# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.049 0.180 0.249 0.363 0.002 0.017 0.004 0.003 0.016 0.001 0.011 0.024 0.033 0.001 0.003 0.043 2 L 0.057 0.019 0.287 0.489 0.002 0.091 0.004 0.002 0.003 0.001 0.005 0.008 0.025 0.001 0.001 0.007 3 P 0.008 0.071 0.287 0.553 0.002 0.050 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.013 0.001 0.001 0.002 4 L 0.003 0.021 0.014 0.928 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 5 I 0.003 0.022 0.104 0.810 0.011 0.022 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.001 0.001 0.002 6 L 0.002 0.027 0.058 0.744 0.060 0.071 0.004 0.008 0.001 0.001 0.004 0.002 0.013 0.001 0.001 0.003 7 A 0.004 0.035 0.023 0.263 0.170 0.375 0.010 0.044 0.003 0.004 0.033 0.009 0.017 0.003 0.003 0.002 8 D 0.003 0.058 0.006 0.044 0.414 0.076 0.069 0.058 0.014 0.010 0.130 0.018 0.008 0.086 0.004 0.003 9 D 0.015 0.078 0.021 0.067 0.002 0.014 0.002 0.480 0.017 0.004 0.026 0.036 0.008 0.001 0.225 0.006 10 G 0.031 0.020 0.097 0.046 0.002 0.027 0.009 0.002 0.212 0.285 0.028 0.033 0.031 0.002 0.002 0.174 11 T 0.635 0.052 0.110 0.105 0.001 0.016 0.002 0.003 0.002 0.001 0.017 0.020 0.025 0.001 0.005 0.005 12 Y 0.007 0.057 0.386 0.447 0.001 0.036 0.002 0.002 0.003 0.001 0.009 0.016 0.020 0.001 0.001 0.011 13 E 0.007 0.031 0.129 0.744 0.007 0.050 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.015 0.001 0.001 0.004 14 I 0.004 0.016 0.054 0.624 0.016 0.201 0.006 0.004 0.001 0.001 0.022 0.007 0.039 0.003 0.001 0.002 15 T 0.002 0.168 0.055 0.566 0.009 0.039 0.004 0.021 0.003 0.002 0.014 0.034 0.075 0.001 0.003 0.003 16 K 0.006 0.019 0.038 0.523 0.179 0.086 0.012 0.011 0.010 0.005 0.019 0.010 0.060 0.006 0.001 0.015 17 L 0.009 0.012 0.045 0.034 0.588 0.039 0.093 0.025 0.002 0.003 0.032 0.010 0.018 0.081 0.005 0.003 18 N 0.002 0.037 0.021 0.028 0.166 0.043 0.087 0.382 0.007 0.015 0.030 0.019 0.014 0.039 0.102 0.005 19 G 0.022 0.045 0.018 0.062 0.006 0.023 0.008 0.203 0.145 0.140 0.075 0.030 0.036 0.002 0.109 0.075 20 G 0.292 0.023 0.025 0.033 0.002 0.024 0.004 0.005 0.176 0.120 0.067 0.095 0.068 0.002 0.004 0.060 21 R 0.278 0.091 0.135 0.103 0.001 0.031 0.003 0.006 0.006 0.002 0.049 0.116 0.161 0.002 0.007 0.009 22 R 0.012 0.086 0.324 0.341 0.001 0.047 0.003 0.001 0.003 0.001 0.012 0.047 0.101 0.001 0.002 0.018 23 F 0.017 0.021 0.202 0.448 0.002 0.093 0.007 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.171 0.001 0.001 0.007 24 L 0.003 0.052 0.108 0.646 0.004 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.135 0.002 0.001 0.003 25 F 0.001 0.016 0.035 0.763 0.010 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.118 0.002 0.002 0.002 26 R 0.002 0.026 0.065 0.624 0.025 0.048 0.007 0.009 0.004 0.001 0.011 0.009 0.148 0.003 0.003 0.013 27 M 0.008 0.018 0.023 0.245 0.162 0.206 0.063 0.021 0.006 0.007 0.036 0.017 0.139 0.039 0.004 0.007 28 K 0.007 0.142 0.030 0.177 0.015 0.072 0.007 0.291 0.006 0.005 0.052 0.026 0.091 0.004 0.069 0.007 29 N 0.006 0.034 0.009 0.053 0.121 0.044 0.153 0.006 0.095 0.054 0.058 0.025 0.036 0.268 0.004 0.033 30 L 0.136 0.036 0.139 0.083 0.001 0.004 0.003 0.146 0.002 0.001 0.018 0.018 0.049 0.001 0.357 0.006 31 G 0.011 0.013 0.208 0.124 0.006 0.054 0.009 0.001 0.086 0.160 0.007 0.018 0.058 0.002 0.001 0.240 32 I 0.292 0.022 0.056 0.124 0.071 0.120 0.021 0.007 0.001 0.001 0.105 0.018 0.147 0.006 0.004 0.005 33 E 0.001 0.062 0.019 0.033 0.477 0.028 0.106 0.023 0.002 0.003 0.026 0.028 0.010 0.180 0.002 0.002 34 S 0.005 