# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2123 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.097 0.038 0.018 0.024 0.041 0.115 0.049 0.618 2 Q 0.079 0.079 0.014 0.020 0.025 0.102 0.048 0.633 3 S 0.108 0.120 0.009 0.007 0.010 0.090 0.121 0.535 4 M 0.100 0.260 0.005 0.010 0.006 0.074 0.076 0.468 5 E 0.082 0.509 0.003 0.003 0.004 0.038 0.044 0.317 6 E 0.014 0.717 0.004 0.002 0.002 0.027 0.044 0.191 7 T 0.010 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.011 8 E 0.006 0.918 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.011 9 K 0.003 0.936 0.002 0.001 0.001 0.002 0.042 0.014 10 W 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 11 M 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 12 E 0.001 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.002 13 E 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 14 A 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 15 M 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 16 H 0.007 0.896 0.001 0.001 0.001 0.002 0.081 0.012 17 M 0.015 0.853 0.007 0.001 0.001 0.006 0.091 0.027 18 A 0.099 0.562 0.020 0.003 0.002 0.023 0.214 0.076 19 K 0.085 0.524 0.008 0.002 0.002 0.038 0.043 0.298 20 E 0.086 0.120 0.023 0.002 0.004 0.073 0.083 0.609 21 A 0.118 0.075 0.047 0.011 0.008 0.111 0.169 0.460 22 L 0.173 0.009 0.033 0.004 0.006 0.081 0.088 0.607 23 E 0.152 0.002 0.008 0.002 0.002 0.054 0.014 0.765 24 N 0.041 0.001 0.012 0.001 0.003 0.087 0.015 0.839 25 T 0.005 0.001 0.047 0.004 0.007 0.158 0.017 0.762 26 E 0.009 0.001 0.015 0.007 0.011 0.144 0.018 0.796 27 V 0.016 0.004 0.080 0.036 0.036 0.188 0.041 0.597 28 P 0.016 0.005 0.073 0.029 0.061 0.141 0.041 0.634 29 V 0.002 0.004 0.196 0.086 0.225 0.117 0.123 0.247 30 G 0.001 0.002 0.263 0.176 0.425 0.020 0.063 0.050 31 C 0.001 0.001 0.089 0.431 0.425 0.006 0.017 0.032 32 L 0.001 0.001 0.274 0.472 0.227 0.002 0.023 0.003 33 M 0.001 0.001 0.175 0.290 0.409 0.014 0.052 0.059 34 V 0.057 0.001 0.173 0.202 0.348 0.046 0.057 0.118 35 Y 0.235 0.001 0.025 0.022 0.044 0.151 0.022 0.499 36 N 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.109 0.003 0.874 37 N 0.002 0.001 0.011 0.057 0.146 0.101 0.028 0.654 38 E 0.003 0.004 0.135 0.375 0.379 0.015 0.052 0.039 39 V 0.003 0.001 0.057 0.378 0.203 0.042 0.021 0.295 40 V 0.003 0.002 0.087 0.421 0.398 0.016 0.021 0.052 41 G 0.018 0.004 0.051 0.211 0.494 0.028 0.041 0.153 42 K 0.022 0.008 0.093 0.174 0.231 0.070 0.058 0.344 43 G 0.142 0.039 0.057 0.069 0.149 0.110 0.100 0.334 44 R 0.089 0.032 0.043 0.070 0.087 0.125 0.095 0.458 45 N 0.040 0.042 0.034 0.045 0.088 0.120 0.076 0.555 46 E 0.047 0.025 0.054 0.053 0.098 0.127 0.140 0.455 47 V 0.093 0.024 0.039 0.073 0.064 0.131 0.133 0.444 48 N 0.115 0.015 0.027 0.021 0.043 0.126 0.080 0.574 49 Q 0.077 0.008 0.014 0.013 0.020 0.127 0.031 0.709 50 T 0.039 0.010 0.008 0.007 0.013 0.164 0.049 0.710 51 K 0.015 0.027 