# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2123 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.162 0.065 0.042 0.088 0.100 0.102 0.159 0.106 0.083 0.059 0.035 2 Q 0.451 0.183 0.090 0.128 0.067 0.030 0.024 0.013 0.007 0.004 0.002 3 S 0.090 0.198 0.082 0.152 0.119 0.103 0.118 0.062 0.041 0.024 0.012 4 M 0.077 0.073 0.037 0.088 0.112 0.111 0.187 0.124 0.092 0.057 0.043 5 E 0.662 0.162 0.081 0.065 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.147 0.126 0.087 0.196 0.150 0.107 0.097 0.048 0.023 0.013 0.006 7 T 0.023 0.068 0.040 0.088 0.104 0.121 0.199 0.148 0.107 0.074 0.029 8 E 0.064 0.042 0.124 0.170 0.186 0.182 0.150 0.050 0.021 0.008 0.003 9 K 0.069 0.066 0.532 0.193 0.083 0.029 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 10 W 0.001 0.003 0.015 0.025 0.049 0.094 0.250 0.193 0.185 0.133 0.051 11 M 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.039 0.152 0.158 0.252 0.260 0.120 12 E 0.003 0.011 0.735 0.152 0.063 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 13 E 0.003 0.013 0.218 0.168 0.202 0.182 0.157 0.042 0.010 0.004 0.002 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.037 0.166 0.262 0.525 15 M 0.001 0.001 0.009 0.019 0.088 0.194 0.398 0.147 0.082 0.045 0.016 16 H 0.002 0.008 0.882 0.080 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 M 0.001 0.001 0.013 0.014 0.036 0.218 0.479 0.120 0.070 0.037 0.011 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.040 0.229 0.343 0.367 19 K 0.005 0.013 0.254 0.180 0.213 0.151 0.122 0.039 0.014 0.007 0.002 20 E 0.002 0.017 0.669 0.161 0.081 0.042 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 21 A 0.001 0.002 0.006 0.004 0.009 0.037 0.119 0.141 0.217 0.231 0.233 22 L 0.042 0.042 0.034 0.071 0.095 0.114 0.209 0.156 0.114 0.083 0.041 23 E 0.090 0.128 0.356 0.203 0.098 0.055 0.035 0.016 0.010 0.006 0.003 24 N 0.163 0.160 0.120 0.137 0.112 0.098 0.107 0.047 0.026 0.018 0.013 25 T 0.304 0.188 0.036 0.091 0.071 0.069 0.095 0.063 0.043 0.026 0.015 26 E 0.326 0.197 0.058 0.148 0.092 0.068 0.051 0.028 0.016 0.010 0.006 27 V 0.027 0.035 0.050 0.106 0.120 0.161 0.210 0.115 0.088 0.054 0.034 28 P 0.013 0.036 0.041 0.097 0.114 0.129 0.223 0.131 0.110 0.064 0.040 29 V 0.001 0.002 0.004 0.008 0.014 0.023 0.069 0.108 0.234 0.260 0.276 30 G 0.001 0.004 0.006 0.017 0.032 0.041 0.100 0.148 0.207 0.243 0.204 31 C 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.014 0.043 0.128 0.214 0.286 0.298 32 L 0.001 0.001 0.003 0.008 0.020 0.017 0.062 0.204 0.187 0.222 0.273 33 M 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.009 0.029 0.081 0.191 0.287 0.387 34 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.025 0.061 0.083 0.248 0.296 0.270 35 Y 0.003 0.024 0.026 0.085 0.119 0.195 0.255 0.113 0.100 0.057 0.023 36 N 0.055 0.137 0.098 0.204 0.138 0.122 0.110 0.053 0.042 0.024 0.016 37 N 0.250 0.111 0.045 0.106 0.090 0.101 0.145 0.067 0.043 0.025 0.017 38 E 