# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 677.451 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.065 0.034 0.005 0.095 0.068 0.142 0.076 0.002 0.001 0.005 0.506 2 Q 0.054 0.032 0.006 0.064 0.075 0.117 0.142 0.002 0.001 0.005 0.503 3 S 0.022 0.026 0.003 0.021 0.020 0.035 0.087 0.001 0.001 0.003 0.783 4 M 0.035 0.038 0.001 0.018 0.016 0.033 0.127 0.001 0.001 0.003 0.727 5 E 0.035 0.079 0.001 0.012 0.010 0.017 0.301 0.001 0.001 0.005 0.538 6 E 0.095 0.142 0.002 0.007 0.005 0.009 0.312 0.002 0.001 0.004 0.422 7 T 0.090 0.468 0.003 0.004 0.005 0.009 0.187 0.003 0.001 0.004 0.227 8 E 0.056 0.694 0.002 0.002 0.003 0.004 0.049 0.002 0.001 0.002 0.186 9 K 0.011 0.738 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.191 10 W 0.021 0.779 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.003 0.001 0.001 0.122 11 M 0.019 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.033 12 E 0.009 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.036 13 E 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.031 14 A 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 15 M 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 16 H 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 17 M 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 18 A 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 19 K 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 20 E 0.018 0.942 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.019 21 A 0.041 0.937 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.008 22 L 0.050 0.888 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.026 23 E 0.058 0.672 0.046 0.003 0.002 0.003 0.012 0.058 0.001 0.001 0.145 24 N 0.191 0.409 0.028 0.008 0.007 0.007 0.020 0.099 0.001 0.005 0.227 25 T 0.352 0.100 0.036 0.009 0.004 0.003 0.028 0.038 0.001 0.006 0.423 26 E 0.115 0.013 0.076 0.014 0.005 0.005 0.159 0.012 0.001 0.009 0.592 27 V 0.132 0.011 0.054 0.058 0.028 0.036 0.103 0.003 0.001 0.015 0.560 28 P 0.002 0.001 0.001 0.020 0.010 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.951 29 V 0.007 0.001 0.003 0.088 0.147 0.247 0.059 0.001 0.001 0.004 0.444 30 G 0.011 0.001 0.001 0.309 0.244 0.332 0.017 0.001 0.001 0.001 0.085 31 C 0.004 0.002 0.001 0.120 0.386 0.354 0.017 0.001 0.001 0.001 0.115 32 L 0.001 0.001 0.001 0.177 0.389 0.393 0.007 0.001 0.001 0.001 0.031 33 M 0.003 0.001 0.001 0.061 0.355 0.486 0.007 0.001 0.001 0.001 0.087 34 V 0.001 0.001 0.001 0.116 0.369 0.472 0.007 0.001 0.001 0.001 0.034 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.062 0.340 0.416 0.045 0.001 0.001 0.002 0.133 36 N 0.006 0.002 0.001 0.074 0.096 0.218 0.078 0.001 0.001 0.013 0.513 37 N 0.094 0.001 0.003 0.031 0.047 0.038 0.119 0.001 0.001 0.095 0.572 38 E 0.367 0.001 0.022 0.017 0.019 0.013 0.345 0.001 0.001 0.082 0.134 39 V 0.008 0.002 0.004 0.147 0.105 0.145 0.235 0.001 