# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.77549 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.110 0.256 0.233 0.179 0.074 0.058 0.054 0.009 0.021 0.004 0.003 2 L 0.013 0.569 0.271 0.005 0.032 0.008 0.004 0.001 0.097 0.001 0.001 3 P 0.052 0.022 0.838 0.007 0.004 0.042 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 4 L 0.046 0.645 0.200 0.019 0.049 0.019 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 5 I 0.022 0.734 0.145 0.007 0.060 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 6 L 0.025 0.460 0.339 0.017 0.055 0.076 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 7 A 0.123 0.415 0.269 0.026 0.093 0.030 0.007 0.002 0.027 0.006 0.001 8 D 0.372 0.198 0.164 0.095 0.073 0.033 0.023 0.002 0.030 0.007 0.003 9 D 0.045 0.053 0.105 0.538 0.037 0.010 0.184 0.013 0.011 0.006 0.001 10 G 0.004 0.011 0.027 0.005 0.042 0.002 0.117 0.657 0.002 0.133 0.001 11 T 0.032 0.505 0.357 0.034 0.044 0.015 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 12 Y 0.010 0.681 0.170 0.011 0.104 0.011 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 13 E 0.008 0.780 0.123 0.005 0.055 0.023 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 14 I 0.014 0.709 0.175 0.004 0.026 0.065 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 15 T 0.038 0.749 0.098 0.009 0.047 0.031 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 16 K 0.028 0.567 0.198 0.016 0.078 0.066 0.010 0.001 0.037 0.001 0.001 17 L 0.095 0.476 0.238 0.052 0.040 0.049 0.011 0.001 0.036 0.001 0.001 18 N 0.106 0.243 0.288 0.105 0.088 0.037 0.066 0.007 0.041 0.016 0.002 19 G 0.044 0.023 0.081 0.052 0.134 0.014 0.107 0.232 0.005 0.308 0.001 20 G 0.260 0.040 0.139 0.065 0.120 0.030 0.047 0.120 0.008 0.171 0.001 21 R 0.727 0.063 0.116 0.054 0.015 0.013 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 22 R 0.788 0.044 0.045 0.064 0.033 0.010 0.006 0.001 0.006 0.002 0.001 23 F 0.752 0.085 0.058 0.038 0.035 0.014 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 24 L 0.960 0.014 0.014 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 F 0.969 0.005 0.005 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.905 0.017 0.007 0.057 0.005 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 27 M 0.865 0.023 0.035 0.049 0.007 0.006 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 28 K 0.872 0.031 0.023 0.061 0.004 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 29 N 0.683 0.036 0.059 0.128 0.034 0.015 0.027 0.003 0.013 0.002 0.001 30 L 0.349 0.125 0.111 0.361 0.018 0.006 0.017 0.001 0.011 0.001 0.001 31 G 0.149 0.079 0.137 0.043 0.191 0.028 0.158 0.118 0.017 0.081 0.001 32 I 0.136 0.504 0.270 0.032 0.018 0.028 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 33 E 0.136 0.397 0.285 0.050 0.047 0.040 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 34 S 0.076 0.220 0.316 0.151 0.085 0.021 0.086 0.006 0.028 0.007 0.002 35 G 0.004 0.013 0.026 0.008 0.131 0.003 0.067 0.493 0.003 0.251 0.001 36 K 0.065 0.294 0.470 0.044 0.092 0.013 0.005 0.001 0.011 0.002 0.002 37 K 0.022 0.527 0.270 0.035 0.077 0.045 0.008 0.001 0.013 0.001 0.002 38 I 0.003 0.884 0.068 0.002 0.026 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 39 Q 0.003 0.433 0.405 0.002 0.018 0.131 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 40 V 0.011 0.818 0.098 0.005 0.021 0.021 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 41 S 0.030 0.529 0.198 0.041 0.118 0.015 0.027 0.002 0.036 0.003 0.001 42 G 0.004 0.014 0.021 0.009 0.166 0.005 0.090 0.361 0.004 0.326 0.001 43 R 0.056 0.250 0.389 0.100 0.131 0.020 0.026 0.004 0.015 0.007 0.002 44 R 0.023 0.529 0.232 0.051 0.105 0.023 0.010 0.003 0.021 0.002 0.001 45 Y 0.008 0.791 0.128 0.008 0.038 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 46 Y 0.006 0.591 0.286 0.005 0.018 0.085 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 47 I 0.037 0.668 0.179 0.015 0.028 0.042 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 48 E 0.060 0.235 0.263 0.105 0.102 0.058 0.124 0.005 0.040 0.008 0.001 49 G 0.026 0.029 0.040 0.044 0.128 0.010 0.143 0.389 0.008 0.181 0.001 50 R 0.172 0.278 0.278 0.107 0.086 0.020 0.026 0.006 0.019 0.007 0.001 51 E 0.098 0.353 0.325 0.092 0.043 0.042 0.014 0.002 0.024 0.002 0.003 52 I 0.075 0.626 0.166 0.035 0.052 0.017 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 53 D 0.047 0.260 0.420 0.040 0.048 0.127 0.013 0.001 0.040 0.001 0.004 54 L 0.131 0.420 0.241 0.101 0.045 0.013 0.010 0.001 0.034 0.002 0.002 55 G 0.066 0.077 0.139 0.038 0.200 0.026 0.049 0.175 0.016 0.214 0.001 56 Y 0.115 0.233 0.370 0.136 0.075 0.019 0.025 0.004 0.017 0.005 0.001 57 G 0.036 0.026 0.082 0.017 0.091 0.014 0.052 0.258 0.006 0.418 0.001 58 E 0.351 0.162 0.278 0.099 0.057 0.024 0.010 0.002 0.011 0.004 0.002 59 A 0.287 0.212 0.178 0.150 0.098 0.027 0.018 0.005 0.022 0.004 0.001 60 T 0.270 0.366 0.170 0.073 0.076 0.015 0.012 0.002 0.015 0.001 0.001 61 K 0.130 0.526 0.155 0.039 0.102 0.024 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 62 I 0.040 0.764 0.116 0.009 0.043 0.016 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 63 W 0.052 0.619 0.224 0.011 0.026 0.057 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 64 V 0.094 0.628 0.163 0.017 0.039 0.037 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 65 R 0.123 0.534 0.160 0.031 0.092 0.021 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 66 R 0.063 0.404 0.310 0.033 0.081 0.054 0.015 0.001 0.038 0.001 0.001 67 V 0.158 0.370 0.337 0.031 0.039 0.033 0.006 0.001 0.024 0.001 0.002