# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2293 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.265 0.079 0.035 0.093 0.089 0.092 0.127 0.087 0.067 0.041 0.024 2 Q 0.291 0.220 0.078 0.136 0.112 0.050 0.048 0.029 0.020 0.012 0.006 3 S 0.153 0.305 0.072 0.135 0.097 0.062 0.083 0.041 0.027 0.016 0.007 4 M 0.079 0.064 0.031 0.084 0.124 0.163 0.200 0.128 0.068 0.037 0.021 5 E 0.744 0.117 0.070 0.048 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.116 0.109 0.070 0.196 0.156 0.146 0.124 0.048 0.021 0.011 0.003 7 T 0.025 0.045 0.031 0.051 0.075 0.083 0.188 0.153 0.165 0.121 0.063 8 E 0.028 0.027 0.079 0.134 0.158 0.271 0.199 0.060 0.026 0.013 0.004 9 K 0.075 0.049 0.591 0.176 0.050 0.029 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 10 W 0.001 0.003 0.011 0.016 0.025 0.067 0.248 0.216 0.204 0.139 0.071 11 M 0.001 0.001 0.011 0.008 0.015 0.030 0.137 0.156 0.247 0.222 0.172 12 E 0.008 0.010 0.547 0.177 0.132 0.067 0.039 0.010 0.005 0.004 0.001 13 E 0.001 0.005 0.171 0.129 0.177 0.214 0.233 0.044 0.018 0.006 0.002 14 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.039 0.078 0.253 0.321 0.300 15 M 0.002 0.002 0.030 0.039 0.066 0.191 0.404 0.127 0.081 0.041 0.016 16 H 0.007 0.012 0.797 0.116 0.037 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 17 M 0.001 0.002 0.020 0.016 0.023 0.128 0.441 0.166 0.110 0.063 0.030 18 A 0.002 0.002 0.013 0.007 0.007 0.014 0.087 0.125 0.237 0.253 0.254 19 K 0.007 0.009 0.320 0.165 0.226 0.133 0.091 0.029 0.011 0.008 0.002 20 E 0.007 0.018 0.538 0.167 0.166 0.058 0.034 0.007 0.003 0.001 0.001 21 A 0.006 0.008 0.020 0.014 0.014 0.046 0.196 0.177 0.211 0.185 0.123 22 L 0.058 0.042 0.043 0.063 0.067 0.130 0.246 0.141 0.107 0.066 0.037 23 E 0.327 0.188 0.309 0.103 0.034 0.016 0.010 0.005 0.004 0.003 0.001 24 N 0.261 0.143 0.067 0.124 0.112 0.105 0.100 0.042 0.022 0.012 0.011 25 T 0.293 0.095 0.023 0.070 0.059 0.076 0.126 0.074 0.077 0.054 0.054 26 E 0.353 0.233 0.066 0.151 0.104 0.040 0.028 0.010 0.007 0.004 0.004 27 V 0.027 0.026 0.040 0.074 0.077 0.128 0.177 0.156 0.123 0.093 0.078 28 P 0.045 0.068 0.042 0.158 0.153 0.204 0.175 0.057 0.048 0.030 0.020 29 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.012 0.050 0.187 0.223 0.250 0.265 30 G 0.004 0.008 0.012 0.015 0.026 0.054 0.131 0.157 0.185 0.233 0.175 31 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.065 0.160 0.371 0.377 32 L 0.001 0.002 0.004 0.007 0.009 0.016 0.066 0.127 0.227 0.221 0.319 33 M 0.001 0.002 0.004 0.006 0.008 0.016 0.049 0.065 0.190 0.265 0.395 34 V 0.004 0.006 0.009 0.025 0.033 0.077 0.173 0.155 0.164 0.127 0.227 35 Y 0.007 0.012 0.012 0.059 0.089 0.156 0.227 0.186 0.117 0.066 0.069 36 N 0.135 0.300 0.063 0.174 0.151 0.063 0.049 0.029 0.017 0.013 0.008 37 N 0.364 0.134 0.036 0.141 0.127 0.062 0.059 0.035 0.019 0.014 0.008 38 E 0.125 0.125 0.042 0.171 0.161 0.130 0.089 0.051 