# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2293 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.072 0.014 0.054 0.022 0.047 0.069 0.008 0.715 2 Q 0.094 0.017 0.071 0.034 0.051 0.212 0.012 0.508 3 S 0.065 0.017 0.028 0.011 0.022 0.135 0.006 0.716 4 M 0.076 0.021 0.022 0.006 0.023 0.073 0.004 0.776 5 E 0.032 0.017 0.010 0.004 0.008 0.385 0.005 0.539 6 E 0.091 0.029 0.006 0.002 0.004 0.429 0.006 0.433 7 T 0.219 0.254 0.010 0.003 0.006 0.176 0.010 0.322 8 E 0.040 0.410 0.015 0.002 0.008 0.084 0.007 0.434 9 K 0.026 0.203 0.003 0.001 0.002 0.277 0.003 0.485 10 W 0.041 0.525 0.001 0.001 0.002 0.260 0.003 0.169 11 M 0.009 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.048 12 E 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 13 E 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 14 A 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 15 M 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 16 H 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 17 M 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 18 A 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 19 K 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 20 E 0.020 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 21 A 0.057 0.889 0.008 0.001 0.001 0.001 0.021 0.022 22 L 0.093 0.716 0.033 0.007 0.007 0.007 0.031 0.105 23 E 0.103 0.386 0.063 0.014 0.014 0.051 0.044 0.325 24 N 0.120 0.215 0.047 0.010 0.010 0.054 0.044 0.500 25 T 0.173 0.116 0.047 0.014 0.011 0.062 0.059 0.518 26 E 0.114 0.037 0.079 0.016 0.014 0.213 0.082 0.445 27 V 0.120 0.011 0.124 0.048 0.030 0.122 0.018 0.527 28 P 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.006 0.001 0.984 29 V 0.012 0.001 0.114 0.139 0.313 0.120 0.003 0.296 30 G 0.026 0.001 0.357 0.225 0.247 0.039 0.004 0.101 31 C 0.010 0.001 0.144 0.290 0.389 0.021 0.001 0.144 32 L 0.001 0.001 0.309 0.370 0.298 0.003 0.001 0.018 33 M 0.002 0.001 0.219 0.218 0.332 0.017 0.001 0.212 34 V 0.001 0.001 0.366 0.303 0.292 0.007 0.001 0.031 35 Y 0.001 0.001 0.131 0.174 0.347 0.077 0.001 0.268 36 N 0.004 0.001 0.069 0.045 0.152 0.123 0.005 0.601 37 N 0.041 0.001 0.057 0.047 0.039 0.225 0.024 0.565 38 E 0.340 0.001 0.040 0.023 0.043 0.434 0.009 0.112 39 V 0.011 0.001 0.141 0.211 0.137 0.084 0.003 0.412 40 V 0.003 0.001 0.164 0.257 0.499 0.025 0.001 0.049 41 G 0.003 0.002 0.214 0.252 0.393 0.022 0.001 0.113 42 K 0.003 0.003 0.186 0.199 0.436 0.035 0.002 0.136 43 G 0.009 0.008 0.126 0.220 0.348 0.066 0.004 0.220 44 R 0.026 0.010 0.139 0.111 0.249 0.101 0.007 0.358 45 N 0.025 0.017 0.077 0.138 0.190 0.140 0.011 0.402 46 E 0.062 0.017 0.054 0.063 0.127 0.122 0.011 0.542 47 V 0.050 0.028 0.037 0.052 0.086 0.209 0.009 0.529 48 N 0.045 0.056 0.032 0.053 0.081 0.156 0.013 0.564 49 Q 0.093 0.097 0.034 0.037 0.056 0.111 0.014 0.558 50 T 0.088 0.074 0.028 0.027 0.040 0.250 0.027 0.466 51 K 0.298 0.055 0.029 0.022 0.027 0.124 0.045 0.401 52 N 0.110 0.071 0.039 0.021 0.024 