# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2293 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.003 0.023 0.767 0.002 0.009 0.018 0.001 0.001 0.023 0.084 0.017 0.031 0.022 2 Q 0.001 0.018 0.809 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.019 0.083 0.014 0.013 0.023 3 S 0.001 0.026 0.708 0.002 0.014 0.038 0.001 0.001 0.014 0.134 0.038 0.008 0.017 4 M 0.001 0.013 0.514 0.002 0.034 0.261 0.001 0.001 0.007 0.109 0.050 0.003 0.007 5 E 0.001 0.005 0.148 0.001 0.046 0.666 0.001 0.001 0.003 0.041 0.086 0.002 0.002 6 E 0.001 0.004 0.070 0.001 0.043 0.817 0.001 0.001 0.001 0.019 0.042 0.001 0.002 7 T 0.001 0.001 0.028 0.001 0.026 0.932 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 10 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.924 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.012 0.800 0.001 0.001 0.001 0.013 0.161 0.001 0.001 22 L 0.001 0.004 0.096 0.001 0.040 0.617 0.001 0.001 0.001 0.046 0.191 0.002 0.002 23 E 0.001 0.006 0.203 0.001 0.075 0.370 0.001 0.001 0.002 0.106 0.229 0.003 0.004 24 N 0.001 0.003 0.151 0.002 0.087 0.187 0.001 0.001 0.001 0.139 0.425 0.002 0.003 25 T 0.001 0.002 0.095 0.001 0.042 0.031 0.001 0.001 0.001 0.121 0.702 0.003 0.002 26 E 0.001 0.015 0.308 0.003 0.033 0.012 0.001 0.001 0.008 0.231 0.358 0.007 0.023 27 V 0.002 0.021 0.584 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.020 0.266 0.023 0.045 0.024 28 P 0.006 0.011 0.609 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.093 0.027 0.030 0.188 29 V 0.101 0.009 0.295 0.059 0.007 0.002 0.014 0.004 0.054 0.075 0.032 0.106 0.242 30 G 0.371 0.002 0.043 0.100 0.002 0.001 0.030 0.005 0.022 0.027 0.004 0.289 0.103 31 C 0.681 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.036 0.004 0.009 0.001 0.001 0.078 0.184 32 L 0.869 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.049 0.004 0.003 0.001 0.001 0.034 0.039 33 M 0.836 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 0.002 0.001 0.001 0.087 0.043 34 V 0.618 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.083 0.261 35 Y 0.177 0.001 0.065 0.104 0.002 0.001 0.006 0.001 0.008 0.041 0.056 0.391 0.149 36 N 0.006 0.001 0.027 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.727 0.015 0.079 37 N 0.014 0.002 0.069 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.413 0.348 0.118 0.020 38 E 0.224 0.016 0.132 0.008 0.002 0.001 0.009 0.002 0.005 0.053 0.011 0.261 0.276 39 V 0.338 0.009 0.026 0.002 0.001 0.001 0.059 0.014 0.016 0.004 0.002 0.061 0.467 40 V 0.484 0.006 0.012 0.109 0.001 0.002 0.136 0.015 0.012 0.003 0.001 0.156 0.064 41 G 0.390 0.003 0.018 0.023 0.001 0.002 0.054 0.010 0.020 0.004 0.002 0.221 0.252 42 K 0.401 0.005 0.038 0.047 0.006 0.006 0.060 0.009 0.020 0.012 0.013 0.095 0.289 43 