# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 677.451 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.050 0.027 0.001 0.047 0.052 0.062 0.119 0.003 0.001 0.067 0.570 2 Q 0.035 0.049 0.001 0.029 0.036 0.052 0.104 0.005 0.001 0.053 0.635 3 S 0.021 0.085 0.002 0.021 0.015 0.018 0.084 0.003 0.001 0.239 0.511 4 M 0.028 0.550 0.003 0.012 0.009 0.007 0.042 0.007 0.001 0.071 0.271 5 E 0.038 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.027 0.050 6 E 0.006 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.037 0.034 7 T 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.007 8 E 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 9 K 0.004 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.039 0.007 10 W 0.008 0.898 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.067 0.010 11 M 0.012 0.898 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.051 0.012 12 E 0.026 0.767 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.153 0.035 13 E 0.014 0.882 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.004 0.028 0.052 14 A 0.016 0.906 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.003 0.021 0.033 15 M 0.017 0.837 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.003 0.039 0.080 16 H 0.033 0.741 0.005 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.002 0.067 0.133 17 M 0.033 0.794 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.003 0.032 0.109 18 A 0.032 0.765 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.009 0.002 0.038 0.132 19 K 0.052 0.523 0.005 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 0.003 0.085 0.303 20 E 0.082 0.331 0.011 0.005 0.001 0.001 0.052 0.009 0.006 0.126 0.376 21 A 0.099 0.078 0.040 0.009 0.002 0.003 0.072 0.018 0.029 0.267 0.383 22 L 0.208 0.020 0.068 0.012 0.004 0.006 0.061 0.010 0.020 0.160 0.431 23 E 0.084 0.004 0.004 0.007 0.002 0.004 0.065 0.002 0.002 0.033 0.795 24 N 0.092 0.001 0.002 0.006 0.001 0.003 0.081 0.001 0.001 0.030 0.782 25 T 0.012 0.001 0.001 0.022 0.003 0.007 0.168 0.001 0.001 0.020 0.766 26 E 0.004 0.001 0.001 0.016 0.002 0.005 0.092 0.001 0.001 0.015 0.864 27 V 0.010 0.001 0.001 0.104 0.072 0.055 0.158 0.001 0.001 0.060 0.539 28 P 0.007 0.002 0.001 0.498 0.023 0.061 0.059 0.001 0.001 0.105 0.244 29 V 0.001 0.001 0.001 0.338 0.089 0.185 0.087 0.001 0.001 0.044 0.255 30 G 0.001 0.001 0.001 0.643 0.076 0.194 0.018 0.001 0.001 0.015 0.054 31 C 0.001 0.001 0.001 0.218 0.285 0.378 0.018 0.001 0.001 0.019 0.082 32 L 0.001 0.001 0.001 0.126 0.432 0.379 0.008 0.001 0.001 0.025 0.028 33 M 0.003 0.001 0.004 0.081 0.301 0.417 0.024 0.001 0.001 0.050 0.120 34 V 0.128 0.001 0.002 0.079 0.139 0.231 0.055 0.002 0.001 0.150 0.212 35 Y 0.489 0.001 0.001 0.024 0.018 0.031 0.063 0.002 0.001 0.061 0.310 36 N 0.003 0.001 0.001 0.010 0.010 0.020 0.135 0.001 0.001 0.014 0.807 37 N 0.004 0.001 0.001 0.021 0.066 0.051 0.071 0.001 0.001 0.031 0.753 38 E 0.003 0.002 0.001 0.057 