# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2293 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.128 0.073 0.086 0.123 0.150 0.135 0.104 0.085 0.055 0.036 0.016 0.006 0.002 0.001 2 Q 0.282 0.180 0.160 0.150 0.097 0.060 0.035 0.018 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 3 S 0.353 0.169 0.140 0.125 0.101 0.052 0.027 0.013 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 4 M 0.201 0.133 0.139 0.181 0.146 0.095 0.056 0.027 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 5 E 0.675 0.204 0.074 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.329 0.211 0.189 0.124 0.082 0.039 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 T 0.158 0.096 0.102 0.155 0.199 0.145 0.070 0.037 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 8 E 0.311 0.276 0.175 0.128 0.067 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.514 0.303 0.115 0.041 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 W 0.015 0.023 0.050 0.117 0.212 0.237 0.188 0.117 0.032 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 11 M 0.005 0.011 0.036 0.082 0.152 0.203 0.284 0.161 0.047 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 12 E 0.436 0.377 0.131 0.032 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.075 0.242 0.275 0.190 0.119 0.057 0.028 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.006 0.026 0.084 0.198 0.335 0.266 0.071 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 15 M 0.008 0.041 0.120 0.256 0.267 0.167 0.089 0.029 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 16 H 0.605 0.294 0.082 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 M 0.007 0.031 0.078 0.221 0.276 0.187 0.118 0.071 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.002 0.004 0.016 0.064 0.126 0.197 0.334 0.173 0.068 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.273 0.338 0.206 0.099 0.051 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.433 0.300 0.175 0.057 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.030 0.025 0.057 0.134 0.260 0.240 0.143 0.081 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.055 0.084 0.150 0.231 0.256 0.113 0.067 0.028 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.622 0.186 0.084 0.058 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.220 0.187 0.195 0.190 0.115 0.054 0.022 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.167 0.151 0.158 0.174 0.146 0.101 0.049 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 26 E 0.079 0.144 0.133 0.180 0.186 0.131 0.069 0.037 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 27 V 0.013 0.026 0.044 0.096 0.123 0.150 0.178 0.144 0.093 0.059 0.049 0.013 0.008 0.004 28 P 0.002 0.006 0.012 0.025 0.045 0.092 0.142 0.161 0.168 0.127 0.120 0.051 0.029 0.020 29 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.017 0.042 0.107 0.148 0.167 0.216 0.150 0.084 0.056 30 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.046 0.088 0.157 0.215 0.196 0.162 0.116 31 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.046 0.116 0.182 0.256 0.177 0.196 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.045 0.074 0.150 0.212 0.162 0.167 0.176 33 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.019 0.046 0.084 0.137 0.167 0.216 0.145 0.171 34 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.015 0.033 0.074 0.185 0.164 0.173 0.158 0.100 0.059 0.028 35 Y 0.003 0.014 0.024 0.071 0.112 0.172 0.167 0.160 0.128 0.065 0.047 0.021 0.009 0.007 36 N 0.016 0.058 0.075 0.141 0.204 0.157 0.117 0.095 0.076 0.031 0.019 0.007 0.002 0.002 37 N 0.058 0.192 0.176 0.159 0.140 0.096 0.070 0.052 0.031 0.013 0.010 0.002 0.001 0.001 38 E 0.098 0.160 0.155 0.136 0.138 0.126 0.076 0.043 0.041 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 39 V 0.020 0.019 0.045 0.071 0.156 0.172 0.156 0.120 0.100 0.065 0.043 0.016 