# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2123 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.124 0.044 0.007 0.027 0.026 0.047 0.078 0.002 0.001 0.004 0.641 2 Q 0.050 0.030 0.003 0.021 0.016 0.029 0.078 0.002 0.001 0.002 0.770 3 S 0.085 0.029 0.004 0.022 0.016 0.023 0.111 0.002 0.001 0.003 0.705 4 M 0.094 0.052 0.004 0.016 0.011 0.021 0.082 0.002 0.001 0.003 0.715 5 E 0.053 0.062 0.007 0.015 0.013 0.024 0.255 0.002 0.001 0.005 0.564 6 E 0.050 0.062 0.004 0.006 0.003 0.006 0.231 0.001 0.001 0.005 0.631 7 T 0.088 0.255 0.007 0.005 0.004 0.010 0.230 0.002 0.001 0.008 0.391 8 E 0.082 0.361 0.005 0.004 0.002 0.005 0.146 0.002 0.001 0.004 0.388 9 K 0.021 0.542 0.002 0.002 0.001 0.002 0.141 0.001 0.001 0.001 0.287 10 W 0.031 0.813 0.002 0.001 0.001 0.001 0.047 0.002 0.001 0.001 0.103 11 M 0.007 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.031 12 E 0.003 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 13 E 0.008 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.051 14 A 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 15 M 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 16 H 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 17 M 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 18 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 19 K 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 20 E 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.005 21 A 0.051 0.907 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.008 22 L 0.072 0.822 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.001 0.001 0.019 23 E 0.092 0.527 0.165 0.002 0.002 0.003 0.012 0.084 0.001 0.001 0.112 24 N 0.222 0.315 0.072 0.005 0.004 0.005 0.018 0.092 0.001 0.002 0.266 25 T 0.337 0.144 0.092 0.008 0.009 0.010 0.031 0.044 0.001 0.006 0.318 26 E 0.108 0.020 0.107 0.025 0.006 0.009 0.099 0.008 0.001 0.007 0.610 27 V 0.097 0.007 0.040 0.048 0.104 0.065 0.206 0.003 0.001 0.010 0.419 28 P 0.002 0.001 0.001 0.009 0.008 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.966 29 V 0.006 0.001 0.002 0.147 0.142 0.378 0.037 0.001 0.001 0.001 0.286 30 G 0.014 0.001 0.001 0.308 0.144 0.245 0.070 0.001 0.001 0.003 0.214 31 C 0.009 0.001 0.001 0.279 0.174 0.335 0.023 0.001 0.001 0.001 0.178 32 L 0.003 0.001 0.001 0.453 0.228 0.244 0.009 0.001 0.001 0.001 0.061 33 M 0.001 0.001 0.001 0.187 0.238 0.381 0.019 0.001 0.001 0.001 0.170 34 V 0.001 0.001 0.001 0.145 0.344 0.427 0.024 0.001 0.001 0.001 0.056 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.044 0.197 0.400 0.064 0.001 0.001 0.001 0.293 36 N 0.003 0.001 0.001 0.032 0.017 0.053 0.073 0.001 0.001 0.002 0.819 37 N 0.049 0.001 0.001 0.045 0.005 0.009 0.246 0.001 0.001 0.011 0.634 38 E 0.510 0.001 0.001 0.018 0.009 0.004 0.153 0.001 0.001 0.007 0.298 39 V 0.047 0.001 0.001 0.067 0.098 0.094 0.096 0.001 0.001 0.002 0.594 40 V 0.002 0.001 0.001 0.048 0.213 0.621 0.029 0.001 0.001 0.001 0.085 41 G 0.002 0.001 0.001 0.085 0.245 0.543 0.021 0.001 0.001 0.001 0.102 42 K 0.005 0.002 0.001 0.080 0.224 0.427 0.036 0.001 0.001 0.001 0.225 43 G 0.016 0.003 0.001 0.089 0.202 0.419 0.066 0.001 0.001 0.003 0.200 44 R 0.021 0.007 0.001 0.083 0.127 0.255 0.141 0.001 0.001 0.005 0.358 45 N 0.034 0.013 0.002 0.068 0.117 0.220 0.148 0.002 0.001 0.010 0.387 46 E 0.077 0.019 0.005 0.039 0.040 0.073 0.138 0.002 0.001 0.013 0.595 47 V 0.051 0.026 0.004 0.046 0.030 0.049 0.313 0.002 0.001 0.011 0.469 48 N 0.067 0.023 0.003 0.025 0.032 0.045 0.150 0.002 0.001 0.011 0.642 49 Q 0.135 0.073 0.008 0.031 0.044 0.075 0.110 0.005 0.001 0.017 0.502 50 T 0.137 0.054 0.015 0.034 0.035 0.050 0.147 0.007 0.001 0.016 0.506 51 K 0.161 0.045 0.010 0.018 0.019 0.031 0.126 0.006 0.001 0.013 0.572 52 N 0.087 0.029 0.015 0.022 0.040 0.040 0.348 