# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 677.451 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.332 0.150 0.194 0.189 0.107 0.027 0.001 2 Q 0.608 0.264 0.082 0.033 0.011 0.002 0.001 3 S 0.527 0.274 0.121 0.056 0.018 0.004 0.001 4 M 0.438 0.249 0.157 0.106 0.043 0.008 0.001 5 E 0.688 0.237 0.053 0.016 0.005 0.001 0.001 6 E 0.561 0.275 0.105 0.045 0.012 0.002 0.001 7 T 0.331 0.232 0.231 0.141 0.052 0.012 0.001 8 E 0.288 0.297 0.231 0.129 0.045 0.009 0.001 9 K 0.387 0.418 0.128 0.050 0.015 0.003 0.001 10 W 0.029 0.080 0.190 0.307 0.292 0.096 0.007 11 M 0.020 0.057 0.091 0.172 0.339 0.295 0.024 12 E 0.046 0.210 0.364 0.268 0.091 0.021 0.001 13 E 0.061 0.213 0.318 0.305 0.085 0.017 0.001 14 A 0.008 0.031 0.089 0.191 0.364 0.303 0.014 15 M 0.015 0.037 0.101 0.285 0.375 0.175 0.011 16 H 0.199 0.513 0.208 0.058 0.019 0.003 0.001 17 M 0.070 0.217 0.275 0.315 0.101 0.021 0.001 18 A 0.033 0.069 0.162 0.279 0.330 0.124 0.003 19 K 0.240 0.353 0.252 0.120 0.031 0.004 0.001 20 E 0.373 0.435 0.135 0.046 0.010 0.002 0.001 21 A 0.066 0.115 0.215 0.325 0.226 0.051 0.001 22 L 0.122 0.163 0.290 0.290 0.116 0.019 0.001 23 E 0.683 0.271 0.036 0.008 0.002 0.001 0.001 24 N 0.436 0.291 0.155 0.092 0.022 0.004 0.001 25 T 0.386 0.300 0.161 0.096 0.046 0.010 0.001 26 E 0.148 0.303 0.241 0.167 0.101 0.035 0.004 27 V 0.029 0.060 0.107 0.183 0.371 0.214 0.035 28 P 0.010 0.029 0.073 0.153 0.286 0.348 0.100 29 V 0.001 0.002 0.007 0.017 0.071 0.365 0.537 30 G 0.001 0.001 0.003 0.009 0.044 0.215 0.728 31 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.173 0.814 32 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.025 0.214 0.754 33 M 0.001 0.003 0.010 0.054 0.101 0.335 0.498 34 V 0.001 0.006 0.023 0.105 0.318 0.433 0.114 35 Y 0.009 0.050 0.155 0.247 0.352 0.174 0.013 36 N 0.123 0.418 0.225 0.139 0.068 0.026 0.002 37 N 0.086 0.242 0.254 0.259 0.118 0.039 0.002 38 E 0.024 0.096 0.244 0.387 0.177 0.069 0.004 39 V 0.011 0.019 0.039 0.091 0.279 0.476 0.085 40 V 0.020 0.029 0.052 0.124 0.194 0.346 0.235 41 G 0.015 0.027 0.046 0.079 0.166 0.374 0.292 42 K 0.034 0.089 0.196 0.282 0.185 0.131 0.082 43 G 0.026 0.056 0.080 0.123 0.230 0.346 0.140 44 R 0.041 0.104 0.161 0.221 0.247 0.180 0.046 45 N 0.050 0.080 0.110 0.187 0.274 0.246 0.054 46 E 0.110 0.214 0.201 0.194 0.169 0.098 0.014 47 V 0.116 0.158 0.194 0.221 0.192 0.106 0.012 48 N 0.221 0.222 0.208 0.182 0.116 0.047 0.005 49 Q 0.387 0.249 0.167 0.116 0.054 0.022 0.003 50 T 0.444 0.242 0.154 0.099 0.041 0.017 0.003 51 K 0.356 0.235 0.181 0.136 0.060 0.027 