0.021 0.015 0.067 0.004 0.024 0.006 0.409 0.010 0.003 0.020 0.018 0.024 0.002 0.366 0.006 35 G 0.006 0.018 0.057 0.039 0.003 0.014 0.006 0.002 0.459 0.091 0.025 0.018 0.025 0.003 0.001 0.232 36 K 0.826 0.031 0.024 0.065 0.001 0.005 0.001 0.003 0.003 0.001 0.007 0.011 0.014 0.001 0.004 0.004 37 K 0.007 0.035 0.748 0.166 0.001 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.014 38 I 0.020 0.013 0.226 0.715 0.003 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 39 Q 0.002 0.015 0.099 0.694 0.051 0.116 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 40 V 0.001 0.007 0.004 0.147 0.735 0.038 0.018 0.010 0.001 0.001 0.021 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 41 S 0.001 0.063 0.008 0.140 0.013 0.046 0.001 0.641 0.005 0.003 0.015 0.025 0.003 0.001 0.033 0.001 42 G 0.007 0.029 0.019 0.144 0.008 0.031 0.004 0.009 0.466 0.139 0.052 0.017 0.011 0.002 0.002 0.061 43 R 0.557 0.082 0.060 0.139 0.003 0.029 0.002 0.009 0.011 0.003 0.026 0.048 0.019 0.001 0.005 0.006 44 R 0.017 0.087 0.477 0.313 0.002 0.028 0.003 0.003 0.007 0.003 0.008 0.017 0.020 0.001 0.002 0.014 45 Y 0.020 0.023 0.192 0.691 0.003 0.036 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.001 0.001 0.005 46 Y 0.004 0.029 0.160 0.667 0.025 0.063 0.005 0.002 0.002 0.001 0.008 0.005 0.022 0.001 0.001 0.005 47 I 0.001 0.005 0.010 0.113 0.781 0.014 0.034 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 48 E 0.001 0.033 0.013 0.177 0.016 0.059 0.002 0.622 0.003 0.002 0.009 0.009 0.007 0.001 0.046 0.001 49 G 0.005 0.016 0.012 0.086 0.007 0.067 0.004 0.010 0.417 0.225 0.075 0.015 0.016 0.001 0.002 0.040 50 R 0.548 0.096 0.030 0.137 0.002 0.011 0.001 0.008 0.009 0.004 0.048 0.072 0.024 0.001 0.005 0.004 51 E 0.028 0.058 0.366 0.308 0.011 0.081 0.008 0.003 0.014 0.003 0.012 0.041 0.035 0.003 0.001 0.028 52 I 0.019 0.032 0.385 0.399 0.009 0.030 0.008 0.009 0.001 0.001 0.015 0.013 0.066 0.001 0.005 0.006 53 D 0.002 0.023 0.029 0.164 0.298 0.225 0.103 0.010 0.004 0.009 0.017 0.014 0.057 0.039 0.001 0.005 54 L 0.009 0.037 0.022 0.202 0.010 0.036 0.005 0.366 0.003 0.001 0.173 0.016 0.065 0.002 0.051 0.003 55 G 0.004 0.029 0.020 0.052 0.147 0.044 0.102 0.007 0.122 0.179 0.032 0.124 0.022 0.089 0.002 0.025 56 Y 0.230 0.032 0.081 0.078 0.002 0.021 0.005 0.154 0.003 0.001 0.043 0.023 0.071 0.001 0.248 0.007 57 G 0.008 0.026 0.104 0.062 0.006 0.082 0.012 0.003 0.089 0.260 0.059 0.073 0.120 0.004 0.002 0.090 58 E 0.277 0.098 0.053 0.138 0.005 0.081 0.005 0.009 0.003 0.001 0.093 0.069 0.149 0.003 0.007 0.010 59 A 0.007 0.062 0.146 0.162 0.004 0.201 0.012 0.006 0.010 0.004 0.061 0.141 0.159 0.006 0.004 0.015 60 T 0.015 0.239 0.210 0.261 0.001 0.027 0.006 0.005 0.003 0.001 0.018 0.047 0.147 0.001 0.009 0.011 61 K 0.009 0.023 0.132 0.684 0.001 0.022 0.002 0.001 0.004 0.001 0.009 0.009 0.082 0.001 0.001 0.021 62 I 0.019 0.017 0.408 0.430 0.002 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.069 0.001 0.001 0.004 63 W 0.001 0.032 0.070 0.808 0.004 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.037 0.001 0.001 0.003 64 V 0.002 0.018 0.022 0.731 0.016 0.132 0.005 0.004 0.001 0.001 0.009 0.004 0.052 0.002 0.001 0.002 65 R 0.002 0.111 0.048 0.669 0.009 0.049 0.002 0.021 0.003 0.002 0.014 0.010 0.053 0.001 0.003 0.005 66 R 0.008 0.042 0.032 0.535 0.083 0.133 0.019 0.006 0.013 0.006 0.023 0.018 0.052 0.012 0.002 0.015 67 V 0.034 0.088 0.179 0.262 0.030 0.096 0.021 0.071 0.003 0.002 0.058 0.026 0.080 0.007 0.034 0.010