# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.520 0.222 0.058 0.112 0.049 0.018 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 2 L 0.023 0.017 0.011 0.041 0.058 0.101 0.159 0.197 0.173 0.129 0.092 3 P 0.110 0.151 0.074 0.217 0.161 0.108 0.093 0.037 0.026 0.016 0.007 4 L 0.012 0.026 0.045 0.083 0.091 0.102 0.167 0.157 0.147 0.108 0.063 5 I 0.011 0.019 0.036 0.052 0.059 0.079 0.154 0.156 0.186 0.146 0.102 6 L 0.008 0.019 0.032 0.061 0.063 0.071 0.161 0.157 0.160 0.160 0.108 7 A 0.017 0.035 0.055 0.111 0.109 0.130 0.157 0.128 0.112 0.090 0.057 8 D 0.155 0.156 0.094 0.184 0.151 0.085 0.081 0.037 0.027 0.020 0.010 9 D 0.302 0.214 0.050 0.138 0.103 0.060 0.059 0.033 0.020 0.013 0.006 10 G 0.420 0.137 0.032 0.091 0.075 0.068 0.072 0.041 0.033 0.021 0.011 11 T 0.160 0.202 0.064 0.196 0.145 0.081 0.070 0.032 0.026 0.016 0.008 12 Y 0.033 0.032 0.025 0.061 0.075 0.128 0.191 0.166 0.136 0.092 0.060 13 E 0.109 0.172 0.112 0.269 0.164 0.075 0.050 0.023 0.014 0.009 0.003 14 I 0.006 0.010 0.015 0.033 0.036 0.054 0.117 0.184 0.211 0.170 0.165 15 T 0.051 0.064 0.085 0.164 0.154 0.112 0.142 0.075 0.072 0.056 0.026 16 K 0.046 0.083 0.125 0.228 0.184 0.116 0.107 0.046 0.033 0.022 0.009 17 L 0.025 0.025 0.036 0.069 0.072 0.118 0.185 0.144 0.146 0.104 0.075 18 N 0.238 0.227 0.078 0.152 0.113 0.055 0.061 0.031 0.023 0.015 0.007 19 G 0.405 0.249 0.055 0.105 0.068 0.035 0.036 0.021 0.014 0.008 0.004 20 G 0.297 0.125 0.045 0.117 0.118 0.086 0.083 0.047 0.041 0.026 0.015 21 R 0.068 0.079 0.041 0.143 0.146 0.147 0.170 0.087 0.066 0.037 0.018 22 R 0.033 0.057 0.066 0.183 0.172 0.158 0.151 0.081 0.055 0.030 0.014 23 F 0.005 0.011 0.025 0.043 0.058 0.092 0.192 0.201 0.175 0.119 0.080 24 L 0.006 0.016 0.048 0.092 0.089 0.105 0.178 0.137 0.148 0.112 0.067 25 F 0.005 0.010 0.055 0.058 0.062 0.089 0.169 0.167 0.164 0.138 0.083 26 R 0.009 0.026 0.112 0.176 0.178 0.132 0.168 0.082 0.061 0.040 0.017 27 M 0.004 0.008 0.024 0.026 0.027 0.053 0.129 0.151 0.208 0.219 0.152 28 K 0.036 0.048 0.105 0.220 0.214 0.134 0.128 0.053 0.033 0.023 0.007 29 N 0.159 0.129 0.153 0.218 0.119 0.081 0.069 0.031 0.021 0.014 0.006 30 L 0.023 0.023 0.023 0.043 0.053 0.100 0.183 0.169 0.171 0.125 0.086 31 G 0.300 0.266 0.075 0.123 0.080 0.042 0.050 0.025 0.020 0.013 0.006 32 I 0.029 0.027 0.034 0.063 0.066 0.097 0.160 0.131 0.157 0.130 0.105 33 E 0.280 0.275 0.113 0.146 0.082 0.036 0.029 0.016 0.012 0.008 0.004 34 