0.467 0.246 0.042 0.001 0.001 0.063 0.118 39 V 0.003 0.003 0.001 0.104 0.203 0.262 0.030 0.001 0.001 0.123 0.269 40 V 0.005 0.003 0.001 0.074 0.388 0.341 0.023 0.001 0.001 0.043 0.121 41 G 0.012 0.005 0.001 0.094 0.194 0.307 0.041 0.001 0.001 0.091 0.253 42 K 0.008 0.007 0.001 0.053 0.207 0.312 0.075 0.001 0.001 0.058 0.278 43 G 0.051 0.027 0.003 0.096 0.090 0.177 0.132 0.006 0.001 0.098 0.319 44 R 0.022 0.014 0.003 0.064 0.075 0.124 0.158 0.005 0.001 0.099 0.435 45 N 0.080 0.048 0.004 0.076 0.047 0.103 0.119 0.008 0.001 0.088 0.427 46 E 0.077 0.023 0.004 0.051 0.037 0.061 0.121 0.007 0.002 0.128 0.489 47 V 0.050 0.024 0.008 0.069 0.040 0.060 0.149 0.005 0.002 0.101 0.492 48 N 0.085 0.035 0.005 0.064 0.026 0.048 0.114 0.007 0.001 0.089 0.526 49 Q 0.139 0.032 0.002 0.029 0.014 0.022 0.121 0.009 0.001 0.047 0.586 50 T 0.044 0.019 0.003 0.028 0.019 0.028 0.165 0.003 0.001 0.163 0.528 51 K 0.016 0.053 0.004 0.032 0.016 0.022 0.131 0.002 0.001 0.063 0.659 52 N 0.117 0.332 0.003 0.025 0.022 0.025 0.089 0.012 0.001 0.066 0.309 53 A 0.056 0.638 0.002 0.006 0.006 0.011 0.037 0.011 0.001 0.029 0.201 54 T 0.013 0.894 0.001 0.002 0.004 0.007 0.009 0.001 0.001 0.012 0.057 55 R 0.004 0.953 0.001 0.002 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.007 0.020 56 H 0.006 0.953 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.014 0.011 57 A 0.004 0.931 0.001 0.001 0.006 0.010 0.003 0.001 0.001 0.030 0.013 58 E 0.003 0.971 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 59 M 0.005 0.947 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.033 0.005 60 V 0.004 0.887 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.003 0.001 0.080 0.012 61 A 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.005 62 I 0.002 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.004 63 D 0.007 0.905 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.072 0.008 64 Q 0.012 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.021 0.010 65 V 0.015 0.903 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.005 0.022 0.019 66 L 0.090 0.697 0.025 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.006 0.102 0.059 67 D 0.099 0.529 0.006 0.001 0.001 0.001 0.026 0.007 0.005 0.069 0.256 68 W 0.065 0.136 0.036 0.004 0.002 0.003 0.085 0.015 0.014 0.236 0.404 69 C 0.084 0.050 0.117 0.015 0.005 0.008 0.109 0.019 0.036 0.173 0.384 70 R 0.302 0.027 0.004 0.004 0.002 0.003 0.062 0.007 0.004 0.026 0.558 71 Q 0.176 0.008 0.003 0.006 0.002 0.002 0.067 0.006 0.002 0.026 0.702 72 S 0.051 0.005 0.002 0.010 0.002 0.004 0.125 0.002 0.001 0.027 0.773 73 G 0.014 0.002 0.001 0.014 0.003 0.006 0.134 0.001 0.001 0.022 0.804 74 K 0.007 0.002 0.001 0.010 0.006 0.008 0.143 0.001 0.001 0.012 0.810 75 S 0.279 0.033 0.001 0.017 0.007 0.008 0.076 0.005 0.001 0.028 0.545 76 P 0.123 0.048 0.001 0.008 0.003 0.007 0.099 0.005 0.001 0.019 0.687 77 S 0.080 0.035 0.002 0.016 0.006 0.017 0.104 0.002 0.001 0.039 