# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 677.451 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.004 0.016 0.698 0.004 0.009 0.016 0.002 0.001 0.017 0.109 0.032 0.056 0.038 2 Q 0.002 0.010 0.752 0.002 0.013 0.034 0.001 0.001 0.016 0.084 0.034 0.014 0.038 3 S 0.002 0.015 0.355 0.002 0.080 0.301 0.001 0.001 0.016 0.108 0.058 0.020 0.040 4 M 0.001 0.008 0.186 0.002 0.064 0.607 0.001 0.001 0.012 0.045 0.040 0.015 0.018 5 E 0.001 0.004 0.059 0.001 0.049 0.828 0.001 0.001 0.004 0.013 0.023 0.005 0.012 6 E 0.001 0.002 0.018 0.001 0.024 0.927 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.001 0.002 7 T 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 17 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 19 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.021 0.001 0.031 0.829 0.001 0.001 0.001 0.011 0.106 0.001 0.001 22 L 0.001 0.006 0.116 0.001 0.077 0.604 0.001 0.001 0.005 0.030 0.158 0.001 0.001 23 E 0.001 0.006 0.192 0.001 0.075 0.292 0.001 0.001 0.007 0.089 0.332 0.001 0.002 24 N 0.001 0.005 0.238 0.003 0.063 0.100 0.001 0.001 0.007 0.202 0.374 0.003 0.003 25 T 0.001 0.005 0.230 0.004 0.036 0.031 0.001 0.001 0.009 0.245 0.431 0.004 0.004 26 E 0.001 0.011 0.342 0.006 0.020 0.010 0.001 0.002 0.021 0.296 0.272 0.007 0.012 27 V 0.005 0.023 0.537 0.011 0.016 0.005 0.004 0.006 0.049 0.212 0.037 0.050 0.045 28 P 0.024 0.024 0.389 0.021 0.015 0.002 0.016 0.011 0.157 0.100 0.018 0.044 0.179 29 V 0.062 0.008 0.215 0.137 0.009 0.001 0.041 0.025 0.218 0.086 0.024 0.087 0.087 30 G 0.124 0.003 0.126 0.098 0.004 0.001 0.061 0.042 0.220 0.060 0.013 0.117 0.131 31 C 0.402 0.002 0.054 0.022 0.001 0.001 0.136 0.043 0.100 0.008 0.001 0.088 0.143 32 L 0.630 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 0.123 0.036 0.018 0.001 0.001 0.118 0.047 33 M 0.642 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.090 0.054 0.029 0.001 0.001 0.057 0.119 34 V 0.463 0.014 0.023 0.029 0.002 0.001 0.086 0.078 0.067 0.004 0.006 0.082 0.146 35 Y 0.068 0.004 0.193 0.036 0.003 0.001 0.019 0.010 0.076 0.083 0.024 0.271 0.213 36 N 0.003 0.001 0.021 0.194 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.151 0.575 0.019 0.022 37 N 0.003 0.001 0.020 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.096 0.826 0.008 0.003 38 E 0.176 0.032 0.196 0.009 0.007 0.001 0.032 0.007 0.029 0.100 0.008 0.229 0.173 39 V 0.354 0.039 0.020 0.005 0.002 0.001 0.122 0.037 0.049 0.006 0.001 0.047 0.317 40 V 0.447 0.011 0.007 0.113 0.001 0.001 0.140 0.097 0.025 0.002 0.001 0.111 0.044 41 G 0.331 0.004 0.039 0.063 0.003 0.002 0.106 0.044 0.032 0.006 0.005 0.115 0.250 42 K 0.216 0.006 0.122 0.061 0.010 0.006 0.036 0.014 0.060 0.041 0.049 0.072 0.308 43 G 0.153 0.009 0.155 0.097 0.019 0.016 0.007 0.002 0.019 0.127 0.100 0.183 0.113 44 R 0.081 0.017 0.190 0.018 0.053 0.028 0.007 0.001 0.015 0.219 0.109 0.073 0.188 45 N 0.053 0.046 0.250 