# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.211 0.225 0.223 0.204 0.023 0.046 0.045 0.003 0.017 0.001 0.002 2 L 0.023 0.415 0.364 0.005 0.040 0.015 0.006 0.001 0.132 0.001 0.001 3 P 0.198 0.011 0.699 0.013 0.007 0.030 0.003 0.001 0.002 0.003 0.033 4 L 0.085 0.517 0.213 0.057 0.082 0.017 0.007 0.002 0.020 0.001 0.001 5 I 0.040 0.613 0.244 0.008 0.029 0.039 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 6 L 0.048 0.435 0.335 0.028 0.021 0.099 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 7 A 0.145 0.361 0.257 0.063 0.085 0.040 0.010 0.002 0.026 0.007 0.002 8 D 0.279 0.165 0.206 0.123 0.056 0.063 0.029 0.012 0.045 0.018 0.004 9 D 0.097 0.051 0.082 0.564 0.025 0.011 0.149 0.005 0.012 0.002 0.001 10 G 0.027 0.008 0.025 0.012 0.088 0.003 0.085 0.576 0.003 0.174 0.001 11 T 0.150 0.254 0.301 0.217 0.022 0.027 0.018 0.001 0.008 0.001 0.001 12 Y 0.095 0.444 0.280 0.058 0.071 0.027 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 13 E 0.178 0.497 0.188 0.028 0.036 0.046 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 14 I 0.172 0.511 0.205 0.025 0.030 0.038 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 15 T 0.251 0.424 0.164 0.062 0.032 0.041 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 16 K 0.238 0.330 0.202 0.050 0.074 0.046 0.015 0.002 0.041 0.002 0.001 17 L 0.376 0.246 0.178 0.117 0.024 0.021 0.011 0.001 0.023 0.002 0.002 18 N 0.144 0.074 0.167 0.230 0.042 0.025 0.221 0.031 0.032 0.029 0.004 19 G 0.034 0.007 0.041 0.044 0.083 0.004 0.134 0.346 0.004 0.300 0.001 20 G 0.102 0.027 0.128 0.054 0.116 0.013 0.059 0.287 0.006 0.205 0.003 21 R 0.388 0.180 0.277 0.088 0.027 0.020 0.007 0.002 0.008 0.002 0.002 22 R 0.544 0.199 0.133 0.058 0.028 0.018 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 23 F 0.417 0.330 0.125 0.038 0.054 0.018 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 24 L 0.580 0.242 0.105 0.025 0.012 0.023 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 25 F 0.530 0.272 0.090 0.035 0.034 0.019 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 26 R 0.509 0.213 0.128 0.042 0.031 0.035 0.010 0.001 0.028 0.001 0.001 27 M 0.515 0.138 0.172 0.085 0.018 0.034 0.009 0.001 0.027 0.001 0.001 28 K 0.701 0.048 0.096 0.105 0.013 0.007 0.016 0.003 0.005 0.003 0.001 29 N 0.391 0.054 0.092 0.227 0.048 0.040 0.072 0.040 0.020 0.015 0.001 30 L 0.325 0.112 0.163 0.323 0.013 0.010 0.037 0.001 0.014 0.001 0.001 31 G 0.120 0.034 0.119 0.028 0.113 0.034 0.103 0.291 0.011 0.146 0.003 32 I 0.235 0.278 0.382 0.047 0.014 0.025 0.004 0.001 0.013 0.001 0.002 33 E 0.320 0.264 0.224 0.104 0.019 0.028 0.007 0.001 0.026 0.002 0.004 34 S 0.125 0.156 0.184 0.274 0.069 0.016 0.126 0.011 0.029 0.007 0.002 35 G 0.011 0.008 0.028 0.008 0.080 0.005 0.091 0.592 0.003 0.173 0.001 36 K 0.095 0.296 0.444 0.074 0.054 0.015 0.008 0.002 0.009 0.002 0.001 37 K 0.066 0.457 0.310 0.056 0.040 0.043 0.011 0.001 0.015 0.001 0.002 38 I 0.019 0.726 0.158 0.015 0.052 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 39 Q 0.031 0.485 0.345 0.013 0.034 0.068 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 40 V 0.043 0.681 0.167 0.017 0.030 0.032 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 41 S 0.061 0.289 0.365 0.088 0.056 0.043 0.054 0.003 0.032 0.006 0.003 42 G 0.018 0.029 0.056 0.019 0.275 0.011 0.059 0.325 0.006 0.201 0.001 43 R 0.087 0.399 0.347 0.048 0.072 0.020 0.009 0.002 0.012 0.002 0.001 44 R 0.103 0.506 0.214 0.064 0.071 0.019 0.007 0.001 0.013 0.001 0.002 45 Y 0.033 0.653 0.125 0.030 0.122 0.013 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 46 Y 0.036 0.630 0.215 0.018 0.050 0.029 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 47 I 0.029 0.747 0.138 0.009 0.030 0.018 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 48 E 0.069 0.323 0.403 0.084 0.024 0.036 0.030 0.001 0.026 0.001 0.003 49 G 0.028 0.024 0.055 0.019 0.168 0.014 0.086 0.409 0.006 0.189 0.001 50 R 0.152 0.339 0.352 0.043 0.062 0.017 0.013 0.003 0.014 0.003 0.001 51 E 0.147 0.354 0.306 0.057 0.032 0.075 0.010 0.001 0.015 0.001 0.002 52 I 0.101 0.623 0.153 0.036 0.053 0.013 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 53 D 0.104 0.191 0.386 0.025 0.030 0.191 0.013 0.003 0.045 0.007 0.005 54 L 0.364 0.138 0.226 0.194 0.025 0.014 0.017 0.001 0.015 0.002 0.003 55 G 0.154 0.028 0.076 0.037 0.099 0.018 0.061 0.287 0.013 0.224 0.002 56 Y 0.155 0.153 0.244 0.335 0.040 0.014 0.033 0.002 0.020 0.002 0.002 57 G 0.111 0.035 0.146 0.030 0.140 0.020 0.055 0.203 0.010 0.246 0.004 58 E 0.402 0.167 0.225 0.131 0.022 0.020 0.017 0.002 0.012 0.001 0.002 59 A 0.360 0.203 0.255 0.072 0.052 0.026 0.010 0.004 0.014 0.003 0.001 60 T 0.414 0.215 0.142 0.159 0.030 0.016 0.011 0.001 0.012 0.001 0.001 61 K 0.183 0.423 0.184 0.041 0.082 0.023 0.044 0.004 0.015 0.001 0.001 62 I 0.099 0.671 0.144 0.012 0.034 0.024 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 63 W 0.083 0.437 0.339 0.024 0.042 0.050 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 64 V 0.138 0.597 0.139 0.032 0.018 0.050 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 65 R 0.217 0.461 0.144 0.047 0.073 0.027 0.013 0.001 0.015 0.001 0.001 66 R 0.128 0.411 0.217 0.053 0.082 0.050 0.029 0.003 0.026 0.001 0.001 67 V 0.101 0.562 0.211 0.027 0.032 0.031 0.007 0.001 0.027 0.001 0.001