# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2293 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.395 0.194 0.188 0.136 0.069 0.017 0.001 2 Q 0.644 0.239 0.079 0.030 0.008 0.001 0.001 3 S 0.622 0.240 0.095 0.034 0.008 0.002 0.001 4 M 0.451 0.246 0.170 0.097 0.032 0.004 0.001 5 E 0.738 0.226 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 6 E 0.409 0.349 0.155 0.068 0.016 0.003 0.001 7 T 0.173 0.199 0.273 0.229 0.106 0.019 0.001 8 E 0.230 0.359 0.255 0.117 0.033 0.006 0.001 9 K 0.279 0.432 0.179 0.085 0.022 0.003 0.001 10 W 0.011 0.038 0.127 0.269 0.353 0.189 0.014 11 M 0.007 0.024 0.049 0.114 0.335 0.417 0.054 12 E 0.041 0.212 0.339 0.272 0.106 0.028 0.002 13 E 0.025 0.134 0.313 0.339 0.151 0.034 0.004 14 A 0.002 0.007 0.014 0.038 0.211 0.624 0.106 15 M 0.005 0.032 0.129 0.360 0.334 0.129 0.011 16 H 0.085 0.372 0.319 0.161 0.046 0.016 0.001 17 M 0.016 0.063 0.163 0.308 0.334 0.110 0.006 18 A 0.020 0.041 0.077 0.203 0.399 0.245 0.015 19 K 0.122 0.353 0.323 0.139 0.053 0.010 0.001 20 E 0.179 0.359 0.268 0.152 0.035 0.007 0.001 21 A 0.088 0.113 0.197 0.276 0.250 0.073 0.002 22 L 0.211 0.212 0.274 0.215 0.074 0.014 0.001 23 E 0.693 0.248 0.046 0.011 0.002 0.001 0.001 24 N 0.398 0.265 0.185 0.118 0.028 0.006 0.001 25 T 0.457 0.278 0.140 0.077 0.038 0.008 0.001 26 E 0.196 0.352 0.215 0.127 0.079 0.027 0.003 27 V 0.028 0.072 0.120 0.199 0.374 0.183 0.024 28 P 0.006 0.026 0.077 0.168 0.316 0.335 0.072 29 V 0.001 0.001 0.006 0.016 0.076 0.413 0.487 30 G 0.001 0.001 0.003 0.009 0.046 0.240 0.701 31 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.154 0.838 32 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.179 0.800 33 M 0.001 0.001 0.005 0.031 0.072 0.308 0.582 34 V 0.001 0.005 0.020 0.092 0.281 0.455 0.148 35 Y 0.006 0.039 0.139 0.243 0.374 0.185 0.015 36 N 0.118 0.423 0.207 0.144 0.077 0.030 0.003 37 N 0.108 0.273 0.242 0.212 0.123 0.039 0.003 38 E 0.029 0.115 0.272 0.383 0.142 0.054 0.004 39 V 0.010 0.022 0.050 0.117 0.328 0.410 0.063 40 V 0.016 0.026 0.048 0.131 0.199 0.350 0.230 41 G 0.009 0.020 0.038 0.067 0.156 0.390 0.320 42 K 0.025 0.072 0.161 0.261 0.189 0.155 0.136 43 G 0.017 0.038 0.053 0.087 0.196 0.373 0.236 44 R 0.029 0.075 0.113 0.190 0.237 0.252 0.104 45 N 0.041 0.063 0.083 0.151 0.255 0.306 0.102 46 E 0.097 0.184 0.186 0.202 0.174 0.128 0.029 47 V 0.134 0.153 0.168 0.200 0.192 0.130 0.024 48 N 0.231 0.217 0.202 0.170 0.113 0.057 0.010 49 Q 0.390 0.237 0.169 0.119 0.053 0.027 0.005 50 T 0.456 0.218 0.146 0.099 0.049 0.025 0.006 51 K 0.409 0.225 0.156 