011 43 R 0.280 0.154 0.086 0.215 0.110 0.061 0.047 0.026 0.011 0.006 0.003 44 R 0.086 0.121 0.041 0.174 0.137 0.133 0.142 0.076 0.047 0.029 0.013 45 Y 0.024 0.012 0.009 0.020 0.032 0.061 0.116 0.138 0.205 0.194 0.189 46 Y 0.065 0.156 0.099 0.278 0.190 0.095 0.065 0.028 0.014 0.007 0.004 47 I 0.005 0.006 0.007 0.008 0.013 0.029 0.063 0.072 0.196 0.262 0.340 48 E 0.169 0.313 0.061 0.222 0.141 0.040 0.029 0.015 0.006 0.003 0.002 49 G 0.409 0.135 0.042 0.117 0.075 0.065 0.061 0.041 0.027 0.019 0.009 50 R 0.331 0.164 0.049 0.152 0.098 0.071 0.063 0.038 0.019 0.011 0.006 51 E 0.099 0.170 0.045 0.209 0.142 0.115 0.104 0.060 0.032 0.018 0.008 52 I 0.013 0.007 0.008 0.015 0.023 0.053 0.092 0.117 0.212 0.232 0.228 53 D 0.075 0.233 0.119 0.281 0.152 0.064 0.042 0.018 0.009 0.004 0.002 54 L 0.008 0.006 0.009 0.019 0.033 0.044 0.085 0.130 0.200 0.196 0.270 55 G 0.235 0.155 0.067 0.144 0.128 0.071 0.074 0.053 0.035 0.023 0.016 56 Y 0.085 0.087 0.048 0.177 0.153 0.129 0.148 0.083 0.051 0.025 0.014 57 G 0.240 0.094 0.049 0.094 0.089 0.069 0.097 0.084 0.072 0.058 0.052 58 E 0.102 0.155 0.061 0.193 0.146 0.100 0.115 0.060 0.037 0.020 0.011 59 A 0.076 0.066 0.059 0.134 0.128 0.110 0.134 0.111 0.086 0.064 0.033 60 T 0.052 0.075 0.083 0.142 0.120 0.136 0.167 0.095 0.069 0.042 0.018 61 K 0.023 0.057 0.088 0.197 0.164 0.145 0.145 0.084 0.053 0.029 0.016 62 I 0.013 0.010 0.023 0.023 0.032 0.046 0.099 0.125 0.201 0.213 0.216 63 W 0.012 0.028 0.050 0.113 0.153 0.110 0.161 0.136 0.114 0.072 0.050 64 V 0.006 0.005 0.021 0.021 0.034 0.037 0.088 0.129 0.210 0.230 0.219 65 R 0.029 0.050 0.122 0.172 0.181 0.127 0.137 0.081 0.053 0.029 0.018 66 R 0.044 0.084 0.119 0.158 0.147 0.105 0.149 0.097 0.054 0.027 0.016 67 V 0.091 0.056 0.056 0.094 0.106 0.090 0.158 0.132 0.098 0.067 0.051