# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2293 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.033 0.017 0.002 0.038 0.019 0.033 0.135 0.002 0.001 0.039 0.680 2 Q 0.026 0.050 0.002 0.038 0.038 0.032 0.126 0.003 0.001 0.035 0.649 3 S 0.118 0.242 0.002 0.017 0.008 0.011 0.070 0.009 0.001 0.142 0.382 4 M 0.082 0.368 0.002 0.010 0.006 0.007 0.071 0.010 0.001 0.077 0.367 5 E 0.022 0.546 0.002 0.012 0.007 0.008 0.057 0.003 0.001 0.018 0.325 6 E 0.010 0.790 0.002 0.003 0.003 0.002 0.015 0.002 0.001 0.050 0.123 7 T 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.003 8 E 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 0.008 9 K 0.002 0.956 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.016 10 W 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.006 11 M 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 12 E 0.002 0.803 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.172 0.017 13 E 0.001 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.009 14 A 0.006 0.960 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.019 0.003 15 M 0.004 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.023 0.010 16 H 0.005 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.017 0.030 17 M 0.016 0.908 0.013 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.017 0.031 18 A 0.056 0.845 0.012 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 0.002 0.019 0.020 19 K 0.138 0.517 0.017 0.002 0.003 0.002 0.030 0.013 0.004 0.069 0.204 20 E 0.091 0.201 0.017 0.005 0.004 0.005 0.060 0.008 0.004 0.097 0.507 21 A 0.084 0.044 0.023 0.011 0.005 0.009 0.139 0.015 0.011 0.198 0.461 22 L 0.146 0.010 0.010 0.005 0.006 0.007 0.115 0.006 0.006 0.064 0.625 23 E 0.060 0.004 0.001 0.004 0.003 0.004 0.061 0.001 0.001 0.011 0.852 24 N 0.053 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.089 0.001 0.001 0.017 0.827 25 T 0.023 0.001 0.001 0.006 0.009 0.014 0.128 0.001 0.001 0.019 0.798 26 E 0.010 0.001 0.001 0.006 0.007 0.013 0.104 0.001 0.001 0.017 0.840 27 V 0.007 0.001 0.001 0.047 0.037 0.041 0.170 0.001 0.001 0.024 0.672 28 P 0.014 0.005 0.001 0.138 0.054 0.171 0.109 0.003 0.001 0.082 0.423 29 V 0.007 0.004 0.001 0.077 0.099 0.170 0.077 0.002 0.001 0.088 0.476 30 G 0.004 0.004 0.001 0.123 0.175 0.370 0.048 0.001 0.001 0.044 0.230 31 C 0.003 0.002 0.001 0.109 0.212 0.527 0.018 0.001 0.001 0.041 0.087 32 L 0.001 0.001 0.001 0.096 0.382 0.439 0.010 0.001 0.001 0.021 0.050 33 M 0.002 0.001 0.003 0.096 0.325 0.431 0.019 0.001 0.002 0.043 0.080 34 V 0.035 0.002 0.001 0.147 0.171 0.293 0.061 0.002 0.001 0.057 0.230 35 Y 0.638 0.002 0.001 0.021 0.020 0.027 0.035 0.006 0.001 0.071 0.179 36 N 0.006 0.001 0.001 0.012 0.002 0.010 0.121 0.001 0.001 0.014 0.834 37 N 0.003 0.004 0.001 0.052 0.027 0.095 0.106 0.001 0.001 0.032 0.680 38 E 0.004 0.003 0.001 0.066 0.457 0.269 0.030 0.001 0.001 0.038 0.133 39 V 0.006 0.006 0.001 0.160 0.254 0.242 