# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2293 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.099 0.025 0.005 0.044 0.031 0.074 0.085 0.003 0.001 0.005 0.629 2 Q 0.076 0.031 0.006 0.048 0.029 0.047 0.179 0.003 0.001 0.007 0.574 3 S 0.034 0.011 0.003 0.014 0.007 0.014 0.104 0.003 0.001 0.004 0.807 4 M 0.067 0.016 0.005 0.030 0.008 0.027 0.063 0.001 0.001 0.003 0.781 5 E 0.019 0.016 0.002 0.014 0.005 0.008 0.301 0.001 0.001 0.005 0.630 6 E 0.039 0.027 0.002 0.007 0.002 0.004 0.273 0.001 0.001 0.007 0.638 7 T 0.111 0.260 0.004 0.012 0.002 0.011 0.146 0.002 0.001 0.004 0.447 8 E 0.079 0.520 0.005 0.015 0.002 0.006 0.087 0.001 0.001 0.005 0.280 9 K 0.026 0.625 0.004 0.002 0.001 0.001 0.075 0.001 0.001 0.002 0.263 10 W 0.031 0.847 0.003 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.001 0.001 0.086 11 M 0.009 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 12 E 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 13 E 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 14 A 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 15 M 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 16 H 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 17 M 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.016 18 A 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 19 K 0.006 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 20 E 0.018 0.941 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.024 21 A 0.084 0.834 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.031 22 L 0.084 0.790 0.022 0.002 0.001 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 0.056 23 E 0.064 0.569 0.054 0.005 0.003 0.002 0.022 0.054 0.001 0.001 0.226 24 N 0.152 0.370 0.020 0.011 0.004 0.005 0.020 0.050 0.001 0.005 0.364 25 T 0.278 0.169 0.031 0.018 0.007 0.009 0.033 0.031 0.001 0.012 0.412 26 E 0.196 0.019 0.085 0.031 0.006 0.010 0.142 0.012 0.001 0.010 0.489 27 V 0.128 0.007 0.048 0.148 0.030 0.022 0.151 0.003 0.001 0.005 0.459 28 P 0.002 0.001 0.001 0.014 0.003 0.004 0.024 0.001 0.001 0.001 0.953 29 V 0.007 0.001 0.001 0.183 0.115 0.245 0.039 0.001 0.001 0.001 0.409 30 G 0.014 0.001 0.001 0.494 0.130 0.171 0.046 0.001 0.001 0.005 0.138 31 C 0.043 0.001 0.002 0.320 0.182 0.281 0.031 0.001 0.001 0.003 0.138 32 L 0.005 0.001 0.001 0.434 0.240 0.298 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 33 M 0.001 0.001 0.001 0.365 0.185 0.320 0.027 0.001 0.001 0.002 0.099 34 V 0.002 0.001 0.001 0.323 0.290 0.340 0.011 0.001 0.001 0.004 0.030 35 Y 0.002 0.002 0.001 0.153 0.221 0.257 0.093 0.001 0.001 0.003 0.268 36 N 0.003 0.002 0.001 0.102 0.149 0.324 0.095 0.001 0.001 0.005 0.319 37 N 0.017 0.001 0.001 0.046 0.041 0.089 0.296 0.001 0.001 0.026 0.483 38 E 0.387 0.001 0.003 0.047 0.026 0.031 0.226 0.001 0.001 0.020 0.258 39 V 0.041 0.003 0.003 0.041 0.037 0.048 0.127 0.001 0.001 0.004 0.696 40 V 0.030 0.003 0.003 0.163 0.191 0.465 0.031 0.001 0.001 0.003 0.112 41 G 0.014 0.006 0.001 0.134 0.181 0.330 0.054 0.001 0.001 0.003 0.277 42 K 0.011 0.010 0.001 0.172 0.207 0.325 0.043 0.001 0.001 0.004 0.226 43 G 0.011 0.020 0.001 0.123 0.184 0.282 0.083 0.001 0.001 0.004 0.291 44 R 0.026 0.031 0.004 0.143 0.109 0.234 0.114 0.001 0.001 0.007 0.330 45 N 0.046 0.037 0.004 0.099 0.100 0.179 0.137 0.002 0.001 0.025 0.371 46 E 0.122 0.039 0.009 0.073 0.033 0.080 0.134 0.003 0.001 0.022 0.485 47 V 0.090 0.067 0.010 0.044 0.024 0.041 0.256 0.004 0.001 0.010 0.454 48 N 0.079 0.069 0.005 0.026 0.029 0.046 0.130 0.006 0.001 0.013 0.596 49 Q 0.130 0.078 0.010 0.031 0.023 0.049 0.071 0.010 0.001 0.007 0.591 50 T 0.179 0.076 0.012 0.033 0.031 0.051 0.167 0.013 0.001 0.008 0.429 51 K 0.305 0.055 0.016 0.030 0.019 0.032 0.120 0.011 0.001 0.012 0.400 52 N 0.140 0.057 0.023 0.032 0.021 