# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2123 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.003 0.019 0.634 0.004 0.039 0.021 0.001 0.001 0.020 0.150 0.042 0.028 0.038 2 Q 0.001 0.018 0.666 0.003 0.033 0.021 0.001 0.001 0.017 0.120 0.060 0.020 0.039 3 S 0.001 0.023 0.679 0.002 0.041 0.032 0.001 0.001 0.010 0.122 0.056 0.009 0.024 4 M 0.001 0.012 0.664 0.002 0.047 0.076 0.001 0.001 0.005 0.125 0.050 0.008 0.011 5 E 0.001 0.006 0.346 0.001 0.145 0.226 0.001 0.001 0.004 0.144 0.114 0.004 0.009 6 E 0.001 0.006 0.108 0.001 0.104 0.526 0.001 0.001 0.002 0.063 0.185 0.001 0.004 7 T 0.001 0.003 0.104 0.001 0.045 0.782 0.001 0.001 0.001 0.038 0.023 0.001 0.002 8 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 9 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 10 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 17 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.014 0.855 0.001 0.001 0.001 0.008 0.108 0.001 0.001 22 L 0.001 0.003 0.077 0.001 0.045 0.567 0.001 0.001 0.002 0.023 0.277 0.001 0.004 23 E 0.001 0.005 0.222 0.001 0.051 0.254 0.001 0.001 0.006 0.075 0.374 0.006 0.006 24 N 0.001 0.008 0.158 0.002 0.046 0.075 0.001 0.001 0.005 0.112 0.580 0.003 0.009 25 T 0.001 0.008 0.285 0.002 0.019 0.012 0.001 0.001 0.006 0.243 0.400 0.018 0.007 26 E 0.001 0.014 0.543 0.004 0.012 0.003 0.001 0.001 0.012 0.229 0.145 0.008 0.031 27 V 0.002 0.012 0.522 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.022 0.245 0.039 0.115 0.029 28 P 0.012 0.008 0.441 0.041 0.006 0.001 0.002 0.002 0.040 0.108 0.036 0.039 0.265 29 V 0.084 0.005 0.176 0.093 0.006 0.001 0.012 0.006 0.054 0.044 0.031 0.344 0.144 30 G 0.440 0.001 0.029 0.016 0.001 0.001 0.040 0.011 0.040 0.002 0.003 0.035 0.382 31 C 0.731 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.067 0.007 0.012 0.001 0.001 0.136 0.038 32 L 0.734 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.115 0.004 0.004 0.001 0.001 0.044 0.094 33 M 0.752 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.053 0.004 0.005 0.001 0.001 0.103 0.075 34 V 0.537 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.017 0.004 0.008 0.001 0.001 0.093 0.326 35 Y 0.232 0.002 0.043 0.066 0.002 0.001 0.009 0.001 0.007 0.042 0.088 0.279 0.228 36 N 0.007 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.888 0.010 0.011 37 N 0.015 0.003 0.038 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.304 0.594 0.014 0.024 38 E 0.064 0.030 0.149 0.007 0.004 0.003 0.007 0.001 0.005 0.125 0.022 0.490 0.091 39 V 0.265 0.018 0.020 0.004 0.002 0.005 0.071 0.003 0.007 0.005 0.003 0.068 0.528 40 V 0.530 0.010 0.015 0.102 0.002 0.007 0.030 0.013 0.012 0.003 0.003 0.178 0.095 41 G 0.304 0.005 0.034 0.039 0.007 0.015 0.046 0.007 0.008 0.014 0.009 0.324 0.189 42 K 0.405 0.006 0.055 0.025 0.011 0.018 0.042 0.013 0.020 0.020 