# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2293 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.064 0.033 0.023 0.034 0.056 0.120 0.050 0.619 2 Q 0.088 0.039 0.014 0.024 0.029 0.122 0.041 0.642 3 S 0.085 0.080 0.008 0.008 0.012 0.086 0.133 0.587 4 M 0.061 0.299 0.006 0.005 0.006 0.094 0.063 0.464 5 E 0.029 0.542 0.005 0.005 0.007 0.059 0.050 0.303 6 E 0.011 0.883 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.068 7 T 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 8 E 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 9 K 0.003 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.005 10 W 0.007 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.002 11 M 0.009 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.003 12 E 0.004 0.773 0.002 0.001 0.001 0.002 0.200 0.018 13 E 0.003 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.013 14 A 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 15 M 0.011 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 16 H 0.007 0.958 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 0.019 17 M 0.038 0.863 0.031 0.001 0.001 0.006 0.042 0.020 18 A 0.123 0.739 0.051 0.001 0.001 0.008 0.051 0.027 19 K 0.282 0.240 0.079 0.001 0.001 0.025 0.068 0.305 20 E 0.054 0.050 0.048 0.002 0.001 0.045 0.090 0.710 21 A 0.063 0.014 0.051 0.003 0.003 0.098 0.188 0.580 22 L 0.067 0.005 0.019 0.005 0.004 0.103 0.060 0.738 23 E 0.104 0.002 0.004 0.001 0.002 0.047 0.010 0.830 24 N 0.103 0.001 0.006 0.002 0.003 0.073 0.023 0.788 25 T 0.027 0.002 0.022 0.009 0.024 0.197 0.022 0.697 26 E 0.005 0.001 0.031 0.008 0.028 0.113 0.021 0.793 27 V 0.012 0.001 0.126 0.079 0.065 0.173 0.042 0.502 28 P 0.019 0.003 0.231 0.066 0.120 0.076 0.092 0.393 29 V 0.004 0.001 0.190 0.150 0.208 0.059 0.052 0.334 30 G 0.001 0.001 0.459 0.152 0.278 0.018 0.025 0.067 31 C 0.001 0.001 0.203 0.289 0.355 0.015 0.027 0.109 32 L 0.001 0.001 0.256 0.375 0.313 0.007 0.013 0.035 33 M 0.001 0.001 0.244 0.222 0.421 0.016 0.032 0.063 34 V 0.038 0.001 0.259 0.174 0.202 0.059 0.063 0.203 35 Y 0.361 0.002 0.065 0.064 0.055 0.076 0.040 0.337 36 N 0.021 0.002 0.015 0.008 0.028 0.109 0.009 0.807 37 N 0.003 0.002 0.079 0.023 0.161 0.140 0.024 0.569 38 E 0.002 0.002 0.197 0.297 0.313 0.041 0.063 0.086 39 V 0.004 0.003 0.185 0.326 0.193 0.029 0.063 0.197 40 V 0.010 0.003 0.418 0.202 0.169 0.028 0.038 0.131 41 G 0.017 0.005 0.295 0.147 0.218 0.046 0.106 0.166 42 K 0.022 0.013 0.262 0.089 0.165 0.078 0.075 0.296 43 G 0.076 0.036 0.122 0.069 0.139 0.126 0.069 0.364 44 R 0.038 0.036 0.085 0.062 0.106 0.134 0.121 0.417 45 N 0.057 0.083 0.062 0.037 0.084 0.135 0.109 0.433 46 E 0.051 0.040 0.076 0.053 0.079 0.123 0.223 0.355 47 V 0.076 0.045 0.040 0.044 0.048 0.140 0.112 0.497 48 N 0.212 0.040 0.033 0.021 0.033 0.094 0.135 0.431 49 Q 0.095 0.034 0.014 0.012 0.021 0.139 0.051 0.635 50 T 0.031 0.020 0.013 0.010 0.018 0.100 0.107 0.700 51 K 0.039 