0.158 0.175 0.062 0.223 0.141 0.091 0.072 0.036 0.021 0.013 0.008 39 V 0.007 0.010 0.008 0.012 0.018 0.047 0.077 0.092 0.201 0.246 0.280 40 V 0.008 0.021 0.016 0.075 0.116 0.128 0.162 0.145 0.130 0.093 0.106 41 G 0.004 0.005 0.011 0.010 0.015 0.022 0.058 0.101 0.208 0.256 0.308 42 K 0.023 0.043 0.051 0.215 0.244 0.151 0.116 0.071 0.044 0.024 0.019 43 G 0.045 0.025 0.026 0.052 0.056 0.064 0.124 0.156 0.175 0.158 0.119 44 R 0.037 0.047 0.028 0.136 0.148 0.137 0.164 0.118 0.087 0.056 0.043 45 N 0.052 0.039 0.031 0.057 0.063 0.077 0.140 0.133 0.162 0.139 0.106 46 E 0.119 0.119 0.079 0.182 0.150 0.108 0.099 0.057 0.043 0.027 0.018 47 V 0.123 0.097 0.054 0.123 0.110 0.103 0.142 0.090 0.074 0.052 0.033 48 N 0.167 0.124 0.049 0.114 0.094 0.089 0.110 0.078 0.074 0.060 0.040 49 Q 0.200 0.199 0.059 0.159 0.110 0.083 0.076 0.045 0.034 0.022 0.014 50 T 0.299 0.198 0.055 0.128 0.085 0.062 0.061 0.043 0.032 0.024 0.015 51 K 0.233 0.134 0.044 0.131 0.106 0.097 0.099 0.062 0.046 0.029 0.018 52 N 0.258 0.160 0.057 0.151 0.099 0.082 0.080 0.048 0.033 0.019 0.012 53 A 0.040 0.047 0.033 0.092 0.105 0.107 0.161 0.134 0.120 0.083 0.077 54 T 0.021 0.029 0.029 0.058 0.082 0.092 0.154 0.144 0.163 0.126 0.101 55 R 0.021 0.030 0.047 0.109 0.121 0.134 0.200 0.128 0.110 0.063 0.038 56 H 0.014 0.021 0.045 0.100 0.114 0.121 0.207 0.140 0.111 0.070 0.057 57 A 0.001 0.003 0.007 0.009 0.016 0.017 0.057 0.108 0.215 0.244 0.323 58 E 0.001 0.002 0.006 0.014 0.035 0.037 0.104 0.178 0.224 0.223 0.175 59 M 0.002 0.004 0.022 0.030 0.047 0.074 0.159 0.183 0.201 0.180 0.098 60 V 0.006 0.014 0.075 0.107 0.131 0.131 0.209 0.144 0.091 0.054 0.038 61 A 0.001 0.001 0.007 0.006 0.012 0.012 0.058 0.162 0.220 0.236 0.285 62 I 0.001 0.001 0.006 0.007 0.016 0.027 0.084 0.120 0.252 0.278 0.210 63 D 0.008 0.021 0.281 0.174 0.156 0.131 0.125 0.043 0.035 0.017 0.008 64 Q 0.010 0.031 0.256 0.186 0.178 0.143 0.120 0.044 0.019 0.008 0.005 65 V 0.003 0.006 0.024 0.014 0.022 0.033 0.111 0.143 0.211 0.198 0.237 66 L 0.015 0.014 0.041 0.064 0.111 0.135 0.278 0.152 0.097 0.060 0.033 67 D 0.060 0.083 0.575 0.170 0.065 0.025 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 68 W 0.033 0.038 0.125 0.137 0.162 0.148 0.198 0.092 0.037 0.019 0.011 69 C 0.019 0.018 0.028 0.034 0.043 0.064 0.160 0.176 0.189 0.165 0.105 70 R 0.074 0.085 0.201 0.189 0.155 0.105 0.096 0.049 0.026 0.014 0.007 71 Q 0.070 0.121 0.345 0.224 0.115 0.054 0.035 0.018 0.009 0.005 0.003 72 S 0.076 0.047 0.048 0.074 0.095 0.101 0.180 0.144 0.106 0.074 0.054 73 G 0.299 0.129 0.071 0.118 0.097 0.067 0.088 0.061 0.037 0.022 0.012 74 K 0.134 0.123 0.127 0.173 0.126 0.099 0.095 0.052 0.035 0.023 0.014 75 S 0.128 0.130 0.067 0.108 0.106 0.098 0.119 0.084 0.070 0.053 0.038 76 P 0.309 0.213 0.044 0.123 0.089 0.060 0.072 0.042 0.025 0.014 0.008 77 S 0.336 0.125 0.048 0.126 0.097 0.074 0.073 0.048 0.035 0.024 0.014 78 E 0.251 0.121 0.059 0.151 0.119 0.091 0.087 