# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 677.451 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.242 0.091 0.050 0.084 0.088 0.089 0.142 0.090 0.063 0.040 0.021 2 Q 0.343 0.172 0.106 0.153 0.090 0.049 0.045 0.022 0.012 0.006 0.003 3 S 0.158 0.212 0.123 0.152 0.103 0.075 0.087 0.045 0.026 0.014 0.006 4 M 0.086 0.098 0.063 0.130 0.132 0.119 0.176 0.097 0.055 0.029 0.013 5 E 0.451 0.169 0.153 0.126 0.049 0.022 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 6 E 0.122 0.149 0.191 0.237 0.132 0.071 0.056 0.026 0.009 0.005 0.002 7 T 0.019 0.051 0.074 0.097 0.110 0.129 0.207 0.149 0.090 0.056 0.018 8 E 0.046 0.036 0.140 0.136 0.150 0.174 0.197 0.075 0.030 0.012 0.004 9 K 0.035 0.045 0.617 0.172 0.072 0.027 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 10 W 0.002 0.006 0.046 0.042 0.076 0.138 0.283 0.173 0.122 0.086 0.027 11 M 0.001 0.001 0.009 0.010 0.024 0.063 0.209 0.179 0.234 0.206 0.065 12 E 0.003 0.011 0.531 0.158 0.115 0.080 0.061 0.023 0.010 0.005 0.002 13 E 0.003 0.013 0.426 0.156 0.142 0.111 0.102 0.032 0.008 0.004 0.002 14 A 0.001 0.001 0.006 0.003 0.008 0.023 0.091 0.124 0.254 0.290 0.200 15 M 0.001 0.001 0.006 0.007 0.026 0.107 0.280 0.148 0.203 0.159 0.063 16 H 0.005 0.012 0.762 0.128 0.057 0.019 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 17 M 0.001 0.006 0.089 0.047 0.081 0.240 0.359 0.096 0.046 0.027 0.008 18 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.020 0.078 0.097 0.281 0.313 0.202 19 K 0.018 0.024 0.208 0.168 0.178 0.146 0.161 0.062 0.021 0.010 0.003 20 E 0.006 0.027 0.700 0.161 0.063 0.025 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 21 A 0.004 0.005 0.019 0.015 0.030 0.077 0.197 0.169 0.183 0.172 0.130 22 L 0.021 0.020 0.024 0.038 0.060 0.101 0.219 0.172 0.155 0.131 0.060 23 E 0.056 0.163 0.456 0.204 0.072 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 24 N 0.128 0.127 0.133 0.141 0.126 0.107 0.120 0.060 0.028 0.019 0.013 25 T 0.395 0.174 0.036 0.076 0.056 0.055 0.084 0.056 0.035 0.022 0.011 26 E 0.364 0.208 0.062 0.147 0.081 0.054 0.041 0.022 0.011 0.007 0.004 27 V 0.021 0.021 0.039 0.068 0.088 0.151 0.211 0.133 0.122 0.087 0.059 28 P 0.017 0.050 0.057 0.123 0.136 0.147 0.222 0.107 0.080 0.040 0.022 29 V 0.001 0.002 0.005 0.008 0.014 0.024 0.065 0.105 0.237 0.257 0.282 30 G 0.002 0.006 0.008 0.024 0.044 0.049 0.101 0.141 0.200 0.228 0.198 31 C 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.015 0.039 0.113 0.208 0.294 0.312 32 L 0.001 0.002 0.005 0.014 0.045 0.032 0.087 0.236 0.178 0.195 0.204 33 M 0.001 0.001 0.004 0.007 0.015 0.013 0.034 0.089 0.187 0.283 0.366 34 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.030 0.066 0.079 0.230 0.278 0.292 35 Y 0.005 0.028 0.028 0.085 0.127 0.185 0.259 0.104 0.100 0.056 0.023 36 N 0.062 0.148 0.107 0.216 0.134 0.111 0.104 0.049 0.036 0.020 0.013 37 N 0.265 0.113 0.050 0.111 0.087 0.093 0.137 0.067 0.038 0.024 0.015 