# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 677.451 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.179 0.077 0.101 0.139 0.168 0.136 0.091 0.054 0.029 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 2 Q 0.432 0.167 0.129 0.119 0.070 0.041 0.023 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 S 0.446 0.158 0.118 0.106 0.078 0.044 0.027 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 4 M 0.268 0.119 0.131 0.177 0.135 0.088 0.052 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.695 0.144 0.079 0.040 0.021 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.547 0.187 0.105 0.086 0.044 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 T 0.307 0.141 0.144 0.154 0.118 0.072 0.042 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.338 0.197 0.175 0.150 0.075 0.042 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.635 0.225 0.086 0.029 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 W 0.083 0.072 0.120 0.198 0.253 0.152 0.066 0.034 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.048 0.041 0.058 0.119 0.191 0.217 0.169 0.097 0.040 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 12 E 0.292 0.309 0.192 0.113 0.050 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.436 0.278 0.152 0.075 0.032 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.020 0.021 0.048 0.131 0.254 0.244 0.162 0.083 0.027 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 15 M 0.043 0.039 0.063 0.118 0.219 0.196 0.164 0.102 0.040 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 16 H 0.564 0.278 0.100 0.037 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 M 0.178 0.181 0.221 0.215 0.115 0.055 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.045 0.030 0.067 0.132 0.221 0.222 0.175 0.074 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 19 K 0.332 0.324 0.175 0.089 0.050 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.528 0.279 0.095 0.052 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.084 0.068 0.120 0.189 0.211 0.163 0.106 0.037 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.142 0.113 0.175 0.185 0.169 0.107 0.069 0.025 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.668 0.205 0.060 0.034 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.233 0.186 0.167 0.194 0.110 0.059 0.028 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.157 0.164 0.180 0.211 0.122 0.081 0.055 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.124 0.210 0.194 0.158 0.119 0.083 0.060 0.026 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 27 V 0.010 0.014 0.035 0.078 0.127 0.190 0.171 0.155 0.110 0.051 0.032 0.016 0.008 0.003 28 P 0.002 0.004 0.010 0.027 0.053 0.079 0.121 0.153 0.163 0.155 0.114 0.067 0.031 0.021 29 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.018 0.040 0.106 0.195 0.219 0.207 0.117 0.084 30 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 0.062 0.144 0.200 0.233 0.212 0.125 31 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.054 0.143 0.208 0.259 0.199 0.120 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 0.056 0.144 0.214 0.253 0.150 0.157 33 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 0.028 0.075 0.161 0.222 0.212 0.149 0.128 34 V 0.001 0.002 0.004 0.009 0.022 0.043 0.076 0.131 0.182 0.175 0.147 0.109 0.067 0.033 35 Y 0.003 0.012 0.026 0.056 0.080 0.121 0.162 0.171 0.149 0.102 0.060 0.035 0.014 0.010 36 N 0.032 0.088 0.111 0.158 0.134 0.108 0.106 0.081 0.084 0.049 0.028 0.010 0.004 0.005 37 N 0.051 0.116 0.153 0.194 0.139 0.122 0.079 0.051 0.056 0.019 0.010 0.005 0.003 0.002 38 E 0.024 0.043 0.094 0.130 0.176 0.183 0.148 0.088 0.073 0.023 0.010 0.004 0.004 0.001 39 V 0.008 0.008 0.017 0.030 0.051 0.100 0.193 0.188 0.150 0.117 0.078 0.039 0.016 0.006 40 V 0.016 0.019 0.025 0.039 0.063 0.083 0.095 0.143 0.138 0.133 0.111 0.076 0.035 0.023 41 G 0.008 0.007 0.010 