0.011 0.006 40 V 0.023 0.020 0.030 0.058 0.105 0.112 0.136 0.135 0.116 0.095 0.073 0.052 0.029 0.016 41 G 0.017 0.010 0.012 0.023 0.029 0.048 0.078 0.124 0.141 0.167 0.152 0.110 0.063 0.024 42 K 0.016 0.016 0.022 0.041 0.056 0.069 0.101 0.142 0.151 0.128 0.113 0.087 0.037 0.021 43 G 0.013 0.009 0.011 0.021 0.033 0.057 0.072 0.107 0.144 0.175 0.174 0.117 0.047 0.020 44 R 0.020 0.027 0.039 0.068 0.093 0.115 0.136 0.138 0.137 0.097 0.070 0.036 0.014 0.009 45 N 0.037 0.042 0.056 0.086 0.113 0.128 0.118 0.120 0.113 0.090 0.056 0.026 0.009 0.005 46 E 0.077 0.088 0.110 0.122 0.138 0.128 0.107 0.100 0.065 0.034 0.018 0.007 0.003 0.002 47 V 0.105 0.098 0.109 0.140 0.160 0.123 0.089 0.073 0.050 0.033 0.013 0.005 0.002 0.001 48 N 0.217 0.146 0.156 0.144 0.125 0.079 0.052 0.037 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 49 Q 0.321 0.166 0.150 0.125 0.096 0.059 0.033 0.022 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 50 T 0.302 0.152 0.122 0.123 0.111 0.074 0.047 0.032 0.020 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 51 K 0.274 0.190 0.144 0.135 0.104 0.062 0.039 0.025 0.013 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 52 N 0.305 0.179 0.149 0.107 0.087 0.068 0.046 0.027 0.016 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 53 A 0.083 0.061 0.081 0.113 0.163 0.156 0.121 0.089 0.058 0.037 0.022 0.010 0.005 0.002 54 T 0.045 0.044 0.049 0.094 0.130 0.145 0.158 0.122 0.083 0.057 0.038 0.021 0.010 0.004 55 R 0.060 0.049 0.062 0.096 0.100 0.129 0.139 0.110 0.092 0.067 0.051 0.025 0.012 0.007 56 H 0.048 0.035 0.047 0.069 0.096 0.140 0.137 0.123 0.108 0.072 0.058 0.038 0.017 0.011 57 A 0.024 0.014 0.020 0.031 0.047 0.096 0.126 0.156 0.167 0.116 0.089 0.066 0.038 0.010 58 E 0.011 0.020 0.034 0.086 0.128 0.146 0.181 0.173 0.116 0.060 0.026 0.012 0.005 0.003 59 M 0.022 0.043 0.061 0.085 0.124 0.166 0.147 0.135 0.098 0.056 0.037 0.016 0.007 0.003 60 V 0.045 0.064 0.094 0.138 0.166 0.161 0.137 0.110 0.047 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 61 A 0.005 0.009 0.022 0.058 0.109 0.152 0.258 0.238 0.091 0.039 0.010 0.005 0.002 0.001 62 I 0.004 0.006 0.020 0.036 0.087 0.202 0.257 0.210 0.121 0.042 0.010 0.003 0.002 0.001 63 D 0.107 0.214 0.224 0.183 0.165 0.059 0.026 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.079 0.179 0.187 0.216 0.163 0.086 0.048 0.029 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 65 V 0.004 0.005 0.013 0.059 0.115 0.207 0.267 0.231 0.080 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 66 L 0.013 0.040 0.097 0.260 0.222 0.156 0.120 0.049 0.030 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 67 D 0.607 0.266 0.094 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 W 0.057 0.096 0.167 0.232 0.221 0.122 0.068 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 C 0.063 0.045 0.090 0.121 0.177 0.189 0.198 0.082 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 70 R 0.373 0.209 0.164 0.106 0.080 0.039 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Q 0.687 0.135 0.074 0.052 0.026 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 S 0.500 0.195 0.133 0.080 0.051 0.024 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 G 0.536 0.189 0.114 0.067 0.042 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.587 0.177 0.101 0.056 0.038 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 S 0.368 0.169 0.145 0.105 0.089 0.056 0.036 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 76 P 0.241 0.146 0.137 0.130 0.131 0.092 0.059 0.034 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 77 S 0.245 0.164 0.168 0.134 0.114 0.073 0.046 0.027 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 78 E 0.241 0.144 0.133 0.151 0.121 0.083 0.050 0.037 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 79 V 0.109 0.113 0.124 0.167 0.155 0.122 0.086 