0.026 0.057 0.303 43 G 0.177 0.012 0.129 0.052 0.035 0.041 0.018 0.010 0.024 0.080 0.054 0.320 0.049 44 R 0.137 0.019 0.208 0.027 0.045 0.039 0.008 0.007 0.030 0.092 0.150 0.042 0.196 45 N 0.029 0.018 0.362 0.018 0.063 0.049 0.004 0.002 0.013 0.192 0.114 0.082 0.054 46 E 0.020 0.019 0.332 0.013 0.066 0.069 0.003 0.002 0.017 0.162 0.197 0.022 0.078 47 V 0.013 0.032 0.337 0.011 0.078 0.080 0.003 0.002 0.021 0.185 0.132 0.042 0.064 48 N 0.007 0.022 0.403 0.008 0.071 0.072 0.002 0.001 0.014 0.178 0.157 0.024 0.043 49 Q 0.003 0.025 0.313 0.007 0.080 0.072 0.001 0.001 0.012 0.180 0.248 0.021 0.038 50 T 0.002 0.021 0.346 0.004 0.063 0.064 0.001 0.001 0.011 0.198 0.240 0.021 0.030 51 K 0.001 0.031 0.325 0.005 0.075 0.082 0.001 0.001 0.009 0.213 0.224 0.012 0.023 52 N 0.001 0.017 0.495 0.003 0.060 0.086 0.001 0.001 0.005 0.215 0.086 0.018 0.014 53 A 0.001 0.017 0.206 0.006 0.084 0.370 0.001 0.001 0.003 0.111 0.185 0.003 0.014 54 T 0.001 0.014 0.167 0.008 0.034 0.465 0.001 0.001 0.003 0.127 0.167 0.009 0.005 55 R 0.002 0.007 0.125 0.004 0.017 0.714 0.001 0.001 0.003 0.052 0.059 0.002 0.014 56 H 0.002 0.002 0.033 0.001 0.005 0.926 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 0.004 0.004 57 A 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 58 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 59 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 62 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 67 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.818 0.001 0.001 0.001 0.003 0.165 0.001 0.001 68 W 0.001 0.001 0.013 0.001 0.019 0.804 0.001 0.001 0.001 0.010 0.153 0.001 0.001 69 C 0.001 0.001 0.046 0.001 0.045 0.790 0.001 0.001 0.001 0.023 0.093 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.047 0.001 0.100 0.680 0.001 0.001 0.003 0.043 0.124 0.001 0.001 71 Q 0.001 0.003 0.045 0.001 0.168 0.561 0.001 0.001 0.005 0.028 0.187 0.001 0.002 72 S 0.001 0.008 0.148 0.002 0.149 0.287 0.001 0.001 0.007 0.091 0.301 0.003 0.004 73 G 0.001 0.008 0.195 0.001 0.068 0.103 0.001 0.001 0.008 0.158 0.450 0.004 0.004 74 K 0.001 0.034 0.477 0.001 0.043 0.061 0.001 0.001 0.012 0.160 0.196 0.004 0.010 75 S 0.001 0.022 0.682 0.001 0.009 0.020 0.001 0.001 0.006 0.197 0.046 0.010 0.006 76 P 0.001 0.014 0.408 0.003 0.042 0.061 0.001 0.001 0.008 0.189 0.260 0.003 0.011 77 S 0.001 0.020 0.254 0.005 0.110 0.106 0.001 0.001 0.009 0.214 0.263 0.008 0.010 78 E 0.003 0.033 0.347 0.005 0.175 0.143 0.001 0.001 0.012 0.135 0.074 0.020 0.051 79 V 0.006 0.064 0.310 0.010 0.197 0.107 0.003 0.003 0.036 0.057 0.054 0.027 0.127 80 F 0.010 0.023 0.352 0.036 0.136 0.054 0.003 0.003 0.040 0.068 0.105 0.074 0.095 81 E 0.010 0.005 0.133 0.099 0.049 0.016 0.002 0.002 0.028 0.129 0.446 0.038 0.044 82 H 0.018 0.004 0.118 0.069 0.018 0.004 0.002 0.002 0.019 0.250 0.436 0.027 0.033 83 