# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.011 0.015 0.001 0.045 0.015 0.057 0.097 0.003 0.001 0.030 0.727 2 L 0.036 0.020 0.004 0.038 0.169 0.089 0.110 0.005 0.001 0.079 0.449 3 P 0.029 0.023 0.001 0.140 0.108 0.182 0.076 0.004 0.001 0.083 0.354 4 L 0.023 0.012 0.002 0.125 0.131 0.222 0.059 0.003 0.001 0.077 0.346 5 I 0.009 0.005 0.002 0.218 0.175 0.280 0.042 0.002 0.002 0.049 0.216 6 L 0.052 0.009 0.005 0.107 0.122 0.173 0.064 0.003 0.004 0.114 0.347 7 A 0.176 0.006 0.002 0.084 0.051 0.061 0.082 0.005 0.001 0.104 0.429 8 D 0.079 0.006 0.001 0.020 0.016 0.030 0.104 0.003 0.001 0.038 0.703 9 D 0.016 0.006 0.001 0.008 0.006 0.015 0.138 0.001 0.001 0.018 0.792 10 G 0.014 0.022 0.001 0.030 0.096 0.170 0.138 0.003 0.001 0.046 0.481 11 T 0.009 0.012 0.001 0.030 0.145 0.438 0.064 0.002 0.001 0.072 0.227 12 Y 0.007 0.019 0.002 0.024 0.259 0.270 0.052 0.002 0.001 0.056 0.310 13 E 0.018 0.020 0.001 0.029 0.302 0.367 0.032 0.003 0.001 0.036 0.191 14 I 0.031 0.024 0.002 0.037 0.191 0.298 0.051 0.004 0.001 0.057 0.304 15 T 0.011 0.008 0.012 0.050 0.260 0.376 0.041 0.002 0.011 0.069 0.159 16 K 0.151 0.010 0.002 0.018 0.083 0.166 0.058 0.003 0.002 0.064 0.443 17 L 0.149 0.007 0.002 0.017 0.067 0.053 0.064 0.004 0.001 0.050 0.586 18 N 0.044 0.009 0.001 0.011 0.022 0.026 0.098 0.001 0.001 0.018 0.770 19 G 0.014 0.028 0.001 0.007 0.013 0.033 0.102 0.001 0.001 0.024 0.777 20 G 0.022 0.079 0.001 0.011 0.091 0.090 0.110 0.003 0.001 0.036 0.558 21 R 0.013 0.130 0.001 0.053 0.152 0.289 0.057 0.003 0.001 0.049 0.253 22 R 0.015 0.145 0.002 0.032 0.154 0.214 0.057 0.003 0.001 0.069 0.309 23 F 0.014 0.144 0.003 0.063 0.194 0.321 0.030 0.003 0.001 0.055 0.173 24 L 0.035 0.215 0.003 0.046 0.164 0.225 0.037 0.005 0.001 0.075 0.195 25 F 0.016 0.084 0.012 0.060 0.241 0.233 0.032 0.003 0.004 0.125 0.190 26 R 0.079 0.163 0.008 0.039 0.129 0.166 0.052 0.012 0.004 0.071 0.277 27 M 0.199 0.053 0.044 0.030 0.079 0.061 0.055 0.023 0.022 0.093 0.342 28 K 0.284 0.028 0.003 0.027 0.040 0.053 0.066 0.007 0.001 0.035 0.456 29 N 0.059 0.023 0.001 0.016 0.009 0.028 0.074 0.004 0.001 0.021 0.766 30 L 0.027 0.011 0.002 0.057 0.052 0.051 0.124 0.002 0.001 0.054 0.619 31 G 0.031 0.015 0.008 0.041 0.039 0.082 0.093 0.004 0.005 0.138 0.544 32 I 0.178 0.010 0.001 0.016 0.031 0.022 0.099 0.005 0.001 0.032 0.604 33 E 0.364 0.012 0.002 0.043 0.015 0.020 0.079 0.005 0.001 0.048 0.412 34 S 0.022 0.015 