# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2293 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.153 0.235 0.273 0.156 0.058 0.040 0.040 0.008 0.028 0.006 0.001 2 Q 0.143 0.314 0.368 0.063 0.039 0.031 0.012 0.001 0.025 0.002 0.001 3 S 0.119 0.104 0.536 0.051 0.044 0.077 0.020 0.004 0.037 0.006 0.003 4 M 0.487 0.055 0.314 0.076 0.019 0.025 0.007 0.002 0.009 0.003 0.003 5 E 0.701 0.038 0.139 0.064 0.017 0.021 0.007 0.002 0.006 0.002 0.001 6 E 0.829 0.021 0.048 0.069 0.008 0.016 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 7 T 0.900 0.019 0.037 0.022 0.007 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 8 E 0.996 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 W 0.969 0.001 0.002 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 H 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 M 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.936 0.001 0.002 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.660 0.007 0.036 0.281 0.002 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 22 L 0.671 0.029 0.130 0.092 0.006 0.015 0.044 0.002 0.010 0.001 0.001 23 E 0.591 0.042 0.134 0.161 0.008 0.019 0.031 0.005 0.008 0.002 0.001 24 N 0.228 0.061 0.142 0.427 0.025 0.030 0.042 0.020 0.022 0.003 0.001 25 T 0.266 0.069 0.193 0.159 0.048 0.029 0.148 0.053 0.009 0.025 0.001 26 E 0.150 0.158 0.198 0.243 0.046 0.075 0.077 0.013 0.031 0.005 0.004 27 V 0.010 0.440 0.413 0.005 0.044 0.006 0.003 0.001 0.078 0.001 0.001 28 P 0.038 0.015 0.873 0.010 0.002 0.038 0.002 0.001 0.005 0.001 0.017 29 V 0.021 0.780 0.104 0.025 0.063 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 30 G 0.014 0.109 0.072 0.007 0.633 0.007 0.010 0.062 0.005 0.079 0.001 31 C 0.006 0.661 0.169 0.011 0.109 0.017 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 32 L 0.002 0.904 0.058 0.001 0.022 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 33 M 0.005 0.578 0.355 0.003 0.012 0.032 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 34 V 0.013 0.648 0.219 0.010 0.039 0.047 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 35 Y 0.116 0.499 0.154 0.058 0.097 0.037 0.008 0.002 0.022 0.006 0.002 36 N 0.052 0.057 0.065 0.347 0.047 0.033 0.343 0.030 0.015 0.009 0.002 37 N 0.013 0.026 0.022 0.070 0.042 0.010 0.547 0.242 0.011 0.016 0.001 38 E 0.016 0.637 0.243 0.025 0.038 0.010 0.010 0.001 0.019 0.001 0.001 39 V 0.012 0.488 0.424 0.009 0.018 0.038 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 40 V 0.010 0.794 0.135 0.006 0.028 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 41 G 0.016 0.569 0.112 0.006 0.259 0.013 0.001 0.001 0.019 0.004 0.001 42 K 0.015 0.694 0.117 0.010 0.141 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 43 G 0.053 0.126 0.390 0.016 0.165 0.042 0.023 0.039 0.019 0.126 0.001 44 R 0.278 0.323 0.219 0.070 0.065 0.020 0.005 0.002 0.014 0.003 0.001 45 N 0.092 0.128 0.175 0.177 0.087 0.076 0.202 0.020 0.032 0.010 0.002 46 E 0.318 0.168 0.181 0.123 0.072 0.044 0.043 0.028 0.014 0.007 0.001 47 V 0.324 0.281 0.231 0.069 0.024 0.027 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 48 N 0.345 0.067 0.274 0.142 0.022 0.081 0.024 0.006 0.032 0.003 0.003 49 Q 0.499 0.102 0.102 0.188 0.029 0.028 0.031 0.009 0.007 0.005 0.001 50 T 0.313 0.115 0.139 0.237 0.067 0.033 0.058 0.011 0.016 0.011 0.001 51 K 0.267 0.134 0.122 0.194 0.065 0.032 0.104 0.034 0.025 0.021 0.001 52 N 0.079 0.146 0.243 0.133 0.043 0.111 0.142 0.006 0.093 0.004 0.001 53 A 0.478 0.066 0.218 0.147 0.016 0.048 0.010 0.005 0.006 0.003 0.002 54 T 0.455 0.180 0.169 0.108 0.047 0.019 0.005 0.001 0.011 