0.001 0.013 0.341 40 V 0.001 0.001 0.001 0.079 0.208 0.639 0.017 0.001 0.001 0.004 0.050 41 G 0.002 0.002 0.001 0.174 0.204 0.477 0.028 0.001 0.001 0.001 0.111 42 K 0.002 0.002 0.001 0.088 0.237 0.395 0.033 0.001 0.001 0.001 0.243 43 G 0.007 0.002 0.001 0.113 0.193 0.372 0.076 0.001 0.001 0.003 0.233 44 R 0.017 0.006 0.002 0.126 0.141 0.219 0.111 0.001 0.001 0.006 0.372 45 N 0.020 0.007 0.001 0.082 0.147 0.210 0.127 0.001 0.001 0.012 0.393 46 E 0.120 0.010 0.004 0.051 0.057 0.099 0.118 0.001 0.001 0.013 0.526 47 V 0.048 0.026 0.003 0.034 0.049 0.080 0.218 0.002 0.001 0.007 0.533 48 N 0.073 0.035 0.003 0.038 0.083 0.130 0.125 0.003 0.001 0.017 0.493 49 Q 0.101 0.081 0.008 0.036 0.045 0.071 0.158 0.005 0.001 0.011 0.486 50 T 0.110 0.076 0.010 0.031 0.051 0.068 0.174 0.006 0.001 0.013 0.461 51 K 0.168 0.036 0.013 0.032 0.028 0.047 0.160 0.005 0.001 0.020 0.490 52 N 0.093 0.051 0.014 0.022 0.045 0.048 0.254 0.004 0.001 0.019 0.448 53 A 0.049 0.026 0.012 0.017 0.013 0.026 0.106 0.001 0.001 0.010 0.740 54 T 0.029 0.027 0.002 0.010 0.017 0.027 0.477 0.002 0.001 0.011 0.398 55 R 0.147 0.038 0.008 0.010 0.009 0.019 0.282 0.001 0.001 0.015 0.471 56 H 0.028 0.131 0.002 0.012 0.009 0.019 0.257 0.001 0.001 0.004 0.537 57 A 0.051 0.259 0.012 0.016 0.031 0.041 0.209 0.001 0.001 0.006 0.373 58 E 0.017 0.614 0.003 0.009 0.010 0.017 0.112 0.001 0.001 0.001 0.215 59 M 0.011 0.837 0.001 0.003 0.017 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.107 60 V 0.001 0.968 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 61 A 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 62 I 0.011 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 63 D 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 64 Q 0.012 0.887 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.081 65 V 0.045 0.871 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.001 0.001 0.045 66 L 0.040 0.894 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.001 0.001 0.032 67 D 0.046 0.850 0.009 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.001 0.001 0.065 68 W 0.133 0.752 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.001 0.001 0.072 69 C 0.093 0.801 0.014 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 0.050 70 R 0.155 0.534 0.022 0.004 0.002 0.003 0.032 0.063 0.001 0.001 0.184 71 Q 0.183 0.424 0.048 0.007 0.002 0.004 0.031 0.053 0.001 0.002 0.245 72 S 0.220 0.238 0.014 0.010 0.004 0.004 0.059 0.082 0.001 0.004 0.364 73 G 0.298 0.080 0.035 0.011 0.005 0.006 0.069 0.028 0.001 0.008 0.461 74 K 0.165 0.065 0.112 0.033 0.011 0.013 0.185 0.013 0.001 0.007 0.397 75 S 0.117 0.031 0.014 0.027 0.023 0.023 0.177 0.007 0.001 0.011 0.569 76 P 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.977 77 S 0.015 0.009 0.002 0.018 0.019 0.025 0.315 0.002 0.001 0.008 0.587 78 E 0.598 0.005 0.008 0.014 0.009 0.009 0.088 0.001 0.001 0.024 0.245 