# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 677.451 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.072 0.059 0.027 0.048 0.056 0.117 0.060 0.562 2 Q 0.071 0.161 0.023 0.033 0.044 0.098 0.059 0.512 3 S 0.061 0.161 0.020 0.015 0.025 0.088 0.208 0.420 4 M 0.044 0.425 0.017 0.008 0.012 0.065 0.077 0.351 5 E 0.046 0.777 0.004 0.003 0.003 0.020 0.046 0.101 6 E 0.010 0.867 0.003 0.001 0.002 0.012 0.038 0.067 7 T 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.011 8 E 0.008 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.009 9 K 0.008 0.899 0.003 0.001 0.001 0.004 0.073 0.013 10 W 0.005 0.938 0.002 0.001 0.001 0.002 0.044 0.009 11 M 0.008 0.965 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 12 E 0.021 0.888 0.005 0.001 0.001 0.007 0.053 0.026 13 E 0.012 0.917 0.003 0.001 0.001 0.006 0.030 0.032 14 A 0.008 0.954 0.003 0.001 0.001 0.003 0.016 0.015 15 M 0.039 0.851 0.010 0.001 0.001 0.009 0.054 0.036 16 H 0.048 0.828 0.006 0.001 0.001 0.012 0.031 0.075 17 M 0.051 0.793 0.009 0.001 0.001 0.016 0.025 0.104 18 A 0.091 0.641 0.034 0.002 0.003 0.032 0.078 0.119 19 K 0.180 0.476 0.010 0.002 0.003 0.047 0.050 0.232 20 E 0.113 0.166 0.030 0.007 0.012 0.069 0.100 0.504 21 A 0.114 0.044 0.057 0.009 0.017 0.109 0.112 0.537 22 L 0.245 0.006 0.025 0.012 0.012 0.089 0.065 0.545 23 E 0.066 0.001 0.005 0.003 0.006 0.063 0.011 0.843 24 N 0.046 0.001 0.002 0.001 0.002 0.084 0.011 0.854 25 T 0.013 0.001 0.019 0.012 0.019 0.137 0.012 0.787 26 E 0.015 0.001 0.011 0.004 0.009 0.082 0.033 0.846 27 V 0.016 0.002 0.052 0.067 0.022 0.192 0.029 0.622 28 P 0.009 0.004 0.195 0.027 0.096 0.137 0.034 0.497 29 V 0.002 0.002 0.130 0.137 0.234 0.108 0.071 0.316 30 G 0.001 0.001 0.250 0.126 0.542 0.012 0.026 0.043 31 C 0.001 0.001 0.097 0.272 0.529 0.011 0.015 0.074 32 L 0.001 0.001 0.344 0.348 0.213 0.010 0.039 0.045 33 M 0.001 0.001 0.191 0.307 0.371 0.018 0.042 0.071 34 V 0.042 0.001 0.119 0.138 0.378 0.052 0.054 0.217 35 Y 0.587 0.001 0.032 0.048 0.036 0.049 0.092 0.155 36 N 0.020 0.003 0.019 0.007 0.026 0.119 0.039 0.768 37 N 0.011 0.001 0.051 0.029 0.093 0.157 0.051 0.607 38 E 0.001 0.001 0.134 0.378 0.357 0.026 0.024 0.079 39 V 0.003 0.002 0.301 0.177 0.230 0.031 0.085 0.171 40 V 0.011 0.002 0.176 0.356 0.175 0.037 0.111 0.132 41 G 0.025 0.003 0.307 0.142 0.321 0.033 0.048 0.120 42 K 0.021 0.005 0.117 0.179 0.195 0.085 0.053 0.345 43 G 0.039 0.012 0.090 0.168 0.232 0.112 0.048 0.300 44 R 0.029 0.013 0.059 0.119 0.124 0.154 0.071 0.431 45 N 0.054 0.034 0.055 0.090 0.153 0.134 0.086 0.395 46 E 0.058 0.020 0.062 0.090 0.137 0.113 0.130 0.391 47 V 0.074 0.013 0.045 0.052 0.082 0.125 0.088 0.519 48 N 0.154 0.010 0.034 0.052 0.093 0.103 0.048 0.506 49 Q 0.080 0.009 0.025 0.025 0.039 0.096 0.054 0.671 50 T 0.030 0.008 0.023 0.030 0.051 0.152 0.055 0.651 51 K 0.011 0.014 0.020 0.030 0.038 0.120 0.027 0.740 52 N 0.162 