# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.073 0.014 0.006 0.027 0.034 0.078 0.092 0.003 0.001 0.006 0.666 2 L 0.123 0.011 0.009 0.079 0.156 0.212 0.075 0.002 0.001 0.005 0.328 3 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.974 4 L 0.008 0.003 0.001 0.109 0.187 0.363 0.045 0.001 0.001 0.001 0.281 5 I 0.038 0.014 0.001 0.240 0.229 0.228 0.041 0.001 0.001 0.004 0.203 6 L 0.027 0.016 0.001 0.132 0.280 0.341 0.027 0.001 0.001 0.003 0.173 7 A 0.034 0.012 0.001 0.091 0.253 0.439 0.026 0.001 0.001 0.002 0.143 8 D 0.015 0.007 0.001 0.044 0.086 0.143 0.161 0.002 0.001 0.003 0.539 9 D 0.032 0.004 0.002 0.019 0.033 0.049 0.186 0.001 0.001 0.016 0.658 10 G 0.101 0.004 0.005 0.020 0.025 0.030 0.303 0.001 0.001 0.072 0.439 11 T 0.191 0.005 0.013 0.015 0.018 0.024 0.440 0.001 0.001 0.016 0.278 12 Y 0.098 0.015 0.005 0.042 0.158 0.214 0.100 0.001 0.001 0.020 0.347 13 E 0.029 0.016 0.004 0.049 0.180 0.329 0.114 0.001 0.001 0.004 0.274 14 I 0.027 0.024 0.002 0.053 0.206 0.371 0.058 0.001 0.001 0.003 0.256 15 T 0.014 0.029 0.001 0.037 0.315 0.453 0.035 0.001 0.001 0.002 0.114 16 K 0.017 0.035 0.001 0.027 0.265 0.361 0.041 0.002 0.001 0.002 0.249 17 L 0.027 0.049 0.002 0.047 0.266 0.408 0.040 0.002 0.001 0.002 0.158 18 N 0.042 0.053 0.003 0.024 0.141 0.188 0.163 0.003 0.001 0.010 0.373 19 G 0.102 0.028 0.006 0.018 0.040 0.063 0.082 0.005 0.001 0.030 0.624 20 G 0.134 0.014 0.024 0.016 0.025 0.046 0.257 0.003 0.001 0.011 0.470 21 R 0.228 0.015 0.014 0.029 0.051 0.079 0.167 0.001 0.001 0.009 0.405 22 R 0.036 0.035 0.006 0.031 0.072 0.111 0.155 0.001 0.001 0.005 0.549 23 F 0.032 0.061 0.003 0.054 0.167 0.266 0.095 0.001 0.001 0.003 0.318 24 L 0.032 0.149 0.002 0.077 0.177 0.311 0.050 0.001 0.001 0.002 0.200 25 F 0.017 0.206 0.001 0.040 0.250 0.286 0.030 0.001 0.001 0.002 0.166 26 R 0.017 0.289 0.001 0.040 0.175 0.215 0.035 0.003 0.001 0.002 0.223 27 M 0.024 0.360 0.002 0.028 0.183 0.259 0.018 0.005 0.001 0.001 0.119 28 K 0.052 0.341 0.003 0.036 0.136 0.168 0.044 0.010 0.001 0.005 0.204 29 N 0.254 0.229 0.025 0.026 0.036 0.039 0.067 0.022 0.001 0.008 0.295 30 L 0.351 0.203 0.024 0.037 0.058 0.076 0.039 0.014 0.001 0.008 0.191 31 G 0.102 0.074 0.032 0.047 0.034 0.063 0.100 0.023 0.001 0.015 0.510 32 I 0.133 0.055 0.073 0.104 0.079 0.094 0.107 0.004 0.001 0.006 0.345 33 E 0.022 0.048 0.003 0.048 0.105 0.102 0.227 0.003 0.001 0.004 0.437 34 S 0.026 0.054 