# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2123 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.176 0.262 0.259 0.091 0.107 0.028 0.032 0.011 0.024 0.009 0.001 2 Q 0.229 0.199 0.289 0.137 0.037 0.048 0.030 0.004 0.019 0.004 0.004 3 S 0.156 0.236 0.328 0.087 0.073 0.052 0.021 0.004 0.036 0.005 0.002 4 M 0.407 0.096 0.337 0.068 0.021 0.036 0.010 0.002 0.015 0.005 0.002 5 E 0.726 0.042 0.126 0.063 0.010 0.011 0.012 0.002 0.005 0.002 0.001 6 E 0.844 0.022 0.047 0.061 0.008 0.009 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 7 T 0.821 0.019 0.042 0.092 0.008 0.010 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 8 E 0.990 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 W 0.988 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 M 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.940 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.888 0.005 0.023 0.068 0.002 0.003 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 22 L 0.758 0.019 0.059 0.131 0.004 0.008 0.013 0.001 0.006 0.001 0.001 23 E 0.699 0.039 0.077 0.130 0.007 0.009 0.027 0.003 0.006 0.003 0.002 24 N 0.244 0.043 0.067 0.495 0.019 0.014 0.067 0.033 0.011 0.004 0.001 25 T 0.106 0.128 0.240 0.114 0.078 0.027 0.179 0.074 0.029 0.023 0.003 26 E 0.107 0.224 0.320 0.185 0.014 0.045 0.076 0.006 0.014 0.002 0.006 27 V 0.003 0.502 0.308 0.003 0.088 0.007 0.002 0.001 0.085 0.002 0.001 28 P 0.017 0.008 0.858 0.005 0.005 0.051 0.001 0.001 0.002 0.003 0.052 29 V 0.015 0.591 0.236 0.066 0.048 0.010 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 30 G 0.009 0.263 0.113 0.015 0.533 0.010 0.014 0.014 0.014 0.013 0.001 31 C 0.001 0.600 0.108 0.002 0.277 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 32 L 0.001 0.874 0.058 0.001 0.044 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 33 M 0.001 0.758 0.163 0.001 0.011 0.043 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 34 V 0.023 0.758 0.121 0.006 0.014 0.057 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 35 Y 0.069 0.471 0.235 0.042 0.078 0.025 0.026 0.002 0.039 0.010 0.003 36 N 0.026 0.054 0.079 0.085 0.053 0.017 0.572 0.068 0.015 0.028 0.004 37 N 0.003 0.010 0.019 0.020 0.028 0.007 0.539 0.358 0.002 0.013 0.001 38 E 0.009 0.372 0.519 0.013 0.017 0.046 0.017 0.002 0.006 0.001 0.001 39 V 0.012 0.176 0.584 0.020 0.001 0.203 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 40 V 0.103 0.493 0.161 0.169 0.016 0.046 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 41 G 0.062 0.279 0.073 0.023 0.470 0.041 0.007 0.007 0.022 0.014 0.001 42 K 0.041 0.517 0.159 0.026 0.193 0.018 0.011 0.001 0.032 0.001 0.001 43 G 0.050 0.145 0.185 0.029 0.386 0.033 0.026 0.050 0.029 0.062 0.004 44 R 0.148 0.330 0.205 0.094 0.145 0.022 0.011 0.004 0.031 0.009 0.002 45 N 0.130 0.160 0.232 0.174 0.126 0.058 0.062 0.013 0.025 0.017 0.004 46 E 0.322 0.192 0.166 0.106 0.081 0.036 0.048 0.015 0.025 0.007 0.003 47 V 0.289 0.346 0.209 0.065 0.038 0.018 0.008 0.001 0.024 0.001 0.001 48 N 0.266 0.131 0.304 0.115 0.035 0.074 0.033 0.005 0.024 0.006 0.007 49 Q 0.386 0.133 0.134 0.159 0.070 0.022 0.040 0.021 0.022 0.012 0.002 50 T 0.270 0.118 0.149 0.289 0.051 0.027 0.051 0.013 0.017 0.011 0.003 51 K 0.239 0.101 0.150 0.269 0.053 0.032 0.092 0.025 0.024 0.013 0.003 52 N 0.150 0.138 0.317 0.120 0.072 0.037 0.081 0.015 0.049 0.019 0.002 53 A 0.619 0.032 0.213 0.072 0.014 0.019 0.011 0.004 0.005 0.008 0.003 54 T 0.540 0.075 0.103 0.186 0.051 0.014 0.017 0.003 0.008 0.002 0.001 55 R 0.843 0.028 0.052 0.037 0.020 0.008 