0.054 0.034 0.022 0.012 79 V 0.048 0.106 0.039 0.152 0.139 0.146 0.155 0.091 0.065 0.039 0.022 80 F 0.006 0.011 0.008 0.018 0.032 0.063 0.115 0.122 0.191 0.203 0.232 81 E 0.168 0.164 0.117 0.226 0.153 0.071 0.055 0.025 0.013 0.006 0.003 82 H 0.187 0.111 0.095 0.235 0.132 0.086 0.080 0.035 0.022 0.012 0.007 83 T 0.003 0.004 0.005 0.007 0.009 0.020 0.053 0.067 0.237 0.276 0.318 84 V 0.019 0.076 0.039 0.193 0.193 0.139 0.131 0.082 0.065 0.036 0.027 85 L 0.003 0.004 0.014 0.013 0.019 0.039 0.072 0.114 0.200 0.234 0.287 86 Y 0.007 0.012 0.023 0.056 0.093 0.102 0.202 0.210 0.133 0.091 0.073 87 V 0.002 0.003 0.010 0.014 0.017 0.019 0.065 0.155 0.236 0.253 0.224 88 T 0.016 0.022 0.045 0.080 0.089 0.070 0.117 0.139 0.164 0.129 0.129 89 V 0.013 0.017 0.027 0.048 0.054 0.082 0.162 0.137 0.204 0.153 0.103 90 E 0.017 0.025 0.042 0.091 0.117 0.096 0.172 0.182 0.117 0.077 0.064 91 P 0.023 0.031 0.056 0.061 0.069 0.062 0.132 0.173 0.162 0.145 0.087 92 C 0.017 0.026 0.044 0.066 0.072 0.076 0.167 0.152 0.165 0.131 0.085 93 I 0.047 0.043 0.067 0.115 0.115 0.111 0.155 0.120 0.102 0.073 0.053 94 M 0.042 0.049 0.070 0.101 0.116 0.096 0.163 0.138 0.105 0.076 0.044 95 C 0.006 0.014 0.032 0.050 0.083 0.056 0.153 0.204 0.162 0.138 0.102 96 A 0.004 0.005 0.016 0.032 0.055 0.082 0.163 0.178 0.187 0.174 0.104 97 A 0.053 0.087 0.262 0.233 0.138 0.087 0.075 0.027 0.022 0.011 0.006 98 A 0.003 0.006 0.023 0.051 0.098 0.091 0.239 0.215 0.125 0.082 0.067 99 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.015 0.034 0.160 0.330 0.447 100 R 0.006 0.016 0.046 0.093 0.166 0.163 0.255 0.111 0.077 0.043 0.025 101 L 0.007 0.021 0.134 0.129 0.149 0.161 0.148 0.085 0.071 0.059 0.038 102 M 0.004 0.003 0.009 0.009 0.016 0.049 0.128 0.118 0.237 0.221 0.205 103 K 0.099 0.241 0.057 0.260 0.143 0.070 0.074 0.029 0.016 0.006 0.005 104 I 0.002 0.002 0.004 0.004 0.008 0.010 0.028 0.048 0.151 0.201 0.542 105 P 0.091 0.167 0.106 0.276 0.207 0.075 0.041 0.018 0.009 0.005 0.003 106 L 0.011 0.033 0.038 0.124 0.126 0.165 0.186 0.122 0.096 0.066 0.033 107 V 0.001 0.002 0.002 0.005 0.009 0.025 0.053 0.088 0.201 0.256 0.357 108 V 0.002 0.007 0.008 0.036 0.055 0.081 0.151 0.164 0.196 0.180 0.120 109 Y 0.003 0.003 0.015 0.019 0.028 0.055 0.105 0.129 0.219 0.249 0.176 110 G 0.005 0.007 0.015 0.040 0.058 0.091 0.173 0.150 0.187 0.168 0.107 111 C 0.005 0.005 0.007 0.018 0.025 0.059 0.132 0.142 0.241 0.222 0.145 112 Q 0.080 0.143 0.064 0.181 0.145 0.114 0.120 0.063 0.045 0.027 0.017 113 N 0.082 0.104 0.042 0.131 0.123 0.126 0.142 0.093 0.070 0.051 0.036 114 E 0.437 0.176 0.034 0.106 0.077 0.050 0.049 0.032 0.018 0.013 0.008 115 R 0.306 0.196 0.042 0.151 0.089 0.067 0.060 0.038 0.025 0.018 0.010 116 F 0.029 0.028 0.014 0.040 0.050 0.103 0.134 0.116 0.172 0.171 0.142 117 G 0.104 0.103 0.045 0.148 0.148 0.123 0.127 0.082 0.058 0.038 0.025 118 G 0.035 0.044 0.035 0.069 0.074 0.117 0.149 0.123 0.145 0.128 0.081 119 C 0.021 