# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.157 0.235 0.228 0.179 0.048 0.072 0.037 0.004 0.034 0.002 0.003 2 L 0.027 0.210 0.588 0.005 0.024 0.011 0.003 0.001 0.130 0.001 0.001 3 P 0.151 0.006 0.780 0.009 0.002 0.013 0.002 0.001 0.002 0.001 0.033 4 L 0.169 0.387 0.286 0.055 0.048 0.027 0.006 0.004 0.018 0.001 0.001 5 I 0.069 0.631 0.212 0.019 0.027 0.022 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 6 L 0.081 0.441 0.335 0.031 0.035 0.055 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 7 A 0.202 0.317 0.270 0.049 0.082 0.034 0.008 0.002 0.027 0.008 0.001 8 D 0.306 0.124 0.213 0.170 0.047 0.041 0.042 0.010 0.038 0.009 0.001 9 D 0.123 0.048 0.171 0.383 0.033 0.022 0.176 0.022 0.017 0.007 0.001 10 G 0.031 0.010 0.035 0.017 0.063 0.005 0.071 0.549 0.002 0.216 0.001 11 T 0.165 0.290 0.339 0.101 0.049 0.026 0.009 0.001 0.016 0.002 0.001 12 Y 0.095 0.448 0.227 0.042 0.128 0.027 0.012 0.003 0.016 0.002 0.001 13 E 0.140 0.440 0.271 0.030 0.052 0.043 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 14 I 0.148 0.476 0.247 0.031 0.022 0.040 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 15 T 0.223 0.458 0.142 0.052 0.078 0.029 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 16 K 0.252 0.262 0.189 0.076 0.088 0.066 0.029 0.008 0.024 0.006 0.001 17 L 0.284 0.284 0.245 0.089 0.025 0.024 0.014 0.002 0.030 0.002 0.001 18 N 0.137 0.061 0.156 0.356 0.032 0.041 0.167 0.010 0.034 0.005 0.001 19 G 0.035 0.007 0.049 0.052 0.072 0.005 0.171 0.395 0.003 0.211 0.001 20 G 0.116 0.017 0.107 0.038 0.133 0.013 0.055 0.211 0.003 0.307 0.001 21 R 0.287 0.208 0.298 0.099 0.049 0.032 0.009 0.001 0.013 0.003 0.002 22 R 0.273 0.391 0.142 0.051 0.092 0.028 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 23 F 0.256 0.443 0.126 0.040 0.074 0.043 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 24 L 0.357 0.362 0.142 0.035 0.025 0.044 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 25 F 0.413 0.297 0.134 0.041 0.043 0.042 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 26 R 0.419 0.249 0.114 0.069 0.041 0.073 0.012 0.001 0.021 0.001 0.001 27 M 0.385 0.186 0.240 0.093 0.024 0.042 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 28 K 0.641 0.077 0.117 0.101 0.025 0.013 0.013 0.001 0.007 0.002 0.001 29 N 0.255 0.074 0.096 0.228 0.046 0.064 0.161 0.029 0.041 0.005 0.001 30 L 0.270 0.101 0.208 0.339 0.021 0.013 0.033 0.002 0.012 0.001 0.001 31 G 0.104 0.031 0.112 0.039 0.141 0.022 0.085 0.309 0.007 0.150 0.001 32 I 0.121 0.434 0.338 0.028 0.041 0.021 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 33 E 0.224 0.335 0.238 0.071 0.051 0.047 0.007 0.001 0.022 0.002 0.001 34 S 0.124 0.173 0.193 0.310 0.103 0.020 0.051 0.005 0.016 0.005 0.001 35 G 0.018 0.009 0.033 0.010 0.105 0.005 0.071 0.516 0.004 0.229 0.001 36 K 0.132 0.291 0.414 0.064 0.052 0.018 0.011 0.002 0.012 0.002 0.002 37 K 0.063 0.412 0.321 0.057 0.052 0.046 0.017 0.003 0.024 0.001 0.003 38 I 0.016 0.799 0.120 0.009 0.037 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 39 Q 0.029 0.545 0.293 0.011 0.036 0.053 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 40 V 0.028 0.743 0.134 0.014 0.036 0.023 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 41 S 0.066 0.352 0.254 0.103 0.111 0.044 0.028 0.002 0.038 0.003 0.001 42 G 0.026 0.034 0.067 0.017 0.266 0.012 0.068 0.314 0.007 0.189 0.001 43 R 0.098 0.395 0.308 0.063 0.079 0.025 0.011 0.002 0.015 0.002 0.001 44 R 0.062 0.531 0.225 0.045 0.083 0.028 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 45 Y 0.029 0.739 0.097 0.018 0.089 0.015 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 46 Y 0.024 0.699 0.149 0.013 0.051 0.036 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 47 I 0.025 0.733 0.164 0.011 0.029 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 48 E 0.086 0.279 0.352 0.120 0.063 0.045 0.021 0.001 0.031 0.002 0.001 49 G 0.031 0.022 0.060 0.014 0.183 0.011 0.056 0.360 0.009 0.253 0.001 50 R 0.178 0.338 0.281 0.060 0.093 0.021 0.012 0.002 0.012 0.003 0.001 51 E 0.117 0.310 0.301 0.080 0.062 0.076 0.022 0.005 0.020 0.003 0.002 52 I 0.059 0.729 0.130 0.017 0.036 0.012 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 53 D 0.128 0.180 0.311 0.052 0.030 0.198 0.014 0.002 0.082 0.001 0.002 54 L 0.275 0.194 0.220 0.208 0.043 0.026 0.014 0.001 0.015 0.003 0.001 55 G 0.137 0.024 0.077 0.046 0.131 0.021 0.090 0.208 0.009 0.257 0.001 56 Y 0.216 0.166 0.236 0.188 0.090 0.029 0.041 0.003 0.024 0.007 0.001 57 G 0.158 0.045 0.173 0.044 0.163 0.020 0.071 0.094 0.010 0.222 0.001 58 E 0.375 0.191 0.225 0.091 0.057 0.037 0.009 0.002 0.010 0.002 0.001 59 A 0.378 0.163 0.240 0.107 0.038 0.040 0.010 0.002 0.018 0.002 0.002 60 T 0.362 0.235 0.138 0.146 0.071 0.019 0.017 0.002 0.009 0.001 0.001 61 K 0.197 0.317 0.177 0.093 0.083 0.042 0.054 0.007 0.029 0.001 0.001 62 I 0.054 0.776 0.097 0.010 0.045 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 63 W 0.106 0.505 0.216 0.019 0.036 0.091 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 64 V 0.097 0.610 0.171 0.019 0.025 0.046 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 65 R 0.202 0.476 0.123 0.045 0.083 0.043 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 66 R 0.150 0.337 0.205 0.083 0.096 0.066 0.027 0.004 0.031 0.002 0.001 67 V 0.185 0.428 0.216 0.065 0.040 0.030 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001