# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 677.451 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.090 0.307 0.262 0.074 0.131 0.057 0.029 0.006 0.038 0.006 0.001 2 Q 0.154 0.349 0.314 0.054 0.046 0.040 0.009 0.001 0.028 0.001 0.002 3 S 0.146 0.191 0.393 0.081 0.051 0.101 0.013 0.002 0.019 0.002 0.002 4 M 0.353 0.223 0.206 0.080 0.048 0.048 0.010 0.002 0.026 0.003 0.001 5 E 0.627 0.051 0.144 0.072 0.025 0.046 0.021 0.002 0.009 0.003 0.001 6 E 0.816 0.013 0.038 0.087 0.011 0.019 0.010 0.002 0.004 0.002 0.001 7 T 0.903 0.011 0.020 0.043 0.004 0.013 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 8 E 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 W 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 M 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.968 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.917 0.004 0.006 0.065 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 22 L 0.903 0.012 0.024 0.050 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 23 E 0.845 0.015 0.027 0.090 0.002 0.006 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 24 N 0.428 0.024 0.037 0.408 0.007 0.010 0.072 0.006 0.005 0.002 0.001 25 T 0.247 0.027 0.080 0.282 0.011 0.016 0.316 0.011 0.006 0.003 0.001 26 E 0.090 0.135 0.218 0.238 0.020 0.045 0.210 0.018 0.020 0.004 0.002 27 V 0.009 0.354 0.480 0.003 0.015 0.008 0.005 0.001 0.122 0.002 0.001 28 P 0.022 0.007 0.836 0.006 0.002 0.041 0.001 0.001 0.005 0.001 0.080 29 V 0.033 0.479 0.296 0.101 0.050 0.006 0.009 0.005 0.017 0.001 0.003 30 G 0.005 0.161 0.112 0.015 0.517 0.010 0.021 0.098 0.008 0.053 0.001 31 C 0.002 0.636 0.201 0.006 0.125 0.022 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 32 L 0.001 0.970 0.016 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 33 M 0.001 0.405 0.353 0.001 0.012 0.226 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 34 V 0.007 0.854 0.094 0.002 0.012 0.021 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 35 Y 0.085 0.620 0.083 0.019 0.097 0.032 0.019 0.001 0.042 0.003 0.001 36 N 0.039 0.025 0.060 0.274 0.044 0.012 0.516 0.007 0.009 0.013 0.001 37 N 0.009 0.011 0.014 0.026 0.031 0.003 0.315 0.545 0.003 0.042 0.001 38 E 0.011 0.526 0.405 0.006 0.029 0.007 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 39 V 0.013 0.209 0.671 0.009 0.006 0.076 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 40 V 0.022 0.768 0.139 0.016 0.028 0.010 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 41 G 0.033 0.373 0.201 0.025 0.263 0.037 0.012 0.004 0.044 0.006 0.001 42 K 0.056 0.576 0.155 0.058 0.100 0.013 0.009 0.001 0.029 0.001 0.001 43 G 0.044 0.155 0.155 0.039 0.362 0.033 0.036 0.063 0.022 0.092 0.001 44 R 0.188 0.345 0.249 0.103 0.055 0.030 0.007 0.002 0.018 0.002 0.002 45 N 0.150 0.247 0.207 0.161 0.100 0.052 0.040 0.005 0.029 0.007 0.001 46 E 0.327 0.196 0.182 0.108 0.089 0.036 0.022 0.006 0.025 0.007 0.002 47 V 0.344 0.241 0.225 0.100 0.023 0.038 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 48 N 0.395 0.147 0.223 0.117 0.031 0.034 0.017 0.003 0.029 0.004 0.001 49 Q 0.485 0.078 0.126 0.146 0.038 0.033 0.052 0.009 0.025 0.008 0.001 50 T 0.210 0.063 0.089 0.510 0.021 0.023 0.059 0.007 0.014 0.003 0.001 51 K 0.214 0.095 0.169 0.257 0.037 0.035 0.109 0.037 0.021 0.026 0.001 52 N 0.082 0.111 0.381 0.087 0.050 0.101 0.083 0.004 0.085 0.015 0.001 53 A 0.811 0.012 0.079 0.072 0.005 0.012 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 54 T 0.780 0.029 0.049 0.097 0.010 0.021 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 