# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.019 0.031 0.002 0.025 0.034 0.053 0.106 0.004 0.001 0.019 0.705 2 L 0.069 0.041 0.003 0.045 0.129 0.111 0.125 0.010 0.001 0.049 0.415 3 P 0.033 0.034 0.002 0.087 0.104 0.195 0.142 0.005 0.001 0.050 0.348 4 L 0.021 0.019 0.002 0.142 0.104 0.225 0.095 0.003 0.001 0.051 0.339 5 I 0.017 0.022 0.004 0.222 0.186 0.157 0.064 0.003 0.001 0.042 0.281 6 L 0.050 0.015 0.005 0.158 0.122 0.209 0.076 0.006 0.002 0.083 0.275 7 A 0.109 0.008 0.002 0.053 0.046 0.049 0.109 0.006 0.001 0.118 0.499 8 D 0.119 0.018 0.001 0.053 0.037 0.036 0.113 0.004 0.001 0.078 0.538 9 D 0.019 0.022 0.001 0.019 0.017 0.021 0.092 0.001 0.001 0.027 0.780 10 G 0.021 0.090 0.001 0.030 0.052 0.083 0.065 0.003 0.001 0.038 0.616 11 T 0.032 0.026 0.001 0.028 0.093 0.205 0.077 0.004 0.001 0.219 0.315 12 Y 0.011 0.064 0.002 0.049 0.203 0.169 0.078 0.002 0.001 0.126 0.296 13 E 0.025 0.117 0.002 0.069 0.221 0.219 0.052 0.002 0.001 0.066 0.227 14 I 0.034 0.049 0.003 0.043 0.192 0.272 0.040 0.003 0.001 0.108 0.254 15 T 0.034 0.038 0.006 0.035 0.154 0.254 0.074 0.002 0.002 0.088 0.313 16 K 0.074 0.043 0.010 0.024 0.084 0.151 0.117 0.005 0.003 0.071 0.418 17 L 0.183 0.041 0.005 0.017 0.042 0.045 0.103 0.009 0.002 0.059 0.494 18 N 0.122 0.053 0.002 0.013 0.021 0.028 0.117 0.005 0.001 0.052 0.585 19 G 0.025 0.091 0.002 0.016 0.023 0.034 0.103 0.003 0.001 0.036 0.665 20 G 0.027 0.183 0.003 0.026 0.055 0.090 0.095 0.006 0.001 0.054 0.459 21 R 0.038 0.227 0.004 0.035 0.101 0.151 0.071 0.008 0.001 0.080 0.283 22 R 0.022 0.255 0.004 0.037 0.127 0.128 0.059 0.005 0.001 0.095 0.267 23 F 0.021 0.500 0.004 0.040 0.096 0.121 0.029 0.005 0.001 0.050 0.133 24 L 0.021 0.519 0.005 0.043 0.080 0.107 0.027 0.004 0.002 0.068 0.124 25 F 0.021 0.228 0.012 0.041 0.135 0.199 0.039 0.005 0.003 0.159 0.158 26 R 0.076 0.184 0.024 0.031 0.067 0.088 0.072 0.010 0.008 0.237 0.203 27 M 0.278 0.097 0.043 0.041 0.051 0.058 0.047 0.017 0.014 0.127 0.226 28 K 0.230 0.038 0.004 0.032 0.031 0.053 0.105 0.010 0.003 0.037 0.456 29 N 0.035 0.025 0.001 0.040 0.023 0.059 0.065 0.003 0.001 0.023 0.725 30 L 0.007 0.010 0.002 0.054 0.075 0.057 0.147 0.001 0.001 0.045 0.601 31 G 0.046 0.015 0.010 0.059 0.061 0.180 0.177 0.009 0.003 0.110 0.330 32 I 0.218 0.008 0.004 0.023 0.035 0.033 0.070 0.005 0.001 0.038 0.565 33 E 0.226 0.005 0.001 0.040 0.030 0.031 0.086 0.003 0.001 0.030 0.548 34 S 0.012 0.003 