G 0.167 0.010 0.158 0.032 0.016 0.013 0.030 0.009 0.052 0.055 0.050 0.234 0.173 44 R 0.071 0.015 0.246 0.022 0.046 0.027 0.012 0.005 0.030 0.118 0.139 0.062 0.207 45 N 0.034 0.020 0.335 0.027 0.068 0.037 0.005 0.003 0.015 0.152 0.160 0.083 0.061 46 E 0.018 0.023 0.320 0.010 0.079 0.083 0.003 0.002 0.014 0.208 0.135 0.038 0.066 47 V 0.018 0.038 0.336 0.009 0.087 0.097 0.004 0.002 0.014 0.137 0.150 0.031 0.074 48 N 0.013 0.040 0.349 0.009 0.099 0.122 0.003 0.003 0.014 0.132 0.120 0.046 0.051 49 Q 0.005 0.027 0.344 0.007 0.065 0.118 0.002 0.001 0.009 0.189 0.170 0.020 0.043 50 T 0.002 0.020 0.319 0.004 0.068 0.125 0.001 0.001 0.005 0.166 0.257 0.014 0.018 51 K 0.001 0.016 0.244 0.003 0.044 0.132 0.001 0.001 0.003 0.236 0.301 0.008 0.012 52 N 0.001 0.011 0.488 0.001 0.022 0.154 0.001 0.001 0.002 0.212 0.092 0.007 0.010 53 A 0.001 0.010 0.157 0.001 0.028 0.543 0.001 0.001 0.001 0.124 0.120 0.006 0.009 54 T 0.001 0.013 0.155 0.002 0.032 0.681 0.001 0.001 0.001 0.047 0.053 0.005 0.011 55 R 0.001 0.001 0.021 0.001 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.002 56 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 57 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 67 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 68 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.923 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.001 0.001 69 C 0.001 0.001 0.030 0.001 0.015 0.701 0.001 0.001 0.001 0.023 0.228 0.001 0.001 70 R 0.001 0.005 0.195 0.001 0.070 0.424 0.001 0.001 0.001 0.065 0.233 0.003 0.002 71 Q 0.001 0.008 0.207 0.001 0.076 0.280 0.001 0.001 0.002 0.125 0.292 0.002 0.006 72 S 0.001 0.006 0.151 0.001 0.094 0.130 0.001 0.001 0.002 0.144 0.465 0.002 0.004 73 G 0.001 0.007 0.212 0.001 0.054 0.052 0.001 0.001 0.004 0.198 0.462 0.004 0.005 74 K 0.001 0.017 0.403 0.002 0.029 0.021 0.001 0.001 0.005 0.312 0.195 0.006 0.009 75 S 0.001 0.018 0.534 0.003 0.016 0.012 0.001 0.001 0.006 0.277 0.110 0.012 0.009 76 P 0.002 0.022 0.653 0.004 0.027 0.022 0.001 0.001 0.010 0.141 0.090 0.010 0.019 77 S 0.005 0.028 0.571 0.012 0.050 0.028 0.002 0.001 0.013 0.136 0.086 0.026 0.043 78 E 0.016 0.039 0.468 0.011 0.053 0.041 0.004 0.001 0.019 0.099 0.035 0.124 0.091 79 V 0.030 0.063 0.348 0.010 0.045 0.040 0.007 0.003 0.023 0.050 0.040 0.056 0.284 80 F 0.030 0.023 0.330 0.040 0.068 0.052 0.007 0.003 0.030 0.083 0.053 0.159 0.122 81 E 0.008 0.005 0.152 0.061 0.054 0.034 0.003 0.001 0.013 0.152 0.400 0.047 0.068 82 H 0.014 0.005 0.132 0.032 0.026 0.013 0.003 0.001 0.009 0.183 0.483 0.035 0.064 83 T 0.080 0.008 0.303 0.034 0.007 0.009 0.009 0.006 0.044 0.142 0.024 0.208 0.127 84 V 0.255 0.004 0.087 0.020 0.002 0.004 0.068 0.033 0.065 0.025 0.005 0.105 0.327 85 L 0.457 0.002 0.011 0.017 0.001 