0.012 0.021 0.033 0.049 0.079 0.121 0.176 0.183 0.164 0.091 0.046 42 K 0.014 0.016 0.021 0.032 0.047 0.061 0.082 0.116 0.150 0.156 0.127 0.092 0.059 0.027 43 G 0.013 0.014 0.017 0.027 0.043 0.059 0.089 0.121 0.152 0.159 0.131 0.094 0.051 0.031 44 R 0.018 0.022 0.031 0.062 0.089 0.110 0.124 0.142 0.116 0.109 0.087 0.051 0.022 0.019 45 N 0.017 0.027 0.045 0.061 0.094 0.113 0.125 0.137 0.113 0.111 0.078 0.046 0.021 0.011 46 E 0.063 0.089 0.104 0.138 0.152 0.122 0.097 0.087 0.078 0.038 0.020 0.008 0.004 0.002 47 V 0.091 0.074 0.099 0.127 0.138 0.138 0.110 0.086 0.067 0.037 0.020 0.009 0.004 0.002 48 N 0.156 0.120 0.140 0.150 0.139 0.111 0.082 0.046 0.030 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 49 Q 0.243 0.173 0.156 0.145 0.108 0.071 0.043 0.025 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 50 T 0.343 0.192 0.132 0.105 0.085 0.058 0.042 0.019 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 51 K 0.263 0.168 0.143 0.126 0.104 0.078 0.055 0.030 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 52 N 0.207 0.159 0.143 0.135 0.123 0.084 0.064 0.038 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 53 A 0.097 0.077 0.105 0.129 0.165 0.143 0.103 0.081 0.049 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 54 T 0.059 0.048 0.059 0.083 0.141 0.148 0.143 0.125 0.081 0.058 0.033 0.013 0.007 0.003 55 R 0.062 0.061 0.069 0.110 0.147 0.130 0.109 0.111 0.086 0.059 0.032 0.012 0.006 0.003 56 H 0.088 0.057 0.060 0.090 0.116 0.123 0.115 0.112 0.089 0.062 0.044 0.024 0.012 0.006 57 A 0.027 0.021 0.020 0.025 0.043 0.084 0.142 0.145 0.159 0.148 0.100 0.048 0.027 0.010 58 E 0.021 0.019 0.026 0.060 0.098 0.147 0.196 0.180 0.129 0.071 0.033 0.011 0.005 0.003 59 M 0.058 0.054 0.068 0.089 0.140 0.129 0.134 0.101 0.095 0.068 0.036 0.016 0.007 0.006 60 V 0.118 0.094 0.117 0.139 0.150 0.148 0.103 0.070 0.033 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 61 A 0.015 0.015 0.027 0.070 0.102 0.201 0.213 0.194 0.099 0.038 0.015 0.006 0.002 0.001 62 I 0.009 0.015 0.023 0.054 0.119 0.187 0.244 0.208 0.098 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 63 D 0.148 0.256 0.265 0.171 0.083 0.048 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.133 0.221 0.259 0.178 0.111 0.057 0.026 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 V 0.012 0.010 0.028 0.073 0.161 0.250 0.231 0.162 0.055 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 66 L 0.053 0.081 0.132 0.165 0.221 0.161 0.109 0.053 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.615 0.263 0.073 0.027 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 W 0.085 0.112 0.182 0.243 0.173 0.113 0.051 0.025 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 69 C 0.048 0.039 0.086 0.144 0.207 0.197 0.163 0.079 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 70 R 0.345 0.262 0.140 0.101 0.079 0.038 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Q 0.502 0.171 0.110 0.091 0.061 0.034 0.016 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 S 0.416 0.177 0.120 0.117 0.081 0.042 0.029 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 G 0.523 0.181 0.109 0.079 0.052 0.028 0.016 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.610 0.164 0.086 0.057 0.039 0.021 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 S 0.449 0.201 0.124 0.099 0.062 0.031 0.020 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 P 0.336 0.176 0.145 0.120 0.098 0.061 0.038 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 77 S 0.350 0.209 0.135 0.108 0.087 0.052 0.031 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.233 0.165 0.144 0.136 0.121 0.086 0.054 0.031 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 79 V 0.076 0.084 0.128 0.163 0.184 0.147 0.093 0.063 0.033 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 80 F 0.036 0.039 0.061 0.105 0.174 0.166 0.139 0.119 0.069 0.048 