0.024 0.015 0.055 0.070 0.107 0.173 0.141 0.166 0.132 0.097 120 G 0.169 0.092 0.042 0.141 0.122 0.103 0.122 0.083 0.061 0.042 0.023 121 S 0.103 0.096 0.058 0.162 0.148 0.121 0.118 0.081 0.055 0.036 0.023 122 V 0.033 0.049 0.025 0.085 0.099 0.100 0.156 0.145 0.131 0.109 0.069 123 L 0.012 0.011 0.011 0.041 0.068 0.114 0.197 0.167 0.165 0.130 0.083 124 N 0.114 0.144 0.207 0.231 0.130 0.072 0.051 0.024 0.015 0.009 0.004 125 I 0.011 0.013 0.024 0.052 0.073 0.127 0.191 0.146 0.158 0.127 0.079 126 A 0.015 0.018 0.017 0.029 0.036 0.056 0.124 0.127 0.208 0.211 0.158 127 S 0.056 0.088 0.101 0.210 0.181 0.122 0.110 0.058 0.039 0.023 0.012 128 A 0.163 0.094 0.152 0.159 0.124 0.093 0.084 0.056 0.036 0.023 0.015 129 D 0.133 0.136 0.061 0.164 0.129 0.098 0.115 0.074 0.046 0.027 0.017 130 L 0.029 0.025 0.015 0.039 0.055 0.075 0.152 0.171 0.167 0.146 0.126 131 P 0.308 0.199 0.107 0.172 0.101 0.044 0.032 0.018 0.010 0.006 0.003 132 N 0.279 0.179 0.080 0.150 0.097 0.066 0.065 0.037 0.023 0.015 0.010 133 T 0.154 0.086 0.029 0.092 0.101 0.091 0.134 0.107 0.091 0.066 0.050 134 G 0.339 0.205 0.045 0.123 0.084 0.057 0.056 0.037 0.025 0.019 0.010 135 R 0.073 0.075 0.045 0.121 0.119 0.144 0.149 0.103 0.085 0.056 0.030 136 P 0.293 0.204 0.052 0.165 0.099 0.059 0.055 0.033 0.021 0.012 0.007 137 F 0.024 0.014 0.012 0.031 0.041 0.070 0.139 0.138 0.209 0.176 0.148 138 Q 0.093 0.155 0.082 0.245 0.183 0.095 0.067 0.037 0.021 0.013 0.009 139 C 0.007 0.008 0.011 0.019 0.030 0.051 0.103 0.127 0.220 0.231 0.195 140 I 0.029 0.055 0.032 0.118 0.146 0.146 0.172 0.120 0.087 0.059 0.035 141 P 0.147 0.094 0.074 0.153 0.113 0.104 0.136 0.076 0.057 0.031 0.014 142 G 0.232 0.105 0.082 0.182 0.134 0.090 0.089 0.041 0.024 0.012 0.009 143 Y 0.027 0.021 0.020 0.037 0.052 0.056 0.126 0.153 0.181 0.172 0.154 144 R 0.017 0.090 0.055 0.126 0.143 0.134 0.180 0.110 0.073 0.053 0.020 145 A 0.039 0.057 0.141 0.177 0.177 0.175 0.143 0.047 0.028 0.011 0.005 146 E 0.457 0.080 0.253 0.126 0.050 0.017 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 147 E 0.013 0.033 0.062 0.142 0.161 0.169 0.232 0.104 0.050 0.026 0.010 148 A 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 0.023 0.093 0.139 0.259 0.296 0.166 149 V 0.006 0.016 0.307 0.180 0.181 0.165 0.103 0.025 0.011 0.005 0.001 150 E 0.003 0.018 0.844 0.097 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 151 M 0.001 0.002 0.012 0.011 0.028 0.084 0.233 0.212 0.194 0.148 0.075 152 L 0.001 0.002 0.005 0.006 0.013 0.034 0.141 0.165 0.257 0.260 0.115 153 K 0.006 0.024 0.654 0.165 0.088 0.037 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 154 T 0.030 0.045 0.553 0.162 0.105 0.054 0.036 0.010 0.003 0.001 0.001 155 F 0.008 0.007 0.016 0.014 0.024 0.053 0.175 0.203 0.211 0.172 0.117 156 Y 0.047 0.046 0.049 0.073 0.091 0.120 0.224 0.145 0.102 0.071 0.032 157 K 0.068 0.121 0.446 0.209 0.091 0.034 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001