0.002 0.027 0.059 0.095 0.161 0.004 0.001 0.006 0.565 35 G 0.163 0.049 0.004 0.038 0.048 0.124 0.064 0.007 0.001 0.031 0.472 36 K 0.370 0.018 0.036 0.032 0.048 0.043 0.215 0.003 0.001 0.013 0.221 37 K 0.036 0.009 0.005 0.021 0.038 0.038 0.110 0.002 0.001 0.003 0.739 38 I 0.033 0.017 0.004 0.065 0.201 0.436 0.032 0.001 0.001 0.002 0.210 39 Q 0.024 0.017 0.001 0.098 0.203 0.249 0.067 0.001 0.001 0.002 0.338 40 V 0.016 0.015 0.001 0.049 0.229 0.270 0.042 0.001 0.001 0.001 0.376 41 S 0.013 0.015 0.001 0.047 0.178 0.318 0.057 0.001 0.001 0.002 0.370 42 G 0.028 0.009 0.001 0.031 0.076 0.138 0.078 0.001 0.001 0.011 0.627 43 R 0.127 0.015 0.008 0.041 0.075 0.107 0.180 0.001 0.001 0.008 0.439 44 R 0.074 0.013 0.003 0.039 0.089 0.105 0.173 0.001 0.001 0.008 0.496 45 Y 0.042 0.026 0.004 0.057 0.181 0.261 0.078 0.001 0.001 0.003 0.346 46 Y 0.040 0.029 0.002 0.079 0.225 0.322 0.041 0.001 0.001 0.003 0.258 47 I 0.025 0.032 0.001 0.065 0.324 0.310 0.043 0.001 0.001 0.003 0.197 48 E 0.017 0.042 0.001 0.043 0.147 0.243 0.092 0.002 0.001 0.004 0.409 49 G 0.087 0.030 0.003 0.048 0.093 0.202 0.062 0.005 0.001 0.017 0.453 50 R 0.137 0.021 0.017 0.066 0.098 0.102 0.206 0.003 0.001 0.008 0.342 51 E 0.032 0.006 0.005 0.032 0.029 0.046 0.108 0.002 0.001 0.003 0.736 52 I 0.055 0.019 0.004 0.120 0.172 0.348 0.047 0.001 0.001 0.004 0.230 53 D 0.023 0.032 0.002 0.078 0.090 0.101 0.157 0.002 0.001 0.005 0.511 54 L 0.078 0.041 0.003 0.094 0.097 0.166 0.072 0.002 0.001 0.009 0.437 55 G 0.063 0.040 0.004 0.056 0.043 0.083 0.238 0.004 0.001 0.014 0.455 56 Y 0.214 0.032 0.012 0.055 0.030 0.057 0.180 0.003 0.001 0.013 0.406 57 G 0.068 0.048 0.007 0.045 0.052 0.081 0.114 0.003 0.001 0.015 0.567 58 E 0.061 0.036 0.010 0.036 0.043 0.061 0.201 0.002 0.001 0.007 0.543 59 A 0.079 0.066 0.006 0.040 0.076 0.116 0.116 0.003 0.001 0.006 0.493 60 T 0.066 0.096 0.003 0.035 0.134 0.272 0.097 0.002 0.001 0.005 0.289 61 K 0.099 0.106 0.005 0.042 0.100 0.163 0.060 0.003 0.001 0.006 0.415 62 I 0.044 0.114 0.007 0.046 0.233 0.227 0.060 0.002 0.001 0.003 0.265 63 W 0.017 0.102 0.003 0.049 0.308 0.323 0.042 0.001 0.001 0.002 0.155 64 V 0.015 0.109 0.002 0.041 0.259 0.418 0.016 0.001 0.001 0.001 0.140 65 R 0.015 0.121 0.001 0.039 0.318 0.357 0.025 0.002 0.001 0.002 0.122 66 R 0.045 0.101 0.003 0.034 0.147 0.200 0.043 0.006 0.001 0.002 0.420 67 V 0.052 0.077 0.005 0.038 0.138 0.276 0.035 0.004 0.001 0.002 0.374