55 R 0.924 0.008 0.020 0.031 0.004 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 56 H 0.982 0.003 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 V 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 W 0.937 0.001 0.002 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 C 0.616 0.005 0.015 0.349 0.001 0.002 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 70 R 0.567 0.011 0.051 0.104 0.008 0.012 0.225 0.010 0.005 0.006 0.001 71 Q 0.591 0.049 0.085 0.207 0.009 0.022 0.025 0.002 0.008 0.002 0.001 72 S 0.234 0.036 0.130 0.478 0.013 0.016 0.070 0.009 0.009 0.005 0.001 73 G 0.106 0.025 0.094 0.077 0.059 0.025 0.210 0.300 0.008 0.097 0.001 74 K 0.206 0.215 0.328 0.160 0.026 0.028 0.013 0.004 0.013 0.004 0.001 75 S 0.026 0.148 0.501 0.014 0.035 0.039 0.015 0.001 0.207 0.014 0.001 76 P 0.515 0.005 0.365 0.030 0.004 0.012 0.001 0.001 0.003 0.002 0.062 77 S 0.599 0.070 0.109 0.146 0.027 0.021 0.009 0.006 0.010 0.002 0.001 78 E 0.600 0.062 0.193 0.077 0.021 0.020 0.010 0.002 0.010 0.003 0.002 79 V 0.499 0.112 0.154 0.172 0.019 0.016 0.009 0.002 0.014 0.001 0.001 80 F 0.254 0.269 0.185 0.138 0.035 0.033 0.026 0.003 0.050 0.004 0.002 81 E 0.209 0.080 0.303 0.193 0.025 0.016 0.146 0.006 0.011 0.007 0.004 82 H 0.040 0.073 0.075 0.116 0.202 0.014 0.151 0.255 0.010 0.065 0.001 83 T 0.012 0.552 0.338 0.015 0.049 0.018 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 84 V 0.006 0.717 0.220 0.003 0.010 0.038 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 85 L 0.006 0.852 0.082 0.003 0.029 0.020 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 86 Y 0.004 0.809 0.092 0.003 0.049 0.029 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 87 V 0.009 0.774 0.127 0.006 0.041 0.028 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 88 T 0.017 0.444 0.274 0.013 0.118 0.068 0.015 0.001 0.047 0.002 0.001 89 V 0.267 0.233 0.249 0.088 0.093 0.031 0.008 0.001 0.018 0.005 0.006 90 E 0.091 0.330 0.278 0.014 0.076 0.019 0.009 0.001 0.175 0.005 0.001 91 P 0.189 0.007 0.712 0.023 0.004 0.024 0.002 0.001 0.002 0.001 0.036 92 C 0.272 0.070 0.212 0.064 0.096 0.056 0.026 0.127 0.025 0.051 0.001 93 I 0.778 0.028 0.146 0.026 0.006 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 94 M 0.762 0.015 0.043 0.120 0.017 0.022 0.012 0.002 0.003 0.002 0.001 95 C 0.854 0.039 0.026 0.043 0.010 0.013 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 96 A 0.990 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.984 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.990 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.990 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.955 0.005 0.002 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 102 M 0.361 0.010 0.017 0.594 0.002 0.002 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 103 K 0.073 0.018 0.045 0.143 0.010 0.016 0.649 0.035 0.006 0.004 0.001 104 I 0.022 0.288 0.520 0.013 0.017 0.019 0.016 0.001 0.103 0.001 0.001 105 P 0.173 0.010 0.718 0.023 0.005 0.040 0.002 0.001 0.002 0.001 0.027 106 L 0.071 0.659 0.117 0.034 0.081 0.017 0.003 0.002 0.015 0.001 0.001 107 V 0.027 0.776 0.134 0.006 0.029 0.019 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 108 V 0.020 0.685 0.184 0.008 0.035 0.047 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 109 Y 0.031 0.623 0.165 0.019 0.095 0.026 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 110 G 0.046 0.303 0.195 0.036 0.294 0.044 0.022 0.010 0.033 0.017 0.001 111 C 0.130 0.356 0.265 0.078 0.086 0.040 0.010 0.002 0.027 