T 0.117 0.005 0.355 0.038 0.004 0.002 0.029 0.019 0.089 0.099 0.024 0.088 0.130 84 V 0.389 0.003 0.038 0.007 0.001 0.001 0.088 0.121 0.207 0.005 0.001 0.043 0.096 85 L 0.325 0.001 0.008 0.012 0.001 0.001 0.257 0.176 0.102 0.001 0.001 0.079 0.037 86 Y 0.280 0.001 0.012 0.018 0.001 0.001 0.283 0.181 0.110 0.002 0.001 0.035 0.076 87 V 0.287 0.001 0.025 0.014 0.001 0.001 0.095 0.118 0.333 0.006 0.001 0.066 0.054 88 T 0.060 0.004 0.214 0.010 0.003 0.002 0.062 0.028 0.287 0.031 0.012 0.068 0.221 89 V 0.024 0.012 0.350 0.038 0.024 0.011 0.022 0.004 0.096 0.143 0.104 0.054 0.117 90 E 0.007 0.011 0.432 0.008 0.018 0.010 0.002 0.001 0.033 0.284 0.056 0.107 0.032 91 P 0.002 0.019 0.595 0.001 0.020 0.025 0.001 0.001 0.012 0.206 0.035 0.006 0.078 92 C 0.001 0.006 0.762 0.001 0.015 0.095 0.001 0.001 0.003 0.085 0.014 0.008 0.009 93 I 0.001 0.001 0.057 0.001 0.065 0.812 0.001 0.001 0.001 0.034 0.027 0.001 0.002 94 M 0.001 0.001 0.011 0.001 0.048 0.914 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 95 C 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 98 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 101 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.002 102 M 0.001 0.002 0.021 0.005 0.036 0.471 0.001 0.001 0.002 0.025 0.427 0.005 0.004 103 K 0.001 0.003 0.136 0.004 0.010 0.026 0.001 0.001 0.009 0.065 0.741 0.003 0.004 104 I 0.001 0.002 0.832 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 0.111 0.019 0.004 0.005 105 P 0.001 0.002 0.411 0.045 0.005 0.001 0.002 0.005 0.135 0.345 0.037 0.006 0.006 106 L 0.001 0.001 0.039 0.010 0.004 0.001 0.020 0.268 0.606 0.031 0.011 0.004 0.005 107 V 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.793 0.189 0.001 0.001 0.001 0.001 108 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.804 0.155 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Y 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.048 0.672 0.272 0.001 0.001 0.001 0.002 110 G 0.007 0.001 0.047 0.017 0.001 0.001 0.080 0.274 0.540 0.009 0.002 0.012 0.010 111 C 0.012 0.007 0.238 0.011 0.005 0.002 0.025 0.055 0.476 0.077 0.019 0.016 0.058 112 Q 0.009 0.030 0.401 0.007 0.018 0.011 0.010 0.013 0.132 0.228 0.050 0.038 0.053 113 N 0.002 0.012 0.697 0.003 0.028 0.008 0.001 0.001 0.014 0.134 0.045 0.018 0.035 114 E 0.001 0.005 0.102 0.007 0.201 0.059 0.001 0.001 0.003 0.114 0.494 0.003 0.010 115 R 0.002 0.008 0.075 0.003 0.103 0.038 0.001 0.001 0.002 0.216 0.541 0.007 0.004 116 F 0.003 0.019 0.184 0.002 0.173 0.059 0.001 0.001 0.002 0.322 0.216 0.004 0.017 117 G 0.003 0.034 0.268 0.004 0.057 0.084 0.001 0.001 0.004 0.212 0.302 0.019 0.012 118 G 0.008 0.058 0.271 0.004 0.062 0.131 0.002 0.002 0.008 0.170 0.234 0.016 0.034 119 C 0.010 0.037 0.218 0.011 0.044 0.173 0.001 0.001 0.006 0.167 0.290 0.015 0.027 120 G 0.009 0.019 0.177 0.010 0.034 