0.220 0.019 0.497 53 A 0.024 0.024 0.024 0.011 0.019 0.077 0.008 0.813 54 T 0.050 0.062 0.026 0.021 0.039 0.299 0.008 0.494 55 R 0.112 0.105 0.030 0.027 0.046 0.323 0.011 0.346 56 H 0.066 0.266 0.017 0.023 0.037 0.184 0.005 0.401 57 A 0.031 0.670 0.018 0.034 0.046 0.080 0.003 0.116 58 E 0.016 0.815 0.008 0.018 0.023 0.039 0.003 0.078 59 M 0.013 0.900 0.003 0.007 0.015 0.013 0.002 0.048 60 V 0.002 0.974 0.001 0.004 0.004 0.003 0.001 0.012 61 A 0.002 0.985 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 62 I 0.004 0.980 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.009 63 D 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 64 Q 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 65 V 0.019 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 66 L 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 67 D 0.020 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.029 68 W 0.076 0.846 0.007 0.001 0.001 0.002 0.032 0.035 69 C 0.167 0.708 0.011 0.004 0.003 0.004 0.046 0.057 70 R 0.140 0.415 0.142 0.019 0.016 0.031 0.062 0.176 71 Q 0.113 0.272 0.113 0.020 0.019 0.074 0.033 0.357 72 S 0.130 0.130 0.073 0.011 0.011 0.082 0.037 0.525 73 G 0.191 0.050 0.064 0.010 0.009 0.066 0.044 0.567 74 K 0.142 0.028 0.147 0.012 0.017 0.178 0.032 0.445 75 S 0.048 0.010 0.028 0.020 0.023 0.148 0.006 0.718 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 77 S 0.017 0.004 0.024 0.039 0.101 0.283 0.003 0.528 78 E 0.195 0.010 0.030 0.043 0.049 0.119 0.009 0.544 79 V 0.073 0.035 0.029 0.067 0.120 0.083 0.006 0.588 80 F 0.129 0.030 0.069 0.116 0.239 0.123 0.010 0.285 81 E 0.044 0.017 0.048 0.093 0.107 0.129 0.013 0.549 82 H 0.079 0.015 0.052 0.119 0.127 0.084 0.044 0.480 83 T 0.356 0.005 0.141 0.094 0.151 0.093 0.020 0.141 84 V 0.017 0.002 0.185 0.264 0.229 0.053 0.005 0.245 85 L 0.002 0.001 0.170 0.288 0.322 0.020 0.001 0.196 86 Y 0.002 0.001 0.250 0.249 0.380 0.016 0.001 0.101 87 V 0.002 0.001 0.211 0.278 0.370 0.020 0.001 0.116 88 T 0.003 0.001 0.221 0.172 0.310 0.037 0.002 0.254 89 V 0.009 0.003 0.112 0.104 0.202 0.052 0.003 0.515 90 E 0.022 0.003 0.094 0.073 0.130 0.210 0.004 0.464 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.982 92 C 0.044 0.053 0.049 0.045 0.123 0.198 0.006 0.481 93 I 0.029 0.072 0.017 0.016 0.020 0.070 0.005 0.770 94 M 0.035 0.121 0.007 0.009 0.020 0.129 0.005 0.674 95 C 0.137 0.407 0.008 0.009 0.018 0.133 0.009 0.279 96 A 0.024 0.835 0.005 0.003 0.006 0.029 0.003 0.095 97 A 0.010 0.845 0.001 0.001 0.002 0.021 0.003 0.117 98 A 0.011 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.024 99 L 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 100 R 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 101 L 0.010 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 102 M 0.084 0.841 0.007 0.009 0.004 0.001 0.046 0.008 103 K 0.485 0.089 0.025 0.011 0.007 0.006 0.291 0.086 104 I 0.108 0.028 0.593 0.045 0.030 0.024 0.023 0.149 105 