0.041 0.001 0.001 0.056 0.231 40 V 0.023 0.010 0.001 0.125 0.219 0.281 0.050 0.003 0.001 0.060 0.228 41 G 0.019 0.009 0.002 0.142 0.178 0.307 0.061 0.003 0.001 0.067 0.211 42 K 0.024 0.020 0.003 0.095 0.110 0.235 0.102 0.004 0.001 0.071 0.336 43 G 0.053 0.035 0.003 0.092 0.098 0.191 0.117 0.008 0.001 0.078 0.324 44 R 0.054 0.027 0.003 0.067 0.126 0.171 0.105 0.009 0.001 0.118 0.318 45 N 0.037 0.026 0.002 0.054 0.087 0.165 0.118 0.006 0.001 0.086 0.417 46 E 0.031 0.020 0.003 0.044 0.062 0.129 0.127 0.005 0.001 0.143 0.434 47 V 0.036 0.021 0.005 0.044 0.056 0.082 0.133 0.006 0.003 0.098 0.517 48 N 0.204 0.019 0.005 0.024 0.029 0.043 0.106 0.012 0.004 0.099 0.454 49 Q 0.132 0.012 0.002 0.016 0.016 0.029 0.096 0.005 0.001 0.054 0.637 50 T 0.062 0.011 0.001 0.012 0.009 0.021 0.115 0.002 0.001 0.078 0.689 51 K 0.013 0.021 0.001 0.014 0.019 0.026 0.131 0.002 0.001 0.053 0.721 52 N 0.049 0.099 0.002 0.015 0.024 0.025 0.150 0.004 0.001 0.079 0.552 53 A 0.022 0.237 0.002 0.019 0.044 0.049 0.134 0.003 0.001 0.095 0.396 54 T 0.010 0.684 0.001 0.008 0.015 0.024 0.042 0.003 0.001 0.044 0.170 55 R 0.005 0.847 0.001 0.011 0.012 0.036 0.011 0.001 0.001 0.028 0.048 56 H 0.004 0.821 0.001 0.010 0.016 0.020 0.013 0.001 0.001 0.075 0.040 57 A 0.002 0.946 0.001 0.003 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.016 0.016 58 E 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 59 M 0.004 0.941 0.001 0.003 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.027 0.014 60 V 0.003 0.885 0.005 0.003 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 0.058 0.032 61 A 0.013 0.904 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.041 0.018 62 I 0.020 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.016 0.008 63 D 0.017 0.867 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.046 0.053 64 Q 0.017 0.873 0.010 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.025 0.059 65 V 0.085 0.687 0.046 0.003 0.001 0.002 0.019 0.051 0.009 0.045 0.052 66 L 0.181 0.331 0.079 0.005 0.003 0.003 0.045 0.035 0.041 0.080 0.197 67 D 0.247 0.159 0.005 0.006 0.003 0.004 0.048 0.013 0.003 0.023 0.491 68 W 0.086 0.058 0.007 0.014 0.003 0.006 0.089 0.008 0.002 0.057 0.669 69 C 0.047 0.027 0.021 0.020 0.007 0.011 0.148 0.009 0.006 0.090 0.615 70 R 0.153 0.023 0.002 0.007 0.004 0.005 0.082 0.009 0.001 0.027 0.687 71 Q 0.167 0.014 0.002 0.009 0.005 0.005 0.075 0.007 0.001 0.034 0.682 72 S 0.052 0.008 0.001 0.022 0.004 0.008 0.097 0.002 0.001 0.038 0.769 73 G 0.026 0.007 0.001 0.013 0.005 0.011 0.112 0.002 0.001 0.053 0.772 74 K 0.018 0.012 0.001 0.021 0.016 0.012 0.128 0.002 0.001 0.027 0.762 75 S 0.166 0.056 0.002 0.017 0.012 0.012 0.098 0.008 0.001 0.047 0.581 76 P 0.140 0.096 0.002 0.013 0.014 0.018 0.105 0.018 0.001 0.046 0.547 77 S 0.075 0.049 0.003 0.018 0.016 0.027 0.103 0.005 0.001 0.050 0.653 78 E 0.077 0.018 0.010 0.036 0.055 0.078 0.114 0.004 0.005 0.096 0.509 79 