0.120 0.059 0.026 0.006 52 N 0.415 0.292 0.120 0.077 0.057 0.031 0.007 53 A 0.077 0.120 0.147 0.215 0.219 0.170 0.052 54 T 0.046 0.068 0.111 0.170 0.261 0.258 0.086 55 R 0.026 0.056 0.091 0.127 0.231 0.321 0.148 56 H 0.011 0.016 0.028 0.056 0.148 0.359 0.382 57 A 0.003 0.003 0.007 0.018 0.058 0.260 0.651 58 E 0.001 0.003 0.007 0.015 0.048 0.242 0.683 59 M 0.003 0.008 0.020 0.048 0.158 0.320 0.443 60 V 0.007 0.032 0.065 0.107 0.221 0.329 0.239 61 A 0.003 0.009 0.022 0.065 0.173 0.410 0.318 62 I 0.003 0.007 0.014 0.042 0.146 0.426 0.363 63 D 0.017 0.084 0.227 0.290 0.223 0.128 0.029 64 Q 0.028 0.126 0.282 0.318 0.169 0.067 0.010 65 V 0.010 0.024 0.040 0.109 0.337 0.426 0.055 66 L 0.030 0.077 0.143 0.271 0.335 0.133 0.010 67 D 0.167 0.378 0.273 0.128 0.040 0.014 0.001 68 W 0.062 0.137 0.309 0.341 0.118 0.030 0.001 69 C 0.170 0.138 0.231 0.245 0.167 0.048 0.002 70 R 0.504 0.268 0.142 0.064 0.018 0.004 0.001 71 Q 0.702 0.218 0.052 0.021 0.006 0.001 0.001 72 S 0.549 0.240 0.116 0.068 0.022 0.005 0.001 73 G 0.544 0.240 0.125 0.063 0.023 0.006 0.001 74 K 0.573 0.271 0.096 0.040 0.015 0.004 0.001 75 S 0.312 0.277 0.200 0.128 0.062 0.019 0.002 76 P 0.169 0.209 0.224 0.218 0.127 0.049 0.004 77 S 0.184 0.248 0.244 0.193 0.091 0.036 0.003 78 E 0.222 0.279 0.224 0.161 0.082 0.030 0.003 79 V 0.060 0.151 0.206 0.283 0.197 0.095 0.008 80 F 0.040 0.073 0.142 0.281 0.263 0.184 0.018 81 E 0.113 0.251 0.275 0.218 0.095 0.044 0.004 82 H 0.167 0.304 0.244 0.163 0.083 0.033 0.007 83 T 0.013 0.025 0.049 0.159 0.342 0.338 0.074 84 V 0.016 0.094 0.157 0.251 0.243 0.205 0.034 85 L 0.008 0.016 0.040 0.105 0.184 0.391 0.255 86 Y 0.006 0.011 0.026 0.058 0.157 0.384 0.359 87 V 0.005 0.009 0.016 0.033 0.097 0.325 0.515 88 T 0.016 0.028 0.045 0.081 0.125 0.234 0.470 89 V 0.011 0.021 0.028 0.050 0.126 0.350 0.412 90 E 0.024 0.039 0.047 0.083 0.174 0.304 0.329 91 P 0.036 0.043 0.046 0.086 0.142 0.286 0.363 92 C 0.034 0.050 0.064 0.100 0.191 0.314 0.247 93 I 0.090 0.103 0.110 0.176 0.203 0.195 0.122 94 M 0.075 0.091 0.098 0.135 0.205 0.230 0.166 95 C 0.031 0.050 0.054 0.084 0.129 0.295 0.356 96 A 0.053 0.068 0.133 0.193 0.242 0.202 0.110 97 A 0.080 0.172 0.283 0.263 0.109 0.069 0.024 98 A 0.038 0.046 0.086 0.197 0.247 0.284 0.102 99 L 0.030 0.023 0.030 0.087 0.160 0.389 0.281 100 R 0.048 0.120 0.188 0.244 0.217 0.147 0.036 101 L 0.100 0.228 0.217 0.217 0.133 0.081 0.024 102 M 0.039 0.058 0.105 0.240 0.257 0.241 0.059 103 K 0.068 0.189 0.239 0.245 0.156 0.080 0.023 104 I 0.019 0.044 0.095 0.196 0.307 0.262 0.078 105 P 0.033 