# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 677.451 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.163 0.169 0.056 0.012 0.292 0.013 0.020 0.081 0.051 0.086 0.057 2 Q 0.087 0.253 0.092 0.027 0.212 0.029 0.040 0.116 0.046 0.058 0.040 3 S 0.121 0.230 0.089 0.013 0.222 0.010 0.018 0.135 0.051 0.072 0.039 4 M 0.033 0.119 0.038 0.008 0.076 0.010 0.019 0.450 0.174 0.053 0.020 5 E 0.016 0.036 0.012 0.003 0.029 0.005 0.014 0.706 0.134 0.036 0.010 6 E 0.007 0.015 0.003 0.001 0.010 0.001 0.006 0.832 0.094 0.026 0.004 7 T 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.905 0.061 0.014 0.002 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.036 0.003 0.001 9 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.016 0.001 0.001 10 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.008 0.003 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.014 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 15 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.020 0.001 0.001 16 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 17 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.017 0.003 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.904 0.090 0.004 0.001 19 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.915 0.079 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.853 0.111 0.012 0.001 21 A 0.004 0.018 0.003 0.001 0.007 0.001 0.015 0.757 0.126 0.068 0.002 22 L 0.011 0.012 0.006 0.001 0.012 0.002 0.031 0.700 0.190 0.027 0.007 23 E 0.017 0.010 0.014 0.007 0.013 0.016 0.231 0.479 0.113 0.090 0.010 24 N 0.020 0.449 0.224 0.028 0.064 0.022 0.043 0.066 0.023 0.049 0.012 25 T 0.045 0.057 0.045 0.081 0.048 0.047 0.049 0.072 0.104 0.305 0.148 26 E 0.130 0.095 0.075 0.047 0.140 0.023 0.030 0.037 0.052 0.258 0.114 27 V 0.079 0.340 0.202 0.028 0.193 0.017 0.025 0.024 0.025 0.038 0.028 28 P 0.259 0.117 0.050 0.017 0.355 0.013 0.028 0.023 0.027 0.045 0.065 29 V 0.221 0.147 0.047 0.023 0.261 0.046 0.079 0.026 0.036 0.048 0.066 30 G 0.072 0.214 0.107 0.099 0.203 0.129 0.077 0.013 0.008 0.037 0.040 31 C 0.251 0.039 0.004 0.001 0.699 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 32 L 0.070 0.037 0.001 0.001 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 M 0.244 0.033 0.001 0.001 0.713 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 34 V 0.340 0.135 0.084 0.014 0.219 0.009 0.004 0.002 0.001 0.007 0.188 35 Y 0.011 0.007 0.022 0.579 0.007 0.300 0.028 0.012 0.006 0.012 0.015 36 N 0.005 0.195 0.110 0.508 0.016 0.063 0.088 0.003 0.003 0.009 0.002 37 N 0.011 0.011 0.025 0.092 0.009 0.014 0.005 0.003 0.022 0.638 0.171 38 E 0.031 0.667 0.059 0.004 0.193 0.004 0.008 0.006 0.010 0.008 0.011 39 V 0.454 0.029 0.002 0.001 0.497 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 40 V 0.250 0.144 0.059 0.024 0.367 0.022 0.014 0.006 0.006 0.015 0.092 41 G 0.219 0.171 0.090 0.042 0.278 0.035 0.022 0.017 0.010 0.026 0.091 42 K 0.166 0.118 0.060 0.051 0.185 0.034 0.042 0.049 0.048 0.144 0.102 43 G 0.090 0.198 0.137 0.080 0.156 0.029 0.036 0.063 0.052 0.106 0.052 44 R 0.069 0.121 0.063 0.065 0.124 0.054 0.067 0.151 0.127 0.116 0.042 45 N 0.128 0.144 0.084 0.022 0.233 0.015 0.029 0.123 0.086 0.098 0.039 46 E 0.114 0.112 0.040 0.010 0.170 0.016 0.034 0.223 0.151 0.089 0.041 47 V 0.101 0.170 0.056 0.014 0.164 0.020 0.055 0.203 0.100 0.076 0.040 48 N 0.088 0.089 0.056 0.024 0.106 0.020 0.048 0.250 0.129 0.130 0.061 49 Q 0.071 0.078 0.047 0.031 0.104 0.032 0.056 0.241 0.134 0.155 0.052 50 T 0.073 0.129 0.074 0.042 0.110 0.033 0.070 0.208 0.085 0.138 0.038 51 K 0.041 0.085 0.073 0.096 0.068 0.057 0.051 0.121 0.086 0.269 0.053 52 N 0.158 0.187 0.089 0.009 0.408 0.006 0.008 0.054 0.027 0.035 0.019 53 A 0.064 0.066 0.022 0.006 0.101 0.013 0.033 