0.004 0.001 0.023 0.392 53 A 0.047 0.012 0.004 0.004 0.004 0.005 0.055 0.001 0.001 0.004 0.865 54 T 0.007 0.018 0.007 0.007 0.009 0.018 0.589 0.001 0.001 0.011 0.334 55 R 0.150 0.032 0.005 0.005 0.014 0.015 0.348 0.001 0.001 0.015 0.415 56 H 0.031 0.336 0.005 0.008 0.018 0.026 0.253 0.001 0.001 0.004 0.318 57 A 0.014 0.488 0.005 0.009 0.025 0.031 0.145 0.001 0.001 0.002 0.280 58 E 0.004 0.846 0.001 0.004 0.005 0.012 0.061 0.001 0.001 0.001 0.066 59 M 0.003 0.892 0.001 0.005 0.008 0.014 0.018 0.001 0.001 0.001 0.059 60 V 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 61 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 62 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 63 D 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 64 Q 0.017 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.029 65 V 0.059 0.879 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.033 66 L 0.024 0.937 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.020 67 D 0.039 0.820 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 0.113 68 W 0.102 0.806 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.001 0.001 0.055 69 C 0.055 0.865 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.001 0.001 0.045 70 R 0.026 0.836 0.030 0.002 0.001 0.002 0.013 0.020 0.001 0.001 0.071 71 Q 0.069 0.703 0.013 0.003 0.002 0.003 0.016 0.020 0.001 0.001 0.170 72 S 0.182 0.471 0.011 0.007 0.004 0.005 0.023 0.028 0.001 0.003 0.266 73 G 0.308 0.163 0.047 0.010 0.007 0.010 0.045 0.040 0.001 0.007 0.364 74 K 0.184 0.071 0.177 0.021 0.005 0.011 0.078 0.013 0.001 0.005 0.436 75 S 0.031 0.017 0.008 0.025 0.014 0.008 0.108 0.003 0.001 0.002 0.785 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 77 S 0.011 0.002 0.001 0.033 0.010 0.042 0.212 0.001 0.001 0.003 0.685 78 E 0.450 0.006 0.004 0.007 0.013 0.020 0.107 0.001 0.001 0.024 0.369 79 V 0.155 0.038 0.006 0.026 0.022 0.029 0.203 0.001 0.001 0.005 0.514 80 F 0.154 0.031 0.019 0.041 0.073 0.139 0.081 0.002 0.001 0.010 0.450 81 E 0.078 0.043 0.004 0.062 0.059 0.100 0.115 0.002 0.001 0.007 0.531 82 H 0.094 0.009 0.002 0.086 0.061 0.070 0.102 0.001 0.001 0.006 0.569 83 T 0.300 0.011 0.014 0.144 0.188 0.146 0.037 0.001 0.001 0.004 0.155 84 V 0.008 0.004 0.003 0.269 0.269 0.313 0.045 0.001 0.001 0.001 0.089 85 L 0.001 0.001 0.001 0.095 0.413 0.474 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 86 Y 0.001 0.001 0.001 0.254 0.256 0.445 0.008 0.001 0.001 0.001 0.034 87 V 0.001 0.002 0.001 0.395 0.268 0.285 0.009 0.001 0.001 0.001 0.041 88 T 0.002 0.002 0.001 0.280 0.225 0.277 0.034 0.001 0.001 0.001 0.179 89 V 0.003 0.003 0.002 0.266 0.081 0.312 0.062 0.001 0.001 0.003 0.270 90 E 0.006 0.004 0.001 0.076 0.060 0.094 0.365 0.001 0.001 0.007 0.388 91 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.972 92 C 0.041 0.036 0.004 0.016 0.018 0.056 0.131 0.001 0.001 0.003 0.695 93 I 0.038 0.117 0.003 0.007 0.005 0.013 0.105 0.001 0.001 0.004 0.707 94 M 0.040 0.140 0.001 0.003 0.002 0.006 0.097 0.001 0.001 0.001 0.710 95 C 0.088 0.305 0.002 0.003 0.002 0.003 0.080 0.002 0.001 0.001 0.513 96 A 0.017 0.880 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.084 97 A 0.006 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.063 98 A 0.012 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.035 99 L 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 100 R 0.005 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 101 L 0.033 0.894 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 0.025 102 M 0.136 0.691 0.022 0.003 0.004 0.005 0.004 0.097 0.001 0.001 0.038 103 K 0.381 0.126 0.110 0.006 0.008 0.015 0.014 0.130 0.001 0.002 0.208 104 I 0.157 0.014 0.570 0.028 0.009 0.009 0.020 0.008 0.001 0.002 0.183 105 P 0.005 0.001 0.001 0.055 0.009 0.011 