0.048 0.035 0.022 39 V 0.004 0.008 0.008 0.019 0.023 0.036 0.099 0.174 0.202 0.216 0.210 40 V 0.008 0.018 0.019 0.035 0.041 0.063 0.153 0.166 0.180 0.192 0.125 41 G 0.003 0.006 0.010 0.015 0.017 0.027 0.066 0.122 0.197 0.252 0.286 42 K 0.030 0.060 0.054 0.174 0.164 0.126 0.123 0.079 0.078 0.068 0.045 43 G 0.030 0.015 0.015 0.032 0.040 0.057 0.126 0.155 0.191 0.179 0.160 44 R 0.042 0.070 0.041 0.160 0.168 0.119 0.132 0.093 0.081 0.061 0.034 45 N 0.018 0.019 0.019 0.043 0.041 0.072 0.132 0.143 0.195 0.179 0.140 46 E 0.074 0.099 0.072 0.199 0.163 0.118 0.108 0.062 0.049 0.036 0.019 47 V 0.088 0.086 0.060 0.139 0.120 0.115 0.134 0.086 0.077 0.057 0.037 48 N 0.164 0.093 0.056 0.122 0.107 0.092 0.113 0.075 0.072 0.060 0.046 49 Q 0.157 0.137 0.073 0.151 0.115 0.096 0.103 0.063 0.049 0.035 0.021 50 T 0.194 0.109 0.067 0.143 0.106 0.094 0.100 0.071 0.052 0.037 0.027 51 K 0.221 0.129 0.058 0.145 0.126 0.103 0.097 0.050 0.035 0.023 0.013 52 N 0.325 0.197 0.060 0.135 0.094 0.060 0.059 0.030 0.021 0.012 0.006 53 A 0.097 0.045 0.028 0.066 0.065 0.082 0.143 0.130 0.140 0.115 0.090 54 T 0.034 0.027 0.026 0.056 0.063 0.097 0.156 0.122 0.166 0.143 0.109 55 R 0.032 0.058 0.063 0.130 0.147 0.150 0.168 0.087 0.079 0.054 0.035 56 H 0.037 0.036 0.053 0.089 0.100 0.128 0.182 0.129 0.108 0.081 0.058 57 A 0.003 0.006 0.015 0.028 0.041 0.070 0.131 0.175 0.200 0.196 0.135 58 E 0.001 0.002 0.012 0.012 0.018 0.027 0.087 0.165 0.232 0.243 0.201 59 M 0.002 0.005 0.039 0.050 0.062 0.137 0.208 0.136 0.149 0.147 0.065 60 V 0.005 0.015 0.139 0.155 0.152 0.145 0.183 0.096 0.057 0.037 0.015 61 A 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.012 0.064 0.135 0.241 0.302 0.231 62 I 0.001 0.001 0.010 0.007 0.008 0.019 0.084 0.094 0.234 0.295 0.245 63 D 0.003 0.007 0.172 0.193 0.263 0.144 0.127 0.044 0.025 0.017 0.006 64 Q 0.002 0.010 0.095 0.133 0.210 0.207 0.251 0.055 0.024 0.009 0.004 65 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.033 0.082 0.227 0.323 0.323 66 L 0.003 0.004 0.018 0.025 0.031 0.109 0.312 0.195 0.158 0.092 0.053 67 D 0.036 0.040 0.599 0.182 0.066 0.035 0.019 0.012 0.006 0.004 0.001 68 W 0.007 0.015 0.038 0.061 0.086 0.213 0.335 0.134 0.065 0.032 0.014 69 C 0.012 0.009 0.014 0.013 0.013 0.023 0.097 0.150 0.219 0.261 0.188 70 R 0.090 0.081 0.149 0.166 0.139 0.142 0.121 0.057 0.028 0.018 0.008 71 Q 0.134 0.116 0.350 0.156 0.084 0.057 0.045 0.024 0.016 0.011 0.006 72 S 0.183 0.141 0.057 0.122 0.107 0.101 0.133 0.066 0.045 0.029 0.015 73 G 0.382 0.108 0.033 0.076 0.068 0.078 0.099 0.059 0.047 0.029 0.021 74 K 0.279 0.184 0.101 0.130 0.095 0.064 0.058 0.032 0.026 0.019 0.012 75 S 0.219 0.180 0.072 0.131 0.093 0.085 0.092 0.052 0.037 0.024 0.013 76 P 0.219 0.104 0.034 0.101 0.094 0.098 0.131 0.083 0.063 0.044 0.028 77 S 0.150 0.118 0.045 0.147 0.129 0.138 0.116 0.061 0.049 0.028 0.019 78 E 0.222 0.142 0.067 0.127 0.104 0.099 