# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 677.451 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.111 0.037 0.057 0.046 0.081 0.071 0.012 0.585 2 Q 0.058 0.029 0.066 0.053 0.072 0.135 0.009 0.578 3 S 0.034 0.022 0.026 0.018 0.032 0.111 0.007 0.749 4 M 0.046 0.034 0.043 0.014 0.041 0.099 0.007 0.716 5 E 0.018 0.027 0.012 0.004 0.009 0.253 0.005 0.672 6 E 0.060 0.062 0.016 0.003 0.007 0.174 0.009 0.668 7 T 0.065 0.309 0.009 0.002 0.006 0.142 0.007 0.459 8 E 0.064 0.532 0.009 0.001 0.005 0.126 0.006 0.257 9 K 0.014 0.762 0.002 0.001 0.001 0.033 0.002 0.186 10 W 0.013 0.903 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.064 11 M 0.013 0.944 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.032 12 E 0.010 0.958 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.022 13 E 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 14 A 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 15 M 0.008 0.964 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.017 16 H 0.019 0.912 0.003 0.001 0.001 0.017 0.010 0.038 17 M 0.038 0.896 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.044 18 A 0.074 0.871 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.028 19 K 0.086 0.839 0.005 0.001 0.001 0.005 0.027 0.037 20 E 0.083 0.813 0.004 0.001 0.001 0.005 0.038 0.057 21 A 0.174 0.722 0.005 0.001 0.001 0.007 0.044 0.046 22 L 0.232 0.570 0.036 0.005 0.002 0.014 0.056 0.086 23 E 0.170 0.397 0.130 0.014 0.006 0.042 0.063 0.179 24 N 0.235 0.213 0.077 0.021 0.012 0.036 0.065 0.341 25 T 0.080 0.042 0.032 0.014 0.008 0.047 0.034 0.743 26 E 0.051 0.014 0.081 0.014 0.011 0.068 0.022 0.740 27 V 0.193 0.009 0.255 0.077 0.057 0.129 0.012 0.269 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 29 V 0.003 0.001 0.074 0.233 0.421 0.019 0.001 0.248 30 G 0.007 0.001 0.126 0.342 0.371 0.019 0.001 0.134 31 C 0.005 0.001 0.116 0.336 0.281 0.032 0.001 0.228 32 L 0.001 0.001 0.150 0.371 0.446 0.006 0.001 0.026 33 M 0.001 0.001 0.145 0.363 0.446 0.004 0.001 0.041 34 V 0.001 0.001 0.220 0.341 0.382 0.010 0.001 0.046 35 Y 0.001 0.001 0.084 0.416 0.372 0.049 0.001 0.077 36 N 0.002 0.001 0.040 0.064 0.114 0.249 0.004 0.527 37 N 0.076 0.001 0.054 0.027 0.075 0.248 0.117 0.403 38 E 0.593 0.001 0.053 0.016 0.012 0.235 0.031 0.060 39 V 0.012 0.001 0.090 0.040 0.049 0.281 0.002 0.526 40 V 0.001 0.001 0.108 0.271 0.538 0.027 0.001 0.055 41 G 0.003 0.001 0.166 0.117 0.284 0.104 0.001 0.324 42 K 0.008 0.003 0.178 0.122 0.283 0.077 0.002 0.328 43 G 0.017 0.003 0.158 0.082 0.231 0.104 0.005 0.400 44 R 0.042 0.006 0.150 0.086 0.120 0.136 0.011 0.450 45 N 0.032 0.011 0.078 0.065 0.120 0.126 0.009 0.561 46 E 0.088 0.017 0.040 0.058 0.116 0.142 0.010 0.529 47 V 0.075 0.026 0.040 0.059 0.080 0.188 0.008 0.524 48 N 0.059 0.043 0.053 0.080 0.132 0.123 0.009 0.501 49 Q 0.070 0.068 0.027 0.032 0.064 0.144 0.013 0.583 50 T 0.165 0.052 0.039 0.027 0.053 0.170 0.036 0.458 51 K 0.180 0.042 0.051 