# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.167 0.103 0.056 0.031 0.175 0.028 0.073 0.088 0.064 0.148 0.067 2 L 0.097 0.331 0.153 0.036 0.247 0.017 0.018 0.029 0.020 0.020 0.030 3 P 0.186 0.184 0.040 0.016 0.347 0.020 0.031 0.067 0.048 0.025 0.035 4 L 0.205 0.157 0.015 0.003 0.497 0.005 0.017 0.035 0.024 0.014 0.027 5 I 0.214 0.153 0.026 0.002 0.504 0.003 0.012 0.020 0.008 0.013 0.045 6 L 0.226 0.178 0.045 0.008 0.359 0.009 0.014 0.026 0.014 0.031 0.090 7 A 0.062 0.270 0.221 0.087 0.126 0.041 0.037 0.055 0.033 0.032 0.037 8 D 0.035 0.076 0.108 0.147 0.053 0.090 0.130 0.194 0.087 0.058 0.024 9 D 0.031 0.159 0.141 0.115 0.047 0.063 0.106 0.107 0.090 0.112 0.029 10 G 0.026 0.070 0.120 0.143 0.032 0.051 0.035 0.049 0.051 0.325 0.098 11 T 0.171 0.164 0.052 0.014 0.278 0.012 0.022 0.064 0.052 0.101 0.072 12 Y 0.151 0.258 0.024 0.006 0.424 0.014 0.012 0.035 0.022 0.021 0.031 13 E 0.212 0.191 0.041 0.004 0.448 0.008 0.014 0.034 0.011 0.007 0.030 14 I 0.320 0.072 0.013 0.005 0.306 0.009 0.013 0.098 0.049 0.055 0.059 15 T 0.099 0.211 0.032 0.009 0.433 0.013 0.024 0.098 0.037 0.017 0.026 16 K 0.269 0.096 0.054 0.008 0.314 0.007 0.020 0.084 0.033 0.039 0.075 17 L 0.125 0.089 0.053 0.033 0.146 0.050 0.086 0.220 0.063 0.070 0.065 18 N 0.020 0.187 0.110 0.193 0.046 0.137 0.097 0.080 0.042 0.063 0.024 19 G 0.015 0.051 0.076 0.303 0.016 0.059 0.042 0.085 0.048 0.240 0.063 20 G 0.035 0.109 0.198 0.108 0.043 0.025 0.015 0.103 0.074 0.227 0.063 21 R 0.066 0.138 0.040 0.010 0.134 0.021 0.039 0.324 0.155 0.044 0.027 22 R 0.128 0.095 0.032 0.013 0.159 0.024 0.043 0.315 0.092 0.061 0.038 23 F 0.126 0.116 0.022 0.009 0.251 0.011 0.020 0.326 0.063 0.031 0.024 24 L 0.173 0.065 0.019 0.007 0.220 0.009 0.018 0.386 0.053 0.025 0.026 25 F 0.096 0.110 0.033 0.010 0.200 0.010 0.030 0.409 0.056 0.020 0.027 26 R 0.136 0.089 0.021 0.008 0.138 0.007 0.042 0.431 0.059 0.036 0.035 27 M 0.068 0.061 0.016 0.007 0.118 0.011 0.028 0.445 0.171 0.048 0.028 28 K 0.021 0.039 0.026 0.012 0.034 0.029 0.101 0.511 0.157 0.055 0.014 29 N 0.081 0.046 0.029 0.016 0.070 0.022 0.081 0.323 0.092 0.187 0.054 30 L 0.030 0.444 0.091 0.028 0.126 0.020 0.034 0.107 0.055 0.046 0.018 31 G 0.090 0.090 0.076 0.071 0.120 0.026 0.020 0.185 0.075 0.148 0.100 32 I 0.112 0.082 0.055 0.011 0.158 0.014 0.044 0.334 0.111 0.045 0.034 33 E 0.095 0.045 0.035 0.051 0.078 0.084 0.103 0.316 0.068 0.082 0.044 34 S 0.018 0.326 