# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.154 0.121 0.065 0.020 0.178 0.018 0.052 0.075 0.061 0.185 0.071 2 L 0.142 0.351 0.096 0.008 0.289 0.007 0.010 0.029 0.020 0.018 0.031 3 P 0.129 0.263 0.041 0.009 0.339 0.021 0.046 0.062 0.036 0.020 0.034 4 L 0.305 0.083 0.010 0.003 0.512 0.003 0.007 0.024 0.015 0.011 0.028 5 I 0.177 0.162 0.025 0.009 0.454 0.020 0.025 0.046 0.016 0.020 0.047 6 L 0.239 0.140 0.050 0.020 0.348 0.021 0.024 0.036 0.014 0.039 0.070 7 A 0.071 0.160 0.178 0.097 0.094 0.047 0.055 0.138 0.076 0.050 0.034 8 D 0.029 0.040 0.053 0.079 0.041 0.079 0.141 0.231 0.127 0.138 0.042 9 D 0.049 0.318 0.162 0.085 0.103 0.038 0.044 0.038 0.041 0.098 0.025 10 G 0.043 0.073 0.085 0.087 0.065 0.056 0.028 0.067 0.071 0.309 0.115 11 T 0.128 0.262 0.076 0.019 0.213 0.011 0.032 0.071 0.059 0.074 0.056 12 Y 0.183 0.219 0.042 0.008 0.395 0.015 0.015 0.039 0.027 0.021 0.037 13 E 0.176 0.183 0.029 0.010 0.441 0.012 0.029 0.052 0.020 0.017 0.031 14 I 0.399 0.076 0.012 0.005 0.346 0.006 0.007 0.038 0.025 0.019 0.069 15 T 0.088 0.248 0.092 0.022 0.294 0.049 0.052 0.073 0.029 0.025 0.028 16 K 0.283 0.116 0.049 0.011 0.297 0.009 0.026 0.049 0.023 0.057 0.080 17 L 0.118 0.165 0.110 0.076 0.159 0.055 0.070 0.066 0.040 0.074 0.066 18 N 0.034 0.081 0.112 0.342 0.040 0.152 0.108 0.036 0.022 0.050 0.022 19 G 0.027 0.055 0.090 0.402 0.034 0.059 0.032 0.044 0.049 0.169 0.038 20 G 0.059 0.106 0.099 0.120 0.090 0.034 0.019 0.141 0.099 0.178 0.054 21 R 0.081 0.129 0.043 0.013 0.155 0.018 0.035 0.275 0.134 0.077 0.041 22 R 0.140 0.152 0.030 0.006 0.266 0.015 0.028 0.226 0.076 0.030 0.032 23 F 0.162 0.117 0.020 0.006 0.302 0.012 0.030 0.243 0.054 0.026 0.027 24 L 0.229 0.058 0.010 0.006 0.240 0.010 0.016 0.299 0.064 0.021 0.047 25 F 0.105 0.130 0.031 0.010 0.252 0.020 0.033 0.307 0.055 0.028 0.029 26 R 0.119 0.135 0.043 0.011 0.181 0.011 0.041 0.299 0.053 0.055 0.053 27 M 0.136 0.093 0.030 0.015 0.153 0.020 0.033 0.297 0.123 0.057 0.043 28 K 0.027 0.091 0.034 0.024 0.054 0.069 0.169 0.369 0.118 0.032 0.012 29 N 0.114 0.030 0.031 0.024 0.081 0.019 0.050 0.159 0.080 0.267 0.145 30 L 0.034 0.479 0.197 0.024 0.135 0.017 0.020 0.031 0.021 0.026 0.015 31 G 0.153 0.135 0.061 0.044 0.203 0.028 0.029 0.047 0.027 0.133 0.140 32 I 0.197 0.155 0.055 0.026 0.240 0.013 0.020 0.093 0.067 0.055 0.079 33 E 0.064 0.066 0.098 0.093 0.088 0.174 0.130 0.162 0.056 0.039 0.031 34 S 0.042 0.172 