0.020 0.001 0.001 0.001 0.899 106 L 0.012 0.001 0.002 0.192 0.045 0.052 0.075 0.001 0.001 0.001 0.621 107 V 0.014 0.001 0.001 0.698 0.047 0.061 0.028 0.001 0.001 0.001 0.150 108 V 0.001 0.001 0.001 0.678 0.049 0.112 0.023 0.001 0.001 0.001 0.136 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.767 0.068 0.094 0.012 0.001 0.001 0.001 0.057 110 G 0.003 0.001 0.001 0.515 0.058 0.112 0.046 0.001 0.001 0.002 0.263 111 C 0.006 0.001 0.001 0.324 0.082 0.171 0.091 0.001 0.001 0.003 0.319 112 Q 0.008 0.002 0.001 0.152 0.049 0.084 0.221 0.001 0.001 0.004 0.477 113 N 0.033 0.003 0.003 0.076 0.051 0.072 0.214 0.001 0.001 0.013 0.533 114 E 0.029 0.005 0.002 0.026 0.008 0.012 0.153 0.001 0.001 0.010 0.755 115 R 0.013 0.003 0.002 0.011 0.005 0.009 0.635 0.001 0.001 0.024 0.298 116 F 0.270 0.011 0.003 0.014 0.007 0.009 0.234 0.001 0.001 0.044 0.406 117 G 0.109 0.070 0.009 0.022 0.028 0.039 0.192 0.003 0.001 0.017 0.511 118 G 0.110 0.072 0.015 0.035 0.029 0.036 0.189 0.003 0.001 0.006 0.506 119 C 0.067 0.134 0.005 0.069 0.038 0.076 0.100 0.003 0.001 0.005 0.502 120 G 0.087 0.089 0.006 0.060 0.064 0.101 0.122 0.004 0.001 0.009 0.459 121 S 0.090 0.092 0.008 0.039 0.022 0.028 0.183 0.002 0.001 0.006 0.530 122 V 0.060 0.096 0.007 0.036 0.020 0.041 0.120 0.002 0.001 0.003 0.614 123 L 0.051 0.231 0.006 0.058 0.047 0.109 0.148 0.003 0.001 0.004 0.342 124 N 0.093 0.324 0.005 0.040 0.029 0.054 0.094 0.006 0.001 0.004 0.350 125 I 0.109 0.621 0.010 0.022 0.013 0.025 0.035 0.008 0.001 0.002 0.154 126 A 0.071 0.626 0.006 0.018 0.018 0.041 0.035 0.010 0.001 0.002 0.172 127 S 0.149 0.381 0.007 0.023 0.022 0.051 0.043 0.021 0.001 0.003 0.301 128 A 0.183 0.288 0.017 0.018 0.016 0.033 0.043 0.017 0.001 0.004 0.382 129 D 0.169 0.159 0.028 0.012 0.012 0.026 0.090 0.026 0.001 0.006 0.472 130 L 0.298 0.133 0.096 0.012 0.023 0.036 0.074 0.017 0.001 0.008 0.303 131 P 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.976 132 N 0.038 0.007 0.003 0.026 0.023 0.041 0.099 0.001 0.001 0.001 0.760 133 T 0.405 0.021 0.008 0.019 0.014 0.017 0.061 0.003 0.001 0.014 0.437 134 G 0.216 0.009 0.022 0.025 0.020 0.042 0.095 0.003 0.001 0.019 0.550 135 R 0.230 0.002 0.028 0.031 0.025 0.025 0.147 0.001 0.001 0.004 0.507 136 P 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.980 137 F 0.011 0.001 0.001 0.114 0.175 0.247 0.025 0.001 0.001 0.001 0.426 138 Q 0.012 0.001 0.001 0.188 0.094 0.116 0.097 0.001 0.001 0.002 0.490 139 C 0.009 0.001 0.001 0.095 0.086 0.269 0.021 0.001 0.001 0.001 0.516 140 I 0.007 0.001 0.001 0.178 0.199 0.316 0.074 0.001 0.001 0.002 0.223 141 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.975 142 G 0.024 0.001 0.001 0.117 0.035 0.112 0.107 0.001 0.001 0.002 0.600 143 Y 0.288 0.013 0.003 0.028 0.012 0.019 0.184 0.001 0.001 0.016 0.435 144 R 0.053 0.069 0.001 0.015 0.011 0.021 0.284 0.001 0.001 0.003 0.542 145 A 0.040 0.063 0.002 0.007 0.013 0.048 0.139 0.001 0.001 0.002 0.685 146 E 0.024 0.118 0.001 0.003 0.003 0.010 0.101 0.001 0.001 0.002 0.739 147 E 0.052 0.394 0.001 0.001 0.001 0.002 0.245 0.001 0.001 0.001 0.302 148 A 0.020 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.053 149 V 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 150 E 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 151 M 0.014 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.016 152 L 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.004 153 K 0.004 0.976 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 154 T 0.024 0.919 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.034 155 F 0.123 0.806 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.036 156 Y 0.084 0.768 0.032 0.002 0.002 0.002 0.006 0.035 0.001 0.001 0.068 157 K 0.083 0.533 0.063 0.005 0.004 0.007 0.022 0.045 0.001 0.001 0.237