0.026 0.012 0.005 0.002 81 E 0.080 0.127 0.133 0.161 0.136 0.118 0.093 0.067 0.040 0.023 0.013 0.005 0.003 0.001 82 H 0.044 0.062 0.089 0.128 0.159 0.144 0.119 0.111 0.073 0.034 0.020 0.008 0.007 0.003 83 T 0.008 0.009 0.014 0.024 0.051 0.087 0.149 0.167 0.161 0.128 0.103 0.063 0.027 0.009 84 V 0.011 0.014 0.023 0.050 0.085 0.103 0.129 0.165 0.148 0.122 0.078 0.040 0.022 0.011 85 L 0.005 0.005 0.007 0.011 0.021 0.035 0.062 0.095 0.156 0.207 0.176 0.122 0.060 0.038 86 Y 0.008 0.009 0.012 0.015 0.027 0.047 0.080 0.116 0.157 0.175 0.156 0.098 0.062 0.035 87 V 0.007 0.008 0.009 0.016 0.029 0.046 0.087 0.120 0.174 0.173 0.148 0.101 0.053 0.029 88 T 0.012 0.012 0.014 0.027 0.045 0.070 0.109 0.147 0.164 0.156 0.118 0.066 0.032 0.029 89 V 0.015 0.020 0.027 0.035 0.058 0.085 0.140 0.137 0.132 0.121 0.100 0.070 0.035 0.024 90 E 0.027 0.034 0.055 0.082 0.117 0.148 0.147 0.152 0.110 0.064 0.034 0.016 0.009 0.005 91 P 0.029 0.033 0.043 0.066 0.098 0.140 0.184 0.159 0.124 0.072 0.032 0.012 0.006 0.003 92 C 0.037 0.039 0.062 0.108 0.147 0.185 0.161 0.127 0.071 0.036 0.016 0.006 0.002 0.002 93 I 0.107 0.094 0.127 0.132 0.149 0.143 0.111 0.067 0.036 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 94 M 0.084 0.090 0.131 0.159 0.156 0.154 0.108 0.067 0.029 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 95 C 0.051 0.035 0.050 0.089 0.131 0.201 0.186 0.145 0.071 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 96 A 0.086 0.070 0.085 0.118 0.157 0.176 0.149 0.089 0.042 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 97 A 0.137 0.161 0.194 0.174 0.137 0.093 0.056 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 98 A 0.093 0.053 0.086 0.133 0.166 0.179 0.138 0.084 0.040 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 99 L 0.048 0.034 0.052 0.085 0.150 0.189 0.183 0.135 0.075 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 100 R 0.127 0.104 0.128 0.155 0.151 0.138 0.087 0.060 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 101 L 0.083 0.083 0.115 0.165 0.197 0.152 0.096 0.055 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 102 M 0.048 0.052 0.073 0.123 0.161 0.178 0.141 0.105 0.059 0.032 0.016 0.008 0.003 0.001 103 K 0.042 0.105 0.161 0.202 0.177 0.124 0.097 0.048 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 104 I 0.015 0.017 0.033 0.074 0.127 0.170 0.179 0.170 0.114 0.051 0.027 0.014 0.006 0.003 105 P 0.013 0.027 0.050 0.112 0.164 0.174 0.172 0.122 0.087 0.040 0.022 0.009 0.005 0.003 106 L 0.004 0.004 0.009 0.021 0.035 0.066 0.116 0.148 0.183 0.157 0.121 0.076 0.037 0.023 107 V 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.015 0.039 0.061 0.121 0.198 0.215 0.181 0.101 0.055 108 V 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.012 0.027 0.053 0.113 0.186 0.200 0.212 0.124 0.059 109 Y 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.012 0.025 0.054 0.110 0.213 0.199 0.181 0.115 0.075 110 G 0.002 0.005 0.007 0.011 0.019 0.030 0.054 0.097 0.139 0.194 0.171 0.126 0.083 0.061 111 C 0.005 0.012 0.020 0.043 0.073 0.095 0.116 0.153 0.149 0.131 0.095 0.056 0.032 0.020 112 Q 0.022 0.052 0.074 0.111 0.133 0.144 0.139 0.108 0.093 0.060 0.035 0.016 0.007 0.007 113 N 0.062 0.102 0.145 0.146 0.141 0.125 0.098 0.072 0.057 0.028 0.014 0.006 0.003 0.002 114 E 0.257 0.207 0.149 0.130 0.099 0.058 0.037 0.022 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 115 R 0.272 0.195 0.157 0.130 0.089 0.064 0.043 0.020 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 116 F 0.137 0.082 0.128 0.136 0.149 0.140 0.112 0.059 0.031 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 117 G 0.247 0.200 0.152 0.129 0.098 0.066 0.045 0.028 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 118 G 0.119 0.075 0.100 0.122 0.150 0.143 0.096 0.080 0.054 0.029 0.016 0.009 0.005 0.002 119 C 0.077 0.063 0.081 0.114 0.153 0.153 0.129 0.096 0.055 0.039 0.023 