0.022 0.052 0.038 0.012 0.004 0.024 0.185 0.115 0.093 0.107 46 E 0.055 0.041 0.231 0.021 0.050 0.089 0.012 0.007 0.029 0.097 0.072 0.110 0.185 47 V 0.051 0.041 0.277 0.018 0.053 0.095 0.009 0.004 0.026 0.070 0.068 0.094 0.192 48 N 0.018 0.028 0.318 0.012 0.070 0.128 0.005 0.002 0.019 0.105 0.155 0.050 0.090 49 Q 0.008 0.016 0.252 0.009 0.075 0.091 0.002 0.001 0.010 0.147 0.315 0.023 0.050 50 T 0.004 0.013 0.331 0.003 0.046 0.056 0.001 0.001 0.006 0.206 0.296 0.018 0.019 51 K 0.002 0.014 0.274 0.003 0.033 0.057 0.001 0.001 0.003 0.330 0.261 0.008 0.014 52 N 0.002 0.015 0.401 0.002 0.024 0.085 0.001 0.001 0.003 0.251 0.194 0.014 0.010 53 A 0.002 0.011 0.279 0.002 0.055 0.305 0.001 0.001 0.003 0.143 0.169 0.006 0.023 54 T 0.002 0.008 0.180 0.002 0.034 0.592 0.001 0.001 0.003 0.071 0.090 0.009 0.007 55 R 0.001 0.002 0.051 0.001 0.024 0.829 0.001 0.001 0.002 0.030 0.048 0.003 0.007 56 H 0.001 0.001 0.026 0.001 0.008 0.930 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.003 0.003 57 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 64 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 67 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 0.919 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.001 0.001 68 W 0.001 0.001 0.008 0.001 0.022 0.893 0.001 0.001 0.001 0.006 0.070 0.001 0.001 69 C 0.001 0.004 0.080 0.001 0.033 0.670 0.001 0.001 0.004 0.055 0.150 0.001 0.001 70 R 0.001 0.009 0.329 0.001 0.053 0.271 0.001 0.001 0.004 0.115 0.214 0.001 0.001 71 Q 0.001 0.003 0.105 0.001 0.163 0.225 0.001 0.001 0.001 0.087 0.415 0.001 0.001 72 S 0.001 0.005 0.139 0.001 0.137 0.087 0.001 0.001 0.002 0.155 0.473 0.001 0.001 73 G 0.001 0.010 0.228 0.001 0.109 0.073 0.001 0.001 0.004 0.293 0.279 0.002 0.002 74 K 0.001 0.025 0.341 0.001 0.050 0.034 0.001 0.001 0.004 0.328 0.211 0.002 0.003 75 S 0.001 0.015 0.711 0.001 0.021 0.014 0.001 0.001 0.005 0.174 0.052 0.004 0.003 76 P 0.001 0.013 0.275 0.006 0.155 0.084 0.001 0.001 0.005 0.162 0.283 0.003 0.014 77 S 0.001 0.011 0.213 0.010 0.150 0.090 0.001 0.001 0.006 0.160 0.339 0.012 0.006 78 E 0.003 0.029 0.290 0.003 0.233 0.092 0.001 0.002 0.021 0.148 0.104 0.025 0.047 79 V 0.014 0.076 0.277 0.012 0.172 0.088 0.005 0.007 0.047 0.066 0.122 0.028 0.087 80 F 0.022 0.036 0.402 0.018 0.086 0.053 0.006 0.007 0.057 0.082 0.050 0.086 0.093 81 E 0.008 0.004 0.097 0.222 0.032 0.013 0.004 0.004 0.026 0.154 0.380 0.027 0.027 82 H 0.007 0.002 0.074 0.042 0.008 0.002 0.003 0.003 0.032 0.155 0.634 0.023 0.014 83 T 0.055 0.005 0.476 0.012 0.004 0.001 0.027 0.025 0.168 0.071 0.007 0.041 0.109 84 V 0.164 0.010 0.045 0.025 0.001 0.001 0.112 0.208 0.240 0.015 0.001 0.128 0.051 85 L 0.118 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.316 0.389 0.106 0.001 0.001 0.017 0.042 86 Y 0.124 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.242 0.513 0.068 0.001 0.001 0.015 0.015 87 V 0.078 0.002 0.034 