0.178 0.014 0.018 0.013 0.076 0.246 0.292 53 A 0.032 0.294 0.023 0.018 0.034 0.083 0.095 0.422 54 T 0.017 0.559 0.012 0.019 0.036 0.041 0.038 0.278 55 R 0.008 0.770 0.016 0.022 0.044 0.018 0.047 0.075 56 H 0.006 0.721 0.012 0.015 0.025 0.011 0.135 0.075 57 A 0.002 0.901 0.008 0.011 0.019 0.003 0.038 0.018 58 E 0.001 0.975 0.002 0.002 0.003 0.001 0.009 0.006 59 M 0.004 0.922 0.007 0.005 0.005 0.002 0.044 0.012 60 V 0.003 0.955 0.004 0.003 0.003 0.002 0.023 0.009 61 A 0.005 0.946 0.005 0.002 0.002 0.002 0.026 0.011 62 I 0.006 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 63 D 0.022 0.893 0.005 0.001 0.001 0.006 0.040 0.032 64 Q 0.019 0.841 0.007 0.001 0.001 0.008 0.080 0.043 65 V 0.056 0.788 0.011 0.001 0.001 0.015 0.072 0.055 66 L 0.129 0.543 0.030 0.002 0.002 0.031 0.124 0.139 67 D 0.148 0.403 0.008 0.002 0.003 0.040 0.036 0.359 68 W 0.076 0.083 0.033 0.004 0.006 0.080 0.137 0.581 69 C 0.056 0.033 0.064 0.005 0.006 0.140 0.170 0.526 70 R 0.338 0.032 0.008 0.003 0.004 0.075 0.048 0.491 71 Q 0.089 0.009 0.006 0.002 0.004 0.059 0.027 0.805 72 S 0.041 0.005 0.012 0.003 0.005 0.138 0.028 0.768 73 G 0.022 0.004 0.028 0.012 0.027 0.168 0.036 0.701 74 K 0.009 0.004 0.021 0.011 0.018 0.103 0.014 0.821 75 S 0.411 0.060 0.009 0.010 0.010 0.060 0.142 0.296 76 P 0.117 0.076 0.011 0.007 0.016 0.095 0.054 0.623 77 S 0.062 0.033 0.017 0.016 0.028 0.099 0.059 0.686 78 E 0.048 0.013 0.034 0.077 0.116 0.106 0.092 0.514 79 V 0.077 0.004 0.039 0.054 0.075 0.105 0.100 0.545 80 F 0.158 0.003 0.021 0.034 0.040 0.111 0.087 0.545 81 E 0.021 0.004 0.056 0.033 0.072 0.155 0.032 0.628 82 H 0.005 0.002 0.099 0.041 0.141 0.134 0.023 0.555 83 T 0.001 0.001 0.187 0.218 0.351 0.051 0.037 0.154 84 V 0.001 0.002 0.313 0.153 0.297 0.025 0.095 0.115 85 L 0.001 0.001 0.260 0.308 0.318 0.012 0.037 0.061 86 Y 0.003 0.002 0.334 0.248 0.228 0.021 0.062 0.102 87 V 0.004 0.002 0.304 0.290 0.228 0.028 0.036 0.107 88 T 0.031 0.023 0.250 0.105 0.193 0.070 0.097 0.232 89 V 0.116 0.039 0.097 0.055 0.060 0.120 0.089 0.424 90 E 0.050 0.097 0.062 0.047 0.054 0.111 0.129 0.449 91 P 0.025 0.348 0.018 0.010 0.018 0.083 0.081 0.416 92 C 0.027 0.768 0.007 0.005 0.006 0.026 0.048 0.114 93 I 0.023 0.816 0.003 0.004 0.004 0.017 0.070 0.063 94 M 0.009 0.878 0.003 0.002 0.003 0.009 0.057 0.038 95 C 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 96 A 0.015 0.891 0.007 0.003 0.005 0.007 0.050 0.021 97 A 0.008 0.927 0.004 0.003 0.006 0.004 0.030 0.019 98 A 0.018 0.825 0.013 0.013 0.029 0.010 0.041 0.050 99 L 0.050 0.185 0.191 0.044 0.040 0.031 0.354 0.105 100 R 0.473 0.036 0.037 0.063 0.071 0.046 0.095 0.179 101 L 0.117 0.003 0.009 0.012 0.022 0.056 0.044 0.736 102 M 0.014 0.001 0.015 0.012 0.018 0.200 0.014 0.725 103 K 0.015 0.003 0.024 0.006 0.024 0.110 0.048 0.770 104 I 0.015 0.002 0.034 0.023 0.015 0.181 0.035 0.695 105 P 0.002 0.002 0.457 0.025 0.050 