0.066 0.012 0.013 0.020 0.142 0.113 0.595 52 N 0.087 0.265 0.017 0.013 0.021 0.096 0.155 0.347 53 A 0.044 0.558 0.010 0.011 0.014 0.060 0.047 0.255 54 T 0.008 0.830 0.009 0.004 0.008 0.018 0.029 0.094 55 R 0.003 0.960 0.003 0.002 0.003 0.004 0.012 0.014 56 H 0.005 0.896 0.005 0.002 0.003 0.003 0.077 0.008 57 A 0.002 0.888 0.002 0.002 0.002 0.002 0.100 0.003 58 E 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 59 M 0.002 0.900 0.004 0.001 0.001 0.001 0.087 0.003 60 V 0.002 0.849 0.008 0.003 0.002 0.003 0.127 0.006 61 A 0.008 0.973 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 62 I 0.026 0.917 0.004 0.001 0.001 0.003 0.039 0.010 63 D 0.014 0.832 0.010 0.001 0.001 0.007 0.077 0.059 64 Q 0.025 0.885 0.006 0.001 0.001 0.009 0.018 0.057 65 V 0.182 0.571 0.056 0.003 0.001 0.021 0.092 0.073 66 L 0.323 0.292 0.034 0.003 0.003 0.037 0.069 0.239 67 D 0.162 0.075 0.016 0.001 0.002 0.040 0.044 0.660 68 W 0.048 0.034 0.035 0.003 0.003 0.105 0.088 0.683 69 C 0.046 0.026 0.039 0.006 0.006 0.121 0.090 0.666 70 R 0.147 0.015 0.010 0.002 0.003 0.079 0.021 0.722 71 Q 0.194 0.017 0.019 0.005 0.005 0.090 0.051 0.619 72 S 0.055 0.013 0.011 0.004 0.006 0.121 0.028 0.762 73 G 0.025 0.009 0.011 0.005 0.009 0.106 0.034 0.801 74 K 0.031 0.017 0.013 0.012 0.012 0.135 0.032 0.748 75 S 0.110 0.075 0.014 0.012 0.014 0.103 0.073 0.598 76 P 0.172 0.137 0.012 0.017 0.018 0.075 0.055 0.514 77 S 0.108 0.125 0.016 0.025 0.041 0.072 0.078 0.535 78 E 0.018 0.022 0.039 0.066 0.097 0.096 0.111 0.551 79 V 0.094 0.010 0.042 0.046 0.096 0.127 0.201 0.384 80 F 0.302 0.008 0.029 0.027 0.028 0.066 0.161 0.379 81 E 0.032 0.004 0.036 0.018 0.073 0.147 0.033 0.658 82 H 0.003 0.001 0.052 0.015 0.101 0.107 0.032 0.689 83 T 0.002 0.001 0.188 0.203 0.318 0.076 0.043 0.169 84 V 0.001 0.001 0.266 0.214 0.316 0.019 0.058 0.125 85 L 0.001 0.001 0.349 0.265 0.280 0.011 0.032 0.062 86 Y 0.001 0.001 0.421 0.236 0.251 0.009 0.020 0.061 87 V 0.007 0.001 0.307 0.356 0.158 0.022 0.023 0.127 88 T 0.018 0.004 0.177 0.114 0.198 0.060 0.054 0.375 89 V 0.056 0.009 0.054 0.035 0.073 0.098 0.044 0.630 90 E 0.044 0.018 0.039 0.074 0.054 0.166 0.050 0.554 91 P 0.016 0.077 0.009 0.007 0.009 0.070 0.045 0.767 92 C 0.083 0.730 0.003 0.003 0.003 0.021 0.066 0.092 93 I 0.025 0.834 0.003 0.002 0.001 0.013 0.068 0.052 94 M 0.006 0.943 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.022 95 C 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 96 A 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 97 A 0.003 0.944 0.003 0.002 0.003 0.002 0.036 0.007 98 A 0.017 0.865 0.009 0.004 0.005 0.006 0.081 0.012 99 L 0.119 0.124 0.213 0.020 0.016 0.017 0.446 0.045 100 R 0.570 0.045 0.022 0.017 0.012 0.030 0.080 0.224 101 L 0.037 0.003 0.010 0.002 0.002 0.041 0.022 0.884 102 M 0.003 0.001 0.031 0.009 0.014 0.210 0.021 0.711 103 K 0.025 0.002 0.019 0.008 0.015 0.135 0.039 0.757 104 I 0.053 0.003 0.019 0.011 0.007 0.169 