0.001 0.021 0.006 0.031 0.107 0.003 0.001 0.018 0.777 35 G 0.023 0.022 0.001 0.019 0.015 0.048 0.108 0.004 0.001 0.043 0.717 36 K 0.014 0.018 0.001 0.035 0.381 0.214 0.060 0.002 0.001 0.041 0.233 37 K 0.015 0.011 0.001 0.050 0.080 0.200 0.075 0.002 0.001 0.071 0.496 38 I 0.006 0.005 0.003 0.064 0.289 0.320 0.044 0.001 0.002 0.051 0.215 39 Q 0.042 0.011 0.002 0.051 0.198 0.281 0.049 0.002 0.001 0.058 0.305 40 V 0.076 0.012 0.003 0.039 0.121 0.143 0.074 0.003 0.001 0.062 0.466 41 S 0.025 0.014 0.002 0.043 0.088 0.165 0.094 0.004 0.001 0.040 0.525 42 G 0.028 0.023 0.001 0.020 0.058 0.135 0.090 0.003 0.001 0.050 0.592 43 R 0.012 0.020 0.001 0.030 0.261 0.258 0.065 0.002 0.001 0.038 0.312 44 R 0.013 0.015 0.001 0.056 0.171 0.274 0.052 0.002 0.001 0.039 0.376 45 Y 0.005 0.008 0.003 0.086 0.259 0.366 0.035 0.001 0.002 0.038 0.196 46 Y 0.041 0.014 0.002 0.074 0.193 0.254 0.048 0.003 0.001 0.058 0.311 47 I 0.125 0.012 0.003 0.056 0.128 0.124 0.068 0.005 0.001 0.074 0.405 48 E 0.027 0.017 0.001 0.061 0.072 0.116 0.094 0.003 0.001 0.035 0.572 49 G 0.029 0.026 0.001 0.034 0.035 0.098 0.093 0.004 0.001 0.051 0.628 50 R 0.024 0.027 0.002 0.051 0.238 0.144 0.075 0.003 0.001 0.047 0.389 51 E 0.026 0.031 0.004 0.080 0.120 0.157 0.069 0.004 0.001 0.060 0.447 52 I 0.068 0.029 0.003 0.083 0.091 0.096 0.085 0.005 0.001 0.049 0.491 53 D 0.154 0.049 0.005 0.083 0.059 0.102 0.089 0.010 0.002 0.076 0.371 54 L 0.055 0.034 0.002 0.043 0.028 0.044 0.106 0.004 0.001 0.040 0.642 55 G 0.079 0.105 0.003 0.037 0.044 0.072 0.094 0.008 0.001 0.063 0.493 56 Y 0.057 0.046 0.002 0.023 0.042 0.053 0.120 0.004 0.001 0.227 0.424 57 G 0.034 0.110 0.007 0.038 0.049 0.075 0.123 0.005 0.002 0.164 0.393 58 E 0.097 0.134 0.004 0.025 0.090 0.103 0.081 0.010 0.001 0.054 0.400 59 A 0.045 0.084 0.004 0.029 0.041 0.092 0.113 0.006 0.001 0.062 0.522 60 T 0.022 0.109 0.002 0.042 0.095 0.208 0.088 0.006 0.001 0.053 0.373 61 K 0.017 0.065 0.002 0.049 0.105 0.399 0.055 0.003 0.001 0.054 0.249 62 I 0.015 0.027 0.006 0.055 0.266 0.280 0.042 0.003 0.002 0.067 0.237 63 W 0.024 0.013 0.004 0.075 0.239 0.300 0.043 0.003 0.002 0.059 0.238 64 V 0.035 0.007 0.003 0.062 0.185 0.193 0.053 0.002 0.001 0.073 0.386 65 R 0.017 0.006 0.002 0.079 0.163 0.218 0.066 0.002 0.001 0.045 0.402 66 R 0.023 0.009 0.002 0.050 0.062 0.103 0.083 0.002 0.001 0.049 0.617 67 V 0.038 0.010 0.002 0.041 0.092 0.077 0.101 0.004 0.001 0.055 0.581