# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.385 0.194 0.066 0.140 0.078 0.044 0.043 0.024 0.014 0.008 0.005 2 L 0.009 0.010 0.009 0.021 0.032 0.057 0.111 0.123 0.231 0.218 0.179 3 P 0.072 0.123 0.061 0.189 0.171 0.120 0.111 0.068 0.044 0.026 0.015 4 L 0.011 0.013 0.028 0.053 0.071 0.105 0.161 0.152 0.167 0.142 0.097 5 I 0.014 0.015 0.025 0.054 0.075 0.106 0.175 0.159 0.156 0.130 0.089 6 L 0.006 0.009 0.014 0.036 0.045 0.069 0.141 0.148 0.213 0.198 0.122 7 A 0.016 0.024 0.033 0.068 0.089 0.118 0.178 0.135 0.147 0.115 0.076 8 D 0.130 0.180 0.101 0.186 0.123 0.092 0.093 0.041 0.029 0.017 0.008 9 D 0.245 0.189 0.061 0.163 0.110 0.075 0.068 0.040 0.024 0.016 0.010 10 G 0.423 0.158 0.032 0.082 0.066 0.057 0.072 0.046 0.031 0.020 0.012 11 T 0.230 0.194 0.060 0.173 0.108 0.077 0.066 0.039 0.026 0.016 0.009 12 Y 0.042 0.034 0.033 0.056 0.073 0.138 0.176 0.132 0.139 0.109 0.068 13 E 0.106 0.196 0.107 0.253 0.147 0.077 0.059 0.029 0.014 0.007 0.004 14 I 0.011 0.008 0.014 0.026 0.039 0.066 0.137 0.157 0.203 0.205 0.135 15 T 0.062 0.090 0.085 0.198 0.163 0.124 0.112 0.071 0.047 0.033 0.015 16 K 0.054 0.104 0.115 0.237 0.164 0.116 0.095 0.054 0.033 0.019 0.009 17 L 0.028 0.023 0.023 0.035 0.050 0.095 0.169 0.152 0.157 0.148 0.119 18 N 0.202 0.257 0.081 0.173 0.105 0.061 0.056 0.029 0.019 0.011 0.006 19 G 0.422 0.154 0.048 0.112 0.076 0.049 0.056 0.036 0.023 0.014 0.009 20 G 0.292 0.127 0.041 0.109 0.087 0.074 0.091 0.060 0.054 0.041 0.023 21 R 0.080 0.108 0.051 0.169 0.141 0.138 0.139 0.078 0.052 0.031 0.013 22 R 0.039 0.063 0.071 0.170 0.166 0.171 0.134 0.084 0.051 0.034 0.017 23 F 0.005 0.010 0.017 0.027 0.040 0.096 0.188 0.162 0.194 0.164 0.096 24 L 0.007 0.011 0.023 0.066 0.091 0.122 0.191 0.148 0.154 0.117 0.069 25 F 0.016 0.012 0.047 0.047 0.061 0.098 0.176 0.138 0.165 0.158 0.082 26 R 0.014 0.042 0.088 0.204 0.176 0.152 0.151 0.075 0.053 0.030 0.014 27 M 0.005 0.007 0.011 0.017 0.027 0.051 0.123 0.148 0.209 0.228 0.173 28 K 0.050 0.086 0.099 0.201 0.190 0.127 0.113 0.063 0.038 0.021 0.013 29 N 0.127 0.145 0.154 0.191 0.122 0.090 0.079 0.042 0.024 0.017 0.008 30 L 0.027 0.018 0.017 0.036 0.052 0.105 0.179 0.152 0.173 0.145 0.096 31 G 0.251 0.271 0.068 0.160 0.088 0.048 0.052 0.029 0.018 0.010 0.006 32 I 0.034 0.019 0.032 0.051 0.072 0.096 0.169 0.140 0.152 0.121 0.113 33 E 0.201 0.274 0.136 0.168 0.102 0.052 0.035 0.016 0.009 0.005 0.003 34 S 0.100 0.151 