# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.341 0.204 0.151 0.098 0.070 0.059 0.036 0.014 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 2 L 0.042 0.047 0.058 0.107 0.148 0.181 0.138 0.111 0.070 0.044 0.025 0.017 0.009 0.003 3 P 0.050 0.055 0.073 0.117 0.166 0.148 0.141 0.107 0.068 0.040 0.021 0.009 0.003 0.003 4 L 0.033 0.022 0.035 0.055 0.086 0.098 0.137 0.148 0.130 0.109 0.074 0.043 0.023 0.008 5 I 0.036 0.029 0.036 0.059 0.090 0.118 0.129 0.143 0.121 0.088 0.074 0.046 0.021 0.010 6 L 0.043 0.041 0.050 0.078 0.115 0.123 0.134 0.132 0.099 0.074 0.056 0.031 0.015 0.009 7 A 0.064 0.085 0.079 0.138 0.161 0.137 0.112 0.099 0.059 0.032 0.022 0.007 0.004 0.003 8 D 0.144 0.136 0.133 0.169 0.145 0.112 0.068 0.044 0.027 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 9 D 0.308 0.176 0.174 0.105 0.076 0.066 0.044 0.019 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 10 G 0.273 0.158 0.154 0.127 0.098 0.080 0.056 0.023 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 11 T 0.184 0.144 0.122 0.142 0.138 0.106 0.078 0.035 0.030 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 12 Y 0.107 0.081 0.095 0.121 0.142 0.135 0.109 0.092 0.052 0.032 0.020 0.008 0.003 0.001 13 E 0.189 0.134 0.148 0.137 0.128 0.094 0.061 0.045 0.031 0.016 0.011 0.003 0.001 0.001 14 I 0.060 0.042 0.053 0.091 0.120 0.125 0.115 0.122 0.110 0.070 0.040 0.030 0.017 0.004 15 T 0.123 0.098 0.105 0.148 0.144 0.117 0.093 0.077 0.044 0.024 0.016 0.007 0.002 0.001 16 K 0.233 0.162 0.132 0.134 0.111 0.094 0.055 0.033 0.023 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 17 L 0.112 0.086 0.083 0.129 0.177 0.148 0.099 0.078 0.043 0.022 0.013 0.006 0.003 0.001 18 N 0.280 0.172 0.165 0.135 0.094 0.067 0.040 0.021 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 19 G 0.336 0.163 0.126 0.119 0.087 0.072 0.051 0.021 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 20 G 0.257 0.145 0.173 0.129 0.105 0.073 0.057 0.025 0.020 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 21 R 0.177 0.130 0.149 0.161 0.135 0.104 0.061 0.038 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 22 R 0.156 0.124 0.116 0.144 0.145 0.113 0.080 0.052 0.036 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 23 F 0.048 0.035 0.049 0.082 0.140 0.135 0.148 0.143 0.084 0.062 0.041 0.020 0.009 0.003 24 L 0.047 0.042 0.052 0.086 0.123 0.129 0.125 0.135 0.103 0.067 0.047 0.025 0.013 0.007 25 F 0.087 0.050 0.054 0.080 0.098 0.110 0.102 0.114 0.101 0.084 0.056 0.040 0.019 0.006 26 R 0.100 0.104 0.114 0.139 0.148 0.125 0.100 0.072 0.047 0.022 0.018 0.005 0.002 0.002 27 M 0.052 0.044 0.063 0.098 0.140 0.145 0.129 0.111 0.097 0.051 0.038 0.017 0.010 0.004 28 K 0.203 0.151 0.156 0.143 0.115 0.094 0.063 0.034 0.024 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 29 N 0.291 0.179 0.161 0.115 0.088 0.073 0.040 0.018 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 30 L 0.085 0.083 0.077 0.144 0.192 0.167 0.110 0.077 0.034 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 31 G 0.273 0.166 0.162 0.135 0.107 0.070 0.042 0.018 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 32 I 0.166 0.101 0.100 0.134 0.162 0.122 0.089 0.066 0.033 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 33 E 0.359 0.164 0.147 0.112 0.088 0.051 0.038 0.017 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 