0.136 0.208 0.262 0.232 0.111 0.019 106 L 0.010 0.042 0.099 0.213 0.269 0.292 0.075 107 V 0.004 0.006 0.014 0.055 0.151 0.431 0.338 108 V 0.004 0.010 0.019 0.060 0.147 0.396 0.363 109 Y 0.004 0.010 0.022 0.057 0.155 0.356 0.396 110 G 0.009 0.031 0.058 0.115 0.207 0.351 0.230 111 C 0.013 0.041 0.083 0.163 0.260 0.324 0.116 112 Q 0.065 0.148 0.217 0.251 0.181 0.114 0.023 113 N 0.137 0.170 0.217 0.221 0.154 0.086 0.016 114 E 0.326 0.224 0.176 0.141 0.082 0.043 0.008 115 R 0.298 0.251 0.183 0.142 0.072 0.043 0.009 116 F 0.187 0.152 0.147 0.194 0.184 0.114 0.022 117 G 0.194 0.215 0.178 0.177 0.125 0.091 0.020 118 G 0.136 0.135 0.127 0.167 0.194 0.183 0.057 119 C 0.099 0.132 0.135 0.179 0.199 0.190 0.064 120 G 0.143 0.188 0.195 0.193 0.149 0.097 0.033 121 S 0.113 0.181 0.196 0.192 0.165 0.108 0.045 122 V 0.046 0.075 0.087 0.160 0.247 0.274 0.112 123 L 0.029 0.070 0.125 0.220 0.267 0.238 0.051 124 N 0.061 0.196 0.249 0.239 0.149 0.090 0.017 125 I 0.020 0.044 0.093 0.204 0.338 0.248 0.053 126 A 0.021 0.049 0.070 0.153 0.317 0.332 0.057 127 S 0.081 0.191 0.280 0.260 0.130 0.053 0.006 128 A 0.226 0.302 0.228 0.160 0.061 0.021 0.002 129 D 0.152 0.206 0.232 0.230 0.129 0.048 0.003 130 L 0.137 0.130 0.217 0.253 0.192 0.067 0.004 131 P 0.487 0.305 0.134 0.055 0.015 0.004 0.001 132 N 0.549 0.264 0.114 0.051 0.017 0.004 0.001 133 T 0.483 0.271 0.132 0.075 0.031 0.008 0.001 134 G 0.308 0.316 0.185 0.115 0.056 0.018 0.002 135 R 0.159 0.242 0.232 0.211 0.111 0.041 0.005 136 P 0.073 0.212 0.270 0.243 0.136 0.059 0.007 137 F 0.023 0.045 0.083 0.186 0.324 0.298 0.041 138 Q 0.024 0.116 0.225 0.313 0.196 0.113 0.014 139 C 0.016 0.033 0.055 0.145 0.269 0.388 0.094 140 I 0.028 0.086 0.170 0.299 0.244 0.155 0.018 141 P 0.118 0.242 0.219 0.193 0.151 0.071 0.007 142 G 0.104 0.248 0.277 0.212 0.115 0.041 0.005 143 Y 0.041 0.081 0.162 0.277 0.301 0.127 0.012 144 R 0.093 0.175 0.260 0.232 0.167 0.066 0.006 145 A 0.313 0.343 0.177 0.104 0.048 0.013 0.001 146 E 0.505 0.360 0.088 0.034 0.011 0.002 0.001 147 E 0.108 0.232 0.276 0.250 0.106 0.025 0.002 148 A 0.036 0.056 0.101 0.194 0.356 0.235 0.022 149 V 0.056 0.187 0.350 0.283 0.100 0.023 0.001 150 E 0.222 0.412 0.242 0.096 0.023 0.005 0.001 151 M 0.027 0.058 0.140 0.315 0.300 0.148 0.012 152 L 0.044 0.065 0.124 0.256 0.333 0.165 0.012 153 K 0.330 0.415 0.173 0.059 0.018 0.004 0.001 154 T 0.390 0.419 0.123 0.052 0.014 0.003 0.001 155 F 0.087 0.117 0.176 0.287 0.222 0.103 0.008 156 Y 0.131 0.122 0.225 0.289 0.176 0.053 0.004 157 K 0.665 0.257 0.057 0.015 0.005 0.001 0.001