# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2293 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.149 0.132 0.052 0.023 0.209 0.016 0.028 0.090 0.072 0.135 0.094 2 Q 0.054 0.307 0.165 0.027 0.175 0.030 0.039 0.077 0.043 0.055 0.028 3 S 0.121 0.302 0.145 0.013 0.243 0.007 0.012 0.053 0.030 0.038 0.037 4 M 0.042 0.147 0.051 0.013 0.093 0.017 0.031 0.338 0.193 0.050 0.023 5 E 0.017 0.081 0.045 0.010 0.041 0.015 0.048 0.585 0.111 0.034 0.011 6 E 0.012 0.042 0.016 0.003 0.018 0.004 0.015 0.696 0.108 0.073 0.013 7 T 0.007 0.014 0.005 0.001 0.009 0.001 0.002 0.851 0.084 0.022 0.005 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.063 0.002 0.001 9 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.019 0.001 0.001 10 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.014 0.003 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 15 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.027 0.001 0.001 16 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.001 0.001 17 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.975 0.017 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.917 0.075 0.005 0.001 19 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.883 0.108 0.002 0.001 20 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 0.823 0.095 0.025 0.001 21 A 0.022 0.012 0.007 0.002 0.021 0.004 0.050 0.590 0.142 0.124 0.024 22 L 0.022 0.075 0.023 0.004 0.043 0.009 0.032 0.499 0.212 0.067 0.014 23 E 0.021 0.043 0.020 0.009 0.028 0.022 0.122 0.362 0.186 0.150 0.037 24 N 0.042 0.195 0.170 0.035 0.100 0.026 0.075 0.118 0.096 0.114 0.030 25 T 0.042 0.161 0.070 0.034 0.089 0.041 0.085 0.116 0.120 0.185 0.058 26 E 0.123 0.095 0.059 0.025 0.140 0.015 0.025 0.030 0.058 0.341 0.090 27 V 0.033 0.424 0.335 0.014 0.142 0.010 0.006 0.008 0.011 0.011 0.008 28 P 0.216 0.235 0.127 0.013 0.298 0.014 0.033 0.012 0.013 0.012 0.027 29 V 0.228 0.120 0.026 0.023 0.181 0.045 0.103 0.034 0.084 0.070 0.085 30 G 0.125 0.168 0.032 0.056 0.200 0.103 0.182 0.017 0.019 0.054 0.042 31 C 0.248 0.033 0.003 0.001 0.704 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 32 L 0.127 0.043 0.001 0.001 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 33 M 0.303 0.057 0.001 0.001 0.569 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 34 V 0.338 0.101 0.078 0.062 0.149 0.016 0.009 0.003 0.002 0.013 0.229 35 Y 0.013 0.014 0.076 0.398 0.016 0.272 0.096 0.054 0.030 0.013 0.018 36 N 0.019 0.210 0.122 0.265 0.042 0.126 0.095 0.038 0.047 0.029 0.008 37 N 0.010 0.004 0.005 0.006 0.004 0.007 0.002 0.002 0.005 0.859 0.096 38 E 0.012 0.699 0.114 0.001 0.160 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 39 V 0.423 0.069 0.006 0.001 0.460 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.028 40 V 0.193 0.171 0.042 0.082 0.311 0.057 0.032 0.018 0.013 0.014 0.069 41 G 0.270 0.110 0.060 0.032 0.344 0.036 0.021 0.029 0.011 0.022 0.064 42 K 0.092 0.145 0.127 0.082 0.120 0.047 0.057 0.088 0.059 0.132 0.052 43 G 0.123 0.146 0.102 0.067 0.201 0.025 0.027 0.053 0.040 0.136 0.080 44 R 0.081 0.187 0.093 0.067 0.176 0.048 0.044 0.081 0.073 0.104 0.044 45 N 0.114 0.149 0.087 0.044 0.216 0.026 0.027 0.093 0.064 0.105 0.074 46 E 0.108 0.104 0.054 0.022 0.168 0.019 0.037 0.205 0.133 0.096 0.053 47 V 0.081 0.224 0.091 0.025 0.187 0.028 0.043 0.171 0.068 0.048 0.032 48 N 0.136 0.145 0.075 0.026 0.179 0.025 0.046 0.169 0.081 0.064 0.054 49 Q 0.054 0.053 0.037 0.025 0.070 0.034 0.072 0.306 0.157 0.137 0.055 50 T 0.066 0.186 0.110 0.037 0.142 0.031 0.054 0.167 0.072 0.104 0.030 51 K 0.050 0.127 0.081 0.062 0.080 0.062 0.069 0.116 0.076 0.226 0.051 52 N 0.117 0.240 0.176 0.023 0.264 0.009 0.010 0.055 0.028 0.043 0.034 53 A 0.038 0.064 0.020 0.008 0.055 