79 V 0.138 0.056 0.004 0.048 0.036 0.051 0.202 0.002 0.001 0.007 0.455 80 F 0.070 0.047 0.010 0.086 0.139 0.196 0.120 0.002 0.001 0.013 0.317 81 E 0.046 0.046 0.002 0.077 0.085 0.113 0.167 0.003 0.001 0.006 0.455 82 H 0.093 0.020 0.003 0.069 0.071 0.088 0.102 0.007 0.001 0.013 0.534 83 T 0.227 0.010 0.005 0.151 0.177 0.148 0.066 0.001 0.001 0.009 0.205 84 V 0.007 0.004 0.005 0.342 0.217 0.228 0.068 0.001 0.001 0.007 0.121 85 L 0.002 0.002 0.002 0.335 0.250 0.320 0.019 0.001 0.001 0.002 0.069 86 Y 0.001 0.001 0.001 0.577 0.114 0.259 0.011 0.001 0.001 0.001 0.036 87 V 0.002 0.001 0.001 0.412 0.148 0.244 0.028 0.001 0.001 0.001 0.164 88 T 0.003 0.001 0.001 0.335 0.146 0.290 0.030 0.001 0.001 0.001 0.193 89 V 0.008 0.001 0.002 0.163 0.062 0.115 0.073 0.001 0.001 0.008 0.568 90 E 0.007 0.001 0.001 0.095 0.049 0.057 0.331 0.001 0.001 0.004 0.454 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.996 92 C 0.038 0.004 0.001 0.043 0.028 0.133 0.109 0.001 0.001 0.007 0.637 93 I 0.048 0.015 0.001 0.010 0.010 0.017 0.084 0.001 0.001 0.003 0.813 94 M 0.027 0.048 0.001 0.005 0.003 0.007 0.092 0.001 0.001 0.001 0.815 95 C 0.048 0.286 0.002 0.005 0.004 0.010 0.116 0.001 0.001 0.002 0.527 96 A 0.022 0.681 0.001 0.002 0.002 0.005 0.044 0.001 0.001 0.001 0.242 97 A 0.019 0.808 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.001 0.001 0.001 0.122 98 A 0.010 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 99 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 100 R 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 101 L 0.012 0.974 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 102 M 0.052 0.900 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 0.010 103 K 0.227 0.261 0.020 0.011 0.007 0.012 0.008 0.294 0.001 0.002 0.158 104 I 0.096 0.065 0.606 0.034 0.013 0.016 0.014 0.021 0.001 0.002 0.133 105 P 0.001 0.001 0.001 0.025 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.959 106 L 0.004 0.001 0.002 0.168 0.022 0.025 0.036 0.001 0.001 0.003 0.739 107 V 0.005 0.001 0.001 0.897 0.022 0.027 0.013 0.001 0.001 0.001 0.036 108 V 0.001 0.001 0.001 0.918 0.017 0.027 0.009 0.001 0.001 0.001 0.026 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.925 0.019 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 0.018 110 G 0.001 0.001 0.001 0.821 0.030 0.076 0.021 0.001 0.001 0.001 0.051 111 C 0.002 0.001 0.001 0.551 0.055 0.112 0.068 0.001 0.001 0.003 0.207 112 Q 0.005 0.001 0.001 0.200 0.028 0.059 0.165 0.001 0.001 0.005 0.537 113 N 0.028 0.001 0.001 0.072 0.029 0.043 0.144 0.001 0.001 0.016 0.665 114 E 0.048 0.003 0.001 0.021 0.007 0.010 0.066 0.001 0.001 0.009 0.836 115 R 0.043 0.004 0.001 0.010 0.004 0.008 0.574 0.001 0.001 0.009 0.346 116 F 0.278 0.033 0.009 0.024 0.018 0.039 0.171 0.003 0.001 0.030 0.395 117 G 0.098 0.076 0.006 0.034 0.057 0.073 0.096 0.003 0.001 0.011 0.546 118 G 0.076 0.049 