0.004 52 N 0.273 0.249 0.168 0.137 0.103 0.058 0.011 53 A 0.066 0.096 0.127 0.190 0.235 0.214 0.072 54 T 0.037 0.050 0.070 0.125 0.241 0.320 0.157 55 R 0.023 0.053 0.084 0.115 0.221 0.317 0.186 56 H 0.009 0.013 0.019 0.040 0.119 0.332 0.469 57 A 0.002 0.003 0.006 0.016 0.050 0.226 0.698 58 E 0.001 0.002 0.004 0.009 0.031 0.205 0.748 59 M 0.002 0.005 0.012 0.033 0.119 0.299 0.529 60 V 0.006 0.025 0.055 0.091 0.197 0.338 0.287 61 A 0.003 0.008 0.019 0.056 0.149 0.394 0.370 62 I 0.003 0.007 0.013 0.039 0.131 0.420 0.387 63 D 0.021 0.093 0.230 0.291 0.220 0.122 0.024 64 Q 0.036 0.156 0.285 0.290 0.160 0.063 0.009 65 V 0.008 0.020 0.035 0.098 0.312 0.462 0.065 66 L 0.021 0.065 0.141 0.291 0.343 0.130 0.009 67 D 0.124 0.376 0.279 0.150 0.053 0.017 0.001 68 W 0.036 0.108 0.260 0.347 0.196 0.051 0.002 69 C 0.078 0.097 0.183 0.261 0.285 0.094 0.003 70 R 0.369 0.335 0.183 0.085 0.023 0.005 0.001 71 Q 0.479 0.269 0.154 0.076 0.018 0.004 0.001 72 S 0.573 0.233 0.112 0.061 0.018 0.004 0.001 73 G 0.645 0.225 0.079 0.035 0.013 0.003 0.001 74 K 0.580 0.251 0.104 0.046 0.015 0.003 0.001 75 S 0.443 0.300 0.147 0.071 0.031 0.008 0.001 76 P 0.286 0.277 0.203 0.144 0.069 0.020 0.002 77 S 0.208 0.247 0.253 0.182 0.083 0.025 0.002 78 E 0.260 0.329 0.220 0.126 0.050 0.014 0.001 79 V 0.041 0.124 0.233 0.321 0.192 0.084 0.006 80 F 0.028 0.058 0.119 0.256 0.302 0.221 0.016 81 E 0.098 0.272 0.269 0.217 0.099 0.042 0.003 82 H 0.114 0.297 0.260 0.187 0.098 0.037 0.007 83 T 0.005 0.012 0.025 0.094 0.307 0.450 0.107 84 V 0.006 0.047 0.116 0.260 0.280 0.251 0.040 85 L 0.003 0.007 0.018 0.050 0.129 0.435 0.358 86 Y 0.002 0.005 0.015 0.039 0.121 0.358 0.460 87 V 0.001 0.002 0.004 0.010 0.044 0.268 0.671 88 T 0.006 0.012 0.023 0.047 0.085 0.210 0.617 89 V 0.005 0.010 0.013 0.028 0.085 0.318 0.541 90 E 0.013 0.021 0.029 0.058 0.144 0.314 0.420 91 P 0.022 0.029 0.032 0.068 0.124 0.286 0.439 92 C 0.027 0.040 0.049 0.081 0.175 0.317 0.311 93 I 0.072 0.072 0.074 0.138 0.183 0.241 0.219 94 M 0.065 0.063 0.064 0.106 0.178 0.260 0.263 95 C 0.033 0.041 0.044 0.071 0.094 0.260 0.457 96 A 0.052 0.040 0.068 0.133 0.193 0.244 0.271 97 A 0.083 0.143 0.199 0.205 0.147 0.136 0.088 98 A 0.044 0.043 0.064 0.140 0.186 0.297 0.225 99 L 0.034 0.025 0.031 0.088 0.129 0.320 0.372 100 R 0.041 0.090 0.128 0.185 0.232 0.235 0.090 101 L 0.058 0.119 0.160 0.215 0.200 0.172 0.076 102 M 0.031 0.050 0.083 0.177 0.239 0.308 0.111 103 K 0.040 0.127 0.200 0.255 0.199 0.130 0.048 104 I 0.011 0.025 0.054 0.134 0.287 0.352 0.137 105 P 0.021 0.099 0.166 0.246 