# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2123 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.092 0.054 0.050 0.047 0.079 0.065 0.013 0.600 2 Q 0.072 0.044 0.034 0.037 0.056 0.198 0.012 0.547 3 S 0.092 0.043 0.028 0.021 0.038 0.121 0.010 0.646 4 M 0.048 0.036 0.020 0.008 0.018 0.089 0.007 0.774 5 E 0.032 0.028 0.008 0.004 0.005 0.343 0.006 0.575 6 E 0.078 0.047 0.006 0.001 0.003 0.279 0.009 0.576 7 T 0.134 0.245 0.014 0.002 0.005 0.208 0.013 0.379 8 E 0.092 0.436 0.013 0.001 0.002 0.096 0.008 0.353 9 K 0.019 0.444 0.003 0.001 0.001 0.174 0.002 0.357 10 W 0.017 0.759 0.001 0.001 0.001 0.121 0.002 0.100 11 M 0.008 0.948 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.037 12 E 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.013 13 E 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 14 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 M 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 H 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 M 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 18 A 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 19 K 0.010 0.962 0.014 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 20 E 0.020 0.945 0.003 0.001 0.001 0.003 0.012 0.016 21 A 0.076 0.856 0.003 0.001 0.001 0.002 0.034 0.029 22 L 0.138 0.728 0.023 0.002 0.001 0.003 0.047 0.059 23 E 0.102 0.485 0.099 0.016 0.006 0.029 0.043 0.220 24 N 0.146 0.291 0.047 0.020 0.008 0.039 0.055 0.395 25 T 0.260 0.088 0.037 0.014 0.010 0.033 0.052 0.506 26 E 0.148 0.029 0.074 0.011 0.012 0.078 0.024 0.624 27 V 0.110 0.010 0.112 0.060 0.054 0.096 0.009 0.548 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 29 V 0.019 0.001 0.090 0.160 0.229 0.054 0.001 0.446 30 G 0.044 0.001 0.134 0.205 0.282 0.049 0.002 0.283 31 C 0.011 0.001 0.109 0.249 0.422 0.015 0.001 0.193 32 L 0.004 0.001 0.222 0.311 0.399 0.012 0.001 0.052 33 M 0.003 0.001 0.182 0.311 0.328 0.006 0.001 0.169 34 V 0.001 0.001 0.200 0.275 0.390 0.015 0.001 0.118 35 Y 0.002 0.001 0.100 0.309 0.441 0.046 0.001 0.101 36 N 0.004 0.001 0.087 0.089 0.197 0.111 0.003 0.508 37 N 0.041 0.001 0.043 0.025 0.054 0.225 0.023 0.588 38 E 0.349 0.001 0.054 0.029 0.024 0.364 0.041 0.138 39 V 0.029 0.002 0.188 0.073 0.081 0.086 0.003 0.538 40 V 0.003 0.001 0.253 0.213 0.382 0.067 0.001 0.081 41 G 0.004 0.001 0.344 0.153 0.326 0.029 0.001 0.143 42 K 0.004 0.002 0.298 0.128 0.288 0.061 0.001 0.219 43 G 0.010 0.003 0.179 0.104 0.239 0.094 0.003 0.369 44 R 0.044 0.007 0.172 0.112 0.201 0.140 0.008 0.315 45 N 0.041 0.011 0.088 0.104 0.151 0.127 0.012 0.465 46 E 0.084 0.015 0.073 0.045 0.091 0.169 0.018 0.505 47 V 0.061 0.022 0.034 0.029 0.057 0.238 0.011 0.547 48 N 0.069 0.036 0.020 0.037 0.074 0.180 0.014 0.569 49 Q 0.117 0.067 0.029 0.022 0.039 0.120 0.020 0.585 50 T 0.218 0.067 0.036 0.028 0.043 0.110 0.033 0.464 51 K 0.149 0.060 0.037 0.020 0.028 0.110 0.020 0.576 52 N 0.077 0.071 0.040 0.041 0.056 