0.334 0.241 0.080 0.039 54 T 0.072 0.154 0.056 0.015 0.139 0.017 0.054 0.318 0.087 0.052 0.036 55 R 0.028 0.059 0.020 0.006 0.043 0.017 0.032 0.552 0.139 0.081 0.024 56 H 0.028 0.058 0.015 0.004 0.055 0.003 0.005 0.726 0.052 0.036 0.018 57 A 0.023 0.012 0.001 0.001 0.028 0.001 0.004 0.813 0.110 0.003 0.004 58 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.971 0.015 0.006 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 0.001 62 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 63 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 64 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.002 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.051 0.007 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.873 0.121 0.002 0.001 67 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.864 0.120 0.003 0.001 68 W 0.002 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.070 0.751 0.110 0.053 0.001 69 C 0.017 0.079 0.027 0.002 0.029 0.003 0.020 0.577 0.165 0.069 0.013 70 R 0.017 0.010 0.010 0.005 0.012 0.009 0.082 0.582 0.176 0.079 0.017 71 Q 0.023 0.091 0.053 0.012 0.039 0.014 0.096 0.416 0.119 0.125 0.012 72 S 0.026 0.145 0.064 0.039 0.055 0.035 0.084 0.176 0.153 0.179 0.045 73 G 0.062 0.055 0.042 0.028 0.073 0.019 0.041 0.170 0.152 0.268 0.091 74 K 0.060 0.125 0.070 0.033 0.101 0.030 0.085 0.112 0.072 0.255 0.057 75 S 0.085 0.328 0.226 0.018 0.239 0.007 0.010 0.027 0.012 0.025 0.020 76 P 0.065 0.105 0.049 0.021 0.102 0.037 0.052 0.235 0.226 0.072 0.035 77 S 0.084 0.178 0.120 0.025 0.186 0.017 0.024 0.141 0.105 0.082 0.038 78 E 0.075 0.142 0.038 0.006 0.150 0.013 0.041 0.296 0.154 0.055 0.029 79 V 0.132 0.087 0.056 0.009 0.137 0.015 0.065 0.166 0.066 0.186 0.081 80 F 0.237 0.077 0.053 0.042 0.196 0.034 0.019 0.121 0.069 0.061 0.092 81 E 0.011 0.135 0.063 0.111 0.036 0.221 0.310 0.071 0.023 0.014 0.006 82 H 0.051 0.032 0.040 0.094 0.041 0.018 0.009 0.012 0.011 0.476 0.215 83 T 0.175 0.184 0.011 0.001 0.604 0.001 0.005 0.003 0.004 0.003 0.009 84 V 0.260 0.040 0.002 0.001 0.680 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 85 L 0.294 0.072 0.005 0.001 0.593 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.023 86 Y 0.344 0.027 0.004 0.001 0.581 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.032 87 V 0.222 0.181 0.037 0.010 0.439 0.010 0.007 0.005 0.004 0.019 0.067 88 T 0.118 0.365 0.112 0.012 0.307 0.006 0.008 0.007 0.007 0.016 0.041 89 V 0.086 0.110 0.045 0.029 0.112 0.043 0.058 0.101 0.194 0.160 0.063 90 E 0.045 0.313 0.195 0.034 0.164 0.020 0.042 0.071 0.056 0.044 0.017 91 P 0.104 0.144 0.044 0.012 0.155 0.025 0.070 0.130 0.124 0.154 0.038 92 C 0.047 0.392 0.226 0.016 0.167 0.007 0.009 0.045 0.043 0.027 0.021 93 I 0.035 0.067 0.016 0.004 0.055 0.014 0.037 0.508 0.196 0.047 0.021 94 M 0.020 0.156 0.109 0.016 0.044 0.011 0.023 0.419 0.104 0.076 0.022 95 C 0.009 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.751 0.189 0.022 0.008 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.941 0.051 0.002 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.032 0.004 0.001 98 A 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.962 0.016 0.009 0.001 99 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.970 0.018 0.005 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.920 0.066 0.004 0.001 101 L 0.010 0.002 0.002 0.003 0.006 0.005 0.081 0.718 0.134 0.034 0.005 102 M 0.019 0.362 0.162 0.015 0.061 0.025 0.077 0.197 0.047 0.027 0.008 103 K 0.054 0.016 0.014 0.017 0.035 0.012 0.027 0.047 0.038 0.440 0.299 104 I 0.262 0.180 0.036 0.004 0.327 0.005 0.029 0.023 0.038 0.023 0.073 105 P 0.104 0.149 0.035 0.027 0.269 0.110 0.206 0.038 0.020 0.014 0.029 106 L 0.240 0.130 0.010 0.002 0.583 0.003 0.007 0.007 0.003 0.005 0.010 107 V 