0.003 0.001 55 R 0.667 0.051 0.105 0.103 0.029 0.025 0.010 0.002 0.005 0.002 0.001 56 H 0.705 0.089 0.070 0.080 0.026 0.008 0.012 0.001 0.008 0.001 0.001 57 A 0.859 0.037 0.040 0.014 0.039 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.956 0.021 0.011 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 M 0.994 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.988 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 V 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.981 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.940 0.002 0.005 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 W 0.798 0.004 0.009 0.177 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 69 C 0.379 0.012 0.070 0.459 0.006 0.006 0.050 0.009 0.005 0.002 0.001 70 R 0.393 0.019 0.131 0.136 0.022 0.014 0.200 0.048 0.006 0.030 0.001 71 Q 0.415 0.088 0.203 0.207 0.021 0.020 0.020 0.009 0.011 0.006 0.001 72 S 0.239 0.066 0.236 0.340 0.024 0.024 0.040 0.009 0.015 0.006 0.001 73 G 0.182 0.024 0.107 0.076 0.066 0.025 0.132 0.277 0.008 0.104 0.001 74 K 0.213 0.162 0.312 0.206 0.023 0.037 0.013 0.003 0.023 0.004 0.003 75 S 0.028 0.165 0.515 0.011 0.052 0.035 0.009 0.001 0.176 0.007 0.001 76 P 0.390 0.007 0.521 0.018 0.002 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 77 S 0.579 0.080 0.137 0.106 0.032 0.022 0.016 0.008 0.016 0.004 0.001 78 E 0.599 0.106 0.166 0.058 0.025 0.024 0.005 0.002 0.013 0.001 0.002 79 V 0.539 0.175 0.123 0.084 0.018 0.036 0.010 0.001 0.013 0.001 0.001 80 F 0.340 0.203 0.197 0.142 0.032 0.042 0.009 0.001 0.031 0.002 0.001 81 E 0.359 0.085 0.157 0.280 0.038 0.012 0.053 0.004 0.008 0.004 0.001 82 H 0.035 0.040 0.046 0.100 0.083 0.015 0.444 0.207 0.011 0.018 0.001 83 T 0.015 0.576 0.328 0.029 0.030 0.007 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 84 V 0.013 0.750 0.156 0.005 0.043 0.022 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 85 L 0.006 0.800 0.122 0.005 0.034 0.022 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 86 Y 0.004 0.868 0.060 0.003 0.036 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 87 V 0.006 0.834 0.073 0.004 0.046 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 88 T 0.025 0.644 0.171 0.014 0.092 0.030 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 89 V 0.140 0.372 0.202 0.057 0.117 0.069 0.014 0.003 0.021 0.004 0.001 90 E 0.040 0.364 0.274 0.005 0.083 0.038 0.007 0.001 0.185 0.002 0.001 91 P 0.217 0.011 0.665 0.028 0.005 0.048 0.004 0.001 0.005 0.001 0.015 92 C 0.465 0.087 0.247 0.099 0.031 0.033 0.014 0.003 0.018 0.002 0.001 93 I 0.796 0.021 0.081 0.044 0.015 0.026 0.007 0.002 0.007 0.001 0.001 94 M 0.828 0.011 0.040 0.093 0.006 0.015 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 95 C 0.937 0.007 0.017 0.030 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.868 0.002 0.001 0.122 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 102 M 0.213 0.005 0.007 0.748 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 103 K 0.046 0.009 0.012 0.188 0.016 0.005 0.659 0.061 0.002 0.003 0.001 104 I 0.007 0.285 0.649 0.008 0.006 0.004 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 105 P 0.101 0.010 0.829 0.017 0.003 0.019 0.003 0.001 0.002 0.001 0.015 106 L 0.060 0.531 0.215 0.043 0.074 0.035 0.013 0.006 0.022 0.001 0.001 107 V 0.015 0.770 0.162 0.004 0.019 0.014 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 108 V 0.014 0.759 0.134 0.005 0.036 0.032 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 109 Y 0.023 0.670 0.151 0.017 0.082 0.029 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 