0.204 0.016 0.495 53 A 0.053 0.031 0.018 0.008 0.017 0.086 0.007 0.779 54 T 0.042 0.063 0.024 0.012 0.024 0.427 0.009 0.398 55 R 0.155 0.124 0.022 0.017 0.023 0.244 0.016 0.399 56 H 0.054 0.331 0.025 0.008 0.014 0.148 0.007 0.412 57 A 0.021 0.497 0.029 0.019 0.029 0.101 0.003 0.301 58 E 0.006 0.734 0.012 0.005 0.015 0.070 0.002 0.157 59 M 0.008 0.872 0.005 0.004 0.008 0.033 0.001 0.070 60 V 0.002 0.980 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 61 A 0.001 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 62 I 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 63 D 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 64 Q 0.011 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 65 V 0.032 0.941 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.013 66 L 0.020 0.943 0.007 0.001 0.001 0.003 0.006 0.020 67 D 0.018 0.911 0.004 0.001 0.001 0.011 0.007 0.048 68 W 0.037 0.884 0.002 0.001 0.001 0.008 0.011 0.057 69 C 0.032 0.907 0.012 0.001 0.001 0.002 0.007 0.039 70 R 0.037 0.852 0.023 0.002 0.001 0.011 0.010 0.064 71 Q 0.080 0.817 0.008 0.002 0.002 0.008 0.015 0.069 72 S 0.116 0.751 0.011 0.001 0.001 0.007 0.036 0.076 73 G 0.361 0.301 0.023 0.006 0.004 0.016 0.096 0.193 74 K 0.247 0.139 0.089 0.010 0.011 0.066 0.063 0.376 75 S 0.165 0.050 0.063 0.025 0.015 0.169 0.031 0.481 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 77 S 0.037 0.006 0.029 0.012 0.017 0.290 0.006 0.603 78 E 0.480 0.005 0.016 0.019 0.011 0.111 0.007 0.350 79 V 0.130 0.041 0.028 0.041 0.055 0.205 0.007 0.494 80 F 0.102 0.078 0.087 0.088 0.152 0.104 0.008 0.380 81 E 0.072 0.052 0.071 0.061 0.086 0.113 0.009 0.536 82 H 0.090 0.025 0.045 0.034 0.056 0.135 0.027 0.587 83 T 0.341 0.019 0.223 0.111 0.102 0.047 0.029 0.128 84 V 0.021 0.009 0.358 0.182 0.163 0.050 0.006 0.211 85 L 0.005 0.002 0.352 0.265 0.303 0.015 0.001 0.057 86 Y 0.003 0.002 0.570 0.147 0.204 0.013 0.001 0.061 87 V 0.003 0.001 0.380 0.284 0.230 0.023 0.001 0.079 88 T 0.003 0.001 0.322 0.134 0.264 0.033 0.001 0.241 89 V 0.008 0.003 0.175 0.137 0.352 0.049 0.002 0.273 90 E 0.019 0.004 0.100 0.078 0.130 0.231 0.003 0.436 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 92 C 0.032 0.028 0.026 0.023 0.119 0.163 0.003 0.605 93 I 0.083 0.072 0.007 0.005 0.012 0.095 0.002 0.724 94 M 0.033 0.236 0.003 0.001 0.004 0.088 0.002 0.634 95 C 0.038 0.687 0.003 0.001 0.002 0.039 0.003 0.228 96 A 0.008 0.919 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.054 97 A 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 98 A 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 99 L 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 100 R 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.014 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 102 M 0.047 0.846 0.005 0.001 0.001 0.002 0.076 0.022 103 K 0.403 0.169 0.035 0.006 0.004 0.006 0.202 0.175 104 I 0.059 0.028 0.697 0.027 0.013 0.017 0.015 0.144 105 P 0.002 