0.274 0.164 0.030 106 L 0.005 0.023 0.060 0.160 0.274 0.370 0.108 107 V 0.002 0.003 0.006 0.023 0.094 0.428 0.444 108 V 0.002 0.004 0.009 0.028 0.089 0.376 0.492 109 Y 0.003 0.007 0.015 0.043 0.122 0.322 0.489 110 G 0.006 0.019 0.038 0.081 0.176 0.381 0.298 111 C 0.009 0.027 0.063 0.127 0.250 0.376 0.147 112 Q 0.051 0.136 0.213 0.257 0.192 0.124 0.025 113 N 0.114 0.162 0.210 0.219 0.183 0.098 0.015 114 E 0.269 0.227 0.180 0.158 0.104 0.053 0.008 115 R 0.270 0.263 0.186 0.140 0.081 0.050 0.009 116 F 0.163 0.147 0.168 0.212 0.185 0.107 0.018 117 G 0.225 0.254 0.204 0.161 0.093 0.053 0.010 118 G 0.125 0.121 0.128 0.179 0.213 0.182 0.053 119 C 0.081 0.119 0.135 0.182 0.219 0.206 0.058 120 G 0.126 0.186 0.210 0.210 0.150 0.093 0.025 121 S 0.112 0.184 0.207 0.205 0.163 0.097 0.032 122 V 0.041 0.074 0.088 0.159 0.248 0.290 0.098 123 L 0.031 0.066 0.117 0.216 0.277 0.245 0.048 124 N 0.086 0.246 0.261 0.218 0.117 0.064 0.009 125 I 0.032 0.068 0.145 0.264 0.296 0.171 0.024 126 A 0.043 0.063 0.096 0.198 0.304 0.260 0.036 127 S 0.143 0.249 0.255 0.201 0.109 0.039 0.003 128 A 0.377 0.327 0.163 0.091 0.031 0.010 0.001 129 D 0.270 0.270 0.200 0.160 0.074 0.025 0.002 130 L 0.162 0.180 0.213 0.221 0.149 0.070 0.006 131 P 0.194 0.185 0.221 0.209 0.136 0.050 0.004 132 N 0.331 0.340 0.187 0.088 0.039 0.014 0.001 133 T 0.137 0.140 0.167 0.239 0.203 0.101 0.014 134 G 0.211 0.271 0.213 0.163 0.097 0.041 0.004 135 R 0.211 0.252 0.224 0.182 0.087 0.039 0.005 136 P 0.149 0.237 0.235 0.202 0.122 0.049 0.007 137 F 0.068 0.074 0.100 0.198 0.289 0.232 0.039 138 Q 0.081 0.157 0.204 0.253 0.185 0.108 0.012 139 C 0.199 0.252 0.214 0.175 0.104 0.052 0.006 140 I 0.160 0.192 0.214 0.219 0.143 0.065 0.007 141 P 0.189 0.234 0.191 0.181 0.139 0.059 0.006 142 G 0.107 0.142 0.213 0.243 0.201 0.088 0.008 143 Y 0.285 0.278 0.221 0.136 0.064 0.016 0.001 144 R 0.462 0.319 0.127 0.062 0.024 0.006 0.001 145 A 0.331 0.249 0.174 0.149 0.073 0.023 0.002 146 E 0.283 0.226 0.223 0.176 0.072 0.020 0.001 147 E 0.571 0.280 0.095 0.039 0.011 0.003 0.001 148 A 0.288 0.278 0.206 0.145 0.061 0.020 0.002 149 V 0.126 0.108 0.139 0.227 0.250 0.137 0.012 150 E 0.195 0.246 0.259 0.166 0.094 0.036 0.003 151 M 0.214 0.250 0.257 0.187 0.066 0.023 0.003 152 L 0.172 0.135 0.181 0.209 0.212 0.085 0.007 153 K 0.363 0.283 0.178 0.111 0.050 0.015 0.001 154 T 0.594 0.274 0.074 0.035 0.017 0.005 0.001 155 F 0.344 0.233 0.198 0.156 0.052 0.016 0.001 156 Y 0.535 0.169 0.142 0.102 0.042 0.010 0.001 157 K 0.865 0.120 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001