# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.77549 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.008 0.001 0.008 0.008 0.011 0.013 0.003 0.949 2 L 0.052 0.002 0.083 0.213 0.315 0.086 0.004 0.245 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 4 L 0.003 0.001 0.069 0.251 0.475 0.028 0.001 0.172 5 I 0.015 0.001 0.122 0.316 0.328 0.027 0.002 0.189 6 L 0.007 0.002 0.082 0.246 0.335 0.018 0.001 0.309 7 A 0.004 0.001 0.111 0.353 0.418 0.027 0.001 0.085 8 D 0.007 0.003 0.033 0.213 0.137 0.112 0.005 0.490 9 D 0.016 0.003 0.031 0.058 0.124 0.214 0.017 0.537 10 G 0.295 0.002 0.023 0.052 0.110 0.190 0.124 0.204 11 T 0.382 0.001 0.031 0.061 0.038 0.311 0.026 0.150 12 Y 0.003 0.001 0.053 0.349 0.343 0.039 0.001 0.212 13 E 0.001 0.001 0.040 0.382 0.528 0.020 0.001 0.030 14 I 0.002 0.001 0.061 0.132 0.392 0.033 0.001 0.380 15 T 0.001 0.001 0.077 0.404 0.508 0.003 0.001 0.008 16 K 0.002 0.001 0.065 0.188 0.227 0.036 0.002 0.479 17 L 0.005 0.001 0.320 0.140 0.395 0.020 0.002 0.117 18 N 0.007 0.006 0.091 0.118 0.221 0.215 0.004 0.337 19 G 0.035 0.006 0.036 0.026 0.087 0.109 0.012 0.689 20 G 0.094 0.017 0.045 0.028 0.080 0.147 0.012 0.577 21 R 0.057 0.032 0.027 0.025 0.051 0.269 0.006 0.533 22 R 0.028 0.070 0.008 0.008 0.022 0.160 0.003 0.702 23 F 0.066 0.355 0.009 0.011 0.033 0.095 0.004 0.426 24 L 0.045 0.605 0.021 0.014 0.051 0.046 0.003 0.215 25 F 0.014 0.775 0.004 0.005 0.010 0.035 0.003 0.153 26 R 0.028 0.845 0.002 0.003 0.006 0.014 0.005 0.097 27 M 0.011 0.965 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.015 28 K 0.021 0.890 0.011 0.008 0.007 0.010 0.006 0.046 29 N 0.038 0.835 0.011 0.007 0.014 0.007 0.021 0.067 30 L 0.178 0.657 0.017 0.012 0.018 0.011 0.037 0.070 31 G 0.224 0.216 0.059 0.057 0.042 0.040 0.087 0.276 32 I 0.021 0.047 0.545 0.130 0.071 0.041 0.007 0.138 33 E 0.019 0.051 0.142 0.204 0.147 0.089 0.009 0.338 34 S 0.034 0.059 0.058 0.063 0.124 0.101 0.017 0.544 35 G 0.108 0.036 0.161 0.074 0.127 0.063 0.041 0.389 36 K 0.134 0.011 0.183 0.207 0.116 0.088 0.021 0.240 37 K 0.007 0.002 0.024 0.025 0.027 0.060 0.002 0.853 38 I 0.005 0.001 0.071 0.258 0.528 0.015 0.001 0.121 39 Q 0.002 0.001 0.177 0.278 0.380 0.027 0.001 0.134 40 V 0.003 0.001 0.128 0.235 0.218 0.037 0.001 0.376 41 S 0.002 0.001 0.249 0.183 0.427 0.033 0.001 0.104 42 G 0.006 0.001 0.093 0.097 0.131 0.082 0.006 0.584 43 R 0.031 0.001 0.111 0.083 0.121 0.159 0.013 0.480 44 R 0.023 0.001 0.061 0.048 0.069 0.098 0.005 0.696 45 Y 0.023 0.001 0.070 0.222 0.278 0.075 0.003 0.329 46 Y 0.006 0.001 0.080 0.253 0.404 0.048 0.001 0.208 47 I 0.007 0.001 0.062 0.299 0.315 0.037 0.001 0.277 48 E 0.006 0.003 0.092 0.130 0.290 0.112 0.002 0.364 49 G 0.018 0.003 0.064 0.058 0.137 0.106 0.010 0.604 50 R 0.089 0.003 0.076 0.047 0.056 0.289 0.025 0.415 51 E 0.059 0.003 0.057 0.038 0.043 0.147 0.012 0.641 52 I 0.031 0.007 0.123 0.195 0.228 0.123 0.005 0.288 53 D 0.015 0.011 0.069 0.082 0.172 0.175 0.004 0.473 54 L 0.045 0.022 0.102 0.071 0.212 0.085 0.007 0.456 55 G 0.055 0.024 0.071 0.054 0.105 0.279 0.013 0.399 56 Y 0.103 0.018 0.040 0.040 0.062 0.120 0.022 0.595 57 G 0.077 0.038 0.048 0.044 0.076 0.154 0.013 0.550 58 E 0.076 0.033 0.027 0.050 0.058 0.274 0.010 0.473 59 A 0.066 0.084 0.032 0.051 0.087 0.105 0.009 0.567 60 T 0.108 0.132 0.045 0.142 0.220 0.057 0.012 0.284 61 K 0.090 0.115 0.076 0.129 0.201 0.069 0.013 0.306 62 I 0.035 0.126 0.111 0.246 0.246 0.025 0.007 0.203 63 W 0.020 0.081 0.120 0.222 0.403 0.020 0.005 0.128 64 V 0.015 0.077 0.109 0.223 0.348 0.023 0.006 0.198 65 R 0.010 0.043 0.183 0.215 0.381 0.027 0.004 0.136 66 R 0.025 0.056 0.045 0.092 0.123 0.071 0.011 0.578 67 V 0.052 0.082 0.099 0.089 0.296 0.046 0.010 0.325