# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.77549 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.015 0.002 0.001 0.010 0.006 0.013 0.033 0.001 0.001 0.002 0.915 2 L 0.077 0.005 0.006 0.049 0.075 0.102 0.050 0.001 0.001 0.005 0.631 3 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.988 4 L 0.011 0.002 0.001 0.111 0.116 0.224 0.054 0.001 0.001 0.002 0.479 5 I 0.026 0.006 0.001 0.437 0.137 0.202 0.032 0.001 0.001 0.003 0.158 6 L 0.023 0.013 0.001 0.154 0.179 0.261 0.050 0.001 0.001 0.002 0.316 7 A 0.016 0.010 0.001 0.342 0.139 0.296 0.064 0.001 0.001 0.002 0.131 8 D 0.009 0.007 0.001 0.069 0.080 0.096 0.186 0.002 0.001 0.005 0.546 9 D 0.025 0.004 0.003 0.062 0.040 0.066 0.093 0.002 0.001 0.030 0.675 10 G 0.179 0.001 0.005 0.033 0.028 0.027 0.309 0.001 0.001 0.063 0.353 11 T 0.220 0.001 0.027 0.033 0.020 0.019 0.345 0.001 0.001 0.047 0.287 12 Y 0.013 0.003 0.006 0.096 0.304 0.245 0.107 0.001 0.001 0.010 0.216 13 E 0.004 0.001 0.001 0.110 0.270 0.445 0.049 0.001 0.001 0.003 0.116 14 I 0.012 0.002 0.001 0.092 0.207 0.335 0.028 0.001 0.001 0.001 0.323 15 T 0.002 0.002 0.001 0.129 0.374 0.431 0.012 0.001 0.001 0.001 0.049 16 K 0.004 0.004 0.001 0.061 0.182 0.260 0.063 0.001 0.001 0.002 0.424 17 L 0.014 0.005 0.001 0.175 0.155 0.474 0.035 0.001 0.001 0.001 0.140 18 N 0.007 0.015 0.001 0.058 0.126 0.225 0.139 0.001 0.001 0.009 0.418 19 G 0.029 0.012 0.003 0.023 0.028 0.070 0.184 0.001 0.001 0.010 0.640 20 G 0.100 0.040 0.005 0.023 0.018 0.044 0.169 0.001 0.001 0.008 0.593 21 R 0.037 0.074 0.004 0.010 0.019 0.023 0.208 0.001 0.001 0.008 0.616 22 R 0.021 0.140 0.003 0.005 0.006 0.008 0.186 0.001 0.001 0.002 0.627 23 F 0.039 0.607 0.003 0.006 0.011 0.020 0.079 0.001 0.001 0.002 0.232 24 L 0.011 0.896 0.001 0.002 0.004 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.066 25 F 0.009 0.930 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.046 26 R 0.012 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 27 M 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 28 K 0.016 0.943 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.025 29 N 0.060 0.848 0.008 0.001 0.001 0.002 0.009 0.029 0.001 0.001 0.041 30 L 0.194 0.718 0.018 0.002 0.003 0.002 0.002 0.034 0.001 0.001 0.027 31 G 0.223 0.312 0.079 0.012 0.013 0.016 0.020 0.113 0.001 0.003 0.209 32 I 0.043 0.163 0.532 0.030 0.025 0.035 0.018 0.006 0.001 0.002 0.146 33 E 0.024 0.157 0.006 0.078 0.145 0.098 0.092 0.007 0.001 0.006 0.388 34 S 0.045 0.047 0.003 0.030 0.012 0.030 0.058 0.009 0.001 0.006 0.760 35 G 0.165 0.072 0.005 0.105 0.076 0.087 0.072 0.013 0.001 0.015 0.390 36 K 0.477 0.011 0.088 0.062 0.074 0.044 0.087 0.001 0.001 0.019 0.137 37 K 0.010 0.006 0.004 0.130 0.029 0.041 0.055 0.001 0.001 0.003 0.723 38 I 0.010 0.001 0.001 0.088 0.319 0.501 0.007 0.001 0.001 0.001 0.071 39 Q 0.003 0.004 0.001 0.254 0.254 0.341 0.027 0.001 0.001 0.003 0.114 40 V 0.005 0.002 0.001 0.096 0.290 0.367 0.021 0.001 0.001 0.001 0.219 41 S 0.002 0.002 0.001 0.277 0.150 0.438 0.039 0.001 0.001 0.003 0.090 42 G 0.007 0.001 0.001 0.074 0.070 0.093 0.051 0.001 0.001 0.009 0.693 43 R 0.044 0.001 0.003 0.130 0.054 0.067 0.218 0.001 0.001 0.014 0.469 44 R 0.048 0.001 0.002 0.075 0.021 0.045 0.175 0.001 0.001 0.017 0.616 45 Y 0.028 0.002 0.002 0.125 0.217 0.232 0.064 0.001 0.001 0.009 0.322 46 Y 0.013 0.002 0.001 0.152 0.184 0.239 0.051 0.001 0.001 0.004 0.354 47 I 0.014 0.005 0.002 0.159 0.170 0.250 0.065 0.001 0.001 0.002 0.333 48 E 0.006 0.005 0.001 0.182 0.141 0.307 0.081 0.001 0.001 0.004 0.273 49 G 0.014 0.003 0.002 0.064 0.054 0.065 0.059 0.001 0.001 0.013 0.725 50 R 0.091 0.003 0.006 0.142 0.051 0.042 0.335 0.001 0.001 0.016 0.312 51 E 0.034 0.003 0.003 0.068 0.019 0.041 0.210 0.001 0.001 0.014 0.607 52 I 0.028 0.007 0.002 0.275 0.175 0.292 0.048 0.001 0.001 0.009 0.164 53 D 0.021 0.015 0.002 0.091 0.125 0.191 0.107 0.001 0.001 0.006 0.440 54 L 0.040 0.029 0.005 0.204 0.127 0.264 0.056 0.001 0.001 0.004 0.270 55 G 0.024 0.017 0.001 0.073 0.097 0.135 0.305 0.003 0.001 0.009 0.336 56 Y 0.092 0.015 0.023 0.058 0.028 0.062 0.129 0.002 0.001 0.020 0.572 57 G 0.035 0.020 0.002 0.051 0.050 0.085 0.142 0.002 0.001 0.009 0.604 58 E 0.130 0.015 0.011 0.025 0.037 0.061 0.188 0.001 0.001 0.025 0.506 59 A 0.036 0.075 0.003 0.037 0.028 0.054 0.186 0.002 0.001 0.006 0.574 60 T 0.119 0.044 0.003 0.039 0.155 0.335 0.074 0.003 0.001 0.007 0.221 61 K 0.095 0.162 0.006 0.067 0.141 0.174 0.052 0.002 0.001 0.006 0.293 62 I 0.030 0.082 0.006 0.059 0.300 0.250 0.024 0.001 0.001 0.001 0.247 63 W 0.025 0.070 0.002 0.101 0.162 0.387 0.028 0.001 0.001 0.003 0.220 64 V 0.011 0.161 0.004 0.083 0.205 0.304 0.027 0.001 0.001 0.002 0.202 65 R 0.011 0.101 0.002 0.087 0.176 0.352 0.036 0.002 0.001 0.002 0.232 66 R 0.053 0.127 0.005 0.062 0.074 0.176 0.098 0.007 0.001 0.007 0.391 67 V 0.103 0.159 0.005 0.055 0.122 0.161 0.046 0.003 0.001 0.004 0.341