0.025 0.031 0.135 0.033 0.502 52 N 0.097 0.046 0.030 0.025 0.029 0.274 0.014 0.486 53 A 0.044 0.035 0.020 0.011 0.020 0.118 0.007 0.746 54 T 0.062 0.070 0.040 0.019 0.046 0.314 0.009 0.440 55 R 0.144 0.089 0.026 0.012 0.020 0.264 0.014 0.431 56 H 0.062 0.272 0.019 0.006 0.013 0.190 0.007 0.432 57 A 0.069 0.444 0.041 0.008 0.016 0.093 0.007 0.321 58 E 0.024 0.616 0.023 0.006 0.011 0.127 0.004 0.190 59 M 0.006 0.835 0.010 0.002 0.006 0.062 0.001 0.077 60 V 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 61 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 62 I 0.001 0.989 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 63 D 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 64 Q 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 65 V 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 66 L 0.011 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 67 D 0.023 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.015 68 W 0.039 0.922 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.024 69 C 0.059 0.893 0.004 0.001 0.001 0.003 0.016 0.023 70 R 0.070 0.761 0.037 0.005 0.003 0.017 0.024 0.085 71 Q 0.102 0.600 0.058 0.008 0.007 0.031 0.044 0.149 72 S 0.262 0.376 0.032 0.007 0.007 0.036 0.081 0.198 73 G 0.278 0.130 0.060 0.015 0.012 0.049 0.089 0.369 74 K 0.185 0.055 0.188 0.030 0.017 0.161 0.041 0.324 75 S 0.076 0.028 0.043 0.030 0.024 0.245 0.013 0.541 76 P 0.004 0.002 0.005 0.002 0.004 0.012 0.001 0.969 77 S 0.006 0.004 0.007 0.005 0.010 0.197 0.003 0.768 78 E 0.355 0.009 0.013 0.013 0.014 0.197 0.028 0.370 79 V 0.219 0.108 0.025 0.039 0.037 0.166 0.014 0.391 80 F 0.081 0.155 0.040 0.097 0.140 0.167 0.008 0.312 81 E 0.052 0.097 0.038 0.083 0.097 0.128 0.012 0.493 82 H 0.110 0.061 0.038 0.065 0.122 0.061 0.039 0.504 83 T 0.390 0.025 0.054 0.095 0.107 0.058 0.042 0.229 84 V 0.037 0.004 0.181 0.238 0.168 0.084 0.008 0.280 85 L 0.001 0.001 0.197 0.409 0.320 0.010 0.001 0.061 86 Y 0.001 0.001 0.270 0.256 0.342 0.020 0.001 0.110 87 V 0.002 0.001 0.323 0.212 0.282 0.031 0.001 0.149 88 T 0.001 0.001 0.415 0.143 0.283 0.020 0.001 0.135 89 V 0.004 0.001 0.295 0.101 0.265 0.028 0.003 0.303 90 E 0.009 0.003 0.249 0.108 0.109 0.132 0.003 0.387 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 92 C 0.031 0.007 0.041 0.016 0.111 0.079 0.004 0.711 93 I 0.053 0.017 0.016 0.006 0.011 0.064 0.003 0.831 94 M 0.026 0.020 0.005 0.002 0.005 0.050 0.002 0.890 95 C 0.104 0.153 0.009 0.004 0.015 0.081 0.003 0.630 96 A 0.033 0.566 0.007 0.003 0.014 0.088 0.002 0.287 97 A 0.007 0.843 0.002 0.001 0.003 0.030 0.001 0.113 98 A 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.026 99 L 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 100 R 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 101 L 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 102 M 0.056 0.893 0.003 0.002 0.002 0.001 0.033 0.010 103 K 0.272 0.286 0.049 0.010 0.006 0.008 0.286 0.084 104 