0.063 0.032 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 80 F 0.030 0.031 0.048 0.094 0.138 0.192 0.161 0.147 0.074 0.050 0.020 0.010 0.004 0.001 81 E 0.109 0.129 0.139 0.171 0.137 0.108 0.089 0.056 0.027 0.015 0.012 0.005 0.002 0.001 82 H 0.068 0.074 0.103 0.128 0.152 0.149 0.114 0.073 0.060 0.033 0.024 0.011 0.005 0.003 83 T 0.019 0.015 0.026 0.048 0.081 0.131 0.147 0.158 0.147 0.097 0.064 0.038 0.022 0.007 84 V 0.023 0.024 0.033 0.069 0.101 0.126 0.153 0.166 0.118 0.083 0.050 0.029 0.015 0.009 85 L 0.020 0.009 0.013 0.022 0.036 0.064 0.077 0.100 0.149 0.151 0.152 0.117 0.061 0.029 86 Y 0.032 0.016 0.022 0.039 0.060 0.077 0.109 0.113 0.153 0.129 0.095 0.082 0.044 0.030 87 V 0.027 0.012 0.015 0.025 0.034 0.059 0.084 0.117 0.143 0.155 0.148 0.096 0.053 0.030 88 T 0.041 0.023 0.027 0.051 0.077 0.105 0.119 0.128 0.129 0.107 0.087 0.058 0.030 0.019 89 V 0.067 0.039 0.037 0.060 0.076 0.105 0.127 0.110 0.120 0.096 0.080 0.049 0.022 0.013 90 E 0.072 0.064 0.073 0.111 0.130 0.147 0.142 0.104 0.076 0.042 0.021 0.011 0.004 0.003 91 P 0.054 0.052 0.062 0.089 0.125 0.157 0.143 0.121 0.096 0.050 0.031 0.012 0.005 0.002 92 C 0.051 0.045 0.068 0.100 0.154 0.178 0.158 0.115 0.074 0.033 0.015 0.006 0.003 0.001 93 I 0.160 0.135 0.136 0.132 0.137 0.108 0.079 0.052 0.032 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 94 M 0.085 0.097 0.127 0.155 0.176 0.137 0.100 0.074 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 95 C 0.029 0.021 0.036 0.075 0.113 0.153 0.227 0.212 0.087 0.033 0.010 0.003 0.001 0.001 96 A 0.066 0.076 0.129 0.158 0.189 0.169 0.114 0.052 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 97 A 0.283 0.238 0.183 0.112 0.096 0.039 0.021 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.033 0.033 0.060 0.147 0.160 0.178 0.192 0.144 0.031 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 99 L 0.027 0.026 0.049 0.106 0.184 0.203 0.165 0.105 0.089 0.038 0.006 0.002 0.001 0.001 100 R 0.168 0.147 0.148 0.194 0.157 0.085 0.049 0.027 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 101 L 0.128 0.109 0.122 0.180 0.160 0.127 0.085 0.042 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 102 M 0.036 0.033 0.071 0.137 0.175 0.209 0.154 0.083 0.055 0.029 0.011 0.004 0.002 0.001 103 K 0.109 0.130 0.153 0.175 0.163 0.106 0.076 0.045 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 104 I 0.039 0.041 0.060 0.110 0.153 0.178 0.138 0.110 0.069 0.054 0.028 0.011 0.006 0.002 105 P 0.038 0.050 0.070 0.121 0.135 0.139 0.149 0.088 0.091 0.051 0.037 0.016 0.008 0.006 106 L 0.008 0.010 0.023 0.043 0.079 0.098 0.138 0.139 0.162 0.130 0.082 0.046 0.022 0.021 107 V 0.002 0.002 0.003 0.006 0.015 0.030 0.051 0.121 0.142 0.155 0.186 0.124 0.113 0.049 108 V 0.002 0.001 0.002 0.005 0.008 0.016 0.034 0.056 0.091 0.142 0.191 0.189 0.146 0.116 109 Y 0.002 0.001 0.002 0.005 0.009 0.017 0.036 0.078 0.122 0.184 0.195 0.174 0.103 0.073 110 G 0.003 0.002 0.003 0.007 0.014 0.027 0.053 0.106 0.157 0.156 0.190 0.146 0.090 0.045 111 C 0.005 0.010 0.015 0.042 0.058 0.102 0.138 0.177 0.142 0.121 0.106 0.046 0.025 0.014 112 Q 0.034 0.058 0.070 0.108 0.148 0.143 0.122 0.089 0.102 0.055 0.042 0.019 0.005 0.005 113 N 0.064 0.091 0.115 0.138 0.152 0.138 0.101 0.076 0.066 0.032 0.017 0.005 0.002 0.001 114 E 0.209 0.197 0.159 0.127 0.106 0.078 0.049 0.038 0.021 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 115 R 0.206 0.187 0.181 0.129 0.121 0.072 0.043 0.029 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 116 F 0.133 0.085 0.101 0.122 0.156 0.131 0.101 0.078 0.043 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 117 G 0.205 0.144 0.118 0.128 0.121 0.095 0.073 0.052 0.029 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 118 G 0.110 0.076 0.082 0.114 0.139 0.137 0.108 0.083 0.063 0.042 0.025 0.013 0.005 0.002 119 C 0.081 