110 G 0.063 0.176 0.211 0.030 0.296 0.048 0.024 0.048 0.024 0.079 0.001 111 C 0.075 0.414 0.296 0.042 0.109 0.028 0.007 0.001 0.024 0.003 0.001 112 Q 0.121 0.277 0.307 0.124 0.067 0.048 0.016 0.005 0.026 0.007 0.002 113 N 0.049 0.199 0.384 0.050 0.085 0.075 0.028 0.004 0.115 0.009 0.001 114 E 0.737 0.011 0.176 0.041 0.004 0.013 0.003 0.003 0.002 0.002 0.008 115 R 0.407 0.065 0.064 0.357 0.018 0.018 0.041 0.010 0.015 0.005 0.001 116 F 0.228 0.050 0.113 0.448 0.018 0.022 0.091 0.008 0.019 0.003 0.001 117 G 0.087 0.010 0.070 0.058 0.052 0.006 0.215 0.245 0.004 0.252 0.001 118 G 0.235 0.063 0.241 0.085 0.149 0.024 0.021 0.041 0.009 0.133 0.001 119 C 0.213 0.214 0.275 0.149 0.075 0.033 0.017 0.001 0.018 0.004 0.001 120 G 0.184 0.031 0.120 0.043 0.180 0.020 0.047 0.138 0.007 0.230 0.001 121 S 0.470 0.115 0.187 0.094 0.082 0.026 0.009 0.003 0.008 0.005 0.001 122 V 0.646 0.091 0.074 0.078 0.041 0.041 0.013 0.003 0.010 0.002 0.001 123 L 0.727 0.096 0.073 0.059 0.014 0.016 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 124 N 0.692 0.056 0.071 0.084 0.014 0.044 0.021 0.003 0.014 0.001 0.001 125 I 0.619 0.087 0.112 0.114 0.009 0.033 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 126 A 0.485 0.085 0.228 0.106 0.020 0.035 0.011 0.001 0.028 0.001 0.001 127 S 0.824 0.014 0.080 0.053 0.007 0.007 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 128 A 0.790 0.025 0.045 0.093 0.011 0.008 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 129 D 0.348 0.050 0.086 0.401 0.012 0.045 0.033 0.004 0.019 0.001 0.001 130 L 0.187 0.184 0.410 0.020 0.016 0.026 0.009 0.001 0.144 0.002 0.001 131 P 0.736 0.003 0.226 0.017 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 132 N 0.395 0.053 0.081 0.353 0.015 0.019 0.028 0.032 0.020 0.004 0.001 133 T 0.225 0.057 0.206 0.423 0.010 0.007 0.058 0.002 0.008 0.002 0.002 134 G 0.016 0.005 0.023 0.041 0.024 0.009 0.186 0.639 0.004 0.053 0.001 135 R 0.002 0.289 0.595 0.002 0.030 0.002 0.001 0.001 0.076 0.002 0.001 136 P 0.026 0.002 0.831 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 137 F 0.012 0.722 0.169 0.010 0.058 0.007 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 138 Q 0.016 0.519 0.374 0.007 0.022 0.039 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 139 C 0.019 0.548 0.324 0.014 0.019 0.053 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 140 I 0.016 0.548 0.250 0.004 0.067 0.024 0.001 0.001 0.089 0.002 0.001 141 P 0.131 0.013 0.736 0.044 0.006 0.023 0.006 0.001 0.007 0.001 0.032 142 G 0.056 0.013 0.048 0.019 0.081 0.010 0.068 0.559 0.006 0.139 0.001 143 Y 0.147 0.191 0.457 0.121 0.032 0.034 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 144 R 0.145 0.168 0.525 0.031 0.048 0.048 0.004 0.001 0.025 0.003 0.002 145 A 0.954 0.002 0.033 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.985 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.982 0.002 0.002 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.993 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 E 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 M 0.974 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.933 0.003 0.005 0.051 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.963 0.002 0.007 0.020 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 154 T 0.901 0.006 0.012 0.072 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 155 F 0.691 0.023 0.044 0.202 0.007 0.013 0.012 0.002 0.005 0.001 0.001 156 Y 0.542 0.091 0.115 0.154 0.016 0.031 0.034 0.001 0.016 0.001 0.001 157 K 0.485 0.131 0.143 0.143 0.034 0.026 0.019 0.004 0.011 0.002 0.001