0.118 0.157 0.068 0.068 0.137 0.113 0.060 0.046 0.020 35 G 0.057 0.042 0.064 0.143 0.044 0.032 0.012 0.033 0.040 0.375 0.159 36 K 0.046 0.385 0.143 0.024 0.216 0.022 0.038 0.034 0.030 0.040 0.021 37 K 0.331 0.102 0.014 0.004 0.420 0.006 0.010 0.011 0.012 0.015 0.076 38 I 0.173 0.223 0.033 0.007 0.508 0.008 0.008 0.008 0.006 0.006 0.021 39 Q 0.307 0.108 0.017 0.004 0.494 0.005 0.009 0.009 0.003 0.005 0.040 40 V 0.298 0.117 0.048 0.039 0.225 0.038 0.023 0.024 0.016 0.032 0.141 41 S 0.046 0.106 0.083 0.259 0.065 0.177 0.147 0.032 0.020 0.043 0.021 42 G 0.081 0.087 0.122 0.213 0.088 0.033 0.014 0.027 0.033 0.219 0.084 43 R 0.127 0.224 0.074 0.029 0.294 0.023 0.026 0.055 0.053 0.055 0.041 44 R 0.219 0.171 0.038 0.010 0.341 0.017 0.022 0.035 0.033 0.028 0.087 45 Y 0.157 0.257 0.049 0.007 0.421 0.013 0.023 0.019 0.012 0.013 0.029 46 Y 0.323 0.107 0.018 0.005 0.439 0.006 0.010 0.020 0.008 0.011 0.052 47 I 0.243 0.133 0.063 0.054 0.212 0.057 0.033 0.035 0.019 0.034 0.117 48 E 0.034 0.094 0.080 0.258 0.051 0.192 0.184 0.042 0.018 0.027 0.019 49 G 0.073 0.058 0.091 0.210 0.066 0.025 0.013 0.026 0.033 0.298 0.104 50 R 0.056 0.284 0.131 0.031 0.198 0.022 0.021 0.086 0.075 0.061 0.033 51 E 0.235 0.129 0.026 0.006 0.410 0.010 0.019 0.048 0.038 0.035 0.045 52 I 0.167 0.263 0.050 0.012 0.323 0.021 0.021 0.040 0.028 0.023 0.052 53 D 0.223 0.121 0.066 0.020 0.311 0.027 0.041 0.056 0.019 0.044 0.074 54 L 0.081 0.253 0.160 0.042 0.143 0.032 0.043 0.088 0.068 0.057 0.032 55 G 0.072 0.109 0.148 0.141 0.083 0.072 0.074 0.096 0.044 0.111 0.050 56 Y 0.061 0.144 0.069 0.098 0.110 0.034 0.058 0.133 0.106 0.141 0.046 57 G 0.042 0.110 0.142 0.156 0.069 0.070 0.030 0.134 0.097 0.111 0.037 58 E 0.054 0.089 0.047 0.025 0.097 0.019 0.052 0.310 0.150 0.119 0.039 59 A 0.163 0.087 0.028 0.011 0.155 0.013 0.025 0.205 0.129 0.117 0.066 60 T 0.064 0.167 0.061 0.019 0.159 0.042 0.051 0.278 0.087 0.046 0.026 61 K 0.230 0.097 0.019 0.007 0.301 0.010 0.032 0.169 0.054 0.038 0.044 62 I 0.172 0.168 0.029 0.005 0.418 0.011 0.018 0.107 0.029 0.017 0.026 63 W 0.241 0.100 0.013 0.006 0.392 0.010 0.029 0.120 0.022 0.018 0.049 64 V 0.287 0.096 0.015 0.008 0.329 0.010 0.014 0.106 0.046 0.025 0.065 65 R 0.097 0.174 0.054 0.021 0.254 0.050 0.085 0.149 0.043 0.037 0.035 66 R 0.231 0.144 0.051 0.011 0.321 0.010 0.027 0.072 0.029 0.047 0.058 67 V 0.164 0.200 0.056 0.022 0.269 0.025 0.029 0.082 0.051 0.046 0.056