0.032 0.194 0.008 0.001 0.008 0.484 53 A 0.049 0.012 0.006 0.022 0.008 0.015 0.062 0.002 0.001 0.007 0.816 54 T 0.019 0.019 0.009 0.021 0.012 0.019 0.593 0.001 0.001 0.009 0.297 55 R 0.106 0.056 0.003 0.019 0.007 0.020 0.496 0.001 0.001 0.013 0.279 56 H 0.043 0.386 0.003 0.024 0.009 0.017 0.219 0.001 0.001 0.007 0.290 57 A 0.008 0.545 0.003 0.006 0.006 0.009 0.139 0.001 0.001 0.003 0.279 58 E 0.007 0.842 0.001 0.003 0.002 0.005 0.057 0.001 0.001 0.001 0.081 59 M 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 60 V 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 61 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 62 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 63 D 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 64 Q 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 65 V 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 66 L 0.003 0.988 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 67 D 0.005 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.015 68 W 0.048 0.889 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.019 69 C 0.072 0.859 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.016 70 R 0.089 0.698 0.059 0.002 0.001 0.001 0.006 0.069 0.001 0.001 0.075 71 Q 0.101 0.553 0.050 0.005 0.001 0.001 0.028 0.071 0.001 0.001 0.188 72 S 0.210 0.316 0.019 0.010 0.002 0.003 0.028 0.060 0.001 0.009 0.342 73 G 0.249 0.105 0.109 0.013 0.004 0.006 0.077 0.033 0.001 0.014 0.391 74 K 0.149 0.025 0.138 0.022 0.004 0.006 0.280 0.008 0.001 0.007 0.362 75 S 0.096 0.015 0.015 0.031 0.010 0.012 0.192 0.005 0.001 0.006 0.617 76 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.982 77 S 0.025 0.010 0.002 0.056 0.024 0.059 0.302 0.001 0.001 0.004 0.518 78 E 0.225 0.026 0.001 0.040 0.021 0.026 0.145 0.002 0.001 0.012 0.502 79 V 0.098 0.055 0.003 0.062 0.049 0.063 0.101 0.004 0.001 0.006 0.559 80 F 0.116 0.053 0.006 0.131 0.105 0.131 0.089 0.002 0.001 0.007 0.361 81 E 0.038 0.025 0.002 0.085 0.078 0.099 0.122 0.003 0.001 0.007 0.540 82 H 0.114 0.010 0.004 0.071 0.053 0.085 0.097 0.006 0.001 0.017 0.544 83 T 0.219 0.008 0.014 0.240 0.137 0.151 0.085 0.002 0.001 0.006 0.139 84 V 0.019 0.002 0.004 0.326 0.174 0.199 0.079 0.001 0.001 0.004 0.194 85 L 0.004 0.001 0.002 0.425 0.212 0.259 0.020 0.001 0.001 0.002 0.075 86 Y 0.004 0.001 0.001 0.378 0.191 0.353 0.010 0.001 0.001 0.001 0.062 87 V 0.002 0.002 0.001 0.400 0.200 0.260 0.024 0.001 0.001 0.002 0.110 88 T 0.002 0.002 0.001 0.314 0.135 0.242 0.052 0.001 0.001 0.003 0.249 89 V 0.011 0.002 0.001 0.200 0.064 0.188 0.061 0.001 0.001 0.006 0.465 90 E 0.025 0.003 0.001 0.154 0.069 0.087 0.251 0.001 0.001 0.010 0.400 91 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.970 92 C 0.035 0.010 0.002 0.053 0.049 0.189 0.106 0.001 0.001 0.004 0.553 93 I 0.053 0.023 0.001 0.023 0.017 0.028 0.086 0.001 0.001 0.007 0.763 94 M 0.029 0.028 0.001 0.005 0.006 0.010 0.135 0.001 0.001 0.003 0.782 95 C 0.135 0.191 0.003 0.010 0.006 0.016 0.188 0.001 0.001 0.006 0.443 96 A 0.063 0.604 0.002 0.006 0.005 0.011 0.054 0.002 0.001 0.002 0.251 97 A 0.026 0.695 0.004 0.003 0.005 0.008 0.047 0.002 0.001 0.002 0.209 98 A 0.025 0.877 0.002 0.002 0.002 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.077 99 L 0.012 0.964 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 100 R 0.005 0.965 0.001 0.001 0.014 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 101 L 0.027 0.902 0.002 0.003 0.019 0.009 0.001 0.009 0.001 0.001 0.027 102 M 0.217 0.592 0.004 0.005 0.013 0.017 0.003 0.064 0.001 0.001 0.084 103 K 0.445 0.137 0.019 0.019 0.021 0.046 0.019 0.105 0.001 0.002 0.186 104 I 0.137 0.026 0.292 0.088 0.066 0.046 0.059 0.015 0.001 0.001 0.268 105 P 0.004 0.001 0.002 0.099 0.019 0.020 0.024 0.001 0.001 0.001 0.831 