V 0.069 0.007 0.003 0.041 0.036 0.056 0.134 0.003 0.002 0.065 0.584 80 F 0.179 0.004 0.003 0.042 0.029 0.036 0.128 0.003 0.001 0.061 0.515 81 E 0.011 0.002 0.001 0.058 0.023 0.063 0.140 0.001 0.001 0.031 0.671 82 H 0.003 0.002 0.001 0.085 0.025 0.105 0.123 0.001 0.001 0.050 0.604 83 T 0.002 0.001 0.001 0.170 0.288 0.299 0.043 0.001 0.001 0.057 0.139 84 V 0.002 0.001 0.001 0.311 0.166 0.269 0.024 0.001 0.001 0.071 0.155 85 L 0.001 0.001 0.001 0.293 0.286 0.251 0.015 0.001 0.001 0.044 0.109 86 Y 0.002 0.001 0.001 0.353 0.209 0.261 0.019 0.001 0.001 0.050 0.104 87 V 0.005 0.002 0.001 0.242 0.177 0.227 0.052 0.001 0.001 0.060 0.233 88 T 0.020 0.009 0.002 0.172 0.091 0.147 0.092 0.003 0.001 0.074 0.390 89 V 0.160 0.020 0.001 0.049 0.033 0.044 0.117 0.007 0.001 0.070 0.499 90 E 0.021 0.032 0.001 0.022 0.019 0.028 0.147 0.002 0.001 0.058 0.667 91 P 0.015 0.221 0.001 0.009 0.010 0.010 0.070 0.003 0.001 0.055 0.606 92 C 0.057 0.816 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.010 0.001 0.050 0.048 93 I 0.010 0.909 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.024 0.040 94 M 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.021 95 C 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.003 96 A 0.004 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.048 0.006 97 A 0.006 0.935 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.018 0.028 98 A 0.026 0.893 0.004 0.002 0.001 0.003 0.010 0.008 0.001 0.023 0.028 99 L 0.024 0.073 0.320 0.008 0.005 0.008 0.028 0.014 0.283 0.177 0.059 100 R 0.658 0.013 0.003 0.003 0.006 0.009 0.033 0.004 0.003 0.026 0.242 101 L 0.028 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.043 0.001 0.001 0.010 0.908 102 M 0.021 0.001 0.005 0.042 0.009 0.013 0.214 0.001 0.001 0.011 0.684 103 K 0.013 0.001 0.001 0.017 0.003 0.013 0.103 0.001 0.001 0.038 0.809 104 I 0.009 0.001 0.001 0.020 0.012 0.007 0.143 0.001 0.001 0.030 0.778 105 P 0.001 0.001 0.001 0.740 0.013 0.030 0.038 0.001 0.001 0.050 0.127 106 L 0.001 0.001 0.001 0.655 0.019 0.062 0.023 0.001 0.001 0.104 0.134 107 V 0.001 0.001 0.001 0.916 0.022 0.020 0.003 0.001 0.001 0.016 0.023 108 V 0.001 0.001 0.001 0.801 0.062 0.057 0.006 0.001 0.001 0.032 0.041 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.772 0.064 0.085 0.009 0.001 0.001 0.027 0.040 110 G 0.012 0.002 0.001 0.457 0.069 0.127 0.051 0.001 0.001 0.075 0.205 111 C 0.015 0.004 0.002 0.231 0.050 0.103 0.154 0.002 0.001 0.053 0.387 112 Q 0.040 0.013 0.002 0.074 0.021 0.041 0.147 0.006 0.001 0.037 0.617 113 N 0.381 0.033 0.007 0.018 0.011 0.016 0.098 0.026 0.005 0.092 0.313 114 E 0.157 0.028 0.002 0.016 0.009 0.017 0.120 0.009 0.001 0.045 0.595 115 R 0.102 0.031 0.002 0.019 0.013 0.027 0.093 0.005 0.001 0.048 0.660 116 F 0.038 0.024 0.002 0.040 0.029 0.039 0.137 0.004 0.001 0.054 0.631 117 G 0.063 0.041 0.003 0.050 0.030 0.056 0.142 0.004 0.001 0.101 0.508 118 G 0.078 0.076 0.002 0.029 