0.105 0.052 0.039 0.027 0.016 79 V 0.049 0.058 0.038 0.139 0.130 0.128 0.167 0.103 0.085 0.057 0.044 80 F 0.007 0.007 0.009 0.018 0.025 0.047 0.091 0.153 0.179 0.183 0.282 81 E 0.126 0.197 0.146 0.292 0.117 0.064 0.033 0.011 0.007 0.005 0.002 82 H 0.117 0.107 0.078 0.260 0.172 0.114 0.074 0.036 0.022 0.012 0.008 83 T 0.003 0.002 0.004 0.007 0.013 0.019 0.059 0.151 0.223 0.250 0.268 84 V 0.027 0.072 0.053 0.167 0.165 0.175 0.173 0.067 0.055 0.031 0.015 85 L 0.001 0.003 0.013 0.009 0.010 0.020 0.059 0.094 0.232 0.298 0.260 86 Y 0.005 0.009 0.016 0.034 0.049 0.065 0.169 0.172 0.206 0.151 0.123 87 V 0.002 0.003 0.005 0.005 0.006 0.009 0.038 0.096 0.206 0.284 0.346 88 T 0.008 0.012 0.017 0.032 0.043 0.058 0.106 0.124 0.173 0.204 0.225 89 V 0.014 0.014 0.022 0.040 0.060 0.076 0.148 0.166 0.175 0.151 0.133 90 E 0.029 0.031 0.030 0.083 0.116 0.104 0.180 0.169 0.127 0.087 0.044 91 P 0.030 0.031 0.035 0.071 0.079 0.090 0.148 0.136 0.150 0.145 0.086 92 C 0.024 0.021 0.025 0.055 0.073 0.109 0.154 0.136 0.158 0.137 0.107 93 I 0.103 0.082 0.083 0.143 0.137 0.120 0.123 0.070 0.062 0.049 0.027 94 M 0.032 0.040 0.061 0.111 0.127 0.124 0.171 0.114 0.099 0.081 0.041 95 C 0.008 0.009 0.018 0.019 0.022 0.032 0.085 0.116 0.220 0.226 0.245 96 A 0.009 0.014 0.031 0.068 0.082 0.153 0.217 0.123 0.131 0.106 0.066 97 A 0.054 0.067 0.200 0.237 0.167 0.092 0.084 0.045 0.030 0.017 0.007 98 A 0.004 0.008 0.024 0.054 0.062 0.112 0.239 0.177 0.160 0.093 0.068 99 L 0.001 0.002 0.007 0.006 0.005 0.010 0.038 0.048 0.204 0.308 0.371 100 R 0.002 0.009 0.048 0.105 0.129 0.225 0.255 0.106 0.071 0.031 0.020 101 L 0.006 0.031 0.162 0.202 0.157 0.160 0.139 0.057 0.046 0.024 0.016 102 M 0.004 0.003 0.008 0.009 0.015 0.030 0.133 0.235 0.206 0.193 0.164 103 K 0.087 0.227 0.110 0.227 0.144 0.060 0.061 0.033 0.024 0.018 0.008 104 I 0.002 0.002 0.006 0.011 0.011 0.033 0.066 0.095 0.189 0.235 0.350 105 P 0.110 0.174 0.102 0.333 0.174 0.054 0.030 0.010 0.008 0.004 0.002 106 L 0.025 0.050 0.030 0.099 0.121 0.127 0.174 0.144 0.121 0.070 0.041 107 V 0.002 0.003 0.004 0.008 0.010 0.021 0.053 0.107 0.206 0.285 0.303 108 V 0.003 0.007 0.013 0.026 0.031 0.061 0.154 0.195 0.204 0.172 0.134 109 Y 0.001 0.006 0.020 0.019 0.023 0.029 0.085 0.164 0.232 0.265 0.156 110 G 0.006 0.008 0.015 0.028 0.033 0.052 0.153 0.140 0.193 0.201 0.172 111 C 0.009 0.010 0.012 0.032 0.041 0.064 0.145 0.182 0.195 0.164 0.146 112 Q 0.054 0.101 0.046 0.158 0.155 0.130 0.128 0.085 0.063 0.047 0.033 113 N 0.080 0.070 0.035 0.121 0.150 0.124 0.149 0.110 0.067 0.051 0.043 114 E 0.401 0.196 0.060 0.140 0.079 0.043 0.031 0.020 0.014 0.010 0.005 115 R 0.323 0.153 0.054 0.171 0.103 0.071 0.055 0.027 0.021 0.014 0.008 116 F 0.047 0.034 0.020 0.052 0.056 0.082 0.142 0.151 0.158 0.142 0.117 117 G 0.154 0.138 0.052 0.145 0.120 0.122 0.121 0.057 0.047 0.028 0.015 118 G 0.081 0.083 0.063 0.089 0.072 0.087 0.127 