0.021 0.001 0.001 0.156 0.349 0.283 0.005 0.001 0.040 0.030 88 T 0.050 0.005 0.232 0.009 0.005 0.003 0.051 0.070 0.387 0.035 0.015 0.029 0.109 89 V 0.017 0.019 0.343 0.033 0.039 0.017 0.016 0.015 0.108 0.214 0.113 0.022 0.044 90 E 0.003 0.017 0.357 0.009 0.067 0.033 0.003 0.003 0.033 0.327 0.113 0.026 0.012 91 P 0.001 0.025 0.355 0.001 0.085 0.109 0.002 0.001 0.012 0.194 0.191 0.003 0.020 92 C 0.001 0.011 0.274 0.002 0.047 0.367 0.001 0.001 0.004 0.205 0.075 0.008 0.004 93 I 0.001 0.003 0.042 0.001 0.050 0.808 0.001 0.001 0.001 0.040 0.052 0.001 0.002 94 M 0.001 0.001 0.017 0.001 0.024 0.898 0.001 0.001 0.001 0.021 0.039 0.001 0.001 95 C 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 98 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 101 L 0.004 0.001 0.004 0.001 0.012 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.002 102 M 0.005 0.001 0.024 0.003 0.014 0.516 0.001 0.001 0.002 0.024 0.403 0.005 0.002 103 K 0.002 0.001 0.088 0.002 0.002 0.020 0.001 0.001 0.003 0.056 0.816 0.003 0.005 104 I 0.001 0.003 0.840 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.017 0.076 0.028 0.008 0.013 105 P 0.004 0.009 0.532 0.019 0.007 0.005 0.003 0.004 0.121 0.213 0.039 0.015 0.030 106 L 0.013 0.004 0.152 0.034 0.008 0.004 0.031 0.109 0.436 0.092 0.031 0.050 0.036 107 V 0.027 0.001 0.021 0.009 0.002 0.001 0.110 0.424 0.334 0.007 0.002 0.011 0.050 108 V 0.037 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.097 0.669 0.150 0.001 0.001 0.022 0.006 109 Y 0.114 0.002 0.014 0.016 0.002 0.002 0.144 0.411 0.188 0.003 0.002 0.044 0.059 110 G 0.109 0.004 0.083 0.026 0.004 0.004 0.081 0.149 0.332 0.016 0.014 0.038 0.138 111 C 0.039 0.011 0.273 0.022 0.009 0.009 0.019 0.031 0.240 0.108 0.035 0.149 0.054 112 Q 0.020 0.033 0.328 0.014 0.020 0.013 0.005 0.003 0.042 0.255 0.085 0.032 0.149 113 N 0.005 0.022 0.465 0.005 0.018 0.013 0.001 0.001 0.008 0.279 0.074 0.076 0.032 114 E 0.002 0.013 0.108 0.016 0.081 0.068 0.001 0.001 0.004 0.137 0.519 0.008 0.043 115 R 0.003 0.013 0.100 0.009 0.099 0.074 0.001 0.001 0.004 0.105 0.564 0.018 0.010 116 F 0.005 0.021 0.237 0.005 0.125 0.107 0.002 0.002 0.012 0.193 0.239 0.015 0.039 117 G 0.009 0.037 0.297 0.014 0.035 0.101 0.003 0.002 0.014 0.165 0.261 0.029 0.033 118 G 0.029 0.040 0.260 0.010 0.056 0.154 0.007 0.004 0.018 0.121 0.157 0.048 0.095 119 C 0.043 0.023 0.211 0.040 0.042 0.147 0.008 0.004 0.017 0.124 0.205 0.048 0.088 120 G 0.054 0.019 0.179 0.041 0.040 0.180 0.006 0.003 0.012 0.151 0.166 0.081 0.068 121 S 0.053 0.015 0.243 0.017 0.061 0.223 0.008 0.004 0.018 0.092 0.090 0.068 0.111 122 V 0.059 0.017 0.145 0.015 0.090 0.368 0.010 0.007 0.022 0.047 0.064 0.048 0.108 123 L 0.064 0.014 0.093 0.025 0.080 0.463 0.008 0.006 0.020 0.036 0.047 0.068 0.076 124 N 0.047 0.015 0.132 0.012 0.085 0.402 0.008 0.004 0.021 0.043 0.069 0.062 0.100 125 I 0.017 0.012 0.155 0.007 0.112 0.417 0.004 0.003 