0.063 0.076 0.112 0.133 0.149 0.132 0.086 0.068 0.045 0.030 0.015 0.006 0.003 120 G 0.171 0.124 0.130 0.126 0.115 0.103 0.082 0.051 0.040 0.023 0.020 0.009 0.003 0.002 121 S 0.118 0.093 0.113 0.130 0.132 0.129 0.098 0.071 0.050 0.030 0.021 0.010 0.004 0.002 122 V 0.049 0.045 0.057 0.096 0.138 0.149 0.144 0.119 0.103 0.052 0.028 0.012 0.004 0.002 123 L 0.058 0.075 0.102 0.138 0.146 0.153 0.120 0.088 0.051 0.035 0.021 0.008 0.003 0.001 124 N 0.336 0.208 0.159 0.104 0.079 0.044 0.029 0.019 0.011 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 125 I 0.072 0.069 0.098 0.149 0.172 0.143 0.121 0.092 0.044 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 126 A 0.044 0.040 0.062 0.106 0.153 0.192 0.177 0.113 0.063 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 127 S 0.256 0.211 0.178 0.147 0.095 0.048 0.032 0.017 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 128 A 0.518 0.192 0.123 0.072 0.042 0.026 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 129 D 0.331 0.194 0.151 0.123 0.104 0.051 0.023 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 130 L 0.194 0.125 0.129 0.172 0.165 0.100 0.056 0.034 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 131 P 0.536 0.197 0.117 0.074 0.040 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 N 0.506 0.172 0.142 0.076 0.050 0.026 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 T 0.377 0.164 0.136 0.113 0.096 0.055 0.030 0.014 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 134 G 0.325 0.182 0.155 0.105 0.094 0.055 0.038 0.023 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 135 R 0.122 0.067 0.075 0.119 0.152 0.141 0.102 0.096 0.050 0.045 0.019 0.008 0.003 0.001 136 P 0.093 0.087 0.094 0.137 0.154 0.116 0.096 0.085 0.058 0.038 0.022 0.014 0.004 0.002 137 F 0.040 0.023 0.030 0.055 0.072 0.111 0.114 0.153 0.124 0.138 0.072 0.043 0.018 0.006 138 Q 0.053 0.062 0.073 0.117 0.127 0.125 0.115 0.117 0.087 0.053 0.037 0.022 0.008 0.005 139 C 0.026 0.018 0.026 0.043 0.062 0.108 0.122 0.136 0.125 0.127 0.114 0.061 0.023 0.009 140 I 0.040 0.046 0.069 0.099 0.132 0.164 0.143 0.108 0.083 0.051 0.037 0.018 0.008 0.004 141 P 0.102 0.087 0.102 0.137 0.155 0.124 0.096 0.072 0.048 0.035 0.024 0.011 0.005 0.003 142 G 0.157 0.114 0.121 0.139 0.142 0.107 0.089 0.060 0.040 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 143 Y 0.128 0.110 0.117 0.168 0.155 0.122 0.084 0.053 0.034 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 144 R 0.179 0.156 0.173 0.161 0.123 0.090 0.059 0.027 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 145 A 0.243 0.177 0.193 0.138 0.110 0.071 0.033 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 146 E 0.671 0.224 0.063 0.023 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.154 0.236 0.192 0.201 0.131 0.050 0.020 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.013 0.012 0.022 0.087 0.177 0.244 0.188 0.130 0.105 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 149 V 0.164 0.222 0.239 0.221 0.095 0.034 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 E 0.740 0.208 0.046 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 M 0.024 0.038 0.077 0.171 0.291 0.207 0.110 0.064 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.019 0.030 0.068 0.147 0.234 0.180 0.190 0.085 0.035 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 153 K 0.543 0.263 0.103 0.048 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 T 0.369 0.252 0.181 0.105 0.051 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 F 0.059 0.039 0.077 0.131 0.216 0.205 0.140 0.078 0.036 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 156 Y 0.112 0.105 0.134 0.159 0.187 0.147 0.090 0.038 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 157 K 0.548 0.180 0.107 0.069 0.042 0.025 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001