0.055 0.171 0.136 0.114 0.127 0.073 0.040 0.021 0.011 35 G 0.430 0.110 0.039 0.084 0.073 0.057 0.067 0.053 0.038 0.030 0.019 36 K 0.202 0.177 0.091 0.210 0.114 0.077 0.066 0.032 0.017 0.009 0.003 37 K 0.075 0.132 0.110 0.268 0.171 0.104 0.067 0.036 0.020 0.011 0.005 38 I 0.010 0.007 0.009 0.015 0.027 0.065 0.155 0.165 0.208 0.189 0.149 39 Q 0.048 0.138 0.165 0.285 0.177 0.083 0.053 0.026 0.014 0.007 0.003 40 V 0.023 0.024 0.050 0.045 0.058 0.104 0.180 0.136 0.149 0.142 0.089 41 S 0.147 0.207 0.090 0.221 0.138 0.072 0.057 0.031 0.019 0.011 0.006 42 G 0.404 0.114 0.043 0.091 0.065 0.055 0.082 0.059 0.044 0.028 0.014 43 R 0.127 0.118 0.080 0.203 0.151 0.109 0.094 0.055 0.033 0.021 0.011 44 R 0.065 0.100 0.087 0.178 0.150 0.137 0.123 0.074 0.045 0.029 0.013 45 Y 0.024 0.025 0.033 0.063 0.083 0.152 0.204 0.154 0.123 0.089 0.050 46 Y 0.037 0.054 0.066 0.131 0.122 0.118 0.172 0.117 0.090 0.058 0.033 47 I 0.020 0.018 0.029 0.036 0.047 0.082 0.159 0.128 0.184 0.180 0.117 48 E 0.105 0.193 0.120 0.257 0.156 0.066 0.050 0.025 0.015 0.008 0.004 49 G 0.207 0.095 0.053 0.098 0.087 0.093 0.123 0.089 0.071 0.055 0.028 50 R 0.159 0.127 0.056 0.164 0.130 0.113 0.111 0.064 0.040 0.024 0.013 51 E 0.142 0.198 0.088 0.198 0.120 0.087 0.072 0.044 0.026 0.017 0.008 52 I 0.026 0.016 0.018 0.035 0.051 0.099 0.163 0.149 0.182 0.153 0.107 53 D 0.130 0.240 0.106 0.207 0.115 0.070 0.063 0.032 0.020 0.012 0.006 54 L 0.025 0.018 0.025 0.052 0.070 0.111 0.164 0.146 0.166 0.133 0.090 55 G 0.324 0.222 0.081 0.140 0.084 0.049 0.043 0.026 0.016 0.010 0.006 56 Y 0.048 0.049 0.030 0.100 0.109 0.125 0.189 0.137 0.105 0.067 0.040 57 G 0.295 0.129 0.062 0.115 0.100 0.074 0.085 0.058 0.038 0.026 0.018 58 E 0.181 0.196 0.085 0.216 0.129 0.072 0.060 0.031 0.017 0.009 0.005 59 A 0.058 0.043 0.034 0.074 0.090 0.092 0.147 0.145 0.132 0.111 0.074 60 T 0.059 0.086 0.062 0.148 0.137 0.134 0.156 0.090 0.067 0.042 0.019 61 K 0.072 0.101 0.153 0.243 0.162 0.108 0.080 0.039 0.023 0.012 0.007 62 I 0.041 0.027 0.048 0.055 0.068 0.100 0.170 0.139 0.144 0.121 0.087 63 W 0.019 0.034 0.043 0.104 0.115 0.107 0.173 0.142 0.128 0.083 0.052 64 V 0.026 0.021 0.053 0.065 0.081 0.094 0.172 0.149 0.147 0.121 0.071 65 R 0.047 0.085 0.214 0.216 0.152 0.108 0.085 0.041 0.028 0.016 0.008 66 R 0.067 0.103 0.124 0.176 0.147 0.113 0.127 0.072 0.039 0.021 0.012 67 V 0.103 0.066 0.057 0.089 0.098 0.090 0.146 0.128 0.099 0.071 0.054