0.001 0.015 0.010 0.031 0.086 0.001 0.001 0.013 0.829 35 G 0.008 0.006 0.001 0.026 0.038 0.066 0.128 0.001 0.001 0.027 0.698 36 K 0.016 0.008 0.001 0.079 0.149 0.325 0.065 0.001 0.001 0.035 0.322 37 K 0.004 0.003 0.001 0.061 0.135 0.234 0.074 0.001 0.001 0.062 0.425 38 I 0.003 0.005 0.001 0.157 0.261 0.222 0.078 0.001 0.001 0.047 0.225 39 Q 0.024 0.014 0.001 0.128 0.145 0.266 0.061 0.001 0.001 0.059 0.300 40 V 0.088 0.023 0.002 0.071 0.136 0.165 0.052 0.003 0.001 0.053 0.407 41 S 0.030 0.030 0.001 0.038 0.089 0.156 0.092 0.001 0.001 0.030 0.531 42 G 0.026 0.054 0.002 0.041 0.078 0.201 0.105 0.003 0.001 0.048 0.442 43 R 0.030 0.038 0.001 0.068 0.146 0.302 0.092 0.004 0.001 0.049 0.270 44 R 0.009 0.034 0.002 0.082 0.209 0.249 0.067 0.002 0.001 0.044 0.301 45 Y 0.006 0.019 0.004 0.084 0.278 0.313 0.062 0.002 0.001 0.037 0.194 46 Y 0.041 0.025 0.005 0.075 0.163 0.328 0.059 0.005 0.002 0.058 0.239 47 I 0.124 0.042 0.005 0.070 0.160 0.138 0.061 0.007 0.002 0.047 0.343 48 E 0.046 0.057 0.002 0.051 0.092 0.138 0.106 0.005 0.001 0.029 0.473 49 G 0.044 0.061 0.002 0.049 0.063 0.142 0.104 0.005 0.001 0.060 0.468 50 R 0.033 0.052 0.005 0.096 0.140 0.172 0.098 0.006 0.001 0.065 0.332 51 E 0.025 0.030 0.008 0.100 0.128 0.189 0.108 0.006 0.002 0.064 0.340 52 I 0.067 0.032 0.005 0.088 0.113 0.127 0.108 0.009 0.001 0.045 0.405 53 D 0.089 0.031 0.003 0.102 0.072 0.100 0.092 0.010 0.002 0.051 0.448 54 L 0.049 0.037 0.003 0.061 0.051 0.052 0.081 0.006 0.002 0.034 0.626 55 G 0.073 0.101 0.003 0.041 0.042 0.063 0.071 0.011 0.002 0.042 0.551 56 Y 0.085 0.050 0.003 0.027 0.029 0.037 0.123 0.009 0.001 0.177 0.459 57 G 0.042 0.090 0.010 0.038 0.048 0.047 0.120 0.006 0.003 0.170 0.426 58 E 0.093 0.156 0.008 0.044 0.056 0.063 0.083 0.007 0.002 0.081 0.406 59 A 0.038 0.088 0.005 0.036 0.079 0.094 0.069 0.007 0.001 0.069 0.513 60 T 0.024 0.086 0.003 0.051 0.129 0.243 0.089 0.004 0.001 0.056 0.315 61 K 0.016 0.057 0.002 0.053 0.155 0.372 0.061 0.003 0.001 0.058 0.223 62 I 0.010 0.031 0.003 0.053 0.353 0.270 0.040 0.002 0.001 0.045 0.193 63 W 0.026 0.020 0.002 0.041 0.214 0.377 0.050 0.003 0.001 0.059 0.206 64 V 0.035 0.011 0.002 0.038 0.183 0.232 0.054 0.002 0.001 0.058 0.385 65 R 0.019 0.005 0.001 0.045 0.175 0.255 0.073 0.001 0.001 0.035 0.391 66 R 0.014 0.007 0.001 0.032 0.096 0.195 0.078 0.001 0.001 0.033 0.543 67 V 0.021 0.010 0.001 0.026 0.106 0.112 0.114 0.002 0.001 0.038 0.569