0.198 0.001 0.001 0.006 0.234 0.271 0.026 0.015 121 S 0.013 0.022 0.277 0.005 0.046 0.316 0.002 0.001 0.010 0.140 0.097 0.013 0.056 122 V 0.019 0.030 0.130 0.008 0.064 0.537 0.004 0.003 0.012 0.061 0.054 0.025 0.054 123 L 0.013 0.017 0.064 0.011 0.070 0.648 0.003 0.002 0.010 0.032 0.067 0.020 0.041 124 N 0.009 0.005 0.055 0.006 0.108 0.685 0.001 0.001 0.006 0.032 0.059 0.017 0.017 125 I 0.011 0.008 0.041 0.005 0.111 0.674 0.001 0.001 0.005 0.021 0.082 0.006 0.034 126 A 0.006 0.006 0.079 0.007 0.074 0.601 0.001 0.001 0.006 0.039 0.148 0.013 0.018 127 S 0.004 0.007 0.110 0.005 0.115 0.440 0.001 0.001 0.005 0.061 0.228 0.008 0.016 128 A 0.002 0.009 0.224 0.003 0.101 0.296 0.001 0.001 0.005 0.129 0.196 0.014 0.018 129 D 0.002 0.019 0.238 0.004 0.068 0.244 0.001 0.001 0.006 0.135 0.245 0.008 0.030 130 L 0.003 0.037 0.353 0.003 0.119 0.114 0.001 0.001 0.007 0.211 0.114 0.022 0.016 131 P 0.001 0.014 0.415 0.003 0.104 0.092 0.001 0.001 0.005 0.133 0.203 0.007 0.021 132 N 0.001 0.024 0.255 0.004 0.198 0.061 0.001 0.001 0.005 0.102 0.326 0.008 0.014 133 T 0.001 0.020 0.314 0.006 0.114 0.035 0.001 0.001 0.009 0.170 0.306 0.009 0.014 134 G 0.001 0.011 0.406 0.006 0.032 0.008 0.001 0.001 0.015 0.253 0.247 0.008 0.012 135 R 0.001 0.015 0.534 0.010 0.017 0.003 0.001 0.001 0.027 0.315 0.054 0.014 0.009 136 P 0.002 0.016 0.580 0.020 0.010 0.004 0.005 0.003 0.064 0.210 0.038 0.015 0.033 137 F 0.019 0.021 0.279 0.029 0.013 0.004 0.040 0.075 0.353 0.064 0.014 0.030 0.059 138 Q 0.032 0.007 0.069 0.006 0.003 0.003 0.059 0.258 0.468 0.015 0.003 0.055 0.023 139 C 0.018 0.010 0.072 0.003 0.002 0.002 0.071 0.333 0.400 0.007 0.002 0.008 0.072 140 I 0.009 0.007 0.411 0.021 0.009 0.010 0.032 0.074 0.280 0.055 0.013 0.065 0.015 141 P 0.002 0.009 0.269 0.014 0.057 0.028 0.007 0.009 0.139 0.207 0.211 0.006 0.041 142 G 0.001 0.010 0.251 0.005 0.046 0.049 0.001 0.001 0.034 0.299 0.282 0.011 0.009 143 Y 0.002 0.042 0.485 0.002 0.038 0.086 0.001 0.001 0.027 0.239 0.048 0.010 0.020 144 R 0.001 0.014 0.660 0.001 0.018 0.142 0.001 0.001 0.008 0.106 0.021 0.005 0.025 145 A 0.001 0.001 0.027 0.001 0.026 0.919 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 147 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 148 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 149 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 151 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 153 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 154 T 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 0.847 0.001 0.001 0.001 0.005 0.121 0.001 0.001 155 F 0.001 0.003 0.056 0.001 0.023 0.676 0.001 0.001 0.002 0.033 0.202 0.001 0.003 156 Y 0.001 0.011 0.272 0.001 0.027 0.409 0.001 0.001 0.010 0.084 0.176 0.003 0.007 157 K 0.001 0.006 0.534 0.001 0.030 0.180 0.001 0.001 0.012 0.138 0.081 0.008 0.008