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.992 106 L 0.003 0.001 0.072 0.018 0.039 0.044 0.002 0.822 107 V 0.021 0.002 0.805 0.054 0.043 0.015 0.004 0.056 108 V 0.008 0.002 0.767 0.084 0.063 0.011 0.001 0.064 109 Y 0.003 0.001 0.648 0.112 0.149 0.008 0.001 0.078 110 G 0.003 0.002 0.457 0.112 0.193 0.036 0.001 0.195 111 C 0.007 0.002 0.396 0.122 0.206 0.055 0.003 0.209 112 Q 0.013 0.003 0.113 0.073 0.146 0.159 0.005 0.488 113 N 0.038 0.005 0.065 0.046 0.122 0.113 0.009 0.601 114 E 0.026 0.005 0.018 0.012 0.024 0.088 0.007 0.820 115 R 0.054 0.008 0.012 0.010 0.017 0.490 0.016 0.393 116 F 0.282 0.024 0.022 0.017 0.019 0.137 0.031 0.468 117 G 0.168 0.063 0.069 0.035 0.040 0.118 0.022 0.484 118 G 0.064 0.030 0.118 0.033 0.057 0.164 0.012 0.522 119 C 0.059 0.049 0.081 0.051 0.099 0.103 0.008 0.550 120 G 0.067 0.050 0.059 0.052 0.093 0.096 0.010 0.573 121 S 0.059 0.040 0.053 0.029 0.050 0.167 0.007 0.594 122 V 0.054 0.134 0.048 0.039 0.090 0.127 0.008 0.501 123 L 0.072 0.193 0.039 0.037 0.102 0.178 0.010 0.368 124 N 0.073 0.279 0.021 0.028 0.042 0.270 0.018 0.270 125 I 0.148 0.571 0.020 0.017 0.025 0.032 0.010 0.176 126 A 0.080 0.651 0.018 0.018 0.039 0.039 0.014 0.141 127 S 0.097 0.433 0.023 0.019 0.043 0.049 0.030 0.306 128 A 0.137 0.361 0.017 0.012 0.021 0.045 0.033 0.374 129 D 0.364 0.172 0.012 0.009 0.013 0.068 0.083 0.278 130 L 0.434 0.158 0.041 0.026 0.022 0.036 0.037 0.244 131 P 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.990 132 N 0.013 0.018 0.018 0.023 0.047 0.101 0.006 0.773 133 T 0.236 0.032 0.029 0.020 0.024 0.069 0.029 0.561 134 G 0.287 0.027 0.042 0.022 0.027 0.116 0.059 0.420 135 R 0.299 0.009 0.158 0.059 0.039 0.130 0.014 0.292 136 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.990 137 F 0.018 0.001 0.094 0.081 0.200 0.067 0.002 0.536 138 Q 0.025 0.002 0.385 0.187 0.149 0.030 0.005 0.217 139 C 0.005 0.001 0.075 0.025 0.059 0.018 0.002 0.814 140 I 0.007 0.001 0.594 0.126 0.158 0.015 0.001 0.097 141 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 142 G 0.010 0.001 0.131 0.036 0.122 0.076 0.004 0.620 143 Y 0.134 0.004 0.084 0.025 0.029 0.128 0.004 0.592 144 R 0.064 0.009 0.033 0.021 0.048 0.302 0.005 0.518 145 A 0.042 0.009 0.018 0.003 0.033 0.091 0.002 0.801 146 E 0.010 0.019 0.004 0.001 0.003 0.087 0.001 0.875 147 E 0.023 0.077 0.001 0.001 0.001 0.309 0.003 0.586 148 A 0.030 0.723 0.001 0.001 0.002 0.014 0.002 0.226 149 V 0.003 0.942 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.048 150 E 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 151 M 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 152 L 0.015 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 153 K 0.017 0.952 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 154 T 0.032 0.898 0.005 0.002 0.001 0.004 0.013 0.046 155 F 0.092 0.796 0.015 0.003 0.003 0.006 0.027 0.059 156 Y 0.063 0.739 0.047 0.011 0.009 0.015 0.022 0.095 157 K 0.034 0.536 0.093 0.025 0.025 0.033 0.019 0.235