0.021 0.043 0.431 0.223 0.071 0.028 54 T 0.055 0.103 0.051 0.016 0.094 0.019 0.053 0.405 0.109 0.074 0.022 55 R 0.040 0.089 0.029 0.009 0.062 0.017 0.026 0.496 0.096 0.101 0.036 56 H 0.033 0.031 0.008 0.003 0.041 0.004 0.012 0.735 0.076 0.040 0.017 57 A 0.009 0.017 0.003 0.001 0.021 0.002 0.003 0.887 0.049 0.005 0.002 58 E 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.962 0.019 0.002 0.001 59 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.974 0.020 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 62 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 63 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.038 0.001 0.001 64 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.020 0.001 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.940 0.041 0.007 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.818 0.166 0.008 0.001 67 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.854 0.109 0.007 0.001 68 W 0.004 0.008 0.006 0.001 0.007 0.003 0.104 0.675 0.134 0.053 0.004 69 C 0.047 0.086 0.033 0.010 0.072 0.012 0.058 0.354 0.129 0.156 0.043 70 R 0.032 0.054 0.029 0.013 0.034 0.018 0.061 0.366 0.144 0.196 0.054 71 Q 0.033 0.092 0.067 0.018 0.069 0.017 0.068 0.276 0.159 0.162 0.037 72 S 0.038 0.158 0.095 0.046 0.075 0.045 0.080 0.178 0.132 0.117 0.036 73 G 0.049 0.070 0.049 0.043 0.077 0.026 0.052 0.177 0.131 0.258 0.069 74 K 0.050 0.121 0.075 0.025 0.093 0.020 0.044 0.134 0.116 0.270 0.051 75 S 0.076 0.303 0.213 0.021 0.190 0.013 0.016 0.058 0.031 0.047 0.031 76 P 0.074 0.258 0.091 0.016 0.151 0.021 0.030 0.119 0.129 0.076 0.033 77 S 0.069 0.173 0.063 0.013 0.163 0.015 0.033 0.183 0.159 0.093 0.036 78 E 0.063 0.087 0.037 0.007 0.126 0.014 0.046 0.381 0.157 0.061 0.021 79 V 0.129 0.076 0.022 0.008 0.095 0.013 0.075 0.310 0.117 0.118 0.037 80 F 0.120 0.063 0.044 0.076 0.138 0.064 0.029 0.157 0.125 0.128 0.056 81 E 0.012 0.052 0.034 0.158 0.019 0.163 0.203 0.233 0.102 0.020 0.005 82 H 0.028 0.007 0.007 0.010 0.018 0.005 0.012 0.023 0.023 0.765 0.099 83 T 0.102 0.344 0.043 0.003 0.436 0.004 0.012 0.016 0.009 0.014 0.018 84 V 0.228 0.107 0.007 0.002 0.595 0.007 0.015 0.009 0.005 0.005 0.020 85 L 0.247 0.086 0.007 0.003 0.618 0.005 0.006 0.004 0.003 0.004 0.017 86 Y 0.318 0.052 0.005 0.002 0.560 0.004 0.006 0.007 0.003 0.004 0.040 87 V 0.199 0.194 0.049 0.008 0.459 0.008 0.006 0.012 0.005 0.013 0.048 88 T 0.227 0.189 0.034 0.007 0.442 0.005 0.010 0.016 0.008 0.016 0.046 89 V 0.123 0.130 0.041 0.024 0.151 0.024 0.035 0.128 0.136 0.108 0.099 90 E 0.058 0.213 0.132 0.049 0.152 0.040 0.069 0.178 0.052 0.035 0.022 91 P 0.062 0.192 0.083 0.038 0.088 0.029 0.044 0.222 0.087 0.111 0.044 92 C 0.089 0.140 0.074 0.022 0.146 0.014 0.015 0.328 0.086 0.049 0.036 93 I 0.005 0.011 0.004 0.002 0.008 0.007 0.015 0.753 0.179 0.014 0.003 94 M 0.003 0.014 0.007 0.001 0.005 0.003 0.016 0.883 0.046 0.018 0.003 95 C 0.005 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.913 0.047 0.018 0.003 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.059 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 98 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.042 0.001 0.001 100 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.872 0.113 0.002 0.001 101 L 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.111 0.681 0.089 0.072 0.024 102 M 0.002 0.736 0.209 0.001 0.023 0.003 0.016 0.004 0.002 0.002 0.001 103 K 0.075 0.010 0.013 0.006 0.017 0.008 0.008 0.007 0.007 0.344 0.507 104 I 0.144 0.482 0.071 0.006 0.243 0.003 0.005 0.007 0.007 0.009 0.023 105 P 0.081 0.182 0.026 0.023 0.205 0.180 0.175 0.027 0.020 0.020 0.061 106 L 0.251 0.048 0.006 0.002 0.678 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.005 107 V 0.133 0.050 