0.003 0.187 0.070 0.060 0.003 0.001 0.082 0.105 86 Y 0.557 0.002 0.012 0.041 0.002 0.005 0.143 0.059 0.039 0.002 0.002 0.055 0.080 87 V 0.410 0.002 0.030 0.027 0.005 0.006 0.125 0.034 0.069 0.007 0.005 0.160 0.119 88 T 0.156 0.005 0.185 0.036 0.008 0.012 0.039 0.016 0.111 0.040 0.029 0.167 0.195 89 V 0.076 0.010 0.308 0.023 0.035 0.060 0.015 0.003 0.038 0.134 0.103 0.044 0.150 90 E 0.015 0.018 0.309 0.008 0.029 0.082 0.004 0.001 0.031 0.198 0.105 0.165 0.035 91 P 0.006 0.035 0.371 0.002 0.032 0.154 0.001 0.001 0.010 0.168 0.074 0.013 0.132 92 C 0.001 0.016 0.571 0.002 0.024 0.236 0.001 0.001 0.003 0.096 0.022 0.015 0.013 93 I 0.001 0.003 0.040 0.001 0.050 0.788 0.001 0.001 0.001 0.020 0.092 0.001 0.005 94 M 0.001 0.003 0.027 0.001 0.039 0.862 0.001 0.001 0.001 0.011 0.055 0.001 0.001 95 C 0.001 0.001 0.008 0.001 0.022 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 98 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 100 R 0.002 0.001 0.003 0.001 0.016 0.930 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 101 L 0.003 0.001 0.007 0.003 0.071 0.831 0.001 0.001 0.001 0.007 0.071 0.001 0.006 102 M 0.002 0.001 0.055 0.002 0.029 0.306 0.001 0.001 0.001 0.088 0.502 0.009 0.005 103 K 0.001 0.003 0.124 0.003 0.013 0.020 0.001 0.001 0.006 0.056 0.764 0.002 0.007 104 I 0.001 0.002 0.889 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.068 0.005 0.005 0.003 105 P 0.001 0.002 0.589 0.035 0.002 0.001 0.001 0.003 0.127 0.205 0.018 0.010 0.007 106 L 0.015 0.002 0.022 0.008 0.001 0.001 0.042 0.250 0.576 0.037 0.005 0.011 0.031 107 V 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.090 0.745 0.149 0.001 0.001 0.001 0.003 108 V 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.837 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Y 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.669 0.267 0.001 0.001 0.003 0.005 110 G 0.031 0.002 0.084 0.016 0.001 0.001 0.045 0.154 0.579 0.015 0.003 0.030 0.038 111 C 0.018 0.011 0.321 0.008 0.005 0.002 0.017 0.020 0.399 0.090 0.026 0.037 0.046 112 Q 0.015 0.040 0.416 0.010 0.017 0.005 0.008 0.007 0.113 0.199 0.071 0.035 0.064 113 N 0.004 0.018 0.587 0.006 0.021 0.005 0.001 0.001 0.017 0.210 0.059 0.026 0.044 114 E 0.002 0.010 0.150 0.005 0.053 0.013 0.001 0.001 0.002 0.211 0.539 0.005 0.012 115 R 0.003 0.019 0.212 0.007 0.079 0.021 0.001 0.001 0.001 0.222 0.409 0.016 0.010 116 F 0.005 0.021 0.253 0.005 0.112 0.057 0.001 0.001 0.002 0.212 0.278 0.007 0.046 117 G 0.011 0.047 0.278 0.009 0.069 0.067 0.002 0.002 0.005 0.213 0.219 0.056 0.021 118 G 0.022 0.065 0.287 0.008 0.073 0.121 0.006 0.004 0.015 0.142 0.112 0.026 0.118 119 C 0.012 0.033 0.251 0.023 0.069 0.144 0.004 0.002 0.010 0.150 0.219 0.039 0.043 120 G 0.007 0.014 0.205 0.018 0.043 