106 L 0.003 0.001 0.002 0.382 0.049 0.058 0.043 0.001 0.001 0.001 0.463 107 V 0.001 0.001 0.001 0.922 0.027 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.021 108 V 0.001 0.001 0.001 0.902 0.022 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.967 0.008 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 110 G 0.002 0.001 0.001 0.843 0.022 0.044 0.013 0.001 0.001 0.001 0.075 111 C 0.004 0.003 0.001 0.657 0.050 0.076 0.046 0.001 0.001 0.003 0.159 112 Q 0.006 0.003 0.001 0.105 0.027 0.040 0.259 0.001 0.001 0.006 0.551 113 N 0.055 0.003 0.001 0.046 0.023 0.057 0.260 0.001 0.001 0.012 0.543 114 E 0.030 0.002 0.001 0.011 0.004 0.009 0.105 0.001 0.001 0.016 0.823 115 R 0.039 0.004 0.003 0.009 0.004 0.008 0.577 0.001 0.001 0.013 0.342 116 F 0.376 0.024 0.005 0.014 0.007 0.013 0.240 0.002 0.001 0.027 0.292 117 G 0.259 0.086 0.014 0.039 0.025 0.035 0.104 0.007 0.001 0.036 0.394 118 G 0.111 0.048 0.063 0.050 0.034 0.045 0.189 0.004 0.001 0.007 0.449 119 C 0.102 0.063 0.008 0.083 0.058 0.123 0.107 0.003 0.001 0.005 0.448 120 G 0.051 0.070 0.003 0.046 0.040 0.088 0.096 0.005 0.001 0.010 0.590 121 S 0.049 0.048 0.008 0.042 0.017 0.032 0.154 0.004 0.001 0.004 0.643 122 V 0.057 0.079 0.006 0.066 0.026 0.071 0.176 0.002 0.001 0.007 0.511 123 L 0.071 0.226 0.006 0.055 0.032 0.063 0.154 0.002 0.001 0.007 0.385 124 N 0.075 0.390 0.004 0.023 0.029 0.038 0.136 0.004 0.001 0.007 0.293 125 I 0.180 0.464 0.007 0.018 0.012 0.027 0.045 0.012 0.001 0.004 0.231 126 A 0.093 0.568 0.016 0.016 0.023 0.040 0.054 0.010 0.001 0.003 0.178 127 S 0.084 0.329 0.010 0.013 0.014 0.021 0.051 0.013 0.001 0.006 0.459 128 A 0.131 0.283 0.012 0.006 0.007 0.015 0.055 0.026 0.001 0.004 0.460 129 D 0.316 0.177 0.021 0.008 0.004 0.013 0.076 0.044 0.001 0.007 0.335 130 L 0.387 0.142 0.054 0.019 0.011 0.019 0.040 0.024 0.001 0.004 0.299 131 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.978 132 N 0.041 0.025 0.003 0.019 0.023 0.035 0.113 0.004 0.001 0.002 0.735 133 T 0.268 0.082 0.003 0.022 0.017 0.027 0.062 0.006 0.001 0.013 0.499 134 G 0.265 0.020 0.007 0.029 0.018 0.028 0.070 0.006 0.001 0.046 0.510 135 R 0.268 0.006 0.038 0.038 0.022 0.017 0.247 0.002 0.001 0.005 0.359 136 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.964 137 F 0.007 0.002 0.001 0.107 0.115 0.191 0.073 0.001 0.001 0.001 0.503 138 Q 0.024 0.002 0.001 0.403 0.089 0.125 0.036 0.001 0.001 0.003 0.318 139 C 0.009 0.002 0.001 0.080 0.030 0.066 0.035 0.001 0.001 0.001 0.777 140 I 0.048 0.003 0.001 0.399 0.098 0.175 0.068 0.001 0.001 0.004 0.204 141 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.992 142 G 0.013 0.003 0.001 0.088 0.047 0.119 0.109 0.001 0.001 0.005 0.615 143 Y 0.226 0.014 0.002 0.036 0.018 0.026 0.123 0.001 0.001 0.007 0.547 144 R 0.028 0.044 0.001 0.014 0.019 0.035 0.346 0.001 0.001 0.008 0.505 145 A 0.033 0.106 0.001 0.011 0.003 0.014 0.168 0.001 0.001 0.005 0.659 146 E 0.026 0.274 0.001 0.002 0.002 0.005 0.136 0.001 0.001 0.003 0.549 147 E 0.051 0.472 0.003 0.001 0.001 0.001 0.237 0.001 0.001 0.003 0.230 148 A 0.014 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 149 V 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 150 E 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 151 M 0.027 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.021 152 L 0.032 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.011 153 K 0.019 0.931 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.030 154 T 0.032 0.842 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.086 155 F 0.127 0.729 0.017 0.003 0.001 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 0.089 156 Y 0.084 0.754 0.023 0.010 0.004 0.004 0.010 0.013 0.001 0.001 0.096 157 K 0.059 0.515 0.028 0.021 0.014 0.013 0.025 0.019 0.001 0.002 0.305