0.051 0.033 0.028 0.038 0.155 0.002 0.001 0.008 0.560 119 C 0.065 0.126 0.010 0.071 0.050 0.105 0.145 0.003 0.001 0.006 0.418 120 G 0.074 0.095 0.005 0.051 0.050 0.092 0.110 0.006 0.001 0.012 0.505 121 S 0.129 0.147 0.020 0.047 0.033 0.040 0.118 0.004 0.001 0.007 0.453 122 V 0.074 0.159 0.013 0.058 0.031 0.063 0.083 0.003 0.001 0.005 0.511 123 L 0.060 0.244 0.009 0.065 0.071 0.149 0.081 0.005 0.001 0.008 0.309 124 N 0.066 0.330 0.008 0.042 0.058 0.093 0.090 0.005 0.001 0.004 0.304 125 I 0.118 0.448 0.008 0.031 0.039 0.061 0.045 0.006 0.001 0.004 0.240 126 A 0.113 0.471 0.005 0.028 0.033 0.063 0.053 0.015 0.001 0.004 0.215 127 S 0.131 0.326 0.013 0.029 0.032 0.063 0.076 0.021 0.001 0.005 0.304 128 A 0.124 0.264 0.012 0.027 0.023 0.043 0.040 0.014 0.001 0.004 0.449 129 D 0.167 0.114 0.017 0.027 0.017 0.032 0.060 0.035 0.001 0.009 0.522 130 L 0.269 0.086 0.038 0.039 0.034 0.049 0.089 0.012 0.001 0.010 0.374 131 P 0.007 0.005 0.003 0.012 0.005 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.953 132 N 0.027 0.014 0.003 0.058 0.072 0.107 0.082 0.002 0.001 0.007 0.627 133 T 0.112 0.018 0.012 0.078 0.037 0.071 0.074 0.002 0.001 0.007 0.589 134 G 0.068 0.011 0.005 0.066 0.034 0.055 0.127 0.003 0.001 0.006 0.625 135 R 0.076 0.007 0.012 0.062 0.071 0.071 0.107 0.001 0.001 0.007 0.585 136 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 137 F 0.024 0.002 0.001 0.061 0.110 0.207 0.034 0.001 0.001 0.002 0.558 138 Q 0.068 0.011 0.002 0.145 0.145 0.215 0.052 0.001 0.001 0.005 0.355 139 C 0.055 0.011 0.004 0.044 0.066 0.125 0.060 0.001 0.001 0.002 0.633 140 I 0.038 0.013 0.002 0.078 0.086 0.173 0.101 0.001 0.001 0.002 0.506 141 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 142 G 0.012 0.007 0.001 0.020 0.036 0.123 0.122 0.001 0.001 0.002 0.678 143 Y 0.149 0.043 0.001 0.017 0.022 0.040 0.073 0.001 0.001 0.003 0.652 144 R 0.112 0.306 0.001 0.008 0.024 0.032 0.073 0.001 0.001 0.002 0.442 145 A 0.135 0.524 0.001 0.004 0.008 0.019 0.080 0.003 0.001 0.002 0.224 146 E 0.110 0.712 0.001 0.002 0.005 0.009 0.028 0.007 0.001 0.002 0.125 147 E 0.154 0.544 0.008 0.002 0.004 0.006 0.030 0.014 0.001 0.002 0.237 148 A 0.073 0.521 0.024 0.003 0.004 0.007 0.055 0.012 0.001 0.002 0.300 149 V 0.056 0.498 0.015 0.004 0.007 0.011 0.036 0.008 0.001 0.002 0.362 150 E 0.031 0.658 0.005 0.003 0.008 0.010 0.038 0.004 0.001 0.001 0.243 151 M 0.028 0.805 0.005 0.003 0.005 0.005 0.031 0.003 0.001 0.001 0.116 152 L 0.091 0.812 0.002 0.003 0.005 0.007 0.008 0.005 0.001 0.001 0.065 153 K 0.032 0.897 0.005 0.003 0.006 0.006 0.005 0.005 0.001 0.001 0.040 154 T 0.090 0.690 0.026 0.008 0.014 0.015 0.016 0.012 0.001 0.001 0.128 155 F 0.083 0.602 0.018 0.010 0.016 0.021 0.022 0.015 0.001 0.003 0.210 156 Y 0.087 0.539 0.024 0.015 0.021 0.031 0.027 0.018 0.001 0.004 0.235 157 K 0.089 0.236 0.018 0.018 0.021 0.043 0.076 0.024 0.001 0.005 0.471