0.135 0.002 0.001 0.005 0.232 0.282 0.028 0.028 121 S 0.011 0.019 0.311 0.013 0.056 0.217 0.002 0.002 0.007 0.162 0.117 0.035 0.049 122 V 0.022 0.016 0.153 0.006 0.090 0.464 0.006 0.003 0.012 0.055 0.062 0.024 0.088 123 L 0.017 0.012 0.126 0.012 0.132 0.536 0.004 0.002 0.008 0.039 0.059 0.027 0.026 124 N 0.009 0.010 0.096 0.007 0.108 0.603 0.002 0.001 0.005 0.042 0.078 0.016 0.021 125 I 0.009 0.012 0.121 0.005 0.114 0.561 0.001 0.001 0.005 0.049 0.083 0.012 0.026 126 A 0.005 0.011 0.191 0.004 0.124 0.470 0.001 0.001 0.004 0.055 0.102 0.010 0.023 127 S 0.003 0.008 0.175 0.003 0.230 0.385 0.001 0.001 0.003 0.049 0.121 0.008 0.013 128 A 0.001 0.006 0.115 0.001 0.195 0.330 0.001 0.001 0.002 0.055 0.280 0.006 0.007 129 D 0.001 0.017 0.150 0.001 0.189 0.227 0.001 0.001 0.002 0.101 0.294 0.005 0.011 130 L 0.001 0.019 0.439 0.002 0.069 0.057 0.001 0.001 0.003 0.278 0.113 0.009 0.010 131 P 0.001 0.023 0.496 0.002 0.122 0.041 0.001 0.001 0.002 0.127 0.171 0.004 0.011 132 N 0.001 0.010 0.228 0.002 0.175 0.029 0.001 0.001 0.001 0.074 0.473 0.003 0.003 133 T 0.001 0.004 0.116 0.003 0.216 0.021 0.001 0.001 0.002 0.094 0.539 0.003 0.003 134 G 0.001 0.004 0.131 0.005 0.021 0.002 0.001 0.001 0.003 0.199 0.628 0.002 0.005 135 R 0.001 0.025 0.528 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.028 0.323 0.034 0.038 0.006 136 P 0.004 0.031 0.620 0.005 0.002 0.001 0.004 0.006 0.151 0.076 0.018 0.014 0.069 137 F 0.023 0.018 0.221 0.016 0.003 0.002 0.040 0.051 0.432 0.039 0.005 0.060 0.090 138 Q 0.033 0.013 0.074 0.016 0.002 0.002 0.082 0.101 0.509 0.014 0.002 0.100 0.052 139 C 0.030 0.027 0.109 0.005 0.003 0.002 0.087 0.137 0.426 0.012 0.003 0.022 0.138 140 I 0.003 0.007 0.415 0.013 0.002 0.002 0.007 0.020 0.371 0.040 0.003 0.100 0.016 141 P 0.001 0.009 0.393 0.003 0.015 0.013 0.003 0.004 0.098 0.247 0.136 0.005 0.072 142 G 0.001 0.017 0.403 0.004 0.036 0.032 0.001 0.001 0.022 0.251 0.215 0.011 0.007 143 Y 0.001 0.025 0.538 0.002 0.054 0.118 0.001 0.001 0.013 0.172 0.051 0.008 0.017 144 R 0.001 0.016 0.477 0.001 0.051 0.325 0.001 0.001 0.004 0.079 0.033 0.003 0.010 145 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.018 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 147 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 151 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 153 K 0.001 0.001 0.013 0.001 0.039 0.864 0.001 0.001 0.001 0.008 0.075 0.001 0.001 154 T 0.001 0.001 0.014 0.001 0.044 0.612 0.001 0.001 0.001 0.018 0.309 0.001 0.001 155 F 0.001 0.002 0.055 0.001 0.035 0.400 0.001 0.001 0.002 0.046 0.456 0.001 0.002 156 Y 0.002 0.016 0.435 0.002 0.030 0.226 0.001 0.001 0.014 0.130 0.122 0.009 0.012 157 K 0.001 0.016 0.714 0.002 0.012 0.056 0.001 0.001 0.016 0.122 0.030 0.016 0.013