0.041 0.697 105 P 0.007 0.005 0.288 0.023 0.056 0.147 0.083 0.390 106 L 0.003 0.003 0.455 0.026 0.075 0.065 0.109 0.264 107 V 0.001 0.001 0.834 0.034 0.028 0.012 0.047 0.041 108 V 0.003 0.002 0.810 0.041 0.037 0.012 0.037 0.058 109 Y 0.007 0.003 0.725 0.061 0.077 0.024 0.040 0.063 110 G 0.026 0.009 0.444 0.038 0.069 0.101 0.056 0.258 111 C 0.018 0.010 0.233 0.057 0.078 0.149 0.059 0.396 112 Q 0.049 0.018 0.048 0.016 0.027 0.136 0.056 0.651 113 N 0.297 0.073 0.031 0.018 0.022 0.115 0.164 0.280 114 E 0.101 0.041 0.018 0.010 0.016 0.157 0.039 0.618 115 R 0.089 0.047 0.021 0.013 0.027 0.116 0.090 0.598 116 F 0.038 0.043 0.030 0.019 0.033 0.149 0.066 0.622 117 G 0.091 0.044 0.049 0.034 0.067 0.166 0.101 0.449 118 G 0.076 0.088 0.049 0.039 0.056 0.115 0.135 0.442 119 C 0.072 0.176 0.037 0.017 0.037 0.125 0.057 0.479 120 G 0.052 0.132 0.058 0.037 0.057 0.096 0.142 0.425 121 S 0.049 0.399 0.036 0.030 0.045 0.081 0.069 0.292 122 V 0.156 0.484 0.035 0.012 0.023 0.045 0.070 0.175 123 L 0.065 0.254 0.070 0.040 0.036 0.065 0.194 0.274 124 N 0.061 0.233 0.053 0.023 0.030 0.071 0.147 0.383 125 I 0.134 0.132 0.078 0.022 0.020 0.093 0.127 0.395 126 A 0.334 0.137 0.030 0.021 0.026 0.065 0.069 0.318 127 S 0.320 0.036 0.007 0.003 0.006 0.048 0.033 0.547 128 A 0.016 0.010 0.010 0.011 0.013 0.092 0.037 0.812 129 D 0.020 0.009 0.011 0.007 0.012 0.129 0.077 0.735 130 L 0.092 0.010 0.029 0.025 0.017 0.143 0.139 0.544 131 P 0.362 0.004 0.011 0.007 0.010 0.071 0.023 0.511 132 N 0.394 0.002 0.007 0.003 0.004 0.045 0.044 0.500 133 T 0.017 0.001 0.018 0.006 0.017 0.171 0.010 0.761 134 G 0.009 0.001 0.014 0.004 0.023 0.075 0.018 0.855 135 R 0.021 0.001 0.048 0.080 0.053 0.147 0.030 0.619 136 P 0.009 0.001 0.164 0.057 0.138 0.087 0.037 0.507 137 F 0.009 0.002 0.116 0.100 0.140 0.064 0.039 0.531 138 Q 0.002 0.001 0.363 0.185 0.213 0.040 0.024 0.172 139 C 0.017 0.004 0.106 0.075 0.081 0.049 0.025 0.643 140 I 0.146 0.038 0.143 0.184 0.099 0.052 0.115 0.224 141 P 0.063 0.075 0.057 0.019 0.032 0.087 0.030 0.637 142 G 0.052 0.146 0.056 0.027 0.038 0.088 0.056 0.536 143 Y 0.032 0.266 0.027 0.026 0.017 0.076 0.034 0.522 144 R 0.056 0.873 0.002 0.002 0.003 0.008 0.022 0.035 145 A 0.023 0.935 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.021 146 E 0.006 0.941 0.003 0.001 0.001 0.004 0.023 0.022 147 E 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 148 A 0.023 0.937 0.004 0.001 0.001 0.002 0.028 0.005 149 V 0.064 0.875 0.003 0.001 0.001 0.003 0.040 0.014 150 E 0.030 0.117 0.011 0.001 0.001 0.012 0.717 0.111 151 M 0.016 0.264 0.012 0.001 0.001 0.036 0.500 0.170 152 L 0.139 0.489 0.010 0.002 0.002 0.034 0.102 0.223 153 K 0.265 0.179 0.008 0.003 0.004 0.044 0.040 0.457 154 T 0.068 0.053 0.013 0.003 0.007 0.083 0.087 0.685 155 F 0.053 0.029 0.030 0.009 0.013 0.176 0.122 0.567 156 Y 0.050 0.015 0.049 0.017 0.020 0.129 0.093 0.627 157 K 0.042 0.011 0.029 0.010 0.012 0.110 0.038 0.748