# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2123 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.072 0.032 0.002 0.017 0.025 0.027 0.079 0.005 0.001 0.046 0.694 2 Q 0.056 0.040 0.002 0.017 0.026 0.026 0.096 0.004 0.001 0.041 0.691 3 S 0.045 0.040 0.001 0.009 0.014 0.022 0.100 0.004 0.001 0.083 0.680 4 M 0.071 0.167 0.002 0.012 0.015 0.012 0.102 0.005 0.001 0.069 0.543 5 E 0.071 0.525 0.002 0.009 0.007 0.008 0.043 0.004 0.001 0.036 0.295 6 E 0.023 0.625 0.001 0.003 0.003 0.004 0.023 0.004 0.001 0.036 0.277 7 T 0.013 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.022 0.041 8 E 0.011 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 0.019 9 K 0.009 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.036 0.025 10 W 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 11 M 0.008 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 0.017 12 E 0.012 0.820 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.113 0.039 13 E 0.003 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 14 A 0.004 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 15 M 0.007 0.959 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.012 0.012 16 H 0.010 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 0.014 17 M 0.019 0.832 0.021 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.008 0.068 0.039 18 A 0.094 0.697 0.034 0.002 0.001 0.001 0.016 0.012 0.029 0.058 0.057 19 K 0.220 0.351 0.018 0.005 0.001 0.002 0.029 0.012 0.014 0.064 0.285 20 E 0.074 0.077 0.012 0.012 0.003 0.003 0.074 0.010 0.008 0.151 0.576 21 A 0.099 0.021 0.016 0.021 0.004 0.007 0.097 0.010 0.014 0.164 0.546 22 L 0.144 0.005 0.006 0.014 0.003 0.004 0.099 0.007 0.005 0.047 0.665 23 E 0.053 0.003 0.001 0.010 0.003 0.004 0.072 0.003 0.001 0.014 0.836 24 N 0.036 0.001 0.001 0.012 0.005 0.007 0.100 0.002 0.001 0.023 0.813 25 T 0.027 0.003 0.001 0.035 0.014 0.024 0.180 0.001 0.001 0.042 0.672 26 E 0.009 0.001 0.001 0.031 0.014 0.022 0.139 0.001 0.001 0.032 0.751 27 V 0.018 0.003 0.001 0.054 0.034 0.054 0.178 0.001 0.001 0.045 0.611 28 P 0.010 0.002 0.001 0.095 0.046 0.110 0.131 0.001 0.001 0.046 0.560 29 V 0.003 0.001 0.001 0.210 0.117 0.197 0.096 0.001 0.001 0.079 0.296 30 G 0.001 0.001 0.001 0.252 0.093 0.439 0.033 0.001 0.001 0.061 0.120 31 C 0.001 0.001 0.001 0.427 0.188 0.185 0.028 0.001 0.001 0.048 0.123 32 L 0.001 0.001 0.001 0.427 0.196 0.281 0.013 0.001 0.001 0.038 0.044 33 M 0.001 0.001 0.001 0.267 0.204 0.267 0.090 0.001 0.001 0.073 0.097 34 V 0.038 0.001 0.001 0.161 0.153 0.310 0.039 0.001 0.001 0.081 0.214 35 Y 0.398 0.003 0.001 0.053 0.038 0.037 0.065 0.001 0.001 0.028 0.377 36 N 0.008 0.002 0.001 0.018 0.015 0.040 0.086 0.001 0.001 0.016 0.815 37 N 0.001 0.001 0.001 0.024 0.046 0.096 0.238 0.001 0.001 0.034 0.559 38 E 0.002 0.002 0.001 0.136 0.138 0.543 0.044 0.001 0.001 0.044 0.092 39 V 0.002 0.002 0.001 0.053 0.361 0.264 0.056 0.001 