0.003 0.001 0.805 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 108 V 0.367 0.037 0.002 0.001 0.552 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 109 Y 0.296 0.123 0.023 0.009 0.388 0.008 0.007 0.003 0.002 0.016 0.125 110 G 0.164 0.164 0.091 0.076 0.269 0.032 0.025 0.014 0.010 0.055 0.099 111 C 0.135 0.206 0.093 0.050 0.262 0.020 0.026 0.045 0.050 0.063 0.049 112 Q 0.076 0.182 0.099 0.059 0.143 0.081 0.054 0.056 0.072 0.133 0.046 113 N 0.111 0.231 0.184 0.016 0.365 0.010 0.008 0.023 0.018 0.018 0.016 114 E 0.024 0.037 0.021 0.008 0.030 0.026 0.096 0.353 0.335 0.056 0.015 115 R 0.058 0.103 0.105 0.037 0.085 0.034 0.096 0.180 0.094 0.171 0.037 116 F 0.067 0.305 0.091 0.047 0.152 0.027 0.037 0.074 0.052 0.104 0.044 117 G 0.053 0.083 0.135 0.116 0.057 0.051 0.046 0.120 0.068 0.187 0.085 118 G 0.080 0.129 0.103 0.056 0.127 0.034 0.053 0.161 0.079 0.123 0.054 119 C 0.050 0.139 0.069 0.130 0.085 0.082 0.073 0.128 0.075 0.126 0.042 120 G 0.039 0.074 0.115 0.189 0.051 0.055 0.032 0.118 0.071 0.207 0.049 121 S 0.043 0.155 0.120 0.023 0.103 0.012 0.021 0.276 0.106 0.107 0.035 122 V 0.087 0.077 0.023 0.006 0.101 0.008 0.014 0.402 0.182 0.066 0.034 123 L 0.032 0.072 0.021 0.007 0.074 0.020 0.028 0.489 0.205 0.036 0.015 124 N 0.054 0.045 0.024 0.007 0.088 0.014 0.045 0.499 0.134 0.067 0.023 125 I 0.054 0.053 0.022 0.007 0.070 0.011 0.044 0.473 0.153 0.092 0.021 126 A 0.066 0.135 0.055 0.017 0.114 0.016 0.041 0.311 0.126 0.089 0.030 127 S 0.040 0.100 0.057 0.018 0.093 0.020 0.041 0.379 0.173 0.060 0.020 128 A 0.015 0.068 0.033 0.010 0.041 0.017 0.099 0.428 0.212 0.067 0.010 129 D 0.049 0.063 0.041 0.011 0.059 0.010 0.048 0.192 0.132 0.334 0.060 130 L 0.106 0.217 0.069 0.012 0.234 0.012 0.018 0.140 0.077 0.080 0.034 131 P 0.035 0.187 0.076 0.018 0.066 0.030 0.076 0.311 0.136 0.045 0.020 132 N 0.065 0.030 0.046 0.047 0.058 0.054 0.068 0.205 0.144 0.215 0.066 133 T 0.019 0.368 0.129 0.072 0.072 0.058 0.110 0.084 0.050 0.030 0.009 134 G 0.043 0.009 0.016 0.050 0.015 0.018 0.014 0.014 0.016 0.568 0.236 135 R 0.026 0.487 0.226 0.019 0.191 0.007 0.006 0.006 0.007 0.016 0.009 136 P 0.211 0.206 0.046 0.023 0.305 0.029 0.037 0.012 0.018 0.029 0.084 137 F 0.222 0.204 0.047 0.012 0.423 0.006 0.007 0.005 0.007 0.010 0.057 138 Q 0.119 0.205 0.019 0.002 0.623 0.003 0.006 0.004 0.002 0.003 0.013 139 C 0.355 0.117 0.021 0.004 0.393 0.004 0.004 0.006 0.005 0.010 0.080 140 I 0.188 0.189 0.148 0.058 0.239 0.044 0.023 0.020 0.010 0.019 0.062 141 P 0.033 0.140 0.088 0.137 0.056 0.117 0.171 0.120 0.074 0.042 0.022 142 G 0.048 0.084 0.140 0.167 0.055 0.033 0.020 0.054 0.035 0.289 0.074 143 Y 0.047 0.283 0.107 0.028 0.141 0.023 0.032 0.135 0.059 0.097 0.048 144 R 0.064 0.318 0.169 0.018 0.091 0.016 0.014 0.143 0.045 0.077 0.045 145 A 0.005 0.011 0.004 0.002 0.009 0.003 0.003 0.775 0.172 0.012 0.004 146 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.913 0.073 0.004 0.001 147 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.030 0.011 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.031 0.002 0.001 149 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.062 0.001 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.024 0.001 0.001 151 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.955 0.025 0.003 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.852 0.127 0.013 0.001 153 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.847 0.135 0.005 0.001 154 T 0.002 0.008 0.004 0.001 0.005 0.003 0.077 0.760 0.110 0.027 0.002 155 F 0.041 0.028 0.010 0.003 0.038 0.005 0.061 0.490 0.123 0.162 0.039 156 Y 0.056 0.082 0.029 0.008 0.090 0.012 0.027 0.331 0.169 0.147 0.051 157 K 0.052 0.178 0.082 0.013 0.121 0.024 0.067 0.287 0.102 0.051 0.024