38 E 0.141 0.153 0.064 0.215 0.136 0.104 0.090 0.046 0.026 0.016 0.010 39 V 0.006 0.010 0.008 0.014 0.020 0.055 0.078 0.086 0.194 0.243 0.285 40 V 0.007 0.014 0.013 0.053 0.093 0.124 0.149 0.133 0.155 0.128 0.132 41 G 0.006 0.007 0.014 0.016 0.023 0.035 0.076 0.103 0.214 0.251 0.254 42 K 0.026 0.051 0.060 0.228 0.249 0.143 0.108 0.065 0.037 0.019 0.014 43 G 0.071 0.036 0.032 0.068 0.068 0.075 0.140 0.152 0.147 0.123 0.088 44 R 0.043 0.054 0.030 0.145 0.147 0.137 0.162 0.115 0.081 0.050 0.037 45 N 0.058 0.044 0.031 0.061 0.067 0.081 0.138 0.131 0.154 0.131 0.106 46 E 0.121 0.127 0.089 0.192 0.154 0.101 0.090 0.052 0.037 0.023 0.015 47 V 0.122 0.091 0.057 0.119 0.108 0.103 0.147 0.093 0.076 0.052 0.032 48 N 0.171 0.141 0.055 0.131 0.100 0.088 0.105 0.072 0.062 0.047 0.029 49 Q 0.180 0.190 0.065 0.164 0.110 0.083 0.081 0.052 0.037 0.024 0.014 50 T 0.296 0.181 0.061 0.137 0.088 0.064 0.064 0.045 0.030 0.022 0.012 51 K 0.219 0.138 0.056 0.143 0.107 0.098 0.097 0.061 0.042 0.025 0.014 52 N 0.184 0.130 0.058 0.151 0.113 0.101 0.107 0.068 0.045 0.026 0.016 53 A 0.035 0.040 0.032 0.081 0.095 0.103 0.157 0.135 0.133 0.098 0.092 54 T 0.022 0.028 0.032 0.063 0.090 0.099 0.160 0.142 0.157 0.118 0.090 55 R 0.026 0.036 0.065 0.128 0.132 0.136 0.192 0.114 0.091 0.050 0.028 56 H 0.013 0.020 0.046 0.098 0.116 0.124 0.215 0.138 0.111 0.068 0.050 57 A 0.001 0.003 0.009 0.011 0.019 0.021 0.064 0.104 0.219 0.246 0.301 58 E 0.001 0.003 0.007 0.016 0.044 0.045 0.113 0.176 0.217 0.214 0.166 59 M 0.002 0.003 0.014 0.019 0.037 0.059 0.127 0.169 0.218 0.220 0.132 60 V 0.004 0.009 0.047 0.081 0.134 0.116 0.225 0.180 0.101 0.063 0.039 61 A 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.010 0.040 0.117 0.206 0.281 0.325 62 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 0.049 0.072 0.239 0.323 0.290 63 D 0.005 0.010 0.152 0.136 0.181 0.169 0.190 0.070 0.051 0.026 0.011 64 Q 0.004 0.014 0.157 0.134 0.155 0.198 0.213 0.073 0.030 0.016 0.007 65 V 0.001 0.001 0.005 0.004 0.006 0.018 0.056 0.070 0.237 0.314 0.291 66 L 0.001 0.001 0.004 0.010 0.030 0.108 0.279 0.143 0.184 0.158 0.082 67 D 0.010 0.046 0.694 0.172 0.051 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 68 W 0.005 0.008 0.034 0.045 0.071 0.278 0.336 0.111 0.061 0.038 0.013 69 C 0.003 0.004 0.004 0.006 0.008 0.022 0.063 0.093 0.233 0.267 0.300 70 R 0.084 0.081 0.130 0.197 0.190 0.097 0.110 0.066 0.024 0.013 0.007 71 Q 0.081 0.105 0.301 0.199 0.111 0.080 0.055 0.030 0.017 0.012 0.008 72 S 0.140 0.108 0.048 0.101 0.107 0.097 0.154 0.111 0.063 0.039 0.032 73 G 0.426 0.126 0.031 0.088 0.075 0.050 0.072 0.064 0.033 0.021 0.014 74 K 0.299 0.129 0.069 0.136 0.100 0.071 0.072 0.050 0.034 0.022 0.018 75 S 0.183 0.200 0.059 0.116 0.104 0.075 0.088 0.065 0.048 0.035 0.027 76 P 0.254 0.195 0.035 0.120 0.107 0.073 0.087 0.059 0.035 0.021 0.014 77 S 0.599 0.123 0.028 0.080 0.054 0.033 0.033 0.022 0.014 0.009 0.005 78 E 