0.009 0.008 0.010 0.168 0.036 0.726 52 N 0.143 0.196 0.006 0.007 0.010 0.094 0.155 0.388 53 A 0.041 0.309 0.008 0.015 0.010 0.109 0.101 0.407 54 T 0.027 0.728 0.006 0.004 0.010 0.026 0.047 0.152 55 R 0.008 0.876 0.004 0.004 0.007 0.007 0.061 0.034 56 H 0.004 0.890 0.005 0.006 0.004 0.003 0.075 0.012 57 A 0.002 0.964 0.001 0.003 0.004 0.001 0.019 0.006 58 E 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 59 M 0.003 0.916 0.001 0.002 0.002 0.001 0.073 0.003 60 V 0.002 0.824 0.004 0.003 0.002 0.002 0.159 0.005 61 A 0.014 0.912 0.003 0.001 0.001 0.002 0.060 0.007 62 I 0.014 0.950 0.002 0.001 0.001 0.002 0.023 0.008 63 D 0.024 0.777 0.005 0.001 0.001 0.013 0.119 0.060 64 Q 0.021 0.671 0.008 0.001 0.001 0.018 0.188 0.092 65 V 0.035 0.797 0.006 0.001 0.001 0.013 0.104 0.044 66 L 0.051 0.735 0.003 0.001 0.001 0.020 0.068 0.121 67 D 0.033 0.761 0.002 0.001 0.001 0.014 0.026 0.164 68 W 0.026 0.400 0.019 0.001 0.002 0.049 0.255 0.248 69 C 0.059 0.281 0.077 0.009 0.005 0.074 0.279 0.216 70 R 0.530 0.069 0.015 0.002 0.002 0.029 0.090 0.264 71 Q 0.183 0.016 0.016 0.003 0.002 0.059 0.042 0.680 72 S 0.121 0.006 0.043 0.002 0.005 0.092 0.049 0.681 73 G 0.007 0.001 0.041 0.002 0.004 0.127 0.018 0.799 74 K 0.009 0.002 0.006 0.002 0.002 0.084 0.003 0.891 75 S 0.263 0.033 0.013 0.010 0.010 0.101 0.050 0.520 76 P 0.070 0.023 0.016 0.007 0.006 0.084 0.026 0.768 77 S 0.124 0.022 0.021 0.008 0.021 0.077 0.042 0.684 78 E 0.033 0.008 0.150 0.065 0.081 0.092 0.140 0.431 79 V 0.065 0.003 0.060 0.068 0.108 0.080 0.045 0.572 80 F 0.318 0.003 0.033 0.036 0.103 0.073 0.076 0.358 81 E 0.012 0.001 0.053 0.041 0.078 0.138 0.024 0.653 82 H 0.007 0.002 0.036 0.059 0.205 0.154 0.032 0.505 83 T 0.002 0.002 0.079 0.229 0.319 0.099 0.035 0.236 84 V 0.001 0.001 0.134 0.237 0.346 0.060 0.033 0.189 85 L 0.001 0.001 0.204 0.375 0.263 0.029 0.044 0.083 86 Y 0.002 0.001 0.363 0.234 0.243 0.026 0.038 0.092 87 V 0.003 0.002 0.328 0.297 0.171 0.041 0.043 0.115 88 T 0.020 0.011 0.165 0.128 0.194 0.082 0.060 0.340 89 V 0.050 0.020 0.081 0.067 0.070 0.126 0.067 0.519 90 E 0.045 0.075 0.055 0.041 0.041 0.121 0.104 0.519 91 P 0.052 0.250 0.020 0.010 0.017 0.073 0.056 0.523 92 C 0.078 0.655 0.006 0.006 0.007 0.027 0.045 0.177 93 I 0.043 0.602 0.013 0.007 0.006 0.024 0.209 0.096 94 M 0.018 0.781 0.003 0.003 0.005 0.013 0.064 0.112 95 C 0.047 0.892 0.002 0.001 0.003 0.004 0.034 0.018 96 A 0.005 0.892 0.003 0.009 0.006 0.008 0.043 0.035 97 A 0.015 0.867 0.004 0.005 0.014 0.006 0.051 0.037 98 A 0.026 0.669 0.026 0.026 0.049 0.014 0.126 0.064 99 L 0.033 0.050 0.251 0.090 0.056 0.025 0.446 0.050 100 R 0.359 0.031 0.030 0.032 0.031 0.041 0.129 0.346 101 L 0.195 0.003 0.021 0.006 0.009 0.075 0.022 0.670 102 M 0.028 0.004 0.071 0.010 0.015 0.129 0.020 0.723 103 K 0.010 0.001 0.015 0.003 0.004 0.144 0.010 0.812 104 I 0.009 0.004 0.037 0.019 0.016 0.147 0.030 0.737 105 P 0.001 