0.162 0.132 0.051 0.077 0.089 0.070 0.029 0.032 0.014 35 G 0.056 0.018 0.028 0.090 0.028 0.036 0.012 0.048 0.038 0.422 0.225 36 K 0.056 0.383 0.090 0.025 0.185 0.033 0.041 0.084 0.044 0.037 0.022 37 K 0.310 0.086 0.022 0.005 0.338 0.010 0.021 0.046 0.025 0.053 0.082 38 I 0.164 0.228 0.015 0.004 0.532 0.004 0.006 0.015 0.007 0.006 0.019 39 Q 0.256 0.111 0.046 0.004 0.488 0.005 0.010 0.022 0.007 0.007 0.043 40 V 0.358 0.070 0.031 0.024 0.230 0.032 0.033 0.059 0.027 0.043 0.093 41 S 0.022 0.106 0.091 0.263 0.048 0.192 0.122 0.050 0.029 0.054 0.023 42 G 0.051 0.037 0.063 0.233 0.034 0.054 0.017 0.045 0.042 0.316 0.107 43 R 0.088 0.262 0.047 0.018 0.291 0.026 0.028 0.094 0.067 0.049 0.029 44 R 0.230 0.124 0.025 0.008 0.368 0.015 0.032 0.076 0.038 0.034 0.049 45 Y 0.221 0.151 0.027 0.007 0.459 0.007 0.014 0.037 0.015 0.015 0.046 46 Y 0.251 0.127 0.049 0.009 0.387 0.010 0.024 0.056 0.018 0.019 0.051 47 I 0.275 0.082 0.052 0.035 0.199 0.043 0.045 0.104 0.039 0.047 0.080 48 E 0.025 0.164 0.098 0.171 0.056 0.154 0.141 0.072 0.039 0.057 0.022 49 G 0.066 0.046 0.069 0.229 0.050 0.044 0.014 0.042 0.041 0.280 0.119 50 R 0.057 0.315 0.057 0.022 0.232 0.035 0.047 0.104 0.068 0.040 0.023 51 E 0.296 0.090 0.022 0.005 0.353 0.007 0.018 0.057 0.029 0.047 0.076 52 I 0.159 0.230 0.044 0.012 0.363 0.014 0.026 0.062 0.027 0.021 0.042 53 D 0.254 0.102 0.077 0.018 0.299 0.021 0.026 0.057 0.024 0.033 0.090 54 L 0.089 0.194 0.080 0.042 0.141 0.049 0.061 0.144 0.075 0.082 0.045 55 G 0.045 0.062 0.084 0.179 0.051 0.087 0.058 0.098 0.060 0.204 0.073 56 Y 0.051 0.180 0.100 0.099 0.081 0.046 0.053 0.121 0.083 0.144 0.041 57 G 0.041 0.102 0.155 0.176 0.061 0.055 0.028 0.104 0.082 0.142 0.055 58 E 0.072 0.133 0.058 0.020 0.124 0.025 0.063 0.261 0.147 0.065 0.033 59 A 0.164 0.068 0.025 0.011 0.144 0.018 0.026 0.197 0.141 0.138 0.069 60 T 0.063 0.241 0.053 0.022 0.197 0.033 0.051 0.224 0.071 0.025 0.020 61 K 0.255 0.056 0.018 0.008 0.294 0.011 0.023 0.146 0.046 0.076 0.067 62 I 0.190 0.182 0.009 0.004 0.486 0.004 0.015 0.070 0.016 0.009 0.015 63 W 0.262 0.103 0.022 0.005 0.440 0.007 0.022 0.072 0.014 0.012 0.041 64 V 0.288 0.101 0.017 0.009 0.339 0.009 0.013 0.096 0.040 0.027 0.060 65 R 0.100 0.140 0.045 0.028 0.222 0.041 0.079 0.194 0.069 0.039 0.043 66 R 0.184 0.129 0.043 0.010 0.237 0.012 0.040 0.144 0.056 0.074 0.071 67 V 0.125 0.212 0.044 0.014 0.247 0.015 0.033 0.143 0.068 0.052 0.048