# TARGET TR461 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR461.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2123 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.111 0.219 0.055 0.018 0.237 0.020 0.035 0.116 0.077 0.067 0.045 2 Q 0.090 0.161 0.085 0.028 0.159 0.035 0.061 0.138 0.080 0.099 0.064 3 S 0.098 0.220 0.094 0.016 0.193 0.011 0.032 0.121 0.070 0.091 0.053 4 M 0.050 0.233 0.096 0.021 0.119 0.020 0.040 0.214 0.096 0.074 0.039 5 E 0.051 0.159 0.067 0.012 0.093 0.017 0.033 0.357 0.099 0.069 0.042 6 E 0.019 0.097 0.038 0.007 0.037 0.013 0.024 0.454 0.158 0.136 0.017 7 T 0.030 0.063 0.018 0.003 0.048 0.004 0.007 0.661 0.084 0.071 0.012 8 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.859 0.126 0.004 0.001 9 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.029 0.002 0.001 10 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.038 0.018 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.012 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 15 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.033 0.001 0.001 16 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.005 0.001 0.001 17 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.962 0.027 0.007 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.909 0.078 0.008 0.001 19 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.894 0.097 0.003 0.001 20 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.883 0.049 0.009 0.001 21 A 0.020 0.029 0.011 0.001 0.039 0.005 0.024 0.641 0.126 0.096 0.008 22 L 0.021 0.013 0.007 0.004 0.021 0.012 0.054 0.578 0.192 0.079 0.019 23 E 0.017 0.043 0.025 0.009 0.028 0.023 0.123 0.535 0.121 0.062 0.012 24 N 0.037 0.220 0.121 0.039 0.069 0.044 0.089 0.112 0.080 0.154 0.035 25 T 0.062 0.167 0.129 0.109 0.084 0.032 0.049 0.064 0.075 0.149 0.081 26 E 0.093 0.094 0.087 0.058 0.090 0.025 0.055 0.067 0.093 0.242 0.096 27 V 0.065 0.403 0.132 0.020 0.247 0.011 0.019 0.021 0.024 0.028 0.028 28 P 0.281 0.148 0.046 0.014 0.345 0.017 0.031 0.020 0.024 0.030 0.043 29 V 0.195 0.121 0.050 0.066 0.238 0.092 0.089 0.027 0.029 0.049 0.042 30 G 0.146 0.091 0.088 0.116 0.240 0.103 0.054 0.018 0.018 0.072 0.056 31 C 0.225 0.084 0.005 0.001 0.655 0.002 0.002 0.003 0.003 0.005 0.014 32 L 0.169 0.115 0.007 0.001 0.686 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 33 M 0.274 0.068 0.011 0.001 0.588 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 34 V 0.523 0.066 0.011 0.008 0.229 0.021 0.012 0.009 0.007 0.024 0.089 35 Y 0.021 0.025 0.054 0.390 0.031 0.330 0.049 0.024 0.021 0.040 0.017 36 N 0.008 0.057 0.060 0.516 0.016 0.120 0.147 0.039 0.015 0.017 0.005 37 N 0.014 0.008 0.013 0.054 0.006 0.027 0.009 0.016 0.021 0.716 0.117 38 E 0.056 0.428 0.047 0.008 0.360 0.013 0.012 0.018 0.016 0.021 0.021 39 V 0.518 0.040 0.009 0.003 0.356 0.004 0.007 0.011 0.006 0.012 0.036 40 V 0.185 0.119 0.070 0.041 0.310 0.057 0.057 0.032 0.020 0.043 0.067 41 G 0.210 0.148 0.097 0.044 0.332 0.029 0.018 0.021 0.011 0.021 0.068 42 K 0.107 0.095 0.041 0.073 0.121 0.088 0.065 0.085 0.057 0.189 0.079 43 G 0.094 0.173 0.154 0.102 0.194 0.036 0.017 0.040 0.033 0.081 0.075 44 R 0.127 0.114 0.036 0.030 0.177 0.046 0.055 0.167 0.110 0.094 0.044 45 N 0.118 0.114 0.089 0.052 0.174 0.040 0.051 0.118 0.075 0.108 0.063 46 E 0.122 0.074 0.033 0.025 0.136 0.026 0.044 0.197 0.143 0.146 0.055 47 V 0.077 0.182 0.099 0.037 0.158 0.037 0.052 0.145 0.087 0.085 0.042 48 N 0.093 0.087 0.058 0.050 0.107 0.035 0.055 0.231 0.119 0.109 0.056 49 Q 0.059 0.075 0.055 0.040 0.077 0.054 0.082 0.160 0.121 0.215 0.061 50 T 0.084 0.230 0.095 0.046 0.191 0.022 0.033 0.088 0.059 0.105 0.048 51 K 0.066 0.084 0.059 0.056 0.097 0.061 0.084 0.128 0.118 0.191 0.057 52 N 0.125 0.240 0.126 0.019 