0.098 0.116 0.109 0.074 119 C 0.057 0.037 0.025 0.069 0.079 0.109 0.167 0.141 0.129 0.100 0.087 120 G 0.229 0.126 0.055 0.128 0.103 0.084 0.091 0.061 0.052 0.040 0.030 121 S 0.099 0.115 0.059 0.178 0.160 0.115 0.105 0.063 0.050 0.035 0.020 122 V 0.044 0.035 0.028 0.068 0.074 0.085 0.151 0.137 0.157 0.121 0.101 123 L 0.013 0.019 0.020 0.075 0.095 0.166 0.206 0.138 0.128 0.090 0.050 124 N 0.073 0.106 0.158 0.250 0.143 0.098 0.077 0.039 0.028 0.019 0.008 125 I 0.007 0.013 0.025 0.046 0.057 0.076 0.164 0.197 0.170 0.145 0.101 126 A 0.007 0.011 0.019 0.027 0.027 0.042 0.119 0.146 0.208 0.215 0.179 127 S 0.018 0.045 0.105 0.190 0.202 0.143 0.140 0.069 0.041 0.032 0.015 128 A 0.202 0.097 0.203 0.188 0.120 0.069 0.059 0.028 0.017 0.011 0.005 129 D 0.160 0.097 0.063 0.168 0.136 0.116 0.124 0.052 0.044 0.027 0.013 130 L 0.039 0.032 0.017 0.038 0.036 0.069 0.149 0.159 0.176 0.146 0.139 131 P 0.312 0.201 0.089 0.163 0.098 0.056 0.042 0.020 0.011 0.006 0.003 132 N 0.372 0.186 0.092 0.103 0.066 0.048 0.047 0.031 0.025 0.018 0.012 133 T 0.196 0.114 0.034 0.120 0.106 0.113 0.127 0.066 0.057 0.039 0.027 134 G 0.495 0.141 0.033 0.081 0.059 0.049 0.053 0.031 0.026 0.017 0.014 135 R 0.063 0.070 0.039 0.114 0.118 0.160 0.148 0.103 0.084 0.063 0.038 136 P 0.163 0.123 0.061 0.179 0.137 0.120 0.102 0.046 0.034 0.022 0.014 137 F 0.018 0.015 0.012 0.027 0.041 0.058 0.123 0.215 0.181 0.169 0.141 138 Q 0.101 0.142 0.091 0.197 0.156 0.106 0.081 0.050 0.033 0.030 0.013 139 C 0.013 0.011 0.018 0.026 0.024 0.037 0.090 0.168 0.184 0.243 0.186 140 I 0.057 0.103 0.054 0.166 0.145 0.137 0.139 0.082 0.059 0.040 0.016 141 P 0.273 0.159 0.075 0.114 0.094 0.070 0.077 0.043 0.043 0.036 0.015 142 G 0.456 0.121 0.058 0.131 0.094 0.055 0.044 0.019 0.012 0.008 0.004 143 Y 0.062 0.053 0.036 0.084 0.082 0.090 0.162 0.117 0.130 0.116 0.068 144 R 0.022 0.206 0.060 0.123 0.110 0.102 0.169 0.080 0.069 0.040 0.019 145 A 0.157 0.162 0.117 0.173 0.150 0.107 0.082 0.034 0.011 0.005 0.002 146 E 0.790 0.040 0.110 0.042 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.006 0.018 0.033 0.154 0.182 0.228 0.252 0.077 0.031 0.013 0.004 148 A 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.010 0.070 0.129 0.243 0.283 0.249 149 V 0.002 0.005 0.212 0.153 0.268 0.195 0.126 0.024 0.009 0.006 0.001 150 E 0.008 0.012 0.869 0.076 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 151 M 0.001 0.003 0.015 0.013 0.020 0.092 0.352 0.190 0.155 0.106 0.055 152 L 0.002 0.003 0.015 0.008 0.010 0.025 0.127 0.158 0.241 0.214 0.197 153 K 0.009 0.012 0.529 0.169 0.152 0.070 0.036 0.013 0.006 0.004 0.001 154 T 0.016 0.030 0.518 0.161 0.141 0.073 0.045 0.010 0.004 0.002 0.001 155 F 0.009 0.010 0.024 0.016 0.016 0.045 0.181 0.160 0.213 0.208 0.118 156 Y 0.032 0.027 0.040 0.049 0.057 0.128 0.245 0.158 0.132 0.079 0.052 157 K 0.117 0.112 0.512 0.132 0.059 0.027 0.017 0.010 0.007 0.005 0.002