0.003 0.002 112 Q 0.182 0.274 0.244 0.142 0.066 0.051 0.012 0.002 0.020 0.005 0.002 113 N 0.085 0.135 0.325 0.083 0.060 0.110 0.061 0.003 0.121 0.014 0.002 114 E 0.734 0.021 0.114 0.090 0.011 0.008 0.005 0.001 0.007 0.004 0.006 115 R 0.438 0.037 0.084 0.302 0.024 0.037 0.045 0.010 0.014 0.009 0.001 116 F 0.187 0.082 0.172 0.426 0.021 0.016 0.054 0.008 0.025 0.006 0.002 117 G 0.062 0.014 0.090 0.041 0.035 0.009 0.135 0.315 0.004 0.295 0.001 118 G 0.202 0.077 0.210 0.089 0.099 0.046 0.051 0.091 0.011 0.123 0.001 119 C 0.291 0.158 0.228 0.239 0.034 0.015 0.013 0.003 0.014 0.005 0.001 120 G 0.160 0.031 0.085 0.036 0.143 0.013 0.061 0.199 0.008 0.265 0.001 121 S 0.438 0.160 0.168 0.086 0.089 0.026 0.012 0.003 0.014 0.005 0.001 122 V 0.510 0.147 0.183 0.075 0.035 0.027 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 123 L 0.663 0.124 0.095 0.071 0.020 0.010 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 124 N 0.483 0.091 0.119 0.112 0.091 0.036 0.037 0.004 0.023 0.004 0.001 125 I 0.544 0.187 0.097 0.111 0.026 0.012 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 126 A 0.439 0.143 0.197 0.108 0.042 0.027 0.014 0.002 0.026 0.002 0.001 127 S 0.484 0.110 0.190 0.119 0.029 0.026 0.017 0.002 0.020 0.003 0.001 128 A 0.529 0.091 0.199 0.093 0.027 0.023 0.017 0.002 0.015 0.002 0.001 129 D 0.415 0.097 0.165 0.235 0.022 0.031 0.017 0.003 0.013 0.002 0.001 130 L 0.086 0.207 0.353 0.032 0.049 0.023 0.023 0.002 0.217 0.007 0.001 131 P 0.439 0.013 0.460 0.041 0.004 0.014 0.002 0.001 0.004 0.001 0.021 132 N 0.205 0.127 0.196 0.246 0.049 0.065 0.039 0.034 0.024 0.012 0.001 133 T 0.170 0.153 0.326 0.257 0.029 0.017 0.029 0.003 0.012 0.003 0.002 134 G 0.066 0.040 0.095 0.120 0.110 0.034 0.171 0.244 0.012 0.109 0.001 135 R 0.063 0.342 0.457 0.012 0.041 0.011 0.004 0.001 0.066 0.002 0.001 136 P 0.124 0.025 0.755 0.013 0.004 0.052 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 137 F 0.166 0.415 0.271 0.054 0.043 0.024 0.004 0.002 0.020 0.001 0.001 138 Q 0.175 0.419 0.213 0.047 0.099 0.019 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 139 C 0.259 0.223 0.192 0.109 0.136 0.040 0.012 0.003 0.021 0.004 0.001 140 I 0.140 0.267 0.328 0.009 0.059 0.019 0.004 0.001 0.169 0.003 0.001 141 P 0.691 0.003 0.272 0.012 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 142 G 0.839 0.018 0.046 0.037 0.022 0.016 0.006 0.009 0.004 0.002 0.001 143 Y 0.963 0.009 0.013 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.964 0.005 0.005 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 A 0.958 0.004 0.004 0.028 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.945 0.005 0.005 0.040 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.950 0.004 0.005 0.033 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.906 0.009 0.011 0.062 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 149 V 0.954 0.009 0.013 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 E 0.971 0.005 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 M 0.928 0.011 0.010 0.042 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 152 L 0.748 0.028 0.039 0.156 0.005 0.009 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 153 K 0.749 0.041 0.064 0.086 0.011 0.009 0.026 0.002 0.011 0.001 0.001 154 T 0.718 0.071 0.063 0.095 0.015 0.010 0.016 0.001 0.009 0.001 0.001 155 F 0.414 0.083 0.152 0.240 0.022 0.045 0.019 0.001 0.022 0.001 0.001 156 Y 0.331 0.162 0.167 0.251 0.021 0.015 0.029 0.003 0.019 0.002 0.001 157 K 0.160 0.077 0.149 0.098 0.113 0.042 0.194 0.073 0.022 0.071 0.001