0.078 0.054 0.332 106 L 0.001 0.002 0.601 0.021 0.056 0.043 0.078 0.197 107 V 0.001 0.001 0.907 0.015 0.018 0.008 0.015 0.037 108 V 0.002 0.001 0.873 0.030 0.028 0.009 0.018 0.038 109 Y 0.003 0.001 0.870 0.021 0.029 0.010 0.024 0.042 110 G 0.021 0.004 0.586 0.024 0.042 0.058 0.050 0.215 111 C 0.021 0.006 0.306 0.047 0.049 0.154 0.046 0.370 112 Q 0.018 0.011 0.120 0.021 0.034 0.160 0.024 0.613 113 N 0.399 0.042 0.028 0.008 0.009 0.074 0.194 0.244 114 E 0.132 0.036 0.018 0.008 0.011 0.159 0.045 0.591 115 R 0.118 0.048 0.013 0.012 0.018 0.115 0.055 0.621 116 F 0.097 0.036 0.023 0.011 0.025 0.165 0.083 0.560 117 G 0.075 0.042 0.041 0.035 0.047 0.159 0.082 0.519 118 G 0.071 0.059 0.042 0.057 0.077 0.120 0.101 0.474 119 C 0.072 0.113 0.046 0.028 0.050 0.137 0.057 0.496 120 G 0.067 0.080 0.062 0.044 0.084 0.122 0.162 0.378 121 S 0.046 0.222 0.058 0.057 0.101 0.094 0.095 0.328 122 V 0.087 0.240 0.049 0.048 0.088 0.086 0.085 0.318 123 L 0.067 0.109 0.107 0.075 0.081 0.082 0.189 0.290 124 N 0.108 0.158 0.063 0.042 0.095 0.086 0.104 0.345 125 I 0.135 0.072 0.056 0.047 0.057 0.100 0.091 0.442 126 A 0.100 0.053 0.061 0.043 0.064 0.112 0.065 0.502 127 S 0.201 0.043 0.013 0.015 0.025 0.080 0.082 0.542 128 A 0.055 0.017 0.019 0.019 0.025 0.128 0.058 0.680 129 D 0.034 0.012 0.027 0.025 0.035 0.135 0.051 0.680 130 L 0.095 0.008 0.028 0.024 0.033 0.102 0.105 0.605 131 P 0.070 0.003 0.027 0.023 0.028 0.120 0.034 0.695 132 N 0.081 0.003 0.017 0.011 0.018 0.096 0.049 0.724 133 T 0.017 0.003 0.035 0.020 0.031 0.144 0.025 0.725 134 G 0.030 0.006 0.042 0.015 0.032 0.107 0.042 0.726 135 R 0.030 0.010 0.077 0.106 0.063 0.124 0.048 0.543 136 P 0.024 0.012 0.164 0.034 0.094 0.088 0.054 0.530 137 F 0.046 0.011 0.090 0.078 0.068 0.124 0.056 0.526 138 Q 0.016 0.027 0.235 0.084 0.166 0.084 0.037 0.351 139 C 0.032 0.108 0.066 0.043 0.063 0.092 0.053 0.543 140 I 0.076 0.351 0.058 0.040 0.044 0.075 0.092 0.264 141 P 0.044 0.627 0.017 0.012 0.019 0.047 0.040 0.194 142 G 0.079 0.646 0.018 0.010 0.016 0.034 0.069 0.129 143 Y 0.076 0.641 0.017 0.008 0.010 0.031 0.089 0.129 144 R 0.049 0.706 0.009 0.004 0.006 0.027 0.055 0.144 145 A 0.032 0.762 0.005 0.002 0.003 0.016 0.054 0.127 146 E 0.017 0.900 0.002 0.001 0.001 0.009 0.017 0.054 147 E 0.009 0.932 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.040 148 A 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.019 149 V 0.026 0.866 0.002 0.001 0.001 0.004 0.081 0.020 150 E 0.023 0.290 0.017 0.001 0.001 0.014 0.615 0.039 151 M 0.035 0.742 0.023 0.001 0.002 0.023 0.085 0.089 152 L 0.116 0.684 0.029 0.002 0.003 0.014 0.040 0.113 153 K 0.159 0.183 0.059 0.005 0.006 0.073 0.064 0.451 154 T 0.136 0.030 0.014 0.004 0.005 0.092 0.027 0.691 155 F 0.118 0.010 0.010 0.002 0.004 0.092 0.055 0.708 156 Y 0.029 0.004 0.013 0.002 0.003 0.198 0.037 0.715 157 K 0.014 0.006 0.020 0.003 0.009 0.107 0.035 0.806