0.052 0.050 0.109 0.004 0.001 0.101 0.497 119 C 0.057 0.141 0.002 0.044 0.016 0.030 0.129 0.007 0.001 0.038 0.534 120 G 0.048 0.182 0.003 0.035 0.022 0.043 0.120 0.007 0.001 0.102 0.436 121 S 0.049 0.417 0.006 0.034 0.035 0.043 0.077 0.009 0.001 0.060 0.268 122 V 0.160 0.445 0.003 0.021 0.017 0.030 0.053 0.021 0.001 0.044 0.204 123 L 0.091 0.251 0.010 0.039 0.032 0.040 0.075 0.009 0.003 0.119 0.331 124 N 0.084 0.260 0.011 0.037 0.022 0.044 0.091 0.010 0.003 0.079 0.360 125 I 0.150 0.170 0.025 0.023 0.015 0.021 0.086 0.020 0.007 0.072 0.411 126 A 0.368 0.143 0.015 0.017 0.014 0.018 0.062 0.038 0.004 0.045 0.276 127 S 0.225 0.059 0.002 0.010 0.006 0.011 0.065 0.009 0.001 0.077 0.535 128 A 0.026 0.050 0.004 0.017 0.015 0.023 0.114 0.005 0.001 0.083 0.662 129 D 0.038 0.040 0.003 0.020 0.012 0.020 0.110 0.006 0.002 0.174 0.575 130 L 0.082 0.012 0.059 0.009 0.019 0.012 0.120 0.018 0.061 0.319 0.288 131 P 0.334 0.005 0.001 0.009 0.007 0.010 0.066 0.007 0.001 0.023 0.537 132 N 0.396 0.002 0.001 0.008 0.002 0.006 0.048 0.002 0.001 0.029 0.506 133 T 0.004 0.001 0.001 0.021 0.003 0.007 0.120 0.001 0.001 0.009 0.834 134 G 0.020 0.003 0.001 0.010 0.004 0.010 0.124 0.002 0.001 0.033 0.792 135 R 0.038 0.004 0.001 0.031 0.168 0.047 0.161 0.002 0.001 0.054 0.496 136 P 0.010 0.003 0.001 0.130 0.019 0.083 0.120 0.001 0.001 0.054 0.580 137 F 0.015 0.002 0.001 0.133 0.124 0.147 0.103 0.001 0.001 0.064 0.410 138 Q 0.005 0.003 0.001 0.275 0.099 0.194 0.084 0.001 0.001 0.050 0.288 139 C 0.011 0.007 0.001 0.201 0.051 0.066 0.089 0.001 0.001 0.037 0.535 140 I 0.154 0.053 0.002 0.140 0.055 0.065 0.096 0.010 0.001 0.073 0.351 141 P 0.029 0.055 0.001 0.062 0.014 0.021 0.099 0.002 0.001 0.028 0.690 142 G 0.031 0.159 0.001 0.050 0.014 0.039 0.111 0.003 0.001 0.017 0.576 143 Y 0.019 0.301 0.002 0.033 0.049 0.025 0.082 0.003 0.001 0.022 0.465 144 R 0.020 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.006 0.022 145 A 0.027 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.007 146 E 0.008 0.933 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 0.033 147 E 0.010 0.943 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.013 0.022 148 A 0.018 0.916 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.031 0.009 149 V 0.022 0.856 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.068 0.035 150 E 0.009 0.135 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.755 0.076 151 M 0.019 0.340 0.030 0.003 0.002 0.002 0.056 0.026 0.005 0.427 0.091 152 L 0.162 0.509 0.025 0.002 0.001 0.002 0.021 0.129 0.006 0.053 0.090 153 K 0.095 0.189 0.012 0.003 0.003 0.003 0.058 0.011 0.005 0.058 0.562 154 T 0.081 0.072 0.013 0.008 0.004 0.007 0.104 0.007 0.002 0.077 0.624 155 F 0.056 0.034 0.015 0.019 0.005 0.013 0.173 0.012 0.004 0.118 0.551 156 Y 0.084 0.028 0.009 0.015 0.007 0.011 0.138 0.007 0.003 0.052 0.646 157 K 0.057 0.021 0.003 0.016 0.008 0.011 0.121 0.003 0.001 0.031 0.729