34 S 0.334 0.167 0.130 0.116 0.088 0.077 0.046 0.019 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 35 G 0.285 0.150 0.129 0.135 0.116 0.075 0.056 0.023 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 36 K 0.323 0.177 0.155 0.122 0.080 0.068 0.036 0.019 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 37 K 0.238 0.157 0.130 0.151 0.125 0.088 0.050 0.026 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 38 I 0.081 0.059 0.063 0.118 0.164 0.157 0.128 0.108 0.053 0.032 0.018 0.011 0.006 0.002 39 Q 0.179 0.123 0.140 0.141 0.140 0.102 0.065 0.043 0.035 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 40 V 0.113 0.059 0.073 0.102 0.134 0.123 0.114 0.108 0.069 0.047 0.031 0.017 0.008 0.003 41 S 0.206 0.132 0.134 0.129 0.118 0.090 0.072 0.045 0.034 0.020 0.014 0.005 0.001 0.001 42 G 0.169 0.110 0.112 0.139 0.127 0.113 0.081 0.058 0.039 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 43 R 0.159 0.115 0.110 0.140 0.136 0.112 0.089 0.063 0.036 0.021 0.013 0.004 0.001 0.001 44 R 0.160 0.115 0.110 0.133 0.145 0.117 0.082 0.053 0.040 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 45 Y 0.069 0.050 0.058 0.098 0.147 0.147 0.137 0.124 0.069 0.052 0.028 0.014 0.006 0.003 46 Y 0.076 0.064 0.076 0.110 0.162 0.132 0.117 0.098 0.070 0.047 0.026 0.013 0.006 0.004 47 I 0.089 0.054 0.064 0.084 0.111 0.116 0.107 0.116 0.097 0.070 0.046 0.027 0.013 0.005 48 E 0.177 0.130 0.118 0.135 0.126 0.099 0.079 0.057 0.034 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 49 G 0.167 0.112 0.113 0.131 0.128 0.108 0.089 0.055 0.044 0.027 0.015 0.006 0.003 0.002 50 R 0.167 0.116 0.125 0.151 0.140 0.110 0.075 0.054 0.031 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 51 E 0.327 0.183 0.130 0.103 0.081 0.072 0.045 0.020 0.022 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 52 I 0.078 0.069 0.073 0.128 0.164 0.170 0.116 0.096 0.049 0.028 0.014 0.010 0.004 0.001 53 D 0.248 0.172 0.143 0.127 0.109 0.082 0.052 0.026 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 54 L 0.134 0.083 0.097 0.131 0.141 0.135 0.091 0.084 0.045 0.028 0.015 0.010 0.005 0.001 55 G 0.279 0.142 0.133 0.123 0.116 0.075 0.058 0.031 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 56 Y 0.154 0.097 0.110 0.136 0.143 0.128 0.086 0.062 0.040 0.024 0.011 0.007 0.003 0.001 57 G 0.309 0.140 0.134 0.112 0.103 0.066 0.062 0.029 0.022 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 58 E 0.316 0.166 0.160 0.118 0.085 0.065 0.036 0.021 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 59 A 0.107 0.083 0.077 0.131 0.154 0.144 0.114 0.083 0.050 0.032 0.014 0.007 0.003 0.001 60 T 0.092 0.076 0.090 0.139 0.164 0.141 0.112 0.082 0.049 0.030 0.015 0.008 0.003 0.002 61 K 0.151 0.100 0.099 0.125 0.139 0.122 0.086 0.070 0.049 0.029 0.017 0.008 0.003 0.002 62 I 0.071 0.035 0.044 0.057 0.086 0.108 0.122 0.125 0.109 0.093 0.076 0.045 0.024 0.006 63 W 0.066 0.047 0.062 0.091 0.127 0.132 0.133 0.128 0.079 0.056 0.041 0.023 0.009 0.007 64 V 0.071 0.041 0.046 0.063 0.084 0.101 0.111 0.118 0.118 0.095 0.076 0.045 0.023 0.009 65 R 0.179 0.106 0.106 0.122 0.124 0.102 0.085 0.068 0.045 0.028 0.021 0.008 0.003 0.002 66 R 0.146 0.100 0.117 0.132 0.143 0.115 0.087 0.060 0.045 0.027 0.016 0.008 0.003 0.002 67 V 0.107 0.069 0.072 0.108 0.157 0.143 0.119 0.095 0.058 0.037 0.020 0.009 0.005 0.002