0.699 78 E 0.024 0.014 0.005 0.061 0.043 0.083 0.122 0.001 0.001 0.067 0.579 79 V 0.077 0.017 0.005 0.037 0.043 0.088 0.116 0.003 0.001 0.090 0.523 80 F 0.266 0.013 0.002 0.032 0.044 0.072 0.110 0.006 0.001 0.091 0.363 81 E 0.018 0.010 0.002 0.046 0.049 0.147 0.129 0.001 0.001 0.056 0.542 82 H 0.003 0.004 0.001 0.075 0.066 0.256 0.114 0.001 0.001 0.040 0.440 83 T 0.002 0.002 0.001 0.160 0.278 0.356 0.047 0.001 0.001 0.038 0.117 84 V 0.002 0.002 0.001 0.267 0.230 0.303 0.030 0.001 0.001 0.062 0.104 85 L 0.001 0.001 0.001 0.325 0.265 0.285 0.021 0.001 0.001 0.033 0.068 86 Y 0.003 0.002 0.001 0.470 0.173 0.207 0.021 0.001 0.001 0.031 0.091 87 V 0.009 0.002 0.001 0.368 0.192 0.192 0.043 0.001 0.001 0.047 0.146 88 T 0.005 0.002 0.001 0.364 0.114 0.175 0.072 0.001 0.001 0.050 0.216 89 V 0.021 0.007 0.001 0.256 0.042 0.052 0.096 0.003 0.001 0.054 0.467 90 E 0.022 0.016 0.001 0.149 0.060 0.053 0.148 0.003 0.001 0.083 0.465 91 P 0.012 0.164 0.002 0.042 0.007 0.009 0.082 0.006 0.001 0.090 0.585 92 C 0.056 0.763 0.001 0.003 0.003 0.002 0.018 0.011 0.001 0.040 0.102 93 I 0.028 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.082 0.030 94 M 0.006 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.016 0.016 95 C 0.013 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.006 0.005 96 A 0.020 0.888 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.064 0.011 97 A 0.011 0.935 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.021 0.022 98 A 0.029 0.875 0.013 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.004 0.025 0.033 99 L 0.123 0.169 0.168 0.001 0.001 0.003 0.028 0.084 0.253 0.091 0.080 100 R 0.537 0.025 0.050 0.002 0.005 0.005 0.041 0.009 0.030 0.057 0.237 101 L 0.052 0.003 0.008 0.002 0.003 0.004 0.061 0.001 0.003 0.036 0.828 102 M 0.014 0.002 0.003 0.007 0.005 0.007 0.191 0.001 0.001 0.031 0.739 103 K 0.009 0.002 0.002 0.015 0.003 0.010 0.147 0.001 0.001 0.017 0.793 104 I 0.006 0.001 0.001 0.022 0.008 0.016 0.173 0.001 0.001 0.021 0.754 105 P 0.004 0.002 0.001 0.372 0.050 0.086 0.086 0.001 0.001 0.054 0.345 106 L 0.001 0.002 0.001 0.498 0.041 0.115 0.056 0.001 0.001 0.057 0.228 107 V 0.001 0.001 0.001 0.824 0.033 0.046 0.014 0.001 0.001 0.023 0.058 108 V 0.001 0.001 0.001 0.886 0.030 0.032 0.005 0.001 0.001 0.014 0.031 109 Y 0.002 0.002 0.001 0.730 0.062 0.090 0.017 0.001 0.001 0.028 0.067 110 G 0.014 0.004 0.001 0.436 0.091 0.107 0.058 0.001 0.001 0.063 0.224 111 C 0.009 0.005 0.002 0.277 0.112 0.164 0.098 0.001 0.001 0.056 0.276 112 Q 0.036 0.024 0.003 0.067 0.033 0.058 0.122 0.007 0.001 0.043 0.608 113 N 0.375 0.032 0.008 0.032 0.025 0.028 0.088 0.020 0.003 0.116 0.272 114 E 0.148 0.054 0.005 0.017 0.010 0.018 0.122 0.009 0.002 0.050 0.567 115 R 0.128 0.080 0.003 0.023 0.010 0.025 0.095 0.007 0.001 0.039 0.588 116 F 0.067 0.044 0.007 0.022 0.013 0.028 0.128 0.008 0.002 0.055 0.626 117 G 0.095 0.045 0.006 0.035 0.029 0.047 0.135 0.005 0.002 