0.004 0.503 0.063 0.089 0.076 0.069 0.193 106 L 0.001 0.002 0.638 0.060 0.094 0.033 0.036 0.135 107 V 0.001 0.001 0.775 0.084 0.069 0.013 0.014 0.044 108 V 0.002 0.002 0.845 0.047 0.056 0.008 0.014 0.026 109 Y 0.006 0.004 0.676 0.061 0.087 0.021 0.043 0.101 110 G 0.027 0.004 0.447 0.049 0.102 0.074 0.043 0.253 111 C 0.025 0.005 0.289 0.054 0.113 0.141 0.061 0.312 112 Q 0.037 0.012 0.079 0.018 0.035 0.119 0.045 0.656 113 N 0.311 0.045 0.018 0.009 0.012 0.099 0.150 0.356 114 E 0.107 0.038 0.015 0.011 0.010 0.113 0.059 0.647 115 R 0.096 0.047 0.014 0.008 0.020 0.090 0.040 0.684 116 F 0.099 0.037 0.021 0.016 0.029 0.124 0.066 0.607 117 G 0.089 0.043 0.018 0.029 0.039 0.120 0.087 0.576 118 G 0.089 0.058 0.013 0.021 0.047 0.125 0.069 0.579 119 C 0.079 0.163 0.014 0.024 0.052 0.092 0.037 0.540 120 G 0.065 0.102 0.015 0.036 0.054 0.106 0.137 0.485 121 S 0.037 0.301 0.031 0.085 0.085 0.076 0.092 0.293 122 V 0.144 0.394 0.028 0.026 0.090 0.042 0.065 0.211 123 L 0.054 0.173 0.047 0.093 0.056 0.080 0.167 0.330 124 N 0.101 0.177 0.033 0.060 0.093 0.073 0.161 0.302 125 I 0.166 0.102 0.061 0.034 0.059 0.081 0.157 0.341 126 A 0.179 0.120 0.035 0.032 0.035 0.078 0.053 0.469 127 S 0.232 0.026 0.006 0.008 0.019 0.087 0.035 0.587 128 A 0.014 0.021 0.026 0.021 0.038 0.157 0.035 0.689 129 D 0.022 0.016 0.030 0.017 0.041 0.147 0.069 0.659 130 L 0.106 0.017 0.037 0.057 0.020 0.122 0.258 0.384 131 P 0.242 0.006 0.013 0.009 0.009 0.069 0.048 0.605 132 N 0.124 0.001 0.013 0.004 0.007 0.080 0.021 0.749 133 T 0.012 0.001 0.021 0.005 0.008 0.111 0.010 0.833 134 G 0.031 0.001 0.008 0.011 0.015 0.095 0.009 0.831 135 R 0.016 0.001 0.042 0.030 0.055 0.126 0.038 0.692 136 P 0.006 0.001 0.191 0.072 0.129 0.099 0.056 0.446 137 F 0.003 0.001 0.083 0.058 0.072 0.095 0.019 0.670 138 Q 0.002 0.001 0.496 0.133 0.115 0.056 0.028 0.169 139 C 0.010 0.001 0.091 0.034 0.029 0.069 0.012 0.755 140 I 0.090 0.021 0.228 0.048 0.041 0.090 0.140 0.342 141 P 0.052 0.030 0.043 0.011 0.012 0.084 0.023 0.746 142 G 0.063 0.138 0.062 0.035 0.052 0.089 0.120 0.440 143 Y 0.035 0.220 0.058 0.026 0.036 0.087 0.092 0.446 144 R 0.036 0.755 0.013 0.009 0.013 0.014 0.089 0.073 145 A 0.026 0.895 0.001 0.002 0.002 0.005 0.044 0.024 146 E 0.009 0.913 0.002 0.003 0.002 0.003 0.047 0.021 147 E 0.007 0.945 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.023 148 A 0.010 0.937 0.002 0.001 0.001 0.003 0.039 0.008 149 V 0.023 0.866 0.002 0.001 0.001 0.005 0.083 0.018 150 E 0.031 0.237 0.010 0.003 0.003 0.035 0.531 0.151 151 M 0.017 0.566 0.022 0.006 0.004 0.047 0.171 0.167 152 L 0.170 0.380 0.035 0.004 0.003 0.052 0.146 0.209 153 K 0.145 0.163 0.015 0.006 0.003 0.069 0.083 0.517 154 T 0.048 0.061 0.026 0.004 0.008 0.092 0.049 0.710 155 F 0.079 0.030 0.081 0.008 0.016 0.106 0.062 0.619 156 Y 0.065 0.023 0.044 0.015 0.017 0.109 0.053 0.673 157 K 0.061 0.017 0.026 0.012 0.020 0.102 0.031 0.731