0.267 0.018 0.001 0.001 0.708 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 108 V 0.283 0.043 0.006 0.001 0.611 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.044 109 Y 0.276 0.114 0.023 0.016 0.334 0.016 0.012 0.011 0.007 0.034 0.156 110 G 0.173 0.160 0.062 0.037 0.320 0.020 0.021 0.023 0.018 0.071 0.095 111 C 0.162 0.111 0.058 0.029 0.200 0.018 0.037 0.109 0.071 0.136 0.068 112 Q 0.034 0.111 0.066 0.152 0.072 0.137 0.124 0.090 0.069 0.120 0.027 113 N 0.211 0.127 0.105 0.013 0.410 0.006 0.008 0.034 0.022 0.042 0.022 114 E 0.022 0.038 0.026 0.009 0.038 0.015 0.042 0.330 0.429 0.032 0.018 115 R 0.071 0.089 0.067 0.020 0.090 0.034 0.187 0.177 0.093 0.131 0.041 116 F 0.066 0.241 0.099 0.030 0.102 0.028 0.042 0.101 0.069 0.143 0.079 117 G 0.038 0.076 0.124 0.190 0.046 0.075 0.061 0.101 0.068 0.141 0.079 118 G 0.088 0.136 0.136 0.074 0.128 0.036 0.044 0.118 0.062 0.134 0.044 119 C 0.053 0.162 0.087 0.066 0.094 0.036 0.068 0.187 0.093 0.115 0.042 120 G 0.029 0.061 0.077 0.196 0.044 0.092 0.059 0.153 0.086 0.157 0.047 121 S 0.079 0.239 0.110 0.018 0.193 0.011 0.019 0.166 0.077 0.065 0.025 122 V 0.142 0.047 0.010 0.004 0.151 0.007 0.029 0.329 0.171 0.073 0.036 123 L 0.068 0.113 0.031 0.015 0.140 0.032 0.068 0.322 0.132 0.049 0.030 124 N 0.128 0.089 0.033 0.013 0.170 0.018 0.049 0.262 0.099 0.085 0.053 125 I 0.089 0.111 0.037 0.007 0.139 0.011 0.045 0.298 0.114 0.109 0.039 126 A 0.080 0.150 0.067 0.024 0.141 0.027 0.065 0.197 0.098 0.103 0.048 127 S 0.091 0.109 0.065 0.031 0.120 0.028 0.049 0.187 0.128 0.133 0.059 128 A 0.049 0.174 0.098 0.027 0.111 0.025 0.070 0.215 0.123 0.079 0.027 129 D 0.085 0.111 0.063 0.021 0.130 0.022 0.068 0.136 0.109 0.194 0.060 130 L 0.113 0.246 0.112 0.015 0.232 0.013 0.020 0.065 0.056 0.084 0.045 131 P 0.070 0.177 0.099 0.033 0.134 0.034 0.076 0.156 0.134 0.049 0.039 132 N 0.115 0.068 0.063 0.037 0.125 0.031 0.072 0.119 0.086 0.214 0.069 133 T 0.048 0.289 0.152 0.056 0.132 0.040 0.054 0.063 0.050 0.085 0.030 134 G 0.085 0.083 0.101 0.111 0.099 0.046 0.036 0.048 0.047 0.236 0.106 135 R 0.047 0.389 0.228 0.029 0.162 0.014 0.016 0.036 0.036 0.029 0.015 136 P 0.184 0.153 0.028 0.006 0.407 0.008 0.025 0.065 0.059 0.034 0.029 137 F 0.225 0.112 0.022 0.006 0.361 0.013 0.026 0.062 0.060 0.050 0.063 138 Q 0.124 0.169 0.065 0.031 0.275 0.050 0.059 0.075 0.034 0.052 0.067 139 C 0.174 0.162 0.078 0.024 0.257 0.018 0.023 0.050 0.026 0.114 0.075 140 I 0.058 0.384 0.185 0.018 0.190 0.009 0.012 0.065 0.032 0.024 0.022 141 P 0.036 0.119 0.037 0.012 0.071 0.019 0.045 0.406 0.191 0.042 0.023 142 G 0.042 0.086 0.026 0.009 0.067 0.010 0.022 0.444 0.156 0.111 0.027 143 Y 0.035 0.073 0.015 0.004 0.067 0.007 0.020 0.590 0.115 0.060 0.015 144 R 0.020 0.044 0.014 0.004 0.034 0.006 0.022 0.673 0.125 0.045 0.012 145 A 0.012 0.016 0.004 0.001 0.014 0.003 0.019 0.733 0.141 0.048 0.008 146 E 0.005 0.013 0.005 0.003 0.008 0.004 0.017 0.795 0.115 0.028 0.006 147 E 0.003 0.011 0.005 0.002 0.005 0.003 0.013 0.837 0.094 0.023 0.003 148 A 0.006 0.014 0.003 0.001 0.008 0.001 0.006 0.838 0.082 0.037 0.004 149 V 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.863 0.109 0.009 0.002 150 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.928 0.055 0.005 0.001 151 M 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.918 0.043 0.019 0.001 152 L 0.005 0.016 0.002 0.001 0.008 0.001 0.011 0.828 0.098 0.027 0.003 153 K 0.006 0.003 0.002 0.001 0.006 0.003 0.020 0.635 0.287 0.032 0.004 154 T 0.006 0.016 0.006 0.001 0.010 0.002 0.036 0.697 0.194 0.030 0.003 155 F 0.038 0.025 0.015 0.003 0.036 0.005 0.170 0.424 0.123 0.144 0.018 156 Y 0.046 0.376 0.123 0.017 0.107 0.024 0.041 0.123 0.054 0.063 0.026 157 K 0.068 0.068 0.053 0.081 0.072 0.055 0.059 0.130 0.083 0.217 0.113