0.108 0.493 118 G 0.068 0.085 0.003 0.030 0.028 0.044 0.099 0.006 0.001 0.068 0.570 119 C 0.060 0.197 0.002 0.023 0.024 0.037 0.116 0.007 0.001 0.046 0.488 120 G 0.046 0.153 0.006 0.024 0.032 0.056 0.097 0.006 0.002 0.168 0.412 121 S 0.042 0.356 0.002 0.061 0.034 0.067 0.072 0.006 0.001 0.068 0.291 122 V 0.066 0.426 0.003 0.027 0.021 0.042 0.056 0.014 0.001 0.065 0.278 123 L 0.036 0.118 0.009 0.040 0.076 0.099 0.102 0.007 0.002 0.178 0.333 124 N 0.074 0.189 0.007 0.054 0.036 0.083 0.064 0.006 0.002 0.141 0.343 125 I 0.115 0.151 0.009 0.049 0.028 0.030 0.087 0.012 0.003 0.086 0.429 126 A 0.126 0.101 0.017 0.032 0.028 0.045 0.115 0.031 0.008 0.076 0.421 127 S 0.320 0.045 0.005 0.009 0.013 0.024 0.071 0.007 0.002 0.059 0.446 128 A 0.034 0.015 0.002 0.013 0.014 0.023 0.114 0.002 0.001 0.038 0.743 129 D 0.025 0.011 0.005 0.012 0.019 0.032 0.164 0.002 0.001 0.070 0.661 130 L 0.098 0.009 0.010 0.021 0.028 0.046 0.150 0.007 0.005 0.106 0.521 131 P 0.077 0.006 0.002 0.015 0.015 0.021 0.114 0.003 0.001 0.034 0.714 132 N 0.072 0.004 0.002 0.016 0.019 0.036 0.094 0.002 0.001 0.034 0.722 133 T 0.008 0.003 0.001 0.027 0.022 0.044 0.142 0.001 0.001 0.015 0.738 134 G 0.012 0.006 0.001 0.031 0.025 0.038 0.089 0.001 0.001 0.022 0.775 135 R 0.014 0.009 0.001 0.072 0.155 0.114 0.094 0.001 0.001 0.034 0.508 136 P 0.057 0.029 0.001 0.129 0.048 0.094 0.073 0.005 0.001 0.044 0.518 137 F 0.029 0.006 0.001 0.079 0.067 0.089 0.122 0.001 0.001 0.062 0.545 138 Q 0.006 0.021 0.001 0.162 0.061 0.103 0.085 0.001 0.001 0.044 0.515 139 C 0.038 0.270 0.001 0.026 0.033 0.035 0.054 0.004 0.001 0.035 0.504 140 I 0.066 0.595 0.002 0.009 0.023 0.020 0.036 0.012 0.001 0.043 0.193 141 P 0.023 0.838 0.002 0.002 0.003 0.007 0.013 0.008 0.001 0.016 0.088 142 G 0.065 0.732 0.008 0.006 0.006 0.012 0.014 0.016 0.003 0.042 0.097 143 Y 0.117 0.595 0.009 0.004 0.007 0.011 0.023 0.016 0.003 0.044 0.169 144 R 0.109 0.643 0.007 0.002 0.004 0.005 0.018 0.013 0.003 0.038 0.157 145 A 0.041 0.684 0.008 0.001 0.002 0.003 0.021 0.013 0.003 0.025 0.199 146 E 0.064 0.750 0.007 0.001 0.002 0.003 0.016 0.008 0.002 0.027 0.120 147 E 0.029 0.809 0.004 0.001 0.001 0.002 0.012 0.007 0.002 0.013 0.120 148 A 0.053 0.828 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.013 0.002 0.012 0.078 149 V 0.149 0.639 0.006 0.002 0.002 0.004 0.016 0.019 0.003 0.022 0.138 150 E 0.055 0.118 0.013 0.011 0.008 0.015 0.067 0.004 0.005 0.292 0.411 151 M 0.052 0.124 0.031 0.037 0.014 0.022 0.073 0.007 0.009 0.171 0.461 152 L 0.276 0.204 0.009 0.026 0.012 0.010 0.063 0.024 0.003 0.049 0.324 153 K 0.221 0.039 0.017 0.014 0.007 0.010 0.068 0.022 0.012 0.074 0.516 154 T 0.059 0.017 0.005 0.023 0.012 0.020 0.091 0.002 0.001 0.029 0.741 155 F 0.045 0.012 0.002 0.027 0.009 0.017 0.078 0.002 0.001 0.026 0.781 156 Y 0.043 0.005 0.001 0.021 0.015 0.017 0.199 0.002 0.001 0.029 0.666 157 K 0.037 0.013 0.001 0.037 0.014 0.026 0.132 0.002 0.001 0.030 0.707