0.322 0.008 0.009 0.036 0.028 0.041 0.046 53 A 0.049 0.051 0.015 0.006 0.071 0.010 0.019 0.295 0.373 0.090 0.022 54 T 0.030 0.048 0.027 0.009 0.042 0.016 0.033 0.524 0.171 0.079 0.020 55 R 0.014 0.045 0.018 0.007 0.027 0.009 0.020 0.722 0.090 0.038 0.010 56 H 0.018 0.016 0.008 0.003 0.021 0.003 0.005 0.826 0.065 0.023 0.012 57 A 0.006 0.022 0.004 0.001 0.021 0.002 0.002 0.880 0.057 0.004 0.003 58 E 0.005 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.954 0.021 0.002 0.001 59 M 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.978 0.009 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.975 0.013 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.975 0.014 0.003 0.001 62 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.067 0.007 0.001 63 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.931 0.065 0.001 0.001 64 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.945 0.041 0.006 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.906 0.072 0.015 0.001 66 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.870 0.114 0.005 0.001 67 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.895 0.068 0.011 0.001 68 W 0.007 0.008 0.005 0.001 0.006 0.002 0.051 0.836 0.046 0.039 0.001 69 C 0.028 0.069 0.015 0.005 0.053 0.007 0.032 0.629 0.108 0.038 0.015 70 R 0.007 0.011 0.009 0.004 0.006 0.010 0.034 0.735 0.140 0.034 0.010 71 Q 0.013 0.026 0.015 0.008 0.017 0.015 0.065 0.587 0.118 0.124 0.013 72 S 0.021 0.510 0.093 0.018 0.083 0.017 0.040 0.118 0.057 0.029 0.013 73 G 0.050 0.032 0.026 0.031 0.042 0.023 0.044 0.158 0.103 0.346 0.143 74 K 0.080 0.155 0.130 0.023 0.119 0.017 0.056 0.099 0.065 0.193 0.063 75 S 0.030 0.401 0.328 0.042 0.095 0.012 0.013 0.025 0.016 0.020 0.018 76 P 0.045 0.154 0.072 0.049 0.068 0.043 0.119 0.207 0.164 0.058 0.022 77 S 0.058 0.116 0.053 0.014 0.122 0.012 0.020 0.161 0.235 0.167 0.042 78 E 0.067 0.133 0.022 0.008 0.220 0.014 0.044 0.239 0.155 0.078 0.022 79 V 0.178 0.071 0.039 0.012 0.203 0.013 0.042 0.164 0.077 0.149 0.052 80 F 0.150 0.109 0.077 0.064 0.160 0.048 0.035 0.117 0.088 0.089 0.064 81 E 0.021 0.081 0.090 0.142 0.035 0.130 0.271 0.129 0.057 0.029 0.015 82 H 0.055 0.017 0.023 0.027 0.026 0.021 0.024 0.031 0.034 0.585 0.157 83 T 0.068 0.332 0.007 0.002 0.556 0.002 0.004 0.007 0.004 0.007 0.011 84 V 0.269 0.065 0.003 0.001 0.630 0.002 0.003 0.006 0.002 0.003 0.016 85 L 0.216 0.077 0.006 0.001 0.672 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 86 Y 0.399 0.053 0.006 0.004 0.479 0.005 0.006 0.005 0.003 0.006 0.036 87 V 0.215 0.155 0.039 0.011 0.430 0.015 0.015 0.014 0.010 0.020 0.076 88 T 0.184 0.208 0.061 0.014 0.364 0.010 0.014 0.025 0.016 0.025 0.079 89 V 0.095 0.140 0.061 0.037 0.135 0.037 0.048 0.161 0.107 0.104 0.076 90 E 0.041 0.265 0.198 0.035 0.120 0.018 0.025 0.170 0.070 0.029 0.029 91 P 0.032 0.052 0.024 0.009 0.033 0.011 0.032 0.506 0.187 0.092 0.022 92 C 0.016 0.067 0.034 0.011 0.037 0.008 0.017 0.671 0.106 0.024 0.009 93 I 0.003 0.006 0.004 0.002 0.004 0.002 0.008 0.896 0.068 0.006 0.002 94 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.940 0.042 0.005 0.001 95 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 98 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.971 0.022 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.921 0.040 0.002 0.001 101 L 0.024 0.004 0.002 0.006 0.007 0.003 0.125 0.672 0.071 0.076 0.010 102 M 0.007 0.693 0.065 0.013 0.081 0.008 0.039 0.060 0.024 0.006 0.004 103 K 0.069 0.016 0.015 0.013 0.034 0.012 0.021 0.058 0.065 0.433 0.266 104 I 0.098 0.368 0.041 0.006 0.372 0.006 0.013 0.026 0.027 0.016 0.028 105 P 0.137 0.163 0.049 0.023 0.318 0.055 0.105 0.051 0.029 0.027 0.042 106 L 0.261 0.082 0.009 0.004 0.545 0.004 0.010 0.012 0.010 