S 0.147 0.226 0.051 0.144 0.120 0.087 0.109 0.053 0.032 0.020 0.012 35 G 0.395 0.143 0.045 0.111 0.089 0.066 0.054 0.038 0.027 0.019 0.014 36 K 0.259 0.185 0.082 0.182 0.121 0.079 0.054 0.018 0.010 0.006 0.002 37 K 0.094 0.128 0.079 0.255 0.166 0.104 0.089 0.041 0.026 0.012 0.006 38 I 0.009 0.010 0.011 0.021 0.034 0.058 0.145 0.201 0.209 0.169 0.133 39 Q 0.062 0.136 0.152 0.288 0.192 0.074 0.051 0.021 0.012 0.008 0.003 40 V 0.021 0.027 0.055 0.058 0.054 0.084 0.144 0.128 0.165 0.150 0.115 41 S 0.139 0.178 0.087 0.208 0.154 0.080 0.074 0.032 0.024 0.016 0.008 42 G 0.272 0.141 0.062 0.120 0.096 0.073 0.086 0.057 0.046 0.031 0.016 43 R 0.129 0.098 0.070 0.187 0.161 0.127 0.097 0.052 0.040 0.026 0.013 44 R 0.069 0.082 0.067 0.188 0.144 0.142 0.147 0.068 0.054 0.027 0.013 45 Y 0.024 0.032 0.040 0.075 0.085 0.110 0.188 0.155 0.139 0.096 0.056 46 Y 0.025 0.044 0.061 0.128 0.131 0.119 0.167 0.118 0.100 0.068 0.040 47 I 0.014 0.024 0.044 0.055 0.052 0.078 0.135 0.136 0.178 0.168 0.116 48 E 0.081 0.163 0.114 0.237 0.173 0.083 0.075 0.032 0.022 0.014 0.006 49 G 0.216 0.108 0.059 0.119 0.099 0.083 0.104 0.076 0.063 0.045 0.029 50 R 0.126 0.101 0.056 0.157 0.159 0.128 0.115 0.059 0.047 0.034 0.017 51 E 0.168 0.181 0.089 0.222 0.131 0.073 0.066 0.032 0.021 0.012 0.006 52 I 0.017 0.016 0.021 0.042 0.052 0.081 0.153 0.187 0.185 0.144 0.102 53 D 0.141 0.191 0.106 0.234 0.155 0.062 0.054 0.025 0.017 0.011 0.005 54 L 0.025 0.028 0.031 0.053 0.054 0.091 0.157 0.146 0.177 0.147 0.092 55 G 0.312 0.232 0.088 0.145 0.077 0.053 0.042 0.019 0.016 0.011 0.005 56 Y 0.072 0.064 0.032 0.101 0.102 0.128 0.178 0.120 0.093 0.065 0.044 57 G 0.411 0.156 0.058 0.106 0.083 0.052 0.047 0.031 0.025 0.019 0.012 58 E 0.199 0.253 0.081 0.200 0.139 0.055 0.040 0.015 0.009 0.005 0.002 59 A 0.055 0.042 0.037 0.081 0.077 0.088 0.137 0.140 0.150 0.109 0.084 60 T 0.044 0.062 0.055 0.155 0.170 0.174 0.166 0.070 0.053 0.034 0.016 61 K 0.067 0.112 0.153 0.289 0.155 0.099 0.065 0.027 0.018 0.010 0.004 62 I 0.015 0.016 0.033 0.053 0.069 0.100 0.187 0.177 0.159 0.118 0.074 63 W 0.019 0.040 0.058 0.102 0.099 0.087 0.156 0.143 0.132 0.106 0.058 64 V 0.007 0.014 0.051 0.053 0.048 0.079 0.137 0.134 0.177 0.182 0.116 65 R 0.048 0.061 0.191 0.220 0.187 0.100 0.092 0.043 0.030 0.020 0.008 66 R 0.099 0.111 0.106 0.164 0.136 0.114 0.124 0.060 0.046 0.028 0.012 67 V 0.095 0.046 0.041 0.075 0.075 0.108 0.157 0.119 0.123 0.099 0.061