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 56 H 0.858 0.016 0.018 0.083 0.013 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 57 A 0.940 0.020 0.012 0.006 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.993 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.992 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.958 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 V 0.979 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.984 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.942 0.002 0.003 0.046 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 68 W 0.789 0.003 0.007 0.194 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 C 0.677 0.012 0.040 0.233 0.004 0.008 0.015 0.002 0.009 0.001 0.001 70 R 0.811 0.013 0.058 0.069 0.005 0.006 0.025 0.004 0.004 0.004 0.001 71 Q 0.750 0.028 0.050 0.140 0.005 0.007 0.010 0.003 0.007 0.001 0.001 72 S 0.382 0.060 0.123 0.331 0.011 0.006 0.060 0.007 0.015 0.002 0.002 73 G 0.099 0.015 0.065 0.037 0.058 0.010 0.183 0.390 0.006 0.132 0.004 74 K 0.146 0.184 0.336 0.243 0.025 0.023 0.021 0.004 0.011 0.002 0.004 75 S 0.011 0.213 0.505 0.005 0.057 0.021 0.005 0.001 0.174 0.008 0.001 76 P 0.259 0.005 0.644 0.019 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 77 S 0.336 0.135 0.202 0.132 0.043 0.033 0.049 0.044 0.019 0.005 0.001 78 E 0.266 0.250 0.335 0.065 0.033 0.026 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 79 V 0.334 0.270 0.224 0.101 0.011 0.037 0.006 0.001 0.014 0.001 0.002 80 F 0.187 0.417 0.170 0.094 0.052 0.027 0.012 0.001 0.036 0.002 0.001 81 E 0.272 0.195 0.243 0.158 0.045 0.016 0.044 0.005 0.017 0.004 0.003 82 H 0.033 0.069 0.067 0.147 0.148 0.020 0.363 0.132 0.009 0.010 0.001 83 T 0.009 0.495 0.342 0.016 0.103 0.014 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 84 V 0.010 0.716 0.214 0.012 0.023 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 85 L 0.004 0.834 0.076 0.006 0.058 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 86 Y 0.003 0.820 0.057 0.001 0.092 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 87 V 0.007 0.720 0.184 0.002 0.017 0.053 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 88 T 0.051 0.477 0.245 0.026 0.040 0.116 0.008 0.001 0.034 0.001 0.001 89 V 0.127 0.472 0.192 0.063 0.059 0.055 0.012 0.001 0.018 0.001 0.001 90 E 0.031 0.417 0.218 0.001 0.042 0.038 0.007 0.001 0.244 0.001 0.001 91 P 0.379 0.002 0.541 0.014 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 92 C 0.528 0.048 0.105 0.205 0.013 0.042 0.023 0.012 0.022 0.003 0.001 93 I 0.900 0.013 0.046 0.022 0.004 0.005 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 94 M 0.916 0.008 0.029 0.027 0.006 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 95 C 0.966 0.002 0.009 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 96 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.946 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 M 0.404 0.004 0.009 0.559 0.004 0.002 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 103 K 0.207 0.012 0.033 0.141 0.019 0.019 0.498 0.059 0.006 0.007 0.001 104 I 0.271 0.224 0.397 0.020 0.005 0.046 0.013 0.001 0.024 0.001 0.001 105 P 0.624 0.015 0.279 0.054 0.004 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 106 L 0.201 0.517 0.094 0.072 0.058 0.020 0.012 0.001 0.024 0.001 0.001 107 V 0.123 0.591 0.187 0.007 0.009 0.067 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 108 V 0.133 0.528 0.202 0.039 0.032 0.046 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 109 Y 0.037 0.573 