# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.009 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.027 0.134 0.683 2 L 0.040 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.011 0.002 0.005 0.003 0.004 0.002 0.195 0.079 0.125 0.471 3 P 0.036 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.006 0.005 0.008 0.004 0.249 0.069 0.088 0.456 4 L 0.047 0.031 0.002 0.001 0.001 0.006 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.017 0.006 0.396 0.095 0.070 0.297 5 I 0.020 0.012 0.006 0.002 0.031 0.103 0.038 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.004 0.358 0.091 0.061 0.251 6 L 0.037 0.005 0.015 0.001 0.159 0.016 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.284 0.117 0.064 0.280 7 A 0.222 0.004 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.092 0.067 0.465 8 D 0.130 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.060 0.093 0.682 9 D 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.009 0.114 0.830 10 G 0.010 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.055 0.133 0.606 11 T 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.141 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.261 0.049 0.209 12 Y 0.007 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 0.026 0.006 0.026 0.016 0.005 0.004 0.243 0.130 0.075 0.390 13 E 0.031 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.006 0.007 0.161 0.183 0.056 0.024 0.198 0.042 0.034 0.191 14 I 0.035 0.027 0.002 0.002 0.004 0.031 0.035 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.035 0.103 0.043 0.244 0.115 0.039 0.255 15 T 0.017 0.011 0.006 0.002 0.146 0.095 0.086 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.237 0.101 0.053 0.206 16 K 0.047 0.005 0.005 0.001 0.093 0.016 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.051 0.092 0.450 17 L 0.304 0.012 0.004 0.001 0.014 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.094 0.084 0.378 18 N 0.063 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.028 0.111 0.733 19 G 0.030 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.038 0.130 0.710 20 G 0.033 0.094 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.090 0.133 0.452 21 R 0.022 0.169 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.051 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.165 0.073 0.084 0.366 22 R 0.015 0.223 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.031 0.006 0.054 0.016 0.008 0.003 0.191 0.100 0.055 0.279 23 F 0.024 0.288 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.049 0.112 0.042 0.012 0.260 0.059 0.022 0.111 24 L 0.042 0.335 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.024 0.010 0.319 0.080 0.026 0.125 25 F 0.029 0.137 0.018 0.002 0.005 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.004 0.421 0.166 0.036 0.158 26 R 0.055 0.123 0.023 0.002 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.358 0.147 0.062 0.217 27 M 0.221 0.067 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.205 0.056 0.255 28 K 0.168 0.051 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.042 0.085 0.528 29 N 0.024 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.017 0.107 0.762 30 L 0.021 0.028 0.003 0.001 0.001 0.010 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.075 0.134 0.600 31 G 0.073 0.028 0.046 0.002 0.049 0.013 0.007 0.003 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.223 0.085 0.419 32 I 0.195 0.013 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.042 0.084 0.601 33 E 0.259 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.057 0.073 0.567 34 S 0.036 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.022 0.095 0.770 35 G 0.022 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.036 0.133 0.734 36 K 0.016 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.018 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.297 0.040 0.093 0.431 37 K 0.011 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.003 0.011 0.014 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.305 0.062 0.066 0.494 38 I 0.007 0.004 0.003 0.001 0.096 0.024 0.022 0.009 0.002 0.002 0.007 0.002 0.042 0.019 0.014 0.007 0.294 0.069 0.054 0.322 39 Q 0.032 0.005 0.003 0.001 0.045 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.032 0.014 0.008 0.297 0.063 0.069 0.405 40 V 0.201 0.015 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.200 0.126 0.075 0.367 41 S 0.056 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.049 0.112 0.525 42 G 0.019 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.050 0.134 0.564 43 R 0.013 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.432 0.058 0.079 0.311 44 R 0.015 0.016 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.049 0.028 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.390 0.062 0.059 0.351 45 Y 0.007 0.006 0.007 0.001 0.050 0.011 0.011 0.006 0.004 0.005 0.014 0.004 0.060 0.015 0.008 0.006 0.457 0.070 0.039 0.221 46 Y 0.029 0.008 0.003 0.001 0.011 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.046 0.012 0.005 0.381 0.073 0.056 0.338 47 I 0.218 0.014 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.239 0.115 0.068 0.322 48 E 0.045 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.253 0.042 0.100 0.531 49 G 0.021 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.038 0.134 0.653 50 R 0.016 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.057 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.516 0.040 0.070 0.253 51 E 0.025 0.018 0.004 0.001 0.006 0.004 0.017 0.004 0.017 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.065 0.095 0.550 52 I 0.053 0.022 0.004 0.001 0.016 0.017 0.016 0.010 0.002 0.003 0.007 0.002 0.021 0.014 0.003 0.003 0.263 0.062 0.077 0.405 53 D 0.191 0.032 0.007 0.001 0.013 0.007 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.006 0.005 0.123 0.118 0.080 0.380 54 L 0.066 0.031 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.056 0.103 0.645 55 G 0.173 0.082 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.073 0.104 0.490 56 Y 0.044 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.267 0.111 0.462 57 G 0.056 0.092 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.248 0.120 0.383 58 E 0.123 0.092 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.111 0.067 0.114 0.445 59 A 0.039 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.005 0.003 0.002 0.002 0.121 0.066 0.119 0.560 60 T 0.027 0.067 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.003 0.010 0.008 0.008 0.005 0.343 0.074 0.092 0.345 61 K 0.015 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.005 0.009 0.005 0.434 0.081 0.065 0.314 62 I 0.015 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.005 0.004 0.582 0.067 0.046 0.230 63 W 0.027 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.641 0.076 0.029 0.192 64 V 0.039 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.411 0.097 0.054 0.376 65 R 0.014 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.516 0.027 0.059 0.370 66 R 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.022 0.089 0.639 67 V 0.016 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.032 0.106 0.585