0.001 0.047 0.011 0.006 0.009 0.001 0.923 106 L 0.020 0.002 0.299 0.023 0.047 0.034 0.002 0.573 107 V 0.017 0.001 0.864 0.017 0.021 0.014 0.001 0.064 108 V 0.003 0.001 0.885 0.036 0.035 0.011 0.001 0.029 109 Y 0.001 0.001 0.879 0.035 0.044 0.010 0.001 0.030 110 G 0.001 0.001 0.618 0.042 0.081 0.032 0.001 0.225 111 C 0.007 0.001 0.374 0.102 0.173 0.089 0.002 0.251 112 Q 0.017 0.002 0.085 0.031 0.062 0.185 0.005 0.613 113 N 0.066 0.006 0.055 0.057 0.105 0.170 0.015 0.525 114 E 0.033 0.004 0.009 0.006 0.012 0.077 0.006 0.854 115 R 0.040 0.012 0.007 0.008 0.012 0.646 0.011 0.264 116 F 0.454 0.035 0.011 0.007 0.012 0.107 0.049 0.325 117 G 0.205 0.145 0.064 0.034 0.047 0.104 0.034 0.367 118 G 0.118 0.074 0.101 0.042 0.054 0.149 0.012 0.450 119 C 0.053 0.100 0.080 0.061 0.116 0.065 0.009 0.517 120 G 0.068 0.075 0.046 0.057 0.130 0.100 0.013 0.510 121 S 0.091 0.072 0.073 0.052 0.057 0.198 0.010 0.447 122 V 0.057 0.089 0.070 0.038 0.061 0.113 0.012 0.560 123 L 0.069 0.140 0.075 0.083 0.120 0.140 0.007 0.365 124 N 0.057 0.223 0.052 0.056 0.087 0.131 0.009 0.387 125 I 0.117 0.325 0.048 0.029 0.075 0.051 0.013 0.341 126 A 0.068 0.399 0.024 0.019 0.051 0.143 0.015 0.281 127 S 0.150 0.350 0.013 0.020 0.031 0.091 0.039 0.306 128 A 0.217 0.245 0.028 0.011 0.015 0.057 0.047 0.380 129 D 0.206 0.160 0.036 0.016 0.016 0.127 0.055 0.384 130 L 0.253 0.144 0.065 0.044 0.048 0.066 0.033 0.347 131 P 0.007 0.008 0.004 0.004 0.006 0.008 0.001 0.962 132 N 0.058 0.031 0.020 0.028 0.036 0.065 0.009 0.752 133 T 0.234 0.041 0.044 0.030 0.029 0.049 0.022 0.551 134 G 0.242 0.022 0.027 0.022 0.024 0.113 0.037 0.512 135 R 0.241 0.010 0.084 0.046 0.036 0.126 0.013 0.445 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 137 F 0.024 0.002 0.080 0.132 0.189 0.064 0.002 0.506 138 Q 0.086 0.002 0.193 0.096 0.117 0.063 0.002 0.442 139 C 0.009 0.001 0.112 0.049 0.104 0.016 0.001 0.708 140 I 0.009 0.002 0.380 0.115 0.199 0.092 0.001 0.203 141 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 142 G 0.012 0.002 0.103 0.024 0.092 0.171 0.002 0.594 143 Y 0.251 0.006 0.057 0.010 0.016 0.157 0.003 0.499 144 R 0.061 0.048 0.033 0.013 0.027 0.230 0.004 0.584 145 A 0.042 0.066 0.010 0.002 0.010 0.115 0.003 0.752 146 E 0.016 0.136 0.005 0.001 0.002 0.196 0.002 0.643 147 E 0.024 0.357 0.002 0.001 0.001 0.311 0.005 0.300 148 A 0.033 0.907 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.048 149 V 0.010 0.981 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 150 E 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 151 M 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 152 L 0.021 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 153 K 0.024 0.934 0.011 0.001 0.001 0.003 0.010 0.019 154 T 0.020 0.901 0.005 0.001 0.001 0.007 0.012 0.055 155 F 0.080 0.831 0.006 0.001 0.001 0.004 0.018 0.059 156 Y 0.046 0.880 0.022 0.001 0.001 0.004 0.008 0.037 157 K 0.050 0.748 0.036 0.007 0.005 0.016 0.017 0.122