0.001 0.027 0.234 40 V 0.013 0.017 0.001 0.158 0.350 0.264 0.037 0.001 0.001 0.036 0.124 41 G 0.027 0.022 0.001 0.195 0.162 0.357 0.033 0.001 0.001 0.063 0.139 42 K 0.026 0.045 0.002 0.106 0.157 0.218 0.075 0.002 0.001 0.065 0.304 43 G 0.087 0.063 0.003 0.044 0.093 0.202 0.082 0.008 0.001 0.070 0.348 44 R 0.091 0.069 0.002 0.044 0.080 0.087 0.113 0.007 0.001 0.097 0.410 45 N 0.048 0.077 0.003 0.060 0.074 0.093 0.104 0.005 0.001 0.120 0.416 46 E 0.050 0.042 0.003 0.043 0.068 0.083 0.087 0.006 0.001 0.123 0.494 47 V 0.069 0.023 0.005 0.039 0.048 0.047 0.114 0.007 0.002 0.155 0.491 48 N 0.101 0.021 0.003 0.024 0.033 0.042 0.097 0.006 0.002 0.069 0.604 49 Q 0.059 0.013 0.001 0.015 0.018 0.019 0.079 0.003 0.001 0.048 0.745 50 T 0.052 0.025 0.001 0.015 0.019 0.029 0.140 0.003 0.001 0.078 0.636 51 K 0.020 0.060 0.002 0.010 0.012 0.011 0.116 0.002 0.001 0.052 0.714 52 N 0.128 0.248 0.003 0.012 0.014 0.018 0.091 0.008 0.001 0.153 0.323 53 A 0.036 0.489 0.002 0.006 0.009 0.011 0.050 0.003 0.001 0.050 0.344 54 T 0.011 0.826 0.001 0.005 0.006 0.007 0.016 0.002 0.001 0.035 0.091 55 R 0.005 0.935 0.001 0.002 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.016 0.025 56 H 0.003 0.946 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.026 0.013 57 A 0.002 0.977 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 58 E 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 59 M 0.007 0.932 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.033 0.016 60 V 0.011 0.898 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.050 0.018 61 A 0.006 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.011 62 I 0.012 0.947 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 0.018 63 D 0.011 0.928 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.021 0.023 64 Q 0.010 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.016 65 V 0.015 0.936 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.018 0.017 66 L 0.037 0.873 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.009 0.026 0.035 67 D 0.045 0.779 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.003 0.039 0.113 68 W 0.046 0.201 0.010 0.006 0.002 0.002 0.058 0.010 0.007 0.366 0.291 69 C 0.119 0.196 0.051 0.013 0.003 0.005 0.076 0.011 0.039 0.219 0.267 70 R 0.419 0.054 0.009 0.006 0.002 0.003 0.041 0.012 0.007 0.039 0.407 71 Q 0.165 0.010 0.002 0.005 0.002 0.004 0.039 0.009 0.001 0.032 0.730 72 S 0.042 0.002 0.001 0.009 0.002 0.004 0.103 0.001 0.001 0.049 0.786 73 G 0.016 0.002 0.001 0.015 0.004 0.008 0.165 0.001 0.001 0.025 0.762 74 K 0.016 0.003 0.001 0.006 0.003 0.003 0.103 0.001 0.001 0.010 0.855 75 S 0.235 0.019 0.001 0.013 0.012 0.016 0.120 0.007 0.001 0.035 0.541 76 P 0.083 0.022 0.001 0.015 0.012 0.025 0.100 0.002 0.001 0.019 0.722 77 S 0.048 0.039 0.001 0.041 0.023 0.047 0.101 0.002 0.001 0.047 0.650 78 E 0.035 0.014 0.007 0.044 0.065 0.105 0.141 0.003 0.001 