0.017 0.045 107 V 0.212 0.067 0.002 0.001 0.693 0.002 0.004 0.004 0.002 0.003 0.012 108 V 0.309 0.053 0.008 0.001 0.592 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.029 109 Y 0.309 0.083 0.021 0.019 0.372 0.024 0.018 0.015 0.010 0.026 0.102 110 G 0.142 0.109 0.066 0.104 0.203 0.077 0.041 0.036 0.033 0.076 0.113 111 C 0.159 0.248 0.062 0.016 0.332 0.012 0.021 0.039 0.024 0.040 0.047 112 Q 0.079 0.173 0.074 0.040 0.191 0.059 0.075 0.065 0.051 0.126 0.067 113 N 0.131 0.203 0.126 0.013 0.452 0.004 0.004 0.016 0.010 0.007 0.034 114 E 0.016 0.019 0.009 0.003 0.020 0.009 0.031 0.379 0.463 0.041 0.010 115 R 0.022 0.077 0.041 0.019 0.039 0.041 0.115 0.333 0.164 0.129 0.021 116 F 0.061 0.360 0.093 0.036 0.121 0.016 0.026 0.094 0.055 0.099 0.041 117 G 0.060 0.058 0.084 0.095 0.048 0.031 0.031 0.123 0.076 0.255 0.140 118 G 0.073 0.147 0.151 0.052 0.090 0.033 0.036 0.142 0.089 0.131 0.056 119 C 0.033 0.210 0.086 0.052 0.096 0.050 0.084 0.201 0.085 0.075 0.027 120 G 0.040 0.053 0.118 0.113 0.041 0.057 0.036 0.176 0.093 0.213 0.060 121 S 0.049 0.361 0.057 0.007 0.175 0.009 0.016 0.199 0.065 0.043 0.021 122 V 0.059 0.035 0.011 0.003 0.067 0.005 0.008 0.436 0.254 0.101 0.023 123 L 0.032 0.062 0.017 0.010 0.059 0.015 0.025 0.570 0.168 0.029 0.012 124 N 0.050 0.049 0.019 0.005 0.074 0.011 0.048 0.552 0.091 0.077 0.023 125 I 0.049 0.047 0.016 0.004 0.061 0.007 0.039 0.524 0.132 0.101 0.019 126 A 0.047 0.127 0.038 0.017 0.087 0.027 0.036 0.360 0.135 0.101 0.027 127 S 0.041 0.054 0.021 0.012 0.054 0.021 0.036 0.485 0.193 0.063 0.021 128 A 0.025 0.064 0.030 0.009 0.061 0.017 0.061 0.472 0.158 0.090 0.014 129 D 0.063 0.076 0.036 0.014 0.090 0.019 0.067 0.250 0.102 0.242 0.040 130 L 0.083 0.251 0.130 0.022 0.197 0.011 0.021 0.147 0.056 0.041 0.041 131 P 0.056 0.100 0.067 0.017 0.081 0.027 0.080 0.372 0.125 0.045 0.029 132 N 0.071 0.075 0.065 0.047 0.080 0.065 0.085 0.214 0.112 0.138 0.048 133 T 0.025 0.392 0.177 0.089 0.082 0.039 0.082 0.041 0.023 0.034 0.016 134 G 0.051 0.017 0.030 0.082 0.021 0.028 0.017 0.022 0.028 0.487 0.217 135 R 0.049 0.451 0.167 0.036 0.199 0.018 0.019 0.013 0.015 0.020 0.015 136 P 0.290 0.132 0.043 0.018 0.322 0.021 0.027 0.022 0.025 0.045 0.055 137 F 0.157 0.225 0.029 0.006 0.484 0.010 0.014 0.011 0.015 0.015 0.033 138 Q 0.153 0.167 0.019 0.001 0.619 0.002 0.004 0.004 0.002 0.004 0.025 139 C 0.300 0.149 0.045 0.006 0.356 0.006 0.009 0.012 0.008 0.020 0.089 140 I 0.126 0.240 0.141 0.038 0.243 0.035 0.023 0.029 0.021 0.026 0.078 141 P 0.044 0.229 0.085 0.086 0.082 0.076 0.109 0.119 0.068 0.074 0.028 142 G 0.049 0.081 0.116 0.092 0.065 0.026 0.021 0.094 0.072 0.276 0.110 143 Y 0.047 0.280 0.089 0.013 0.133 0.020 0.047 0.203 0.069 0.068 0.032 144 R 0.040 0.380 0.186 0.012 0.057 0.007 0.009 0.164 0.035 0.085 0.027 145 A 0.006 0.029 0.006 0.002 0.013 0.002 0.004 0.849 0.078 0.007 0.003 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.917 0.075 0.002 0.001 147 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.936 0.048 0.010 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.031 0.017 0.001 149 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.054 0.001 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.983 0.010 0.001 0.001 151 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.037 0.012 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.840 0.141 0.012 0.001 153 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.799 0.164 0.012 0.001 154 T 0.004 0.012 0.009 0.001 0.006 0.003 0.101 0.716 0.097 0.049 0.002 155 F 0.046 0.038 0.017 0.003 0.045 0.007 0.042 0.443 0.183 0.153 0.024 156 Y 0.041 0.061 0.022 0.010 0.053 0.021 0.058 0.421 0.201 0.090 0.022 157 K 0.051 0.063 0.033 0.013 0.071 0.022 0.074 0.390 0.138 0.116 0.030