0.159 0.038 0.116 0.023 0.004 0.001 0.047 0.001 0.001 110 G 0.032 0.226 0.242 0.034 0.255 0.118 0.030 0.016 0.024 0.017 0.005 111 C 0.076 0.490 0.186 0.062 0.127 0.021 0.007 0.002 0.025 0.003 0.001 112 Q 0.142 0.203 0.331 0.106 0.054 0.082 0.031 0.005 0.033 0.008 0.005 113 N 0.078 0.200 0.327 0.047 0.106 0.073 0.026 0.005 0.124 0.013 0.002 114 E 0.769 0.016 0.151 0.041 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 115 R 0.518 0.062 0.071 0.271 0.018 0.016 0.021 0.006 0.012 0.003 0.001 116 F 0.305 0.087 0.148 0.323 0.019 0.014 0.069 0.004 0.026 0.002 0.002 117 G 0.121 0.019 0.113 0.047 0.084 0.007 0.102 0.257 0.007 0.239 0.004 118 G 0.331 0.074 0.233 0.087 0.074 0.031 0.027 0.058 0.015 0.064 0.006 119 C 0.249 0.140 0.221 0.292 0.029 0.019 0.023 0.002 0.020 0.002 0.003 120 G 0.165 0.015 0.080 0.029 0.101 0.012 0.044 0.343 0.004 0.204 0.002 121 S 0.545 0.125 0.139 0.100 0.044 0.017 0.011 0.005 0.010 0.003 0.001 122 V 0.605 0.130 0.123 0.081 0.018 0.024 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 123 L 0.753 0.099 0.065 0.055 0.007 0.008 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 124 N 0.635 0.085 0.105 0.058 0.031 0.024 0.041 0.008 0.010 0.003 0.001 125 I 0.718 0.093 0.095 0.052 0.010 0.013 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 126 A 0.724 0.039 0.141 0.063 0.005 0.013 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 127 S 0.753 0.030 0.062 0.103 0.013 0.010 0.014 0.005 0.007 0.003 0.001 128 A 0.833 0.029 0.053 0.059 0.008 0.004 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 129 D 0.438 0.042 0.091 0.372 0.010 0.027 0.009 0.002 0.009 0.001 0.001 130 L 0.180 0.173 0.348 0.025 0.024 0.023 0.014 0.001 0.211 0.002 0.001 131 P 0.632 0.007 0.302 0.021 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.022 132 N 0.415 0.072 0.098 0.273 0.022 0.024 0.026 0.028 0.034 0.006 0.002 133 T 0.210 0.067 0.204 0.421 0.011 0.005 0.058 0.002 0.016 0.001 0.004 134 G 0.005 0.004 0.020 0.014 0.030 0.006 0.172 0.639 0.002 0.106 0.001 135 R 0.010 0.253 0.555 0.009 0.114 0.008 0.005 0.001 0.036 0.008 0.001 136 P 0.062 0.027 0.762 0.014 0.009 0.046 0.004 0.001 0.003 0.003 0.069 137 F 0.014 0.668 0.170 0.020 0.095 0.013 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 138 Q 0.018 0.600 0.267 0.009 0.029 0.049 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 139 C 0.024 0.566 0.287 0.013 0.019 0.070 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 140 I 0.012 0.496 0.238 0.002 0.024 0.042 0.003 0.001 0.182 0.001 0.001 141 P 0.086 0.007 0.799 0.028 0.008 0.023 0.004 0.001 0.002 0.007 0.036 142 G 0.031 0.016 0.049 0.036 0.077 0.014 0.070 0.626 0.004 0.076 0.001 143 Y 0.186 0.241 0.410 0.088 0.027 0.024 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 144 R 0.199 0.115 0.478 0.050 0.021 0.088 0.004 0.001 0.041 0.003 0.001 145 A 0.949 0.002 0.032 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.988 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.981 0.003 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 M 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.961 0.001 0.003 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.986 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 154 T 0.951 0.004 0.003 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 F 0.733 0.013 0.032 0.203 0.004 0.005 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 156 Y 0.554 0.061 0.076 0.227 0.009 0.018 0.039 0.002 0.012 0.001 0.001 157 K 0.567 0.115 0.119 0.086 0.026 0.020 0.045 0.004 0.012 0.004 0.001