0.305 0.131 0.050 0.155 0.113 0.071 0.072 0.048 0.028 0.017 0.010 79 V 0.051 0.092 0.031 0.138 0.140 0.132 0.154 0.106 0.079 0.048 0.028 80 F 0.011 0.019 0.012 0.034 0.055 0.088 0.143 0.140 0.174 0.168 0.157 81 E 0.128 0.170 0.162 0.241 0.148 0.063 0.046 0.024 0.011 0.005 0.003 82 H 0.193 0.105 0.091 0.226 0.133 0.083 0.088 0.040 0.023 0.013 0.006 83 T 0.004 0.004 0.006 0.009 0.011 0.023 0.054 0.065 0.236 0.281 0.307 84 V 0.020 0.073 0.049 0.181 0.189 0.136 0.136 0.084 0.069 0.038 0.026 85 L 0.004 0.006 0.018 0.018 0.024 0.050 0.084 0.115 0.200 0.229 0.252 86 Y 0.008 0.013 0.027 0.053 0.099 0.104 0.203 0.205 0.132 0.090 0.065 87 V 0.003 0.004 0.013 0.017 0.022 0.024 0.074 0.153 0.244 0.253 0.193 88 T 0.015 0.020 0.043 0.071 0.088 0.064 0.122 0.143 0.171 0.132 0.132 89 V 0.013 0.017 0.029 0.045 0.050 0.076 0.160 0.136 0.213 0.160 0.102 90 E 0.015 0.023 0.044 0.079 0.107 0.090 0.182 0.188 0.127 0.081 0.063 91 P 0.020 0.026 0.055 0.052 0.063 0.055 0.124 0.185 0.173 0.155 0.093 92 C 0.017 0.023 0.044 0.057 0.062 0.065 0.160 0.163 0.184 0.143 0.083 93 I 0.034 0.034 0.056 0.092 0.103 0.097 0.159 0.147 0.123 0.089 0.066 94 M 0.020 0.026 0.049 0.061 0.081 0.071 0.155 0.178 0.160 0.127 0.073 95 C 0.006 0.013 0.035 0.049 0.086 0.057 0.153 0.201 0.168 0.137 0.094 96 A 0.003 0.004 0.015 0.024 0.043 0.052 0.118 0.182 0.207 0.211 0.140 97 A 0.034 0.058 0.166 0.185 0.136 0.119 0.142 0.061 0.055 0.030 0.015 98 A 0.003 0.006 0.023 0.046 0.099 0.071 0.207 0.231 0.136 0.095 0.083 99 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.011 0.021 0.042 0.172 0.339 0.400 100 R 0.007 0.017 0.046 0.091 0.156 0.154 0.261 0.109 0.084 0.047 0.029 101 L 0.006 0.017 0.087 0.097 0.131 0.160 0.166 0.102 0.094 0.082 0.057 102 M 0.005 0.006 0.014 0.015 0.025 0.074 0.148 0.110 0.222 0.202 0.179 103 K 0.088 0.212 0.067 0.254 0.151 0.075 0.089 0.033 0.018 0.008 0.005 104 I 0.002 0.002 0.004 0.005 0.009 0.012 0.031 0.046 0.146 0.201 0.541 105 P 0.088 0.181 0.124 0.270 0.192 0.067 0.041 0.019 0.009 0.005 0.003 106 L 0.008 0.024 0.032 0.096 0.107 0.156 0.193 0.143 0.114 0.085 0.043 107 V 0.001 0.002 0.003 0.007 0.012 0.031 0.058 0.095 0.199 0.260 0.332 108 V 0.002 0.005 0.007 0.028 0.050 0.076 0.137 0.163 0.204 0.194 0.135 109 Y 0.002 0.003 0.011 0.016 0.029 0.048 0.088 0.121 0.211 0.254 0.216 110 G 0.003 0.005 0.012 0.030 0.055 0.074 0.139 0.137 0.200 0.199 0.145 111 C 0.003 0.004 0.006 0.016 0.027 0.060 0.120 0.124 0.245 0.228 0.166 112 Q 0.058 0.102 0.059 0.173 0.154 0.124 0.152 0.076 0.054 0.030 0.019 113 N 0.070 0.098 0.048 0.132 0.117 0.128 0.148 0.094 0.073 0.052 0.040 114 E 0.375 0.175 0.039 0.117 0.085 0.058 0.063 0.041 0.022 0.015 0.010 115 R 0.328 0.202 0.045 0.151 0.081 0.060 0.055 0.034 0.021 0.015 0.008 116 F 0.030 0.028 0.013 0.040 0.048 0.105 0.125 0.107 0.173 0.173 0.159 117 G 0.125 0.134 0.049 0.168 0.159 0.112 0.105 0.065 0.041 0.025 0.016 118 G 0.035 0.043 0.032 0.064 