0.017 0.048 0.111 0.029 0.067 126 A 0.007 0.010 0.218 0.006 0.097 0.357 0.001 0.001 0.014 0.074 0.166 0.027 0.023 127 S 0.004 0.010 0.206 0.004 0.154 0.270 0.001 0.001 0.007 0.119 0.187 0.007 0.030 128 A 0.002 0.012 0.262 0.004 0.119 0.210 0.001 0.001 0.004 0.167 0.185 0.024 0.010 129 D 0.002 0.016 0.312 0.002 0.090 0.136 0.001 0.001 0.006 0.157 0.253 0.004 0.022 130 L 0.001 0.018 0.485 0.004 0.057 0.065 0.001 0.001 0.006 0.194 0.136 0.022 0.009 131 P 0.001 0.013 0.376 0.002 0.141 0.095 0.001 0.001 0.010 0.113 0.218 0.005 0.025 132 N 0.002 0.018 0.357 0.006 0.098 0.060 0.001 0.001 0.013 0.194 0.221 0.014 0.015 133 T 0.002 0.013 0.264 0.011 0.069 0.041 0.001 0.001 0.019 0.267 0.266 0.023 0.022 134 G 0.003 0.013 0.436 0.007 0.020 0.018 0.002 0.001 0.026 0.206 0.217 0.013 0.037 135 R 0.003 0.022 0.633 0.008 0.013 0.012 0.003 0.001 0.035 0.155 0.041 0.044 0.031 136 P 0.005 0.021 0.616 0.005 0.014 0.015 0.005 0.002 0.067 0.084 0.064 0.037 0.066 137 F 0.012 0.030 0.469 0.012 0.022 0.029 0.011 0.005 0.077 0.095 0.059 0.036 0.142 138 Q 0.012 0.028 0.492 0.017 0.018 0.038 0.012 0.005 0.065 0.094 0.042 0.138 0.040 139 C 0.011 0.028 0.383 0.005 0.038 0.096 0.006 0.004 0.046 0.100 0.057 0.019 0.206 140 I 0.004 0.013 0.542 0.009 0.019 0.115 0.002 0.001 0.014 0.111 0.034 0.113 0.021 141 P 0.004 0.009 0.197 0.004 0.089 0.492 0.001 0.001 0.008 0.038 0.083 0.008 0.066 142 G 0.002 0.004 0.045 0.003 0.099 0.766 0.001 0.001 0.002 0.018 0.043 0.008 0.009 143 Y 0.001 0.002 0.020 0.001 0.109 0.819 0.001 0.001 0.002 0.010 0.022 0.008 0.007 144 R 0.001 0.001 0.021 0.001 0.042 0.889 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.003 0.007 145 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.019 0.923 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.002 0.003 146 E 0.001 0.001 0.021 0.001 0.021 0.915 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 0.003 0.003 147 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.021 0.918 0.001 0.001 0.001 0.009 0.031 0.001 0.003 148 A 0.001 0.001 0.032 0.001 0.018 0.905 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 0.003 0.002 149 V 0.001 0.001 0.019 0.001 0.020 0.929 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.003 150 E 0.001 0.001 0.021 0.001 0.017 0.920 0.001 0.001 0.002 0.009 0.024 0.002 0.002 151 M 0.001 0.002 0.031 0.001 0.027 0.883 0.001 0.001 0.003 0.011 0.028 0.005 0.007 152 L 0.001 0.002 0.050 0.001 0.028 0.839 0.001 0.001 0.008 0.012 0.043 0.003 0.012 153 K 0.002 0.003 0.056 0.003 0.043 0.800 0.001 0.001 0.007 0.019 0.053 0.008 0.006 154 T 0.002 0.003 0.061 0.002 0.093 0.674 0.001 0.001 0.010 0.026 0.111 0.004 0.013 155 F 0.005 0.010 0.164 0.002 0.059 0.423 0.003 0.002 0.015 0.055 0.232 0.014 0.015 156 Y 0.004 0.020 0.333 0.004 0.033 0.173 0.002 0.002 0.013 0.152 0.227 0.013 0.023 157 K 0.001 0.006 0.690 0.002 0.009 0.039 0.001 0.001 0.005 0.121 0.114 0.007 0.005