0.011 0.005 0.002 120 G 0.163 0.112 0.106 0.113 0.123 0.110 0.084 0.072 0.051 0.031 0.019 0.010 0.005 0.002 121 S 0.149 0.114 0.110 0.128 0.128 0.110 0.082 0.066 0.051 0.027 0.018 0.009 0.005 0.002 122 V 0.062 0.043 0.057 0.095 0.131 0.147 0.145 0.123 0.082 0.054 0.033 0.017 0.007 0.003 123 L 0.053 0.053 0.076 0.106 0.140 0.151 0.142 0.115 0.069 0.046 0.028 0.014 0.006 0.002 124 N 0.213 0.156 0.139 0.137 0.124 0.076 0.056 0.041 0.032 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 125 I 0.061 0.051 0.085 0.137 0.163 0.160 0.109 0.095 0.065 0.035 0.020 0.010 0.005 0.002 126 A 0.063 0.057 0.091 0.122 0.156 0.179 0.143 0.094 0.048 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 127 S 0.181 0.168 0.158 0.141 0.126 0.088 0.062 0.036 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 128 A 0.439 0.251 0.114 0.078 0.052 0.027 0.017 0.009 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 129 D 0.280 0.184 0.147 0.134 0.112 0.063 0.041 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 130 L 0.145 0.117 0.144 0.168 0.156 0.116 0.076 0.040 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 131 P 0.229 0.133 0.131 0.129 0.138 0.101 0.065 0.039 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 132 N 0.334 0.198 0.121 0.109 0.086 0.056 0.042 0.023 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 133 T 0.139 0.090 0.115 0.140 0.155 0.131 0.088 0.064 0.038 0.019 0.011 0.007 0.003 0.001 134 G 0.191 0.135 0.118 0.142 0.134 0.098 0.079 0.045 0.028 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 135 R 0.131 0.089 0.104 0.130 0.145 0.126 0.095 0.077 0.048 0.026 0.016 0.008 0.004 0.001 136 P 0.165 0.114 0.112 0.148 0.159 0.108 0.077 0.053 0.035 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 137 F 0.053 0.032 0.051 0.078 0.122 0.143 0.143 0.138 0.095 0.067 0.044 0.023 0.010 0.003 138 Q 0.097 0.075 0.086 0.133 0.155 0.141 0.105 0.085 0.057 0.034 0.019 0.008 0.003 0.002 139 C 0.109 0.077 0.089 0.111 0.129 0.118 0.101 0.089 0.069 0.051 0.031 0.015 0.007 0.003 140 I 0.119 0.086 0.088 0.110 0.150 0.123 0.094 0.081 0.064 0.042 0.024 0.011 0.005 0.002 141 P 0.108 0.106 0.132 0.176 0.173 0.124 0.068 0.049 0.033 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 142 G 0.093 0.068 0.091 0.123 0.168 0.149 0.119 0.088 0.053 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 143 Y 0.278 0.209 0.144 0.141 0.101 0.059 0.034 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 144 R 0.482 0.233 0.117 0.076 0.047 0.022 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 A 0.146 0.138 0.154 0.180 0.156 0.108 0.069 0.028 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.134 0.131 0.180 0.240 0.158 0.090 0.037 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.785 0.140 0.042 0.017 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.166 0.204 0.207 0.177 0.122 0.068 0.034 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 149 V 0.063 0.042 0.072 0.113 0.218 0.180 0.139 0.099 0.046 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 150 E 0.416 0.228 0.146 0.098 0.054 0.028 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 M 0.452 0.161 0.118 0.111 0.072 0.039 0.022 0.012 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 152 L 0.066 0.045 0.068 0.142 0.222 0.177 0.132 0.081 0.036 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 153 K 0.229 0.164 0.174 0.174 0.113 0.074 0.035 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 154 T 0.499 0.152 0.099 0.088 0.067 0.043 0.024 0.013 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 155 F 0.182 0.105 0.132 0.171 0.158 0.118 0.070 0.034 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 156 Y 0.171 0.088 0.114 0.148 0.166 0.130 0.093 0.046 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 157 K 0.652 0.189 0.075 0.039 0.020 0.010 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001