I 0.173 0.076 0.391 0.057 0.018 0.043 0.041 0.201 105 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 106 L 0.016 0.002 0.335 0.059 0.080 0.111 0.004 0.393 107 V 0.026 0.001 0.775 0.032 0.034 0.029 0.001 0.102 108 V 0.002 0.001 0.722 0.089 0.105 0.012 0.001 0.070 109 Y 0.001 0.001 0.799 0.074 0.096 0.007 0.001 0.023 110 G 0.001 0.001 0.707 0.058 0.073 0.027 0.001 0.133 111 C 0.002 0.001 0.505 0.074 0.183 0.052 0.002 0.183 112 Q 0.004 0.001 0.169 0.062 0.102 0.208 0.004 0.451 113 N 0.023 0.002 0.077 0.039 0.074 0.168 0.007 0.610 114 E 0.023 0.003 0.020 0.010 0.019 0.079 0.004 0.843 115 R 0.062 0.005 0.012 0.010 0.017 0.362 0.011 0.520 116 F 0.422 0.013 0.018 0.012 0.018 0.110 0.022 0.386 117 G 0.184 0.047 0.037 0.032 0.038 0.165 0.010 0.488 118 G 0.094 0.035 0.041 0.035 0.056 0.176 0.009 0.553 119 C 0.096 0.060 0.063 0.044 0.119 0.116 0.010 0.492 120 G 0.070 0.061 0.059 0.052 0.097 0.128 0.011 0.522 121 S 0.080 0.070 0.046 0.036 0.049 0.157 0.013 0.549 122 V 0.097 0.156 0.079 0.038 0.086 0.092 0.012 0.441 123 L 0.052 0.269 0.077 0.065 0.092 0.129 0.009 0.308 124 N 0.069 0.249 0.039 0.041 0.064 0.167 0.018 0.351 125 I 0.119 0.427 0.046 0.028 0.065 0.043 0.014 0.258 126 A 0.083 0.456 0.037 0.032 0.054 0.085 0.019 0.234 127 S 0.163 0.222 0.040 0.032 0.048 0.103 0.044 0.347 128 A 0.168 0.266 0.038 0.029 0.045 0.072 0.032 0.350 129 D 0.162 0.123 0.029 0.022 0.030 0.099 0.036 0.499 130 L 0.224 0.066 0.048 0.029 0.036 0.105 0.028 0.465 131 P 0.017 0.010 0.012 0.004 0.004 0.018 0.003 0.931 132 N 0.045 0.018 0.026 0.028 0.038 0.143 0.011 0.691 133 T 0.316 0.016 0.044 0.024 0.032 0.075 0.024 0.469 134 G 0.100 0.022 0.061 0.030 0.040 0.089 0.016 0.643 135 R 0.080 0.008 0.141 0.071 0.071 0.125 0.007 0.496 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 137 F 0.016 0.002 0.098 0.066 0.186 0.075 0.002 0.554 138 Q 0.058 0.010 0.187 0.104 0.145 0.073 0.006 0.416 139 C 0.054 0.018 0.063 0.035 0.055 0.063 0.008 0.704 140 I 0.057 0.017 0.103 0.036 0.072 0.109 0.004 0.602 141 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 142 G 0.021 0.023 0.034 0.016 0.097 0.172 0.004 0.632 143 Y 0.127 0.157 0.029 0.014 0.026 0.112 0.006 0.529 144 R 0.076 0.427 0.008 0.007 0.015 0.065 0.005 0.399 145 A 0.158 0.553 0.008 0.004 0.014 0.048 0.009 0.206 146 E 0.149 0.642 0.006 0.003 0.009 0.028 0.015 0.148 147 E 0.077 0.608 0.008 0.003 0.006 0.031 0.017 0.251 148 A 0.060 0.579 0.006 0.002 0.004 0.057 0.016 0.275 149 V 0.080 0.678 0.009 0.003 0.005 0.053 0.012 0.159 150 E 0.047 0.737 0.014 0.004 0.005 0.036 0.007 0.150 151 M 0.052 0.778 0.006 0.003 0.003 0.031 0.009 0.118 152 L 0.064 0.853 0.005 0.002 0.004 0.007 0.009 0.056 153 K 0.045 0.858 0.009 0.004 0.006 0.005 0.010 0.064 154 T 0.091 0.612 0.032 0.011 0.009 0.033 0.027 0.184 155 F 0.149 0.392 0.051 0.015 0.015 0.049 0.049 0.281 156 Y 0.176 0.394 0.072 0.022 0.036 0.036 0.028 0.235 157 K 0.062 0.150 0.080 0.020 0.019 0.116 0.021 0.532