0.070 0.110 0.135 0.116 0.155 0.141 0.099 119 C 0.023 0.026 0.016 0.062 0.083 0.122 0.178 0.137 0.152 0.116 0.085 120 G 0.170 0.095 0.048 0.152 0.125 0.099 0.115 0.080 0.057 0.038 0.021 121 S 0.072 0.076 0.047 0.143 0.142 0.132 0.139 0.098 0.071 0.047 0.031 122 V 0.024 0.040 0.021 0.077 0.092 0.088 0.144 0.149 0.153 0.130 0.083 123 L 0.012 0.012 0.012 0.045 0.073 0.124 0.205 0.166 0.158 0.124 0.070 124 N 0.082 0.130 0.227 0.250 0.129 0.074 0.053 0.026 0.015 0.009 0.004 125 I 0.010 0.010 0.018 0.042 0.062 0.137 0.200 0.138 0.163 0.136 0.082 126 A 0.019 0.022 0.018 0.034 0.042 0.055 0.109 0.116 0.204 0.211 0.171 127 S 0.043 0.086 0.084 0.180 0.165 0.124 0.142 0.078 0.051 0.031 0.015 128 A 0.146 0.114 0.153 0.192 0.131 0.089 0.073 0.046 0.027 0.018 0.010 129 D 0.242 0.172 0.069 0.156 0.098 0.080 0.085 0.050 0.026 0.015 0.008 130 L 0.073 0.070 0.028 0.094 0.099 0.111 0.148 0.134 0.108 0.078 0.057 131 P 0.139 0.069 0.043 0.089 0.100 0.097 0.139 0.112 0.093 0.069 0.050 132 N 0.153 0.198 0.113 0.200 0.123 0.077 0.062 0.032 0.021 0.014 0.008 133 T 0.067 0.055 0.031 0.071 0.081 0.099 0.151 0.123 0.136 0.107 0.080 134 G 0.278 0.183 0.047 0.151 0.108 0.067 0.066 0.043 0.028 0.018 0.010 135 R 0.103 0.071 0.049 0.128 0.113 0.127 0.150 0.105 0.079 0.049 0.027 136 P 0.184 0.190 0.076 0.208 0.128 0.076 0.066 0.035 0.019 0.010 0.006 137 F 0.019 0.015 0.012 0.029 0.038 0.055 0.107 0.126 0.207 0.194 0.198 138 Q 0.088 0.109 0.074 0.174 0.167 0.108 0.111 0.075 0.048 0.030 0.017 139 C 0.048 0.066 0.084 0.144 0.125 0.139 0.155 0.091 0.076 0.050 0.024 140 I 0.087 0.070 0.062 0.122 0.124 0.133 0.162 0.102 0.070 0.042 0.026 141 P 0.137 0.120 0.068 0.144 0.120 0.089 0.128 0.089 0.057 0.032 0.017 142 G 0.072 0.056 0.066 0.117 0.121 0.109 0.176 0.118 0.085 0.054 0.027 143 Y 0.101 0.067 0.140 0.179 0.144 0.115 0.132 0.062 0.034 0.019 0.007 144 R 0.070 0.109 0.217 0.210 0.137 0.100 0.087 0.040 0.019 0.010 0.004 145 A 0.023 0.081 0.128 0.131 0.125 0.108 0.162 0.110 0.068 0.043 0.021 146 E 0.045 0.030 0.076 0.098 0.127 0.145 0.227 0.122 0.069 0.043 0.017 147 E 0.164 0.143 0.450 0.158 0.050 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 148 A 0.027 0.071 0.164 0.180 0.152 0.132 0.157 0.069 0.030 0.013 0.005 149 V 0.019 0.010 0.028 0.027 0.047 0.080 0.210 0.170 0.177 0.139 0.093 150 E 0.074 0.100 0.503 0.190 0.080 0.028 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 151 M 0.010 0.026 0.241 0.133 0.127 0.144 0.161 0.083 0.042 0.026 0.008 152 L 0.009 0.014 0.032 0.045 0.060 0.101 0.244 0.186 0.152 0.114 0.042 153 K 0.061 0.074 0.291 0.191 0.121 0.095 0.090 0.043 0.020 0.010 0.003 154 T 0.040 0.055 0.386 0.181 0.121 0.093 0.069 0.033 0.012 0.007 0.003 155 F 0.016 0.032 0.046 0.049 0.065 0.097 0.224 0.182 0.136 0.102 0.051 156 Y 0.101 0.089 0.055 0.072 0.081 0.101 0.198 0.117 0.097 0.062 0.027 157 K 0.496 0.201 0.163 0.097 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001