# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.095 0.024 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.013 0.064 0.705 2 L 0.143 0.019 0.039 0.003 0.006 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.269 0.008 0.096 0.400 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 4 L 0.017 0.003 0.002 0.001 0.024 0.011 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.010 0.004 0.459 0.003 0.067 0.367 5 I 0.040 0.012 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.058 0.167 0.050 0.009 0.359 0.003 0.059 0.223 6 L 0.037 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.032 0.003 0.192 0.032 0.015 0.008 0.284 0.004 0.040 0.304 7 A 0.011 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.265 0.019 0.005 0.007 0.003 0.001 0.002 0.384 0.004 0.041 0.181 8 D 0.015 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.004 0.140 0.402 9 D 0.018 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.014 0.102 0.786 10 G 0.170 0.009 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.110 0.181 0.421 11 T 0.224 0.009 0.077 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.012 0.287 0.293 12 Y 0.010 0.014 0.007 0.005 0.042 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.510 0.003 0.089 0.307 13 E 0.008 0.006 0.003 0.003 0.342 0.188 0.046 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.182 0.003 0.065 0.127 14 I 0.014 0.022 0.002 0.001 0.012 0.039 0.049 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.039 0.042 0.022 0.358 0.005 0.080 0.272 15 T 0.008 0.021 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.009 0.002 0.003 0.007 0.006 0.087 0.121 0.041 0.019 0.505 0.003 0.031 0.108 16 K 0.018 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.017 0.038 0.006 0.050 0.031 0.020 0.009 0.220 0.006 0.061 0.466 17 L 0.022 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.062 0.020 0.005 0.006 0.003 0.002 0.002 0.466 0.008 0.098 0.214 18 N 0.047 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.026 0.164 0.469 19 G 0.100 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.050 0.131 0.616 20 G 0.104 0.016 0.061 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.039 0.177 0.538 21 R 0.117 0.019 0.047 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.015 0.251 0.430 22 R 0.052 0.050 0.012 0.004 0.048 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.006 0.113 0.600 23 F 0.046 0.084 0.008 0.003 0.074 0.056 0.048 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.305 0.008 0.074 0.274 24 L 0.036 0.151 0.005 0.001 0.010 0.022 0.030 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.005 0.455 0.006 0.059 0.190 25 F 0.024 0.188 0.003 0.001 0.001 0.002 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.009 0.005 0.483 0.006 0.056 0.180 26 R 0.029 0.213 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.006 0.004 0.002 0.480 0.008 0.045 0.194 27 M 0.044 0.291 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.005 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.359 0.016 0.047 0.204 28 K 0.034 0.298 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.250 0.022 0.063 0.307 29 N 0.091 0.212 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.053 0.050 0.463 30 L 0.188 0.217 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.003 0.002 0.078 0.127 0.043 0.287 31 G 0.126 0.091 0.047 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.025 0.009 0.003 0.002 0.048 0.063 0.092 0.471 32 I 0.049 0.034 0.150 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.083 0.012 0.078 0.541 33 E 0.026 0.047 0.006 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.111 0.032 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.128 0.009 0.205 0.409 34 S 0.081 0.051 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.012 0.120 0.644 35 G 0.107 0.065 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.083 0.090 0.510 36 K 0.393 0.010 0.108 0.006 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.040 0.127 0.224 37 K 0.013 0.013 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.122 0.002 0.072 0.758 38 I 0.009 0.008 0.005 0.005 0.171 0.040 0.031 0.009 0.001 0.001 0.003 0.002 0.059 0.054 0.016 0.011 0.339 0.004 0.051 0.182 39 Q 0.012 0.019 0.002 0.003 0.023 0.040 0.009 0.010 0.002 0.009 0.007 0.002 0.020 0.011 0.010 0.008 0.301 0.005 0.062 0.446 40 V 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.084 0.021 0.008 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.455 0.003 0.057 0.324 41 S 0.009 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.419 0.003 0.119 0.386 42 G 0.028 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.026 0.113 0.564 43 R 0.200 0.009 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.046 0.148 0.388 44 R 0.031 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.199 0.005 0.147 0.586 45 Y 0.021 0.024 0.007 0.004 0.103 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.013 0.007 0.006 0.348 0.007 0.098 0.317 46 Y 0.026 0.035 0.006 0.003 0.040 0.027 0.007 0.007 0.002 0.005 0.004 0.002 0.012 0.007 0.006 0.006 0.388 0.008 0.070 0.339 47 I 0.017 0.035 0.004 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.049 0.010 0.005 0.004 0.005 0.003 0.002 0.005 0.517 0.006 0.058 0.263 48 E 0.013 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.487 0.005 0.079 0.350 49 G 0.034 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.322 0.024 0.074 0.502 50 R 0.143 0.017 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.281 0.028 0.104 0.393 51 E 0.027 0.018 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.162 0.006 0.113 0.651 52 I 0.028 0.028 0.015 0.006 0.041 0.007 0.003 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.022 0.023 0.007 0.006 0.469 0.009 0.078 0.245 53 D 0.025 0.059 0.006 0.004 0.014 0.006 0.002 0.003 0.007 0.006 0.018 0.004 0.015 0.011 0.007 0.006 0.161 0.010 0.101 0.536 54 L 0.039 0.048 0.007 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.016 0.017 0.006 0.005 0.006 0.006 0.003 0.005 0.333 0.017 0.075 0.406 55 G 0.047 0.054 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.008 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.087 0.018 0.252 0.492 56 Y 0.112 0.025 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.035 0.184 0.515 57 G 0.067 0.049 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.084 0.029 0.108 0.627 58 E 0.102 0.023 0.022 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.018 0.251 0.489 59 A 0.075 0.079 0.012 0.003 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.013 0.114 0.608 60 T 0.085 0.103 0.011 0.003 0.012 0.008 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.287 0.019 0.095 0.355 61 K 0.096 0.102 0.010 0.002 0.007 0.009 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.018 0.075 0.402 62 I 0.049 0.083 0.017 0.002 0.004 0.003 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.549 0.009 0.065 0.187 63 W 0.019 0.077 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.617 0.005 0.063 0.198 64 V 0.023 0.093 0.006 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.004 0.607 0.008 0.042 0.195 65 R 0.018 0.095 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.003 0.623 0.008 0.048 0.181 66 R 0.046 0.086 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.287 0.022 0.105 0.427 67 V 0.079 0.077 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.005 0.003 0.003 0.352 0.025 0.079 0.340