0.058 0.527 79 V 0.095 0.012 0.005 0.016 0.045 0.074 0.138 0.006 0.001 0.076 0.533 80 F 0.288 0.009 0.002 0.020 0.039 0.051 0.106 0.004 0.001 0.063 0.417 81 E 0.017 0.007 0.001 0.057 0.064 0.061 0.159 0.001 0.001 0.035 0.599 82 H 0.002 0.004 0.001 0.095 0.061 0.235 0.115 0.001 0.001 0.045 0.441 83 T 0.001 0.003 0.001 0.178 0.192 0.284 0.107 0.001 0.001 0.081 0.153 84 V 0.001 0.001 0.001 0.353 0.200 0.298 0.024 0.001 0.001 0.077 0.045 85 L 0.001 0.001 0.001 0.517 0.192 0.209 0.014 0.001 0.001 0.027 0.040 86 Y 0.002 0.001 0.001 0.566 0.148 0.198 0.012 0.001 0.001 0.019 0.054 87 V 0.007 0.005 0.001 0.367 0.205 0.196 0.028 0.001 0.001 0.035 0.155 88 T 0.029 0.017 0.001 0.197 0.113 0.207 0.081 0.004 0.001 0.053 0.295 89 V 0.032 0.029 0.001 0.068 0.044 0.040 0.077 0.003 0.001 0.049 0.656 90 E 0.036 0.029 0.003 0.080 0.046 0.051 0.170 0.004 0.002 0.097 0.481 91 P 0.016 0.108 0.004 0.020 0.010 0.013 0.125 0.004 0.001 0.034 0.666 92 C 0.125 0.530 0.002 0.006 0.006 0.006 0.026 0.016 0.002 0.039 0.242 93 I 0.095 0.720 0.003 0.004 0.004 0.003 0.017 0.008 0.002 0.032 0.114 94 M 0.014 0.805 0.002 0.002 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.034 0.125 95 C 0.012 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.014 0.017 96 A 0.013 0.928 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.026 0.015 97 A 0.006 0.902 0.007 0.002 0.004 0.005 0.006 0.002 0.002 0.034 0.031 98 A 0.023 0.525 0.081 0.017 0.024 0.027 0.023 0.008 0.015 0.183 0.073 99 L 0.060 0.038 0.399 0.039 0.043 0.056 0.032 0.018 0.075 0.127 0.114 100 R 0.449 0.017 0.034 0.023 0.017 0.041 0.103 0.019 0.020 0.041 0.235 101 L 0.111 0.001 0.003 0.030 0.014 0.023 0.068 0.004 0.002 0.027 0.716 102 M 0.009 0.001 0.002 0.056 0.010 0.008 0.146 0.001 0.001 0.009 0.758 103 K 0.015 0.001 0.001 0.043 0.008 0.038 0.110 0.002 0.001 0.016 0.767 104 I 0.003 0.001 0.001 0.022 0.009 0.008 0.294 0.001 0.001 0.034 0.630 105 P 0.001 0.001 0.001 0.564 0.031 0.045 0.102 0.001 0.001 0.053 0.203 106 L 0.001 0.001 0.001 0.684 0.027 0.057 0.040 0.001 0.001 0.047 0.145 107 V 0.001 0.001 0.001 0.771 0.047 0.069 0.015 0.001 0.001 0.034 0.064 108 V 0.001 0.001 0.001 0.820 0.038 0.059 0.009 0.001 0.001 0.038 0.034 109 Y 0.003 0.002 0.001 0.728 0.059 0.076 0.015 0.001 0.001 0.060 0.057 110 G 0.006 0.002 0.001 0.560 0.058 0.062 0.041 0.001 0.001 0.060 0.208 111 C 0.017 0.005 0.001 0.301 0.063 0.105 0.128 0.002 0.001 0.093 0.285 112 Q 0.033 0.015 0.002 0.060 0.032 0.035 0.122 0.004 0.001 0.045 0.651 113 N 0.490 0.025 0.003 0.033 0.028 0.032 0.071 0.012 0.001 0.077 0.228 114 E 0.094 0.014 0.001 0.013 0.011 0.013 0.120 0.004 0.001 0.030 0.700 115 R 0.087 0.028 0.002 0.022 0.013 0.020 0.130 0.005 0.001 0.053 0.639 116 F 0.063 0.025 0.002 0.016 0.020 0.024 0.167 0.005 0.001 0.051 0.627 117 G 0.085 0.026 0.003 0.022 0.033 0.045 0.109 0.006 0.001 0.105 0.564 118 G 0.064 0.025 0.002 0.022 0.034 0.035 0.098 0.005 0.001 0.062 0.652 119 C 0.049 0.108 0.001 0.026 0.037 0.029 0.120 0.003 0.001 0.044 0.582 120 G 0.045 0.100 0.001 0.023 0.033 0.054 0.099 0.007 0.001 0.128 0.509 121 S 0.049 0.457 0.002 0.018 0.035 0.038 0.055 0.006 0.001 0.072 0.265 122 V 0.052 0.627 0.003 0.017 0.031 0.034 0.025 0.007 0.001 0.046 0.157 123 L 0.068 0.258 0.008 0.022 0.049 0.055 0.068 0.011 0.003 0.214 0.245 124 N 0.076 0.351 0.014 0.020 0.033 0.050 0.063 0.008 0.006 0.144 0.236 125 I 0.196 0.180 0.021 0.019 0.045 0.038 0.071 0.015 0.007 0.107 0.300 126 A 0.223 0.130 0.010 0.018 0.033 0.054 0.067 0.019 0.005 0.047 0.395 127 S 0.150 0.026 0.003 0.024 0.027 0.055 0.076 0.010 0.002 0.060 0.568 128 A 0.017 0.015 0.003 0.035 0.038 0.044 0.130 0.003 0.001 0.031 0.684 129 D 0.025 0.009 0.003 0.037 0.029 0.038 0.134 0.004 0.001 0.067 0.653 130 L 0.121 0.005 0.007 0.032 0.040 0.042 0.155 0.010 0.003 0.084 0.502 131 P 0.160 0.005 0.002 0.023 0.019 0.022 0.104 0.003 0.001 0.028 0.634 132 N 0.171 0.001 0.001 0.037 0.019 0.045 0.082 0.002 0.001 0.035 0.607 133 T 0.018 0.001 0.001 0.027 0.013 0.027 0.167 0.001 0.001 0.012 0.734 134 G 0.015 0.001 0.001 0.033 0.021 0.068 0.076 0.001 0.001 0.021 0.764 135 R 0.010 0.001 0.001 0.039 0.054 0.048 0.157 0.001 0.001 0.020 0.670 136 P 0.006 0.001 0.001 0.057 0.056 0.134 0.103 0.001 0.001 0.042 0.602 137 F 0.004 0.001 0.001 0.119 0.073 0.065 0.131 0.001 0.001 0.063 0.544 138 Q 0.002 0.001 0.001 0.401 0.078 0.104 0.087 0.001 0.001 0.029 0.298 139 C 0.008 0.005 0.001 0.094 0.032 0.056 0.088 0.001 0.001 0.027 0.687 140 I 0.211 0.048 0.001 0.123 0.035 0.050 0.073 0.008 0.001 0.058 0.391 141 P 0.052 0.104 0.001 0.062 0.015 0.019 0.092 0.002 0.001 0.023 0.631 142 G 0.028 0.234 0.001 0.045 0.011 0.025 0.088 0.003 0.001 0.046 0.519 143 Y 0.052 0.350 0.003 0.021 0.012 0.016 0.064 0.013 0.001 0.075 0.395 144 R 0.024 0.896 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.011 0.050 145 A 0.037 0.906 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.001 0.012 0.032 146 E 0.014 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.030 0.032 147 E 0.007 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.016 148 A 0.011 0.955 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.013 149 V 0.022 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.016 0.026 150 E 0.024 0.125 0.003 0.002 0.002 0.002 0.020 0.004 0.003 0.708 0.107 151 M 0.028 0.392 0.057 0.006 0.003 0.002 0.045 0.005 0.023 0.320 0.119 152 L 0.294 0.407 0.024 0.006 0.002 0.003 0.027 0.014 0.018 0.055 0.151 153 K 0.242 0.136 0.009 0.006 0.003 0.005 0.033 0.013 0.006 0.050 0.496 154 T 0.054 0.050 0.004 0.009 0.004 0.008 0.106 0.005 0.003 0.074 0.682 155 F 0.073 0.037 0.008 0.019 0.007 0.011 0.155 0.006 0.004 0.104 0.578 156 Y 0.072 0.017 0.005 0.021